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人ANKRD49基因及其编码蛋白质的生物信息学分析
被引量:
1
1
作者
孙佳
刘跃华
+6 位作者
秦轲茹
胡金瑞
栗馨洋
徐白雪
庞敏
王维
王海龙
《中国生物制品学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第8期904-909,916,共7页
目的分析人ANKRD49基因及其编码蛋白的结构、理化性质、互作蛋白等信息,为研究其功能提供理论依据。方法利用基因分析网站Ensembl Genome Brower和NCBI分析人ANKRD49基因的开放阅读框、转录本、外显子;采用DNAMAN软件分析人ANKRD49蛋白...
目的分析人ANKRD49基因及其编码蛋白的结构、理化性质、互作蛋白等信息,为研究其功能提供理论依据。方法利用基因分析网站Ensembl Genome Brower和NCBI分析人ANKRD49基因的开放阅读框、转录本、外显子;采用DNAMAN软件分析人ANKRD49蛋白质与人、大鼠、小鼠、河狸、眼镜王蛇和白纹伊蚊氨基酸的同源性,同时分析与其他几种含ANK结构域蛋白质在进化上的亲缘关系;采用ProtP aram tool软件进行ANKRD49蛋白质的理化性质、等电点、相对分子质量预测,DNAMAN软件进行其二级结构及亲(疏)水性分析;采用SignalP4.1软件预测ANKRD49蛋白质的信号肽,TMpred软件预测其跨膜区;采用Motif Scan软件进行ANKRD49蛋白质翻译后修饰分析,Charles KW数据库(http://www.geneinfinity.org)预测其相互作用蛋白质。结果人ANKRD49基因位于第11号染色体,其转录的m RNA有1 908个碱基(bp),含有3个外显子,有7个转录本;该基因编码的蛋白质含239个氨基酸(aa),分子式为C1192H1860N340O386S5,相对分子质量为27 290.2,等电点理论值为5.00,不稳定系数为34.25。ANKRD49蛋白质为可溶性蛋白质,无信号肽,属于非跨膜类蛋白;与人、大鼠、小鼠、河狸、眼镜王蛇和白纹伊蚊同源性高达78.65%;与其他几种ANK家族的蛋白具有较高的亲缘关系;可能与MT3、KLF11、MPL、HBG1、HBG2、ZBED5、ELAVL2和ARHGEF16有相互作用。结论人ANKRD49基因及其编码蛋白在进化上高度保守,是一个可溶性蛋白质,互作蛋白分析推测其可能与MT3、KLF11等蛋白质相互作用,为研究ANKRD49的生物学功能提供了参考。
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关键词
ankrd
49
基因
生物信息学分析
编码蛋白
互作蛋白
原文传递
题名
人ANKRD49基因及其编码蛋白质的生物信息学分析
被引量:
1
1
作者
孙佳
刘跃华
秦轲茹
胡金瑞
栗馨洋
徐白雪
庞敏
王维
王海龙
机构
山西医科大学基础医学院
山西医科大学第一医院呼吸与危重症医学科
出处
《中国生物制品学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第8期904-909,916,共7页
基金
山西省自然科学基金(201901D111352)
山西省回国留学人员科研项目(HGKY2019056)
山西省留学回国人员科技活动择优资助项目(2019-1176)。
文摘
目的分析人ANKRD49基因及其编码蛋白的结构、理化性质、互作蛋白等信息,为研究其功能提供理论依据。方法利用基因分析网站Ensembl Genome Brower和NCBI分析人ANKRD49基因的开放阅读框、转录本、外显子;采用DNAMAN软件分析人ANKRD49蛋白质与人、大鼠、小鼠、河狸、眼镜王蛇和白纹伊蚊氨基酸的同源性,同时分析与其他几种含ANK结构域蛋白质在进化上的亲缘关系;采用ProtP aram tool软件进行ANKRD49蛋白质的理化性质、等电点、相对分子质量预测,DNAMAN软件进行其二级结构及亲(疏)水性分析;采用SignalP4.1软件预测ANKRD49蛋白质的信号肽,TMpred软件预测其跨膜区;采用Motif Scan软件进行ANKRD49蛋白质翻译后修饰分析,Charles KW数据库(http://www.geneinfinity.org)预测其相互作用蛋白质。结果人ANKRD49基因位于第11号染色体,其转录的m RNA有1 908个碱基(bp),含有3个外显子,有7个转录本;该基因编码的蛋白质含239个氨基酸(aa),分子式为C1192H1860N340O386S5,相对分子质量为27 290.2,等电点理论值为5.00,不稳定系数为34.25。ANKRD49蛋白质为可溶性蛋白质,无信号肽,属于非跨膜类蛋白;与人、大鼠、小鼠、河狸、眼镜王蛇和白纹伊蚊同源性高达78.65%;与其他几种ANK家族的蛋白具有较高的亲缘关系;可能与MT3、KLF11、MPL、HBG1、HBG2、ZBED5、ELAVL2和ARHGEF16有相互作用。结论人ANKRD49基因及其编码蛋白在进化上高度保守,是一个可溶性蛋白质,互作蛋白分析推测其可能与MT3、KLF11等蛋白质相互作用,为研究ANKRD49的生物学功能提供了参考。
关键词
ankrd
49
基因
生物信息学分析
编码蛋白
互作蛋白
Keywords
ankrd
49
gene
Bioinformatics analysis
Encoded protein
Interacting protein
分类号
R394.2 [医药卫生—医学遗传学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
人ANKRD49基因及其编码蛋白质的生物信息学分析
孙佳
刘跃华
秦轲茹
胡金瑞
栗馨洋
徐白雪
庞敏
王维
王海龙
《中国生物制品学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
原文传递
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参考文献
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