背景与目的 肺癌是全球最常见的恶性肿瘤,大多数患者初次诊断时已发生转移,因此寻找肺癌新的诊断标志物并探索其在肺癌发生中的作用具有重要价值。基于生物信息数据探讨分析肺癌中GINS1基因与肺癌预后的相关性具有重要意义。方法 检索On...背景与目的 肺癌是全球最常见的恶性肿瘤,大多数患者初次诊断时已发生转移,因此寻找肺癌新的诊断标志物并探索其在肺癌发生中的作用具有重要价值。基于生物信息数据探讨分析肺癌中GINS1基因与肺癌预后的相关性具有重要意义。方法 检索Oncomine、EGPIA、TCGA、Human protein atlas等基因数据库,分析GINS1基因在肺癌中的表达差异。应用蛋白质免疫印记法检测肺癌及癌旁组织中GINS1蛋白的表达水平,应用Kaplan-Meier进行患者生存分析,并利用String-DB数据库分析GINS1蛋白相互作用网络。结果 对Oncomine、GEPIA和The Human Protein Atlas数据库中肺癌与癌旁组织蛋白表达数据进行差异性分析,发现GINS1蛋白在肺癌组织中显著高表达,特别以肺腺癌、肺鳞癌中表达明显增加;通过生存分析发现高表达GINS1肺腺癌患者生存期明显低于低表达者,高表达患者预后更差;利用String-DB数据库发现与GINS1蛋白关联最为密切的为GINS蛋白家族(GINS2、GINS3、GINS4),其次为CDC45、MCM蛋白家族(MCM2、MCM3、MCM4、MCM5、MCM6、MCM7),富集分析发现互作蛋白主要参与DNA复制和细胞周期。结论GINS1基因在肺癌组织中显著高表达,与患者预后相关,其有可能成为肺癌诊断及药物治疗的新靶点。展开更多
目的探讨肝癌中ENAH(Enabled homolog)基因表达及与肿瘤细胞运动的关系。方法通过生物信息学技术,检索Oncomine、TCGA、Human Protein Atlas等肿瘤基因数据库,分析ENAH在肝癌中的差异表达,分析ENAH与肝纤维化的关系,免疫组化观察ENAH在...目的探讨肝癌中ENAH(Enabled homolog)基因表达及与肿瘤细胞运动的关系。方法通过生物信息学技术,检索Oncomine、TCGA、Human Protein Atlas等肿瘤基因数据库,分析ENAH在肝癌中的差异表达,分析ENAH与肝纤维化的关系,免疫组化观察ENAH在肝癌组织中的表达差异,String-DB数据库分析ENAH蛋白相互作用网络。Targetscan预测ENAH的调控miRNA,并通过Transwell、划痕实验、Western blotting实验分析miR-497-5p及ENAH对肝癌细胞运动的影响。结果Oncomine数据库进行肝癌与正常肝的ENAH差异分析,发现ENAH蛋白在肝癌中呈显著高表达;在Human Protein Atlas数据库进行肝癌组织的免疫组化观察,同样证实肝癌组织中ENAH蛋白呈明显深染;Oncomine数据库进一步分析发现,ENAH的过表达与肝纤维化呈明显相关性,纤维化肝组织中ENAH表达明显升高。String-DB数据库分析与ENAH共表达的蛋白,其中VASP、ABL1、ROBO1、VCL、CTNND1/CTNNA1/CTNNB1、ROCK1、CDC42、CDH1关联最为紧密。在肝癌细胞HepG2中,miR-497-5p能够下调ENAH的表达,并抑制HepG2细胞的EMT、运动。结论ENAH在肝癌中呈现高表达,与肝纤维化相关,且参与调控肝癌细胞的运动,其有可能成为肝癌诊断及治疗的新靶点。展开更多
目的:基于生物信息数据挖掘阐明G蛋白偶联受体C家族5A基因(G protein-coupled receptor familyC, m e m b e r5, g r o u pA, G P R C 5 A)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索O n c o m i n e,TCGA,HumanProteinAtlas等基因数据库,...目的:基于生物信息数据挖掘阐明G蛋白偶联受体C家族5A基因(G protein-coupled receptor familyC, m e m b e r5, g r o u pA, G P R C 5 A)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索O n c o m i n e,TCGA,HumanProteinAtlas等基因数据库,分析GPRC5A在胰腺癌中的表达差异,并分析其在不同肿瘤中的表达。采用Western印迹技术在武汉大学人民医院小样本队列中验证GPRC5A在胰腺癌及癌旁组织中的蛋白表达水平,采用Kaplan-Meier进行患者生存分析,并对GPRC5A与靶向药物敏感性关系进行分析。结果:对Oncomine数据库中有差异表达的295项研究数据进行差异性分析,发现胰腺癌组织GPRC5A基因的表达明显高于正常胰腺组织。对GPRC5A在不同肿瘤组织中表达的4184项研究进行荟萃分析,发现GPRC5A在胰腺癌组织中显著表达增高。通过生存分析发现高表达GPRC5A胰腺癌患者生存期明显低于低表达者,高表达患者预后更差。此外,GPRC5A表达与靶向药物厄洛替尼的药物敏感性有一定关联。结论:GPRC5A在胰腺癌组织中呈现高表达,与患者预后显著相关,其有可能成为胰腺癌诊断及药物治疗的新靶点。展开更多
