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葡萄AMT基因家族生物信息学分析 被引量:10
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作者 丛郁 杨顺瑛 +2 位作者 宋志忠 郝东利 苏彦华 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2011年第25期193-199,共7页
运用隐马尔柯夫模型,对葡萄的蛋白质数据库进行搜索,共找到12个AMT蛋白同源序列。利用生物信息学方法对葡萄12个AMT基因进行染色体定位,进而预测它们的氨基酸组成成分、理化性质以及二级结构,并分析葡萄与拟南芥、水稻和杨树AMT基因家... 运用隐马尔柯夫模型,对葡萄的蛋白质数据库进行搜索,共找到12个AMT蛋白同源序列。利用生物信息学方法对葡萄12个AMT基因进行染色体定位,进而预测它们的氨基酸组成成分、理化性质以及二级结构,并分析葡萄与拟南芥、水稻和杨树AMT基因家族之间的联系。基因组定位结果发现12个AMT基因分布在6条染色体上,较拟南芥AMT基因在染色体上的分布更为集中。12个葡萄AMT蛋白序列可分成2个亚族,AMT1亚族有3个成员,其余为AMT2亚族成员。研究中发现不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;二级结构预测结果显示,12个AMT氨基酸序列以α-螺旋和无规则卷曲为主要组成部分。基因结构分析表明,仅有2个葡萄AMT基因家族成员不含内含子,其余10个AMT基因含有1~4个内含子。对葡萄AMT蛋白的亚细胞定位分析表明:12个VvAMT均定位于膜结构上。对获得的12个葡萄AMT基因进行EST分析,只有5个有对应的EST序列,而仅有2个有相应的电子表达谱。 展开更多
关键词 葡萄 amt 基因家族 生物信息学分析
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杜梨铵转运蛋白基因的克隆表达及在梨属植物中的SNP分析 被引量:6
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作者 丛郁 杨顺瑛 +2 位作者 宋志忠 郝东利 苏彦华 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1942-1950,共9页
利用EST并结合RACE方法从杜梨幼苗克隆获得1个AMT基因(PbAMT1;2).分析显示,PbAMT1;2cDNA全长1 811 bp,开放阅读框为1 515 bp,其对应基因组DNA序列不含内含子.PbAMT1;2编码的蛋白由504个氨基酸组成,具有11个跨膜域,1个N-糖基化位点、3个... 利用EST并结合RACE方法从杜梨幼苗克隆获得1个AMT基因(PbAMT1;2).分析显示,PbAMT1;2cDNA全长1 811 bp,开放阅读框为1 515 bp,其对应基因组DNA序列不含内含子.PbAMT1;2编码的蛋白由504个氨基酸组成,具有11个跨膜域,1个N-糖基化位点、3个酪蛋白激酶磷酸化位点和8个蛋白激酶C磷酸化位点.同源性分析发现,PbAMT1;2与其他植物的AMT具有较高的一致性,其中与百脉根LjAMT1;2的一致性为80.23%,与拟南芥AtAMT1;2的一致性为78.68%,与番茄LeAMT1;2的一致性为77.80%.系统进化树分析表明,PbAMT1;2属于AMT1亚家族.半定量RT-PCR结果显示,PbAMT1;2主要在根部表达,而在茎和叶中几乎没有表达.以杜梨、豆梨、砂梨、白梨、秋子梨和西洋梨等6种梨属植物的DNA为模板,高保真Taq酶PCR扩增AMT1;2基因ORF区DNA序列,发现6种梨属植物的AMT1;2 ORF区DNA序列长度均为1 515 bp,相似性高达99.48%,但在44个核苷酸位点中存在SNPs,导致18个氨基酸位点发生变异,多态性频率为1SNP/34.43 bp,核苷酸变异度为2.9%,氨基酸变异度为3.57%. 展开更多
关键词 杜梨 amt1 2基因 克隆 梨属植物 单核苷酸多态性
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白桦BpAMT基因家族鉴定及表达模式分析
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作者 杨海昕 刘晓莹 +1 位作者 詹亚光 范桂枝 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2023年第2期133-143,共11页
