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生物信息学分析ADAMTS6在甲状腺癌中的表达差异及其临床意义
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作者 刘渊 刘佳 邓志刚 《湘南学院学报（医学版）》 2024年第2期8-14,共7页
目的 通过生物信息学分析甲状腺癌中ADAMTS6基因的表达及意义。方法 通过UCSC Xena网站下载TCGA数据库中的肿瘤数据,以Toil软件提取数据分析ADAMTS6在多种癌症中的表达水平;THPA数据库分析甲状腺癌组织中ADAMTS6蛋白表达情况;UALCAN数... 目的 通过生物信息学分析甲状腺癌中ADAMTS6基因的表达及意义。方法 通过UCSC Xena网站下载TCGA数据库中的肿瘤数据,以Toil软件提取数据分析ADAMTS6在多种癌症中的表达水平;THPA数据库分析甲状腺癌组织中ADAMTS6蛋白表达情况;UALCAN数据库分析ADAMTS6基因表达与甲状腺癌患者临床病理参数间的关系;Kaplan-Meier数据库分析ADAMTS6表达与甲状腺癌患者预后的关系;LinkedOmics数据库探究甲状腺癌中与ADAMTS6共表达的基因并进行基因集富集分析和通路富集分析。结果 ADAMTS6在多数癌症中高表达;甲状腺癌中ADAMTS6 mRNA及蛋白水平均明显上调,ADAMTS6表达水平与甲状腺癌临床病理参数密切相关;ADAMTS6与多种基因存在共表达关系,GO、KEGG分析显示ADAMTS6的高表达可能与细胞代谢、运动、增殖、NF-κB通路等相关。结论 ADAMTS6在甲状腺癌中表达明显增高并与患者病理分期、预后等相关,可能是甲状腺癌潜在诊断标志物与治疗靶标。 展开更多
关键词 甲状腺癌 adamts6 生物信息学分析 预后
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慢病毒载体沉默ADAMTS6人非小细胞肺癌稳转株的构建 被引量：1
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作者 刘捷 施露露 +2 位作者 刘春燕 帅优 束永前 《现代生物医学进展》 CAS 2019年第8期1401-1405,1415,共6页
目的:通过数据库预测ADAMTS6在非小细胞肺癌(Non-small-cell lung cancer,NSCLC)组织中的表达及其与NSCLC患者临床预后的关系,构建ADAMTS6的shRNA干扰载体并建立ADMATS6的NSCLC稳定敲减细胞株。方法:通过Oncomine数据库分析ADAMTS6在NS... 目的:通过数据库预测ADAMTS6在非小细胞肺癌(Non-small-cell lung cancer,NSCLC)组织中的表达及其与NSCLC患者临床预后的关系,构建ADAMTS6的shRNA干扰载体并建立ADMATS6的NSCLC稳定敲减细胞株。方法:通过Oncomine数据库分析ADAMTS6在NSCLC组织和肺正常组织的表达差异,通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析ADAMTS6的表达水平与临床NSCLC患者预后关系,设计合成ADAMTS6的shRNA干扰序列,shRNA模板退火并与双酶切pGLV3-GFP线性化载体连接,转化挑取阳性菌落后送测序。干扰质粒进行病毒包装并感染人NSCLC细胞株NCI-H358,使用嘌呤霉素进行稳定敲减细胞株筛选。荧光观察慢病毒感染细胞密度,通过qRT-PCR和Western blot检测ADAMTS6的mRNA和蛋白水平的敲减效果。结果:Oncomine数据库分析结果显示NSCLC组织中ADAMTS6 mRNA表达较正常肺组织显著升高(P<0.001);Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示高表达ADAMTS6的NSCLC患者预后较低表达ADAMTS6的NSCLC患者差(P<0.05);pGLV3-GFP载体双酶切线性化后与shRNA退火模板连接成功,测序结果正确。荧光观察显示慢病毒感染细胞密度在95%左右,通过qRT-PCR和Western blot检测ADAMTS6慢病毒干扰质粒已成功敲减ADAMTS6的m RNA和蛋白水平。结论:ADAMTS6的高表达可能与NSCLC患者的不良临床预后密切相关。本研究构建了ADAMTS6的慢病毒感染质粒,并成功建立NCI-H358稳定敲减细胞株,为进一步研究ADAMTS6在NSCLC中的作用及机制奠定了基础。 展开更多
关键词 adamts6 慢病毒载体 肿瘤数据库 小发卡RNA 非小细胞肺癌
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