目的通过生物信息学技术、分子生物学等研究ENAH基因在肝癌中的表达及对肝癌细胞侵袭、运动的影响。方法检索Oncomine、TCGA、Human Protein Atlas等肿瘤数据库,分析ENAH在肝癌中的表达,免疫组化分析ENAH在肝癌组织中的表达定位及丰度,...目的通过生物信息学技术、分子生物学等研究ENAH基因在肝癌中的表达及对肝癌细胞侵袭、运动的影响。方法检索Oncomine、TCGA、Human Protein Atlas等肿瘤数据库,分析ENAH在肝癌中的表达,免疫组化分析ENAH在肝癌组织中的表达定位及丰度,研究ENAH的调控microRNA,并通过免疫荧光、Western blot法分析miR-497-5p及ENAH对肝癌细胞侵袭、运动的影响。结果Oncomine数据库各肿瘤中ENAH差异分析,且通过Meta分析证实ENAH蛋白在肝癌中呈显著高表达。在Human Protein Atlas免疫组化数据分析肝癌组织中ENAH蛋白呈明显深染,显著高于对照组。通过TCGA数据,生存分析表明高表达的ENAH肝癌患者预后明显差于低表达组。在肝癌细胞HepG2中,miR-497-5p能够下调ENAH的表达,并且抑制HepG2细胞的paxillin磷酸化,抑制paxillin介导的细胞侵袭、极化。结论ENAH蛋白在肝癌中呈现高表达,而且ENAH的调控者miR-497-5p通过下调ENAH来抑制肝癌细胞的细胞骨架结构极化、细胞侵袭及运动。展开更多
目的对结肠癌细胞株与患者组织间的药物靶点蛋白表达进行一致性研究,以明确两者的相符性。方法检索Human Protein Atlas数据库中FDA批准的药物靶点蛋白,并对兼有患者结肠癌组织和细胞株数据的蛋白进行表达评分。通过计算蛋白在细胞株与...目的对结肠癌细胞株与患者组织间的药物靶点蛋白表达进行一致性研究,以明确两者的相符性。方法检索Human Protein Atlas数据库中FDA批准的药物靶点蛋白,并对兼有患者结肠癌组织和细胞株数据的蛋白进行表达评分。通过计算蛋白在细胞株与患者间表达的一致率,总体评价两者蛋白表达的相符情况,继而采用生物信息学方法进行蛋白生物学功能和信号通路注释,评价个体患者与细胞株间蛋白表达的差异性。结果共检索得兼有细胞株(均为Caco-2细胞)和患者表达数据的药物靶点蛋白176个。患者与细胞株表达一致的蛋白比率为57.4%,与患者年龄、性别、肿瘤部位等均无相关性。两者间表达一致性较高或较低的蛋白数分别为69和82,其中47和36个蛋白表达完全一致或完全不一致。不一致蛋白在恶性肿瘤相关通路、免疫相关通路、胞外基质受体相互作用、细胞骨架与形态相关通路的富集更为显著。结论药物靶点蛋白在Caco-2细胞株与患者结肠癌组织间的表达存在一定的差异性,提示考察细胞株与患者间靶蛋白表达的一致性具有重要意义。展开更多
The detector description database,the event data structure,the condition database are all examples(among others)of complex collections of objects which need to be unambiguously identified,not only internally to their ...The detector description database,the event data structure,the condition database are all examples(among others)of complex collections of objects which need to be unambiguously identified,not only internally to their own management structure.but also from one collection to the other.The requirements for such an identification scheme include the management of identifiers individually attached to each collected object,the possibility to formally spectify these identifiers (eg through dictionaries),to generate optimised and compact representations for these identifiers and to be able to use them as sorting and searching keys.we present here the generic toolkit developed in the context of the Atlas experiment to primarily provide the identification of the readout elements of the detector.This toolkit offers several either generic or specialized component such as:an XML based dictionary with which the formal specification of a particular object collection is expressed,a set of various binary representations for identifier objects(offering various level of compaction),range operators meant to manipulate ranges of identifiers,and finally a collection manager similar to the STL map but optimised for an organization keyed by Identifiers.All these components