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系统鉴定与分析新型冠状病毒感染心肌细胞内的A-to-I RNA编辑事件
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作者 赵珊珊 丁素萍 +4 位作者 朱秀志 袁丰华 周江赢 揭亚亮 袁志栋 《生命科学研究》 CAS 2023年第3期196-209,共14页
严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染增加了心肌损伤的风险,其致病分子机制还不是很清楚。本文比较了SARS-CoV-2感染心肌细胞(感染组)与未感染病毒心肌细胞(对照组)中RNA编... 严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染增加了心肌损伤的风险,其致病分子机制还不是很清楚。本文比较了SARS-CoV-2感染心肌细胞(感染组)与未感染病毒心肌细胞(对照组)中RNA编辑的变化,以期从RNA编辑角度了解SARS-CoV-2感染对心肌细胞的影响。首先,从GEO数据库中下载SARS-CoV-2感染的人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞(human induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocyte,hiPSC-CM)的原始测序数据(GSE150392);然后,用SPRINT软件识别RNA编辑位点(RNAediting site,RES),比较感染组和对照组心肌细胞编辑水平的变化;最后,对编辑位点进行分析和注释,并进行相关基因的功能分析。结果显示,总共检测到约92899个碱基替换位点,其中87670个被鉴定为A-to-I RES,这些A-to-I编辑位点发生在Alu区域上的有78978个;A-to-I编辑位点倾向于成簇分布,主要分布在内含子、基因间区等区域;与对照组相比,感染组中编辑水平显著上调的A-to-I RES有102个,显著下调的有94个,这些含有显著差异RES的基因参与的病毒感染相关的GO(Gene Ontology)生物学过程主要富集于病毒过程、病毒生命周期和响应病毒感染的防御等,并且其KEGG(kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能通路也富集在病毒感染等方面,而筛选的含有高质量A-to-I RES、组间编辑水平存在显著差异的11个基因的功能则富集于内吞、细胞因子-细胞因子受体相互作用、蛋白酶体、烟酸和烟酰胺代谢以及铁死亡等方面。本研究结果表明,SARS-CoV-2感染影响了心肌细胞中A-to-I的RNA编辑,这类RNA编辑事件的发生体现了宿主心肌细胞对病毒感染的一种响应机制。 展开更多
关键词 严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2) 心肌细胞 RNA编辑 A-to-i编辑
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Structure of precursor micro RNA's terminal loop regulates human Dicer's dicing activity by switching DExH/D domain 被引量:1
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作者 Zhongmin Liu Jia Wang +1 位作者 Gang Li Hong-Wei Wang 《Protein & Cell》 SCIE CAS CSCD 2015年第3期185-193,共9页
Almost all pre-miRNAs in eukaryotic cytoplasm are recognized and processed into double-stranded microRNAs by the endonuclease Dicer protein comprising of multiple domains. As a key player in the small RNA induced gene... Almost all pre-miRNAs in eukaryotic cytoplasm are recognized and processed into double-stranded microRNAs by the endonuclease Dicer protein comprising of multiple domains. As a key player in the small RNA induced gene silencing pathway, the major domains of Dicer are conserved among different species with the exception of the N-terminal components. Human Dicer's N-terminal domain has been shown to play an autoinhibitory function of the protein's dicing activity. Such an auto-inhibition can be released when the human Dicer protein dimerizes with its partner protein, such as TRBP, PACT through the N-terminal DExH/D (ATPase- helicase) domain. The typical feature of a pre-miRNA contains a terminal loop and a stem