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棉花类LRR抗病蛋白(GhLRR-RL)基因的克隆及表达分析 被引量:14
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作者 肖月华 罗明 +3 位作者 侯磊 罗克明 罗小英 裴炎 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第7期653-658,T001-T002,共8页
从棉花胚珠的cDNA AFLP片段中 ,选取一个与拟南芥类LRR抗病蛋白 (LRR RL)序列相似的片段 ,用RACE方法延伸其 3′和 5′未知序列 ,得到一个棉花类LRR抗病蛋白的全长cDNA序列 (GenBank登录号 :AY0 4 0 5 32 )。该cDNA长 12 5 9bp ,包含一... 从棉花胚珠的cDNA AFLP片段中 ,选取一个与拟南芥类LRR抗病蛋白 (LRR RL)序列相似的片段 ,用RACE方法延伸其 3′和 5′未知序列 ,得到一个棉花类LRR抗病蛋白的全长cDNA序列 (GenBank登录号 :AY0 4 0 5 32 )。该cDNA长 12 5 9bp ,包含一个 987bp的开放阅读框 ,具有Poly(A)加尾信号。推测的蛋白质包含 32 8个氨基酸 ,其中大部分是LRR区 ,其序列符合膜外LRR的共有序列LXXLXXLXXLXLXXNXGXIPXX。序列和结构比较分析表明 :该棉花LRR RL蛋白与拟南芥的两个类LRR抗病蛋白高度同源 ,而与植物的其他LRR蛋白结构不同 ,推测LRR RL蛋白属于一类新的LRR蛋白。斑点杂交和 3′RACE扩增表明 ,棉花LRR RL基因具有组成性表达的特点。 展开更多
关键词 棉花 LRR蛋白 LRR-RL蛋白 3′race 5′race
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一个新的水稻MADS-box基因的克隆及表达分析 被引量:4
2
作者 贾红武 罗达 +4 位作者 丛斌 高之桢 邵坚寅 曹凯鸣 孙崇荣 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2000年第5期490-495,共6页
根据MADS_box基因保守区结构 ,设计简并性引物 ,利用 3′RACE从水稻 (OryzasativaL .)中克隆了 1个新的水稻MADS_box基因的cDNA片段 ,同时利用 5′RACE获得了全长cDNA ,命名为FDRMADS8。序列分析表明 ,该cDNA全长 140 6bp ,开放阅读框... 根据MADS_box基因保守区结构 ,设计简并性引物 ,利用 3′RACE从水稻 (OryzasativaL .)中克隆了 1个新的水稻MADS_box基因的cDNA片段 ,同时利用 5′RACE获得了全长cDNA ,命名为FDRMADS8。序列分析表明 ,该cDNA全长 140 6bp ,开放阅读框共编码 2 33个氨基酸 ,具有典型的植物MADS_box基因的结构。推测的氨基酸序列与拟南芥的MADS_box基因AGL14同源性为 5 0 %。应用RT PCR表达分析表明 ,FDRMADS8在根、叶和花中均有表达 ,但在根和叶中表达较低。利用RNA原位杂交对其时空表达模式研究表明 :在花发育早期 ,FDRMADS8在苞片、苞毛和花序茎中有大量表达 ,但在顶端分生组织中表达量较少 ;在花发育后期 ,FDRMADS8在颖片以及花序茎中有明显表达 ,而在外稃、内稃、浆片、雄蕊和心皮原基中表达均不明显。在根中 ,FDRMADS8在伸长区和根毛区的皮层中有大量表达 ,在根冠、根尖分生区和根毛区的中柱鞘细胞中却无明显表达。结果表明水稻MADS_box基因的功能并不限于控制花发育。 展开更多
关键词 水稻 MADS-BOX基因 基因克隆 基因表达
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Cloning and Expression of a Profilin Gene from Rapeseed 被引量:4
3
作者 叶秋 李旭锋 +3 位作者 徐莺 王劲 林娟 陈放 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2001年第7期727-730,共4页
Profilin has recently been identified as an actin-binding protein in higher plants. A cDNA clone (designated Repro) encoding profilin gene was isolated from rapeseed ( Brassica napus L. cv. canadian Tween) using RT-PC... Profilin has recently been identified as an actin-binding protein in higher plants. A cDNA clone (designated Repro) encoding profilin gene was isolated from rapeseed ( Brassica napus L. cv. canadian Tween) using RT-PCR technique. Sequence analysis showed 