easily interoperate.In Particular the Identifier didctionary offers means of specifying permitted cardinalities of objects at each level of the hierarchy,This can then be translated into Identifier Ranges or can be used as the strategy driver for high compactification of the identifiers(e.g.to store very large number of identified objects).Current use of this toolkit within the detector description will be presented,and expected or possible other usages will be discussed.展开更多
文摘背景与目的 肺癌是全球最常见的恶性肿瘤,大多数患者初次诊断时已发生转移,因此寻找肺癌新的诊断标志物并探索其在肺癌发生中的作用具有重要价值。基于生物信息数据探讨分析肺癌中GINS1基因与肺癌预后的相关性具有重要意义。方法 检索Oncomine、EGPIA、TCGA、Human protein atlas等基因数据库,分析GINS1基因在肺癌中的表达差异。应用蛋白质免疫印记法检测肺癌及癌旁组织中GINS1蛋白的表达水平,应用Kaplan-Meier进行患者生存分析,并利用String-DB数据库分析GINS1蛋白相互作用网络。结果 对Oncomine、GEPIA和The Human Protein Atlas数据库中肺癌与癌旁组织蛋白表达数据进行差异性分析,发现GINS1蛋白在肺癌组织中显著高表达,特别以肺腺癌、肺鳞癌中表达明显增加;通过生存分析发现高表达GINS1肺腺癌患者生存期明显低于低表达者,高表达患者预后更差;利用String-DB数据库发现与GINS1蛋白关联最为密切的为GINS蛋白家族(GINS2、GINS3、GINS4),其次为CDC45、MCM蛋白家族(MCM2、MCM3、MCM4、MCM5、MCM6、MCM7),富集分析发现互作蛋白主要参与DNA复制和细胞周期。结论GINS1基因在肺癌组织中显著高表达,与患者预后相关,其有可能成为肺癌诊断及药物治疗的新靶点。
文摘目的探讨肝癌中ENAH(Enabled homolog)基因表达及与肿瘤细胞运动的关系。方法通过生物信息学技术,检索Oncomine、TCGA、Human Protein Atlas等肿瘤基因数据库,分析ENAH在肝癌中的差异表达,分析ENAH与肝纤维化的关系,免疫组化观察ENAH在肝癌组织中的表达差异,String-DB数据库分析ENAH蛋白相互作用网络。Targetscan预测ENAH的调控miRNA,并通过Transwell、划痕实验、Western blotting实验分析miR-497-5p及ENAH对肝癌细胞运动的影响。结果Oncomine数据库进行肝癌与正常肝的ENAH差异分析,发现ENAH蛋白在肝癌中呈显著高表达;在Human Protein Atlas数据库进行肝癌组织的免疫组化观察,同样证实肝癌组织中ENAH蛋白呈明显深染;Oncomine数据库进一步分析发现,ENAH的过表达与肝纤维化呈明显相关性,纤维化肝组织中ENAH表达明显升高。String-DB数据库分析与ENAH共表达的蛋白,其中VASP、ABL1、ROBO1、VCL、CTNND1/CTNNA1/CTNNB1、ROCK1、CDC42、CDH1关联最为紧密。在肝癌细胞HepG2中,miR-497-5p能够下调ENAH的表达,并抑制HepG2细胞的EMT、运动。结论ENAH在肝癌中呈现高表达,与肝纤维化相关,且参与调控肝癌细胞的运动,其有可能成为肝癌诊断及治疗的新靶点。
文摘目的:基于生物信息数据挖掘阐明G蛋白偶联受体C家族5A基因(G protein-coupled receptor familyC, m e m b e r5, g r o u pA, G P R C 5 A)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索O n c o m i n e,TCGA,HumanProteinAtlas等基因数据库,分析GPRC5A在胰腺癌中的表达差异,并分析其在不同肿瘤中的表达。采用Western印迹技术在武汉大学人民医院小样本队列中验证GPRC5A在胰腺癌及癌旁组织中的蛋白表达水平,采用Kaplan-Meier进行患者生存分析,并对GPRC5A与靶向药物敏感性关系进行分析。结果:对Oncomine数据库中有差异表达的295项研究数据进行差异性分析,发现胰腺癌组织GPRC5A基因的表达明显高于正常胰腺组织。对GPRC5A在不同肿瘤组织中表达的4184项研究进行荟萃分析,发现GPRC5A在胰腺癌组织中显著表达增高。通过生存分析发现高表达GPRC5A胰腺癌患者生存期明显低于低表达者,高表达患者预后更差。此外,GPRC5A表达与靶向药物厄洛替尼的药物敏感性有一定关联。结论:GPRC5A在胰腺癌组织中呈现高表达,与患者预后显著相关,其有可能成为胰腺癌诊断及药物治疗的新靶点。