[目的]鉴定白桦AMT基因家族成员,分析AMT基因的表达模式。[方法 ]本研究利用生物信息学方法鉴定了该家族成员并通过实时荧光定量技术分析其基因表达模式。[结果 ]从白桦基因组中鉴定了9个AMT家族成员,并将其分为AMT1和AMT2两个亚家族,... [目的]鉴定白桦AMT基因家族成员,分析AMT基因的表达模式。[方法 ]本研究利用生物信息学方法鉴定了该家族成员并通过实时荧光定量技术分析其基因表达模式。[结果 ]从白桦基因组中鉴定了9个AMT家族成员,并将其分为AMT1和AMT2两个亚家族,分别命名为BpAMT1.1~1.4和BpAMT2.1~2.5;BpAMTs氨基酸残基数为384~522个,等电点为4.61~8.16,均定位于质膜与细胞器膜上;BpAMT基因不均匀的分布在5条染色体上,且成员间存在串联重复现象。BpAMT基因的表达具有组织部位特异性,呈现叶>根>茎趋势;同时发现,硝酸钾、氯化铵、茉莉酸甲酯、赤霉素、脱落酸、氯化镉、干旱、4℃和日变化等均可以影响BpAMT基因表达,且不同处理下家族成员的响应程度存在差异。[结论 ]从白桦中鉴定9个BpAMT基因,聚类为两个亚家族,在调节氮素吸收转运、响应激素信号及非生物胁迫中发挥不同的作用,该研究结果为深入解析BpAMT基因在白桦生长发育和抵抗逆境中的功能奠定基础。 展开更多
关键词 白桦 amt 基因家族 基因表达模式
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缺氮与恢复供氮后水稻铵转运蛋白基因的表达特征分析
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作者 胡太蛟 张珊珊 +1 位作者 林艳 宋亚娜 《福建农业科技》 CAS 2023年第4期12-21,共10页
为了解水稻吸收和利用铵态氮的分子机制,利用实时荧光定量PCR检测了水稻全部预测的12条铵转运蛋白基因在缺氮及恢复供氮处理后的表达情况。结果表明:全部铵转运蛋白基因在水稻根、茎和叶中都有表达,AMT1.1在叶中表达水平最高,其表达受... 为了解水稻吸收和利用铵态氮的分子机制,利用实时荧光定量PCR检测了水稻全部预测的12条铵转运蛋白基因在缺氮及恢复供氮处理后的表达情况。结果表明:全部铵转运蛋白基因在水稻根、茎和叶中都有表达,AMT1.1在叶中表达水平最高,其表达受到氮缺乏和氮源类型的影响。缺氮处理后,水稻根部的表达全部大幅下调,茎中多数下调,少数上调或波动,叶中大部分先上调再回落;恢复供氮后,水稻根部多数大幅上调,茎和叶中则有所分化,部分上调或先上调再回落。这一现象与水稻氮代谢途径的整体铵转运途径有关,铵的吸收是由根到茎再到叶转运,铵代谢消耗则反向转运。 展开更多
关键词 表达 实时荧光定量PCR 水稻 amt基因
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AMT基因突变致非酮性高甘氨酸血症家系的临床表型及遗传学分析一例 被引量:1
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作者 王静 马云霞 +3 位作者 辛玥 程俊丽 郑荣秀 魏莹 《中华神经科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1299-1302,共4页
非酮性高甘氨酸血症(NKH)是一种罕见的先天性遗传代谢性疾病,临床上存在诊断率低的情况。文中报道1例AMT基因突变所致NKH病例,该患儿以疑似新生儿败血症起病,之后病情迅速恶化,出现呼吸暂停、呃逆、昏迷、惊厥等。查血糖、酮体、血气分... 非酮性高甘氨酸血症(NKH)是一种罕见的先天性遗传代谢性疾病,临床上存在诊断率低的情况。文中报道1例AMT基因突变所致NKH病例,该患儿以疑似新生儿败血症起病,之后病情迅速恶化,出现呼吸暂停、呃逆、昏迷、惊厥等。查血糖、酮体、血气分析电解质、血氨等均大致正常。血、尿筛查结果提示甘氨酸水平稍高,脑脊液与血清甘氨酸浓度比增高。脑电图提示暴发抑制。高通量全外显子组测序结果检出存在AMT基因的母源外显子3 c.664C>T(p.Arg222Cys)致病变异,父源外显子3 c.793C>T(p.Arg265Cys)疑似致病变异,为常染色体隐性遗传复合杂合致病。现将该患儿的临床诊疗经过、基因突变特点进行总结。 展开更多
关键词 高甘氨酸血症 非酮性 amt基因 基因突变 婴儿
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茶树CsAMT1s亚家族基因的克隆与表达 被引量:2
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作者 张文婧 林琳 +1 位作者 陈明杰 孙威江 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期57-66,共10页
