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AllType^(TM) Fastplex^(TM) NGS试剂基于Ion Torrent S5平台进行HLA基因分型的评价
1
作者 何亿镇 董丽娜 +3 位作者 王芳 王炜 章伟 朱发明 《中国卫生检验杂志》 CAS 2023年第12期1473-1477,共5页
目的AllType^(TM)Fastplex^(TM)NGS试剂增加了HLA-Ⅱ类基因1号外显子序列分析,本文旨在评价该试剂基于Ion Torrent S5平台进行HLA基因分型的性能情况。方法利用AllType^(TM)Fastplex^(TM)NGS试剂检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1、-DPB... 目的AllType^(TM)Fastplex^(TM)NGS试剂增加了HLA-Ⅱ类基因1号外显子序列分析,本文旨在评价该试剂基于Ion Torrent S5平台进行HLA基因分型的性能情况。方法利用AllType^(TM)Fastplex^(TM)NGS试剂检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1、-DPB1位点,使用TSV 2.0.0软件指定NGS法的HLA基因型。采用聚合酶链反应-序列分析法(PCR-SBT)复核部分标本进行质量控制。结果94份标本NGS法检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1、-DPB1位点,指定为单一组合分型结果为58份,占61.70%。结果分析中软件提示至少有一个等位基因报警的组合有432个,占76.60%。共有5个等位基因组合,报警存在外显子区域碱基错配,经PCR-SBT方法复核发现均为NGS软件错误的判定。随机抽取16份标本,NGS法和PCR-SBT方法检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1、-DPB1基因结果在高分辨水平上完全一致。增加HLA-Ⅱ类基因1号外显子序列,有效解决了DRB1*12:01:01/12:10、DRB1*15:02:01/15:140/15:149、DPB1*13:01/107:01组合的指定。结论AllType^(TM)Fastplex^(TM)NGS试剂增加分析HLA-Ⅱ类基因1号外显子,提升HLA分型指定能力。HLA基因型结果指定中应注意软件分析报警信息的处理,必要时采用其他方法进行验证,以保证分型结果准确性。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 二代测序 Ion Torrent S5 1号外显子 模棱两可组合
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