82% similarity to Zea mays L. ZmPro3, 85% to Arabidopsis AthPRF1, 82% to Nicotiana tabacum L. NTPRO, 81% to Oryza sativa L. profilin A. A new full-length cDNA was obtained by 5'-RACE and 3'-RACE techniques. Sequence analysis showed that the size of full-length cDNA is 672 bp which contains a major open reading frame of 134 amino, acids, 5' and 3' untranslated regions and a long Poly (A) tail. Northern blot analysis showed that the profilin gene is a pollen and anther specific gene. 展开更多
关键词 profilin gene 3 '-race 5 '-race rapeseed pollen RT-PCR
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中国驯鹿生长素(ghrelin)全长cDNA的克隆及序列分析 被引量:6
4
作者 杨银凤 余兴邦 +3 位作者 王冠玉 都格尔斯仁 包花尔 徐斯日古楞 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1647-1652,共6页
采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE),在本课题组已获得的驯鹿ghrelin cDNA的部分片段的基础上进行3′和5′RACE。结果成功克隆出驯鹿ghrelin cDNA的3′和5′末端序列,从而得到604bp的驯鹿ghrelin cDNA全... 采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE),在本课题组已获得的驯鹿ghrelin cDNA的部分片段的基础上进行3′和5′RACE。结果成功克隆出驯鹿ghrelin cDNA的3′和5′末端序列,从而得到604bp的驯鹿ghrelin cDNA全序列,其中包含57bp 5′非翻译区(UTR)、405bp的开放读码框(ORF)、128bp的3′UTR和poly(A)14。405bp的ORF编码134个氨基酸残基的前原ghrelin(preproghrelin),其中包含41个氨基酸残基的N末端信号肽,27个氨基酸残基的成熟肽及66个氨基酸残基的C末端肽。序列同源性比较显示驯鹿ghrelin cDNA与山羊、绵羊和牛的同源性分别是92.0%、90.8%和89.5%;与猪和人的同源性分别是69.5%和65.2%;与鸡的同源性仅为33.8%。表明ghrelin的结构具有明显的种属特异性。驯鹿Ghrelin cDNA全序列的获得为进一步研究其生理作用奠定了基础。 展开更多
关键词 5′race 3′race GHRELIN 驯鹿 cDNA
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人肝刺激因子基因5′-侧翼序列克隆和结构分析 被引量:3
5
作者 王新楠 宋智刚 +3 位作者 吴媛 陈莉 赵彦艳 安威 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第12期1171-1176,共6页
为探讨人肝刺激因子 (humanhepaticstimulatorsubstance ,hHSS)基因表达调控的分子机制 ,分离人了hHSS基因组DNA ,克隆其 5′ 侧翼序列 4 890bp ,与GenBank比对后 ,将hHSS基因定位于人 16号染色体。通过逆转录PCR(RT PCR)和 5′RACE确定... 为探讨人肝刺激因子 (humanhepaticstimulatorsubstance ,hHSS)基因表达调控的分子机制 ,分离人了hHSS基因组DNA ,克隆其 5′ 侧翼序列 4 890bp ,与GenBank比对后 ,将hHSS基因定位于人 16号染色体。通过逆转录PCR(RT PCR)和 5′RACE确定hHSS基因转录起始位点 。 展开更多
关键词 hHSS 5′-侧翼序列 5′race 基因转录
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大麦黄矮病毒GPV株系基因组末端序列的克隆和分析 被引量:1
6
作者 张文蔚 成卓敏 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 2009年第1期102-107,共6页
利用5′RACE、3′RACE和RT-PCR完成了大麦黄矮病毒GPV株系5′和3′末端序列的克隆和分析。分析结果显示,GPV株系5′末端长302 nt,包含起始密码子ATG和长100 nt的5′UTR。与马铃薯卷叶病毒属其他病毒比较,5′UTR的长度差异大且不保守。3... 利用5′RACE、3′RACE和RT-PCR完成了大麦黄矮病毒GPV株系5′和3′末端序列的克隆和分析。分析结果显示,GPV株系5′末端长302 nt,包含起始密码子ATG和长100 nt的5′UTR。与马铃薯卷叶病毒属其他病毒比较,5′UTR的长度差异大且不保守。3′末端长328 nt,包含终止密码子TGA和长93 nt的3′UTR。比RPV3′UTR短74 nt,同源性为40%,但末端较为保守,与RPV3′UTR末端序列同源性达84.34%。 展开更多