铵转运蛋白AMT具有介导植物NH_(4)^(+)跨膜转运的功能,由于茶树会优先吸收铵态氮营养,因此AMT在其体内的调节功能是后续氨基酸等物质合成的有力保障.基于茶树基因组数据确定了5个茶树CsAMT1s亚家族成员,并从福鼎大白茶中成功克隆,参考... 铵转运蛋白AMT具有介导植物NH_(4)^(+)跨膜转运的功能,由于茶树会优先吸收铵态氮营养,因此AMT在其体内的调节功能是后续氨基酸等物质合成的有力保障.基于茶树基因组数据确定了5个茶树CsAMT1s亚家族成员,并从福鼎大白茶中成功克隆,参考拟南芥AtAMT1s的命名规律,将它们分别命名为CsAMT1.1-1.5.生物信息学分析显示,CsAMT1s蛋白具有7-11个跨膜区域,均含有具有铵转运特性的Ammonium;ransp结构域,且上游序列中含有大量与环境因子、生长发育相关的顺式作用元件.CsAMT1s在茶树各组织间的表达模式分析结果表明,CsAMT1.1与CsAMT1.4在花蕾与新梢部位中具有较高的表达量,其功能与营养器官与生殖器官发育过程中的NH_(4)^(+)供应有关,而CsAMT1.3与CsAMT1.5在各组织部位间的表达量相对平均,因此推测它们可能在NH_(4)^(+)从地下至地上部的运输过程中发挥着主要作用.进一步研究发现,在氮高效茶树品种福鼎大白茶的嫩茎与花蕾中,CsAMT1.4与CsAMT1.1的表达量明显高于龙井43,CsAMT1.1与CsAMT1.5在这两个品种根系中的表达量也具有差异,推测CsAMT1s在不同茶树品种间的转录水平不同,在一定程度上反映出它们对氮素吸收利用效率的差异. 展开更多
关键词 茶树 amt1蛋白 基因家族 序列分析 表达差异 氮素吸收利用
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As3MT、N6AMT1基因-环境交互作用对砷暴露所致皮肤损伤影响 被引量:3
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作者 魏亚萍 侯祥庆 +4 位作者 蓝园 左菁菁 李举双 王涛 毛广运 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期188-192,共5页
目的探讨砷甲基转移酶(As3MT)和N-6-腺嘌呤特异性DNA甲基转移酶1(N6AMT1)基因多态性及基因-环境交互作用与砷暴露所致皮肤损伤(AISL)的关联性。方法于2010年9月到2011年12月在内蒙古五原县入选饮水型砷暴露人群335人,65例被确诊患有AIS... 目的探讨砷甲基转移酶(As3MT)和N-6-腺嘌呤特异性DNA甲基转移酶1(N6AMT1)基因多态性及基因-环境交互作用与砷暴露所致皮肤损伤(AISL)的关联性。方法于2010年9月到2011年12月在内蒙古五原县入选饮水型砷暴露人群335人,65例被确诊患有AISL。应用MassARRAY^(?)分子量阵列平台检测基因型,高效液相色谱-电感耦合等离子体质谱联用法测定尿砷代谢物,砷暴露时间由其高砷水饮用时间确定,多因子降维法与岭回归模型分析基因型、环境因素的单独效应及基因-环境的交互作用。结果 As3MT基因rs3740400位点CA/AA基因型、N6AMT1基因rs 1006903位点GC/CC基因型和尿二甲基胂酸(DMA)升高为AISL的独立危险因素(P<0.05)。rs3740400位点基因型-尿无机砷(iAs)-单甲基胂酸(MMA)的交互作用与AISL发生风险间存在显著的统计学关联(OR=0.62, 95%CI=0.41~0.94,P=0.024),模型的验证样本准确率为0.577 6,交叉验证一致性为9/10。结论 As3MT、N6AMT1基因多态性及尿砷化合物水平均与AISL独立相关,rs3740400位点基因型、尿iAs和MMA的交互作用在慢性砷中毒的发生发展中具有重要作用。 展开更多
关键词 砷甲基转移酶(As3MT) N-6-腺嘌呤特异性DNA甲基转移酶1(N6amt1) 基因-环境交互作用 多因子降维
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Amplification and function analysis of N6-adenine-specific DNA methyltransferase gene in Nilaparvata lugens 被引量:1
8
作者 ZHANG Jiao XING Yan-ru +5 位作者 HOU Bo-feng YUAN Zhu-ting LI Yao JIE Wen-cai SUN Yang LI Fei 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2016年第3期591-599,共9页
Methylation of the N6 position of adenine, termed N6-methyladenine, protects DNA from restriction endonucleases via the host-specific restriction-modification system. N6-methyladenine was discovered and has been well ... Methylation of the N6 position of adenine, termed N6-methyladenine, protects DNA from restriction endonucleases via the host-specific restriction-modification system. N6-methyladenine was discovered and has been well studied in bacteria. N6-adenine-specific DNA methyltransferase(N6AMT) is