duplex, which bind to human Dicer's DExH/D (ATPase-helicase) domain and PAZ domain respectively during the dicing reaction. Here, we show that pre-miRNA's terminal loop can regulate human Dicer's enzymatic activity by interacting with the DExH/D (ATPase-helicase) domain. We found that various editing products of pre-miR-151 by the ADAR1P110 protein, an A-to-I editing enzyme that modifies pre-miRNAs sequence, have different terminal loop structures and different activity regulatory effects on human Dicer. Single particle electron microscopy reconstruction revealed that pre-miRNAs with different terminal loop structures induce human Dicer's DExH/D (ATPase-helicase) domain into different conformational states, in correlation with their activity regulatory effects. 展开更多
关键词 human Dicer DExH/D (ATPase-helicase)domain pre-miRNA-151 A-to-i editing single particle electron microscopy
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一种新的基于A-I RNA编辑预测乳腺癌预后模型的建立和验证
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作者 李健 刘阳 +1 位作者 闫霞 王颜 《中国现代普通外科进展》 CAS 2024年第5期359-363,共5页
目的:开发一种基于腺苷到肌苷的脱氨基(A-to-I RNA编辑,ATIRE)的预后模型用于改善乳腺癌的个体化治疗。方法:首先使用单变量Cox回归分析来获得训练集中与总生存(OS)相关的ATIRE位点,然后进行最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归算法来确... 目的:开发一种基于腺苷到肌苷的脱氨基(A-to-I RNA编辑,ATIRE)的预后模型用于改善乳腺癌的个体化治疗。方法:首先使用单变量Cox回归分析来获得训练集中与总生存(OS)相关的ATIRE位点,然后进行最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归算法来确定最佳预后ATIRE位点,进行多因素Cox比例风险回归分析建立风险模型,纳入ATIRE风险评分和临床病理学特征变量构建预后列线图,绘制校准曲线并计算一致性指数以评价模型的预测概率与实际的一致性,通过决策曲线分析(DCA)评价该模型的临床收益价值。结果:确定18个预后位点用来构建预后模型,并生成ATIRE风险评分。高风险评分患者的中位生存时间显著缩短,列线图在预测乳腺癌的OS概率方面表现良好。校准曲线表现出优异的一致性,决策曲线显示其具有更高的净收益。结论:分析ATIRE事件在预测乳腺癌生存中的作用,基于AITRE的预后模型可以帮助临床医师更好进行临床决策。 展开更多
关键词 乳腺癌 A-to-i RNA编辑 总生存 列线图
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基于A-to-I RNA编辑的列线图预测肺腺癌患者的总生存期
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作者 朱鑫杰 包德荣 徐玉芬 《浙江临床医学》 2024年第1期4-8,共5页
目的应用ATIRE建立预后模型预测LUAD患者的总生存期(OS),并根据ATIRE风险评分和临床病理特征构建预测LUAD患者OS的列线图。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载LUAD患者的RNA编辑数据、转录组数据及相应的临床资料,探讨与生存相关的... 目的应用ATIRE建立预后模型预测LUAD患者的总生存期(OS),并根据ATIRE风险评分和临床病理特征构建预测LUAD患者OS的列线图。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载LUAD患者的RNA编辑数据、转录组数据及相应的临床资料,探讨与生存相关的ATIRE。患者随机分为建模组(n=287)与验证组(n=192),通过单因素COX风险回归、套索算法(Lasso)回归以及多元逐步COX风险回归分析,识别与生存相关的ATIRE位点并建立ATIRE风险评分。构建列线图预测LUAD患者的OS。分析RNA编辑与基因表达的相关性以及ATIRE对转录组表达的影响。结果确定了4个位点作为最优预后位点,ADAM19|chr5:156904952、CWF19L1|chr10:101992267、FOXK1|chr7:4809281、CPT1A|chr11:68523468。建立风险评分,高风险组的OS在建模组、验证组和所有患者组均明显降低。列线图在预测LUAD的OS方面表现良好。结论基于AITRE模型可作为预测LUAD生存率的新工具。 展开更多
关键词 肺腺癌 癌症基因组图谱 A-to-i RNA编辑 总生存期 列线图