关键词 大麦黄矮病毒GPV株系 5′race 3′race 5′UTR 3′UTR
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骆驼β-防御素caBD-1全长cDNA的扩增 被引量:1
7
作者 杨银凤 唐博 +1 位作者 曹贵方 王永胜 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期264-268,共5页
获得全长cDNA序列是研究基因结构、基因表达和基因功能的前提。我们根据已获得的骆驼β_防御素caBD_1cDNA的已知序列设计一条上游引物,反转录引物中的部分序列即3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据caBD_1cDNA的已知序列,设... 获得全长cDNA序列是研究基因结构、基因表达和基因功能的前提。我们根据已获得的骆驼β_防御素caBD_1cDNA的已知序列设计一条上游引物,反转录引物中的部分序列即3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据caBD_1cDNA的已知序列,设计一条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和两对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将mRNA反转录成的cDNA进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,成功的克隆了骆驼β_防御素caBD_1cD NA的5′末端序列。本研究扩增出的caBD_1cDNA序列全322bp,其中包含一个由192bp组成的开放读码框(ORF),该ORF编码64个氨基酸残基的前原caBD_1肽。 展开更多
关键词 反向嵌套PCR 5’race 3’race Β-防御素 骆驼
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驯鹿β-防御素reBD-1全长cDNA的克隆及序列分析 被引量:2
8
作者 杨银凤 郝永峰 +2 位作者 赵艳芳 余兴帮 都格尔斯仁 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期657-662,共6页
为了获得驯鹿β-防御素reBD-1全长cDNA序列,根据已获得的reBD-1cDNA的已知序列设计1条序列特异性引物作为上游引物,反转录引物中的部分序列即3′接合器引物作为下游引物,克隆reBD-1cDNA的3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据r... 为了获得驯鹿β-防御素reBD-1全长cDNA序列,根据已获得的reBD-1cDNA的已知序列设计1条序列特异性引物作为上游引物,反转录引物中的部分序列即3′接合器引物作为下游引物,克隆reBD-1cDNA的3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据reBD-1cDNA的已知序列,设计1条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和2对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将mRNA反转录成的cDNA进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,克隆reBD-1cDNA的5′末端序列。结果成功的克隆出了reBD-1cDNA的3′和5′末端序列,从而得到372bp的reBD-1cDNA全序列,其中包含44bp5′非翻译区(UTR)、192bp的开放读码框(ORF)、终止密码子TAA、118bp的3′UTR和poly(A)15。reBD-1cDNA全序列的获得为进一步研究其基因结构、基因表达和基因功能奠定了基础。 展开更多
关键词 反向嵌套PCR 5′race 3′race Β-防御素 驯鹿
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河南省猪戊型肝炎病毒HN-JY40的全基因组序列测定及分析 被引量:1
9
作者 张小霞 张亲 +2 位作者 梁振普 许锋 邵新峰 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期231-238,共8页