文摘目的通过生物信息学技术、分子生物学等研究ENAH基因在肝癌中的表达及对肝癌细胞侵袭、运动的影响。方法检索Oncomine、TCGA、Human Protein Atlas等肿瘤数据库,分析ENAH在肝癌中的表达,免疫组化分析ENAH在肝癌组织中的表达定位及丰度,研究ENAH的调控microRNA,并通过免疫荧光、Western blot法分析miR-497-5p及ENAH对肝癌细胞侵袭、运动的影响。结果Oncomine数据库各肿瘤中ENAH差异分析,且通过Meta分析证实ENAH蛋白在肝癌中呈显著高表达。在Human Protein Atlas免疫组化数据分析肝癌组织中ENAH蛋白呈明显深染,显著高于对照组。通过TCGA数据,生存分析表明高表达的ENAH肝癌患者预后明显差于低表达组。在肝癌细胞HepG2中,miR-497-5p能够下调ENAH的表达,并且抑制HepG2细胞的paxillin磷酸化,抑制paxillin介导的细胞侵袭、极化。结论ENAH蛋白在肝癌中呈现高表达,而且ENAH的调控者miR-497-5p通过下调ENAH来抑制肝癌细胞的细胞骨架结构极化、细胞侵袭及运动。
文摘目的对结肠癌细胞株与患者组织间的药物靶点蛋白表达进行一致性研究,以明确两者的相符性。方法检索Human Protein Atlas数据库中FDA批准的药物靶点蛋白,并对兼有患者结肠癌组织和细胞株数据的蛋白进行表达评分。通过计算蛋白在细胞株与患者间表达的一致率,总体评价两者蛋白表达的相符情况,继而采用生物信息学方法进行蛋白生物学功能和信号通路注释,评价个体患者与细胞株间蛋白表达的差异性。结果共检索得兼有细胞株(均为Caco-2细胞)和患者表达数据的药物靶点蛋白176个。患者与细胞株表达一致的蛋白比率为57.4%,与患者年龄、性别、肿瘤部位等均无相关性。两者间表达一致性较高或较低的蛋白数分别为69和82,其中47和36个蛋白表达完全一致或完全不一致。不一致蛋白在恶性肿瘤相关通路、免疫相关通路、胞外基质受体相互作用、细胞骨架与形态相关通路的富集更为显著。结论药物靶点蛋白在Caco-2细胞株与患者结肠癌组织间的表达存在一定的差异性,提示考察细胞株与患者间靶蛋白表达的一致性具有重要意义。
文摘The detector description database,the event data structure,the condition database are all examples(among others)of complex collections of objects which need to be unambiguously identified,not only internally to their own management structure.but also from one collection to the other.The requirements for such an identification scheme include the management of identifiers individually attached to each collected object,the possibility to formally spectify these identifiers (eg through dictionaries),to generate optimised and compact representations for these identifiers and to be able to use them as sorting and searching keys.we present here the generic toolkit developed in the context of the Atlas experiment to primarily provide the identification of the readout elements of the detector.This toolkit offers several either generic or specialized component such as:an XML based dictionary with which the formal specification of a particular object collection is expressed,a set of various binary representations for identifier objects(offering various level of compaction),range operators meant to manipulate ranges of identifiers,and finally a collection manager similar to the STL map but optimised for an organization keyed by Identifiers.All these components easily interoperate.In Particular the Identifier didctionary offers means of specifying permitted cardinalities of objects at each level of the hierarchy,This can then be translated into Identifier Ranges or can be used as the strategy driver for high compactification of the identifiers(e.g.to store very large number of identified objects).Current use of this toolkit within the detector description will be presented,and expected or possible other usages will be discussed.
