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苹果茎痘病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:10
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作者 秦子禹 孙建设 +1 位作者 王娜 邵建柱 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1400-1408,共9页
为建立一种检测苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ASPV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以体外转录的RNA为标准品构建标准曲线,并对该方法的... 为建立一种检测苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ASPV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以体外转录的RNA为标准品构建标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行检验。建立的标准曲线决定系数达0.996,扩增效率为99%;该方法特异性好,与苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)、苹果锈果类病毒(ASSVd)均无交叉反应;其最低检测限为1.31×102 copies·μL-1,灵敏度比常规RT-PCR高100倍;批内和批间变异系数均小于1.85%。该方法具有特异性强、灵敏度高、重复性好等优点,适用于田间样品中ASPV的快速定量检测。 展开更多
关键词 苹果茎痘病毒 TAQMAN探针 实时荧光定量RT-PCR
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利用RT-PCR检测库尔勒香梨苹果茎痘病毒的研究 被引量:3
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作者 刘连科 牛建新 +1 位作者 王小兵 覃伟铭 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期286-288,共3页
以库尔勒香梨新鲜、冷藏、冷冻叶片和皮层为材料 ,对提取双链RNA (dsRNA)的 2种方法和提取总RNA的 3种方法进行了分析比较 ,并对总RNA的提取方法进行了改进 ,获得了纯度较高、完整性较好的dsRNA和总RNA ,在此基础上进行了反转录 (RT)和... 以库尔勒香梨新鲜、冷藏、冷冻叶片和皮层为材料 ,对提取双链RNA (dsRNA)的 2种方法和提取总RNA的 3种方法进行了分析比较 ,并对总RNA的提取方法进行了改进 ,获得了纯度较高、完整性较好的dsRNA和总RNA ,在此基础上进行了反转录 (RT)和PCR扩增。在国内首次完成了对苹果茎痘病毒 (ASPV)的RT PCR检测 ,建立了ASPV有效RT PCR反应体系。用此体系扩增到ASPV一个长约 316bp的片段。实验表明以dsRNA和总RNA为模板均能成功进行RT PCR检测 ,且dsRNA优于总RNA。 展开更多
关键词 RT—PCR检测 库尔勒香梨 苹果 茎痘病毒 纯度 反转录 PCR扩增
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库尔勒香梨的苹果茎痘病毒cDNA探针检测技术研究 被引量:2
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作者 牛建新 朱军 +3 位作者 马兵钢 覃伟铭 王小兵 吴忠华 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期99-105,共7页
以库尔勒香梨叶片和皮层为材料 ,对 2种总RNA提取方法进行了比较研究 ,从中行筛选出了适合库尔勒香梨的提取方法 ;并利用RT PCR反应体系成功合成了生物素标记的cDNA探针 ,在此基础上 ,对影响杂交灵敏度的主要因素进行了试验研究 ,结果表... 以库尔勒香梨叶片和皮层为材料 ,对 2种总RNA提取方法进行了比较研究 ,从中行筛选出了适合库尔勒香梨的提取方法 ;并利用RT PCR反应体系成功合成了生物素标记的cDNA探针 ,在此基础上 ,对影响杂交灵敏度的主要因素进行了试验研究 ,结果表明 ,当探针浓度为 4 0 0ng·ml-1,甲酰胺浓度为 4 5 % ,4 2℃杂交反应 6h ,可获得最高灵敏度。进口硝酸纤维素膜的灵敏度最好 ,基本无背景。Tween2 0的封闭效果比牛血清白蛋白好。对不同组织和不同提取方法提取的总RNA进行了杂交检测 ,结果表明 ,不论幼叶、老叶、皮层及冷冻叶片均可出现杂交信号 。 展开更多
关键词 库尔勒香梨 苹果茎痘病毒 CDNA探针 检测技术
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苹果茎痘病毒外壳蛋白的原核表达及抗血清制备 被引量:5
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作者 李丽丽 张志宏 +3 位作者 董雅凤 张尊平 范旭东 裴光前 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期319-324,共6页
利用基因重组技术将苹果茎痘病毒Applestempittingvirus(ASPV)完整cp基因在大肠杆菌中表达,以纯化蛋白为抗原免疫新西兰兔制备其抗血清,并采用ACP-ELISA法测定其效价和应用PAS-ELISA法对其抗血清的有效性进行初步鉴定。结果显示,cp基因... 利用基因重组技术将苹果茎痘病毒Applestempittingvirus(ASPV)完整cp基因在大肠杆菌中表达,以纯化蛋白为抗原免疫新西兰兔制备其抗血清,并采用ACP-ELISA法测定其效价和应用PAS-ELISA法对其抗血清的有效性进行初步鉴定。结果显示,cp基因获得了高效表达,表达产物与Anti-His抗体产生特异性免疫反应。制备的抗血清具有较强的特异性,效价为1:800。PAS-ELISA检测结果显示,9个苹果样品中有8个样品与RT-PCR检测结果一致,仅1个样品RT-PCR检测为阳性,而PAS-ELISA检测为阴性。表明所制备的抗血清具有一定的应用潜力。 展开更多
关键词 苹果茎痘病毒 表达 外壳蛋白 抗血清
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自行设计高效RNA提取方法对果树病毒检测效果的研究 被引量:3
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作者 赵英 牛建新 《生物技术》 CAS CSCD 2008年第3期31-33,共3页