本文旨在测定猪戊型肝炎病毒HN-JY40株的全基因组序列,并对其序列特征和进化关系进行分析。设计8对引物,利用RT-PCR、3′RACE和5′RACE技术得到了戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)河南分离株HNJY40的近似全基因组序列,命名为"HN-... 本文旨在测定猪戊型肝炎病毒HN-JY40株的全基因组序列,并对其序列特征和进化关系进行分析。设计8对引物,利用RT-PCR、3′RACE和5′RACE技术得到了戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)河南分离株HNJY40的近似全基因组序列,命名为"HN-JY40";用Expasy、Megalign、Clustal X和MEGA 4等生物学软件进行序列分析、同源比对和进化树的构建。测序得到的HN-JY40序列去除polyA后全长7 223bp,5′UTR有9个碱基,3′UTR全长69bp。ORF1(5 124bp)编码1 707个氨基酸,ORF2(2 025bp)编码674个氨基酸,ORF3(345bp)编码114个氨基酸。全基因组相似性分析发现,HN-JY40为典型的基因4型病毒,且属于一个新亚型。猪HN-JY40ORF1的部分核苷酸(153~432bp)与人源HK104-2004同源性高达到96%,为揭示戊型肝炎的跨种传播提供了新的分子生物学依据。 展开更多
关键词 猪戊型肝炎病毒HN-JY40 RT-PCR 3′race 5′race 序列分析 同源性
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牛MYOZ2基因启动子克隆及活性分析 被引量:2
10
作者 王明明 赵志东 +6 位作者 李安宁 张亚冉 段美艳 李世军 吴森 王晓宇 昝林森 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期652-660,共9页
旨在克隆测定牛肌原调节蛋白2基因(Myozenin2,MYOZ2)启动子的全长序列,进行活性区域分析,为牛MYOZ2基因功能和表达调控机理研究提供理论依据。通过5′RACE方法确定牛MYOZ2基因转录起始位点;采用PCR技术,以牛基因组为模板克隆MYOZ2基因... 旨在克隆测定牛肌原调节蛋白2基因(Myozenin2,MYOZ2)启动子的全长序列,进行活性区域分析,为牛MYOZ2基因功能和表达调控机理研究提供理论依据。通过5′RACE方法确定牛MYOZ2基因转录起始位点;采用PCR技术,以牛基因组为模板克隆MYOZ2基因启动子序列。利用在线软件分析启动子区域中可能包含的转录因子结合位点。依据分析结果重新设计引物,构建7个包含不同缺失片段的双荧光素酶报告基因载体,转染C2C12细胞系,利用双荧光素酶系统检测不同片段的启动子活性。结果表明,克隆得到牛MYOZ2基因启动子序列2 065bp,确定MYOZ2基因的转录起始位点;MYOZ2基因片段-84/+125荧光素酶相对活性极显著高于空载体pGL3-Basic(P<0.01),MYOZ2基因片段-683/+125荧光素酶相对活性极显著高于基因片段-263/+125(P<0.01)。MYOZ2基因启动子核心区域位于-84/+125bp,而且MEF2,SRF,MyoD,YY1等转录因子可能参与MYOZ2基因的转录调控。 展开更多
关键词 肌原调节蛋白2基因启动子 基因克隆 活性分析 5′race
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牛Meg8基因5′末端的克隆及生物信息学分析 被引量:2
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作者 侯晓慧 苏红 李世杰 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期81-86,共6页
利用RACE方法从奶牛中克隆得到了Meg8基因的5′端cDNA序列(GenBank登录号:HQ407410~HQ407413),序列比对发现该基因存在4种可变剪接体。选取牛Meg8基因的5′侧翼区作为研究对象,生物信息学在线分析发现:在人、绵羊、鼠、猪、狗和马... 利用RACE方法从奶牛中克隆得到了Meg8基因的5′端cDNA序列(GenBank登录号:HQ407410~HQ407413),序列比对发现该基因存在4种可变剪接体。选取牛Meg8基因的5′侧翼区作为研究对象,生物信息学在线分析发现:在人、绵羊、鼠、猪、狗和马这几个物种中,牛Meg8基因5′侧翼区与绵羊相似性最高,为80.45%;该区域内存在2个SINEs、1个Si mple repeat,未发现CpG岛;可能存在2个启动子位点,位于牛Meg8基因的Exon1前3 402~4 118 bp和1 200~1 367 bp处,并富含Sp1、SRY、CdxA、GATA-1、MZF1等多个潜在的转录因子位点。Meg8基因5′侧翼区密集存在的转录因子可能与基因的转录起始有关。可变剪接体及侧翼区域的诸多转录因子可能是Meg8基因行使调控功能的原因,本研究结果将为阐明该基因的功能及其调控机理提供分子基础。 展开更多
关键词 Meg8基因 5′race 可变剪接 启动子 转录因子结合位点
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牛MYOZ1基因启动子活性分析 被引量:1
12
作者 王明明 李安宁 +5 位作者 赵志东 张亚冉 段美艳 王亚宁 李世军 昝林森 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第9期1-9,共9页