the main enzyme catalyzing the methylation of the adenine base and knowledge of this enzyme was mainly derived from work in prokaryotic models. However, large-scale gene discovery at the genome level in many model organisms indicated that the N6AMT gene also exists in eukaryotes, such as humans, mice, fruit flies and plants. Here, we cloned a N6AMT gene from Nilaparvata lugens(Nlu-N6AMT) and amplified its fulllength transcript. Then, we carried out a systematic investigation of N6AMT in 33 publically available insect genomes, indicating that all studied insects had N6AMT. Genomic structure analysis showed that insect N6AMT has short introns compared with the mammalian homologs. Domain and phylogenetic analysis indicated that insect N6AMT had a conserved N6-adenine Mlase domain that is specific to catalyze the adenine methylation. Nlu-N6AMT was highly expressed in the adult female. We knocked down Nlu-N6AMT by feeding ds RNA from the second instar nymph to adult female, inducing retard development of adult female. In all, we provide the first genome-wide analysis of N6AMT in insects and presented the experimental evidence that N6AMT might have important functions in reproductive development and ovary maturation. 展开更多
关键词 N6-adenine-specific DNA methyltransferase(N6amt Nilaparvata lugens expression RNA interference gene structure
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混合砷暴露对Nrf2抑制细胞Keap1和N6AMT1表达的影响
9
作者 涂开荣 赵雨欣 +3 位作者 蒙好孝 马瑶 白雪 吴军 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1177-1180,共4页
目的探究混合砷染毒对核转录因子红细胞系-2p45(NF-E2)因子-2(nuclear erythroid 2-related factor,Nrf2)抑制的人永生化角质形成细胞(human immortalized keratinocytes,Ha Ca T细胞) Kelch样环氧氯丙烷相关蛋白1(Kelch-like ECH-assoc... 目的探究混合砷染毒对核转录因子红细胞系-2p45(NF-E2)因子-2(nuclear erythroid 2-related factor,Nrf2)抑制的人永生化角质形成细胞(human immortalized keratinocytes,Ha Ca T细胞) Kelch样环氧氯丙烷相关蛋白1(Kelch-like ECH-associated protein,Keap1)和N-6-腺嘌呤DNA甲基转移酶(N-6-adenine DNA methyltransferase,N6AMT1)表达的影响。方法细胞培养72 h,分为4组:空白对照组、Keap1抑制对照组、Nrf2抑制对照组和三个Nrf2抑制混合染砷组,混合砷染毒浓度分别为2. 1μmol/L、4. 2μmol/L、21. 0μmol/L;采用实时荧光定量PCR和蛋白质分子印记(western blot)方法测定各组细胞N6AMT1、Keap1的mRNA和蛋白水平。结果与Nrf2抑制对照组比较Keap1和N6AMT1 mRNA表达不全相等(均有P <0. 05)。与Nrf2抑制对照组比较,低、中、高剂量Keap1蛋白表达促进(均有P <0. 05),N6AMT1蛋白表达呈低剂量促进(t=-3. 18,P=0. 034),中、高剂量抑制(均有P <0. 05)。结论 Nrf2抑制状况下,N6AMT1基因可能与Keap1-Nrf2通路调控有关。低剂量砷暴露时,Keap1激活可促进N6AMT1基因表达,促进砷代谢;高剂量砷暴露N6AMT1蛋白表达下调,抑制砷代谢。Keap1-Nrf2通路可能参与N6AMT1表达调控,而影响砷毒性作用。 展开更多