目的:建立适合果树病毒检测的高效RNA提取方法。方法:以梨、苹果幼嫩叶片及韧皮部为材料,利用已有的和自行设计的RNA提取方法,研究了苹果褪绿叶斑病毒和苹果茎痘病毒RT-PCR检测的效果。结果:自行设计的方法能在1h内获得纯度高、含量多... 目的:建立适合果树病毒检测的高效RNA提取方法。方法:以梨、苹果幼嫩叶片及韧皮部为材料,利用已有的和自行设计的RNA提取方法,研究了苹果褪绿叶斑病毒和苹果茎痘病毒RT-PCR检测的效果。结果:自行设计的方法能在1h内获得纯度高、含量多、完整性好的总RNA,并能很好地用于RT-PCR扩增,扩增产物经回收、克隆和测序,证实是检测病毒的特异条带。结论:经反复多次实验证实,该方法适合果树RNA的快速提取,操作简便、快捷,可大大缩短RNA的提取时间,降低提取成本,适合大量样品的提取检测,可广泛用于各种果树病毒的研究。 展开更多
关键词 总RNA 果树病毒检测 RT-PCR 苹果褪绿叶斑病毒 苹果茎痘病毒
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基于抗原表位策略的苹果茎痘病毒抗血清的制备 被引量:3
6
作者 李丽丽 杨洪一 +1 位作者 董雅凤 高源 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期357-363,共7页
苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是一种严重危害果树生产的潜隐性病毒,但缺乏实用的ASPV抗血清。应用不同生物信息学软件对ASPV外壳蛋白不同区域的抗原指数、蛋白二级结构中α螺旋、β片层、β转角、无规则卷曲结构、亲水... 苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是一种严重危害果树生产的潜隐性病毒,但缺乏实用的ASPV抗血清。应用不同生物信息学软件对ASPV外壳蛋白不同区域的抗原指数、蛋白二级结构中α螺旋、β片层、β转角、无规则卷曲结构、亲水性、可塑性(Flexibility)和表面可及性(Surface probability)进行了分析。根据抗原表位主要分布在β转角结构和无规则卷曲区域、亲水性和表面可及性参数较高的特点,综合分析预测ASPV外壳蛋白抗原表位区可能位于N端6-20、100-114、400-414位氨基酸残基附近。通过合成2条多肽(CRGYEEGSRPNQRVLP、CTGGKIGPKPVLSIRK),与载体蛋白偶联后免疫动物,最后得到了2份抗血清(编号为1468和1469)。制备的抗血清可与ASPV外壳蛋白基因原核表达产物产生免疫反应。应用此抗血清检测苹果样品,抗血清1468检测结果与RT-PCR检测结果一致,而抗血清1469仅能检测到部分样品。 展开更多
关键词 苹果茎痘病毒 表位 抗血清制备
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Studies on cDNA Probe Detection Technology for Apple Stem Pitting Virus in Kuala Pear
7
作者 NIU Jian-xin ZHU Jun +3 位作者 QIN Wei-ming MA Bing-gang WANG Xiao-bing WU Zhong-hua 《Agricultural Sciences in China》 CAS CSCD 2007年第1期38-46,共9页
Using Kuala pear leaves and cortexes as materials, the total RNA was extracted using two methods and these two methods were compared. The most suited methods for Kuala pear were screened; and biotin-labeled cDNA probe... Using Kuala pear leaves and cortexes as materials, the total RNA was extracted using two methods and these two methods were compared. The most suited methods for Kuala pear were screened; and biotin-labeled cDNA probe was synthesized using RT-PCR. The main factors that affected the sensitivity of hybridization were studied. Studies indicated that the highest sensitivity was obtained under the following conditions: probe concentration 400 ng mL^-1, formamide concentration 45%, temperature 42℃, hybridization time 6 hours. The best hybridization results were obtained when the nitrocellulose membrane purchased from Gelman was used. Better blocking of hybridization was obtained using Tween 20 compared with albumin in bovine. The detection of the total RNA using different tissues and different extraction methods was compared. This study indicates that the total RNA of fresh leaf, old leaf, cortexes, and frozen leaf showed signs of hybridization using the two extraction methods. 展开更多
关键词 Kuala pear apple stem pitting virus aspv cDNA probe
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苹果茎痘病毒库尔勒香梨分离物外壳蛋白基因的原核表达 被引量:1
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作者 李文慧 赵英 +2 位作者 牛建新 刘娜 叶春秀 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期921-924,共4页