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基于A-to-I RNA编辑的列线图预测胃腺癌患者的总生存期
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作者 包德荣 朱鑫杰 +5 位作者 毛梦晖 陈文波 赵思哲 王琳 徐笑飞 宋斌斌 《浙江临床医学》 2023年第11期1584-1588,共5页
目的应用癌症基因组图谱(TCGA)建立预测模型预测STAD患者总生存期(OS),并根据ATIRE风险评分和临床病理特征构建预测STAD OS的列线图。方法从TCGA数据库中下载STAD患者的RNA编辑数据、转录组数据及相应的临床资料,分析与生存相关的ATIRE... 目的应用癌症基因组图谱(TCGA)建立预测模型预测STAD患者总生存期(OS),并根据ATIRE风险评分和临床病理特征构建预测STAD OS的列线图。方法从TCGA数据库中下载STAD患者的RNA编辑数据、转录组数据及相应的临床资料,分析与生存相关的ATIRE。患者被随机分为训练集(n=170)和验证集(n=122),通过单因素Cox风险回归、套索算法(Lasso)回归以及多元逐步Cox风险回归分析降维,识别与生存相关的ATIRE位点并生成ATIRE风险评分。然后构建列线图预测STAD患者的总生存期(OS)。分析RNA编辑与基因表达的相关性以及ATIRE对转录组表达的影响。结果确定了5个ATIRE位点(ZNF91|chr19:23542060、RNF149|chr2:101891615、KRIT1|chr7:91829808、ARSD|chrX:2824214、OSGEPL1|chr2:190612029)生成风险评分,高风险组OS在训练集、验证集和所有患者组均明显降低。列线图在预测STAD的OS率方面表现良好。此外,ATIRE位点与基因表达存在相关性,并影响了几个癌症相关的通路。结论基于AITRE模型可作为预测STAD生存率的新工具。 展开更多
关键词 胃腺癌 癌症基因组图谱 A-to-i RNA编辑 总生存期 列线图
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DNA修复酶基因NEIL1的A-I RNA编辑水平在白血病和乳腺癌细胞中的下调 被引量:3
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作者 马俊 侯小强 +1 位作者 郑秋生 何涛 《军事医学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期458-462,共5页
目的研究DNA修复酶基因NEIL1编码区发生的A-I RNA编辑是否在正常和癌细胞或组织中存在差异,并分析编辑事件的潜在影响,初步探究NEIL1的编辑事件与癌症的关联。方法通过RT-PCR和PCR分别扩增NEIL1编码区的目的片段,利用基于DNA和RNA扩增... 目的研究DNA修复酶基因NEIL1编码区发生的A-I RNA编辑是否在正常和癌细胞或组织中存在差异,并分析编辑事件的潜在影响,初步探究NEIL1的编辑事件与癌症的关联。方法通过RT-PCR和PCR分别扩增NEIL1编码区的目的片段,利用基于DNA和RNA扩增产物的测序峰图识别A-I RNA编辑并估算其编辑效率,采用T检验分析编辑效率在正常和癌细胞间差异是否具有统计学意义。结果在正常乳腺和乳腺癌细胞系,以及正常人和白血病患者白细胞中均检测到NEIL1上chr15-+-75646086和chr15-+-75646087两邻近位点发生A-I RNA编辑,前者导致NEIL1蛋白第242位的赖氨酸(K)转变为精氨酸(R)。与相应的正常细胞相比,在白血病患者白细胞中chr15-+-75646086位点的编辑水平显著下降,而在乳腺癌细胞系中chr15-+-75646087位点的编辑水平下降。结论 NEIL1编码区发生的A-I RNA编辑事件在白血病患者白细胞和乳腺癌细胞系中明显下降,提示编辑事件可能与癌症的发生发展相关。 展开更多
关键词 NEiL1 A-i RNA编辑 白血病 乳腺癌细胞 DNA修复
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A-to-I RNA editing: A new mechanism of genomic information modification
7
作者 WANG Haifang LUO Xiaoxing 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2003年第12期1183-1187,共5页
A-to-I RNA editing, the important event of gene modification, which takes place at post-transcriptional level, was firstly reported in 1991. The molecular mechanism of A-to-I RNA editing involves site-selective deamin... A-to-I RNA editing, the important event of gene modification, which takes place at post-transcriptional level, was firstly reported in 1991. The molecular mechanism of A-to-I RNA editing involves site-selective deamination of adenosine to inosine in pre-mRNA, which leads to altering translation codons and splicing in nuclear transcripts, thereby functionally