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基于RNA结合蛋白转录组数据构建食管鳞癌预后预测模型
1
作者 胡力文 郭梓鑫 +4 位作者 宋丛宽 汪育锦 王青雯 李炫飞 胡卫东 《中华实验外科杂志》 CAS 北大核心 2022年第11期2211-2214,共4页
目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库的RNA结合蛋白转录组数据构建食管鳞癌预后预测模型。方法从TCGA数据库下载80例食管鳞癌组织及11例正常组织的转录组数据及临床资料。应用倍数差异法筛选队列中差异表达基因,分析其KEGG通路、GO... 目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库的RNA结合蛋白转录组数据构建食管鳞癌预后预测模型。方法从TCGA数据库下载80例食管鳞癌组织及11例正常组织的转录组数据及临床资料。应用倍数差异法筛选队列中差异表达基因,分析其KEGG通路、GO生物功能。使用survival程序包对食管癌数据RBPs进行单变量Cox分析,进一步筛选出重要的候选基因。利用LASSO-Cox回归分析,筛选出食管癌预后相关标志物,与食管癌预后相关的临床特征相结合,构建多变量Cox回归模型。利用Kaplan-Meier分析、ROC分析验证所构建的模型的预测性能。采用实时荧光定量PCR技术检测10例食管癌组织和10例癌旁组织中特征基因的表达,两组间比较采用t检验。结果在食管鳞癌组织和正常食管组织中进行差异基因分析筛选得到差异表达的38个RBPs,其中16个在肿瘤组织中上调、22个下调。经Cox回归分析后,3个RBPs(TRIT1、PIWIL4、ANG)被纳入模型的构建。根据中位风险评分生存分析,将患者分为低危组和高危组,结果表明,无论是在TCGA训练集还是测试集,高危亚组患者总体生存时间低于低危亚组患者,其结果具有统计学意义(P<0.05)。训练集中模型预测3年生存率的ROC曲线下面积为0.749,在测试集则为0.738,提示模型准确率较高。在独立预后分析中,单因素Cox、多变量Cox结果表明,风险评分与患者的OS相关(P<0.05),说明该预后模型可以作为独立的预后因子预测食管鳞癌患者的生存。最后通过qRT-PCR验证食管鳞癌患者的癌组织和癌旁组织中特征基因的表达,结果显示,食管鳞癌患者肿瘤组织ANG、TRIT1基因表达显著高于癌旁组织(13.661±10.354比2.500±2.333、24.551±22.518比1.752±2.057),差异有统计学意义(t=2.782、2.470,P<0.05),PIWIL4基因表达显著低于癌旁组织(0.229±0.341比1.511±1.180),差异有统计学意义(t=-2.763,P<0.05)。结论本研究构建的基于3个RBPs的� 展开更多
关键词 食管癌 RNA结合蛋白 预后风险评分模型 美国癌症基因组图谱
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基于生物信息学分析FBXO45蛋白在胰腺导管腺癌中的表达及其临床意义
2
作者 侯丽艳 贾如江 +1 位作者 尹清臣 王景梅 《消化肿瘤杂志（电子版）》 2020年第3期197-202,共6页
目的探讨FBXO45蛋白变异对胰腺导管腺癌预后的影响,FBXO45蛋白参与胰腺导管腺癌发生发展的可能作用机制。方法GEPIA数据库在线分析FBXO45 mRNA在不同肿瘤中的表达,UALCAN在线分析FBXO45 mRNA在胰腺导管腺癌中与正常胰腺组织中的表达差异... 目的探讨FBXO45蛋白变异对胰腺导管腺癌预后的影响,FBXO45蛋白参与胰腺导管腺癌发生发展的可能作用机制。方法GEPIA数据库在线分析FBXO45 mRNA在不同肿瘤中的表达,UALCAN在线分析FBXO45 mRNA在胰腺导管腺癌中与正常胰腺组织中的表达差异,进一步GEPIA数据库扩大正常胰腺组织对比标本数目,分析FBXO45 mRNA在胰腺导管腺癌中与正常胰腺组织中的表达差异,分析FBXO45基因表达与胰腺导管腺癌患者无病生存期(Disease-free survival,DFS、总生存期(Overall Survival,OS)的关系。Human Protein Atlas数据库中确定FBXO45蛋白在细胞中的定位表达,并检索FBXO45蛋白在胰腺导管腺癌与正常胰腺组织中的表达差异,分析FBXO45蛋白的表达与胰腺导管腺癌患者生存的关系。在cBioPortal数据库中检索FBXO45基因在胰腺癌中的改变,并分析FBXO45基因变异与胰腺导管腺癌预后的关系。从String数据库中分析FBXO45蛋白在信号转导中关系密切的蛋白网络,探讨可能的作用机制。结果GEPIA数据库在线分析FBXO45 mRNA在24种恶性肿瘤中的表达不同,胰腺导管腺癌组织FBXO45基因的表达明显高于正常胰腺组织(P<0.05),FBXO45 mRNA表达水平与胰腺癌患者的无病生存期(DFS)、总生存期(OS)显著相关(P<0.05)。Human Protein Atlas数据库分析结果显示,FBXO45蛋白主要表达于细胞的细胞质中,FBXO45蛋白在胰腺癌组织中显著表达增高(P<0.05),通过生存分析进一步证明高表达FBXO45蛋白的胰腺导管腺癌患者总生存期较差(P<0.05)。在cBioPortal数据库中分析显4%(7/175)的胰腺导管腺癌患者表现出FBXO45基因改变,FBXO45基因变异的患者总生存预后较差(P<0.05)。String数据库显示在PPI网络中与FBXO45蛋白相互作用的蛋白有MYCBP2、TP73、SKP1、CUL1、SPRYD3、KCTD6、MAP3K12、MPP3、UNC13A、UNC13B等。结论FBXO45蛋白在胰腺癌组织中呈现高表达,与患者预后显著相关。FBXO45基因变异的患者总生存� 展开更多
关键词 胰腺癌 美国癌症基因组图谱数据库 人类蛋白质图谱数据库 cBioPortal数据库
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