【目的】苹果茎痘病毒为潜隐性病毒,该病毒寄主范围和分布广泛,能侵染多种果树。目前侵染新疆库尔勒香梨,造成了严重的经济损失,研究了解ASPV的功能基因及治病机理,并诱导其表达,制备出高效的血清,将病害的损害度降到最低。【方法】用... 【目的】苹果茎痘病毒为潜隐性病毒,该病毒寄主范围和分布广泛,能侵染多种果树。目前侵染新疆库尔勒香梨,造成了严重的经济损失,研究了解ASPV的功能基因及治病机理,并诱导其表达,制备出高效的血清,将病害的损害度降到最低。【方法】用新疆库尔勒香梨携毒枝条的韧皮部提取苹果茎痘病毒RNA,根据已经公布ASPV(EU095327)核苷酸序列,设计合成1对CP基因的引物,通过RT-PCR扩增出CP基因,将其克隆至表达载体pET-3a中。【结果】经测序表明,目的基因CP已正确地整合至表达质粒中。【结论】重组质粒转化大肠杆菌BL21,在不同时间下诱导均获得了表达,且表达蛋白产物的分子质量大小与预期值一致,并可被特异性抗体所识别。 展开更多
关键词 新疆库尔勒香梨 苹果茎痘病毒 CP基因 克隆 原核表达
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苹果茎痘病毒新疆库尔勒香梨分离物运动蛋白基因的克隆与序列分析 被引量:1
9
作者 赵英 牛建新 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期433-435,共3页
Young leaves and shoot with Apple stem pitting virus(ASPV) detected by RT-PCR(reverse transcription-polymerase chain reaction) from Korla pear were used as materials and total RNA was extracted.Two expected fragme... Young leaves and shoot with Apple stem pitting virus(ASPV) detected by RT-PCR(reverse transcription-polymerase chain reaction) from Korla pear were used as materials and total RNA was extracted.Two expected fragments had been obtained by RT-PCR with two specific pairs of primers based on the sequence of NC003462 published in GenBank.The specific fragments had been recovered and cloned,and the white colonies had been screened out.After enzyme digestion of the plasmids isolated,the positive clone was selected to be sequenced.Compared with NC003462,three ORFs(open reading frame)-ORF2,ORF3 and ORF4 of ASPV with 673 bp,365 bp,276 bp representing homology of 77%,88.52%,86.33% respectively had been obtained. 展开更多
关键词 苹果茎痘病毒 库尔勒香梨 运动蛋白基因 序列分析 分离物 克隆 新疆 核果类果树
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苹果茎痘病毒的生物学鉴定
10
作者 李丽丽 《湖北农业科学》 北大核心 2014年第9期2055-2057,共3页
基于前期研究中获得的14个苹果茎痘病毒(ASPV)分离物,将其分别接种于不同草本、木本指示植物,分析其在不同寄主上的症状变化特点。结果显示,ASPV各分离物只局部侵染草本指示植物西方烟(Nicotiana occidentalis),而均未引起系统侵染;不... 基于前期研究中获得的14个苹果茎痘病毒(ASPV)分离物,将其分别接种于不同草本、木本指示植物,分析其在不同寄主上的症状变化特点。结果显示,ASPV各分离物只局部侵染草本指示植物西方烟(Nicotiana occidentalis),而均未引起系统侵染;不同分离物接种的西方烟各植株症状没有明显差别。在木本指示植物中,所有分离物皆侵染杂种榅桲(Pyronia veitchii)和Spy227,部分分离物不侵染光辉(R65-76 Radiant),仅少数病毒分离物在梨品种考密斯(Doyenne du Comice)上显示症状。总体来看,杂种榅桲最适合做ASPV的指示植物,其次为Spy227,最后是光辉。不同分离物在不同指示植物上的症状较复杂,并未呈现明显规律性,因而单纯以生物学症状特点难以进行系统的ASPV株系分化分析。 展开更多
关键词 苹果茎痘病毒(aspv) 检测 指示植物
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苹果茎痘病毒基因变异及重组分析
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作者 李丽丽 杨洪一 来永才 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2014年第5期102-105,共4页
苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)是一种严重危害果树生产的潜隐性病毒,为了解ASPV的变异特点,基于已报道的ASPV外壳蛋白(coat protein,CP)基因核苷酸序列信息,结合RNA二级结构分析,对ASPV的变异进行分析。结果显示,不同分... 苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)是一种严重危害果树生产的潜隐性病毒,为了解ASPV的变异特点,基于已报道的ASPV外壳蛋白(coat protein,CP)基因核苷酸序列信息,结合RNA二级结构分析,对ASPV的变异进行分析。结果显示,不同分离物CP基因前半部分区域存在3个大段的空位区。中国分离物PR1在CP基因末端有12个核苷酸的序列插入,RNA二级结构预测显示,插入点附近能形成一个稳定的茎环结构,序列插入并未引起RNA二级结构的明显变化。重组分析显示,波兰分离物ST181为中国分离物WS和波兰分离物N1的重组体,系统进化分析支持该重组事件的发生。ASPV核苷酸序列变异复杂,并能够发生重组,因而有必要收集更多抗性资源,加强抗病育种。 展开更多
关键词 苹果茎痘病毒 变异 重组 RNA二级结构
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