distinct proteins can be produced from a single gene. The mammalian editing enzymes ADARs (adenosine deaminases acting on RNA) are widely expressed in brain and other tissues, however, up to date their sub-strates are mainly found in the central nervous system. It has recently been noticed that imperfect editing of these RNA substrates play critical roles in corresponding diseases, indi-cating that A-to-I RNA editing may be quite important in physiological or pathophysiological processes. Finding more new substrates of ADARs, especially in peripheral tissues, and performing functional research on new genes will be helpful to elucidate the biological significance of A-to-I RNA editing. 展开更多
关键词 A-to-i RNA editing ADENOSiNE iNOSiNE ADENOSiNE deaminase. ADENOSiNE deaminases acting on RNA. DOi: 10.1360/02wc0424
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人A-to-I RNA编辑事件对外显子剪接增强子潜在影响的生物信息学分析 被引量:1
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作者 艾鼎伦 何涛 +2 位作者 何涛涛 汪莉 王玉民 《生物技术通讯》 CAS 2010年第6期757-761,共5页
目的:研究人A-to-I RNA编辑事件对外显子剪接增强子(ESE)的潜在影响。方法:搜集文献报道的人A-to-I RNA编辑位点,并筛选包含有A-to-I RNA编辑位点的ESE,分析人A-to-I RNA编辑前后单碱基变化对ESE的潜在影响。结果:3640个A-to-I RNA编辑... 目的:研究人A-to-I RNA编辑事件对外显子剪接增强子(ESE)的潜在影响。方法:搜集文献报道的人A-to-I RNA编辑位点,并筛选包含有A-to-I RNA编辑位点的ESE,分析人A-to-I RNA编辑前后单碱基变化对ESE的潜在影响。结果:3640个A-to-I RNA编辑位点可能使其所在的ESE功能发生潜在改变;A-to-I RNA编辑事件对不同类型ESE的潜在影响不同。结论:A-to-I RNA编辑事件可能潜在影响ESE的功能,对ESE的潜在影响为量的调节,而非质的改变。 展开更多
关键词 A-to-iRNA编辑 外显子剪接增强子 潜在影响 生物信息学
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肿瘤中GLI1 RNA编辑的下调及其潜在功能分析 被引量:1
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作者 张颖 胡亚欧 +4 位作者 何涛 侯小强 汪莉 张部昌 王玉民 《军事医学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期267-271,275,共6页
目的检测癌相关基因GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑,比较编辑水平在肿瘤与正常细胞系中的差异,并分析编辑事件的潜在影响,以期揭示其与癌症发生发展的关联。方法通过PCR、RT-PCR及测序的方法检测GLI1编码区DNA和RNA序列上的差异,以此... 目的检测癌相关基因GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑,比较编辑水平在肿瘤与正常细胞系中的差异,并分析编辑事件的潜在影响,以期揭示其与癌症发生发展的关联。方法通过PCR、RT-PCR及测序的方法检测GLI1编码区DNA和RNA序列上的差异,以此来识别该区域上的A-to-I RNA编辑事件和比较肿瘤与正常细胞系中编辑位点的编辑水平差异。使用多种生物信息学工具分析编辑事件的潜在功能影响。结果在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中均检测到GLI1转录本上对应染色体12∶56150891的位置发生A-to-I RNA编辑,该编辑事件导致GLI1第701位氨基酸由精氨酸转变为谷氨酸。与相应的正常细胞系相比,肝癌细胞系及乳腺癌细胞系中该位点的编辑水平明显降低。生物信息学分析表明此编辑事件能改变编码的氨基酸,并可能破坏外显子剪接增强子及影响蛋白质高级结构。结论 GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中普遍存在。该编辑事件在肝癌和乳腺癌细胞系中的下调提示其可能与癌症的发生发展相关。 展开更多
关键词 GLi1 编码区 A-to-iRNA编辑 生物信息学 肿瘤
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星形胶质细胞外显子组中A-to-I RNA编辑位点的高通量测序鉴定
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作者 王海涛 周海红 +5 位作者 闵建平 王涛 王兰 郭欢 张永东 苏海翔 《甘肃医药》 2020年第8期673-677,共5页