关键词 Nrf2抑制 HaCaT细胞 N6amt1基因 Keap1基因
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小白菜AMT1;2基因克隆、组织表达特性检测及功能验证
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作者 刘建国 郭克婷 +2 位作者 肖艳辉 林浴霞 朱云娜 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期2932-2940,共9页
【目的】克隆小白菜铵转运蛋白基因(BcAMT1;2),检测其组织表达特异性并验证其功能,为深入探究BcAMT1;2基因在小白菜NH_(4)^(+)吸收和转运过程中的作用机制提供理论参考。【方法】以小白菜品种上海青为材料,采用同源克隆方法克隆BcAMT1;... 【目的】克隆小白菜铵转运蛋白基因(BcAMT1;2),检测其组织表达特异性并验证其功能,为深入探究BcAMT1;2基因在小白菜NH_(4)^(+)吸收和转运过程中的作用机制提供理论参考。【方法】以小白菜品种上海青为材料,采用同源克隆方法克隆BcAMT1;2基因,通过对其编码蛋白进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR检测BcAMT1;2基因组织表达模式,并在拟南芥中超表达该基因以验证其功能。【结果】克隆的BcAMT1;2基因cDNA序列全长为1539 bp,编码512个氨基酸残基,蛋白分子量为54.90 kD,理论等电点(pI)为8.03,无信号肽,有9个跨膜结构域,定位于细胞膜上,为稳定的两性蛋白。BcAMT1;2蛋白归属于AMT1亚家族,具有AMT1的特征结构域(DFAGSGVVHMVGGIA-GLWGALIEGPR),与拟南芥AtAMT1;2蛋白的氨基酸序列相似性最高,为91.21%。BcAMT1;2基因在叶片中的表达量显著高于其他组织(P<0.05,下同),根和叶柄次之,而在茎中几乎不表达。在0.25 mmol/L NH_(4)^(+)处理下,超表达BcAMT1;2基因的3个拟南芥株系的生物量(地上部鲜重和地下部鲜重)、主根长度和植株内NH_(4)^(+)-N含量较野生型均显著增加,而在20 mmol/L甲基胺(MeA)下,超表达BcAMT1;2基因的3个株系的株鲜重较野生型显著降低,且表现出植株叶片黄化、根系生长受抑等毒害效应。【结论】BcAMT1;2基因具有明显的组织表达特异性,可调控NH_(4)^(+)及其类似物甲基胺的吸收和转运,表明BcAMT1;2蛋白在小白菜对NH_(4)^(+)的吸收和转运过程中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 小白菜 铵转运蛋白(amt) 基因克隆 生物信息学分析 功能验证
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DNA甲基转移酶N6AMT1基因敲降和过表达及其功能初探
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作者 杨钰 孙振 +2 位作者 薛松磊 胡序明 崔恒宓 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS 北大核心 2019年第5期26-32,共7页
6mA甲基化是DNA甲基化修饰的一种重要方式,受甲基转移酶N6AMT1基因的调控。为研究N6AMT1基因的功能,利用CRISPR/Cas9基因编辑技术构建N6AMT1基因敲降的HEK293细胞系,同时在Hela细胞系中过表达N6AMT1基因,检测N6AMT1基因表达变化对细胞... 6mA甲基化是DNA甲基化修饰的一种重要方式,受甲基转移酶N6AMT1基因的调控。为研究N6AMT1基因的功能,利用CRISPR/Cas9基因编辑技术构建N6AMT1基因敲降的HEK293细胞系,同时在Hela细胞系中过表达N6AMT1基因,检测N6AMT1基因表达变化对细胞增殖和迁移能力的影响。结果表明:正常肾上皮组织细胞系HEK293中N6AMT1基因表达水平显著高于癌细胞;正常肝细胞系LO2中N6AMT1基因表达水平显著高于肝癌细胞系HepG2和SMMC-7721;N6AMT1基因敲降显著增强HEK293细胞的增殖及迁移能力;而Hela细胞过表达N6AMT1基因后,细胞的增殖和迁移均显著受到抑制。这一研究提示N6AMT1基因介导的6mA甲基化可能对细胞增殖和迁移有重要影响。 展开更多
关键词 DNA 6mA甲基化 N6amt1基因 CRISPR/Cas9 肿瘤
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