目的:采用高通量测序技术鉴定星形胶质细胞外显子组中A至I RNA编辑。方法:对4个星形胶质细胞样本的转录组和外显子组分别进行高通量测序,利用生物信息学方法进行深度分析,鉴定出星形胶质细胞外显子组中A至I RNA编辑位点。结果:在星形胶... 目的:采用高通量测序技术鉴定星形胶质细胞外显子组中A至I RNA编辑。方法:对4个星形胶质细胞样本的转录组和外显子组分别进行高通量测序,利用生物信息学方法进行深度分析,鉴定出星形胶质细胞外显子组中A至I RNA编辑位点。结果:在星形胶质细胞外显子组中共鉴定出1751个A至I RNA编辑位点,其中5’UTR有110个,3’UTR有1390个,编码区有251个,包括118个错义A至I RNA编辑位点。结论:本研究完成了星形胶质细胞外显子组中A至I RNA编辑位点的鉴定,研究结果将有助于深入理解A至I RNA编辑在神经系统疾病发生中的作用机制。 展开更多
关键词 星形胶质细胞 外显子组 A-to-i RNA编辑 高通量测序
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动物编码和非编码RNAA至I编辑研究进展
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作者 杨赟 金勇丰 《生命科学》 CSCD 2016年第5期551-556,共6页
RNA编辑是增加基因转录和功能多样性的重要形式。A至I RNA编辑是ADAR酶作用于双链RNA使腺苷脱氨基变成肌苷形成的。高通量测序技术的发展使得规模化鉴定RNA编辑位点成为可能,目前已在人和其他动物发现了大量的A至I RNA编辑位点,其中多... RNA编辑是增加基因转录和功能多样性的重要形式。A至I RNA编辑是ADAR酶作用于双链RNA使腺苷脱氨基变成肌苷形成的。高通量测序技术的发展使得规模化鉴定RNA编辑位点成为可能,目前已在人和其他动物发现了大量的A至I RNA编辑位点,其中多数位于非编码RNA中。RNA编辑在体内具有重要生理功能,编辑异常可能导致一些疾病的发生发展。主要从ADAR介导的RNA A至I编辑的鉴定、分子机理、生理作用以及相关疾病等方面进行阐述。 展开更多
关键词 A至i RNA编辑 ADAR RNA二级结构
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A-to-I RNA editing: A new mechanism of genomic information modification
12
作者 WANGHaifang LUOXiaoxing 《Chinese Science Bulletin》 SCIE CAS 2003年第2期1183-1187,共5页
A-to-I RNA editing, the important event of gene modification, which takes place at post-transcriptional level, was firstly reported in 1991. The molecular mechanism of A-to-I RNA editing involves site-selective deamin... A-to-I RNA editing, the important event of gene modification, which takes place at post-transcriptional level, was firstly reported in 1991. The molecular mechanism of A-to-I RNA editing involves site-selective deamination of adenosine to inosine in pre-mRNA, which leads to altering translation codons and splicing in nuclear transcripts, thereby functionally distinct proteins can be produced from a single gene. The mammalian editing enzymes ADARs (adenosine deaminases acting on RNA) are widely expressed in brain and other tissues, however, up to date their substrates are mainly found in the central nervous system. It has recently been noticed that imperfect editing of these RNA substrates play critical roles in corresponding diseases, indicating that A-to-I RNA editing may be quite important in physiological or pathophysiological processes. Finding more new substrates of ADARs, especially in peripheral tissues, and performing functional research on new genes will be helpful to elucidate the biological significance of A-to-I RNA editing. 展开更多
关键词 基因信息 信息调制 RNA编辑 脱氨酶腺苷 次黄嘌呤核苷
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