【目的】鉴定牛MYOZ1基因转录起始位点,确定牛MYOZ1基因核心启动子区域,为进一步研究牛MYOZ1基因的转录调控机制奠定基础。【方法】以秦川牛肌肉5′RACE准备cDNA为模板,设计5′RACE扩增试验,确定牛MYOZ1基因转录起始位点。以秦川牛外周... 【目的】鉴定牛MYOZ1基因转录起始位点,确定牛MYOZ1基因核心启动子区域,为进一步研究牛MYOZ1基因的转录调控机制奠定基础。【方法】以秦川牛肌肉5′RACE准备cDNA为模板,设计5′RACE扩增试验,确定牛MYOZ1基因转录起始位点。以秦川牛外周血基因组DNA为模板,通过PCR克隆获得牛MYOZ1基因转录调控区-1 628/+61目的片段。通过生物信息学分析软件预测可能包含的转录因子结合位点,设计逐段缺失引物,获得7个亚克隆,将其分别与pGL3-Basic载体连接,得到牛MYOZ1基因启动子双荧光素酶报告基因重组质粒,通过脂质体法转染C2C12细胞系,检测7个重组质粒的荧光素酶活性,分析启动子活性。【结果】确定了牛MYOZ1基因的转录起始位点,成功克隆获得7个系列缺失的牛MYOZ1基因启动子双荧光素酶报告基因重组质粒:pMYOZ1-1 628/+61、pMYOZ1-1 430/+61、pMYOZ1-1 179/+61、pMYOZ1-932/+61、pMYOZ1-676/+61、pMYOZ1-437/+61和pMYOZ1-116/+61,其中重组质粒pMYOZ1-116/+61启动子活性极显著高于pGL3-Basic,推测牛MYOZ1基因-116/+61区域可能包含核心启动子;重组质粒pMYOZ1-1 628/+61启动子活性极显著高于pMYOZ1-1 430/+61片段活性(P<0.01),表明牛MYOZ1基因启动子区域-1 628/-1 430片段可能包含启动子活性增强元件。生物信息学分析发现,牛MYOZ1基因启动子-116/+61片段可能包含SP1、GC Box、CAAT等多个重要转录因子结合位点;-1 628/-1 430片段可能包含SP1、MyoD等多个重要转录因子结合位点。【结论】成功构建了7个系列缺失的牛MYOZ1基因启动子双荧光素酶报告基因重组质粒,且初步确定了牛MYOZ1基因的核心启动子区域位于-116/+61。 展开更多
关键词 MYOZ1 5′race 启动子 双荧光素酶报告载体
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反向嵌套PCR技术扩增驯鹿Ghrelin cDNA 5′末端序列
13
作者 朱雪敏 张义 +1 位作者 张剑平 杨银凤 《经济动物学报》 CAS 2008年第2期72-75,共4页
为了研究Ghrelin在驯鹿生长发育过程中的作用和功能,以驯鹿为研究对象,采用反向嵌套PCR RACE技术原理,根据已知的序列设计1条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和2对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将反转录成的cDNA进行... 为了研究Ghrelin在驯鹿生长发育过程中的作用和功能,以驯鹿为研究对象,采用反向嵌套PCR RACE技术原理,根据已知的序列设计1条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和2对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将反转录成的cDNA进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,成功地扩增了驯鹿Ghrelin cDNA 5′末端序列。与锚定PCR相比,反向嵌套PCR法具有特异性强、扩增效率高等优点,是一种非常有效的扩增cDNA 5′末端序列的方法。 展开更多
关键词 反向嵌套PCR 5′race GHRELIN 驯鹿
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蒙古绵羊Bcl-2基因5′端cDNA的克隆及序列分析
14
作者 郭宏儒 任秀珍 曹贵方 《山东畜牧兽医》 2015年第2期1-2,共2页
为扩增蒙古绵羊bcl-2基因5′端,根据Gen Bank上已公布的牛的序列,设计了2条引物。从蒙古绵羊脾中提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增出bcl-2的c DNA,并重组到p Blueselect T载体,经限制性内切酶谱分析和DNA序列测定,测出5′RACE产物434个核... 为扩增蒙古绵羊bcl-2基因5′端,根据Gen Bank上已公布的牛的序列,设计了2条引物。从蒙古绵羊脾中提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增出bcl-2的c DNA,并重组到p Blueselect T载体,经限制性内切酶谱分析和DNA序列测定,测出5′RACE产物434个核苷酸序列,该序列包括C端144个氨基酸编码序列、翻译起始密码子ATG。 展开更多
关键词 绵羊 BCL-2基因 克隆 5′race CDNA
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目的基因全长cDNA合成及克隆技术进展 被引量:6
15
作者 张光祥 马正强 《生物技术通报》 CAS CSCD 2003年第5期1-5,共5页
在基因克隆、基因功能和表达调控研究中 ,获得目的基因尤其是表达丰度低的基因全长cDNA仍然是一个技术难题。本文对近年来有关反转录过程中影响全长cDNA合成的因素与对策的研究进行了总结 ,特别对消除mRNA二级结构阻碍的方法及其效果、... 在基因克隆、基因功能和表达调控研究中 ,获得目的基因尤其是表达丰度低的基因全长cDNA仍然是一个技术难题。本文对近年来有关反转录过程中影响全长cDNA合成的因素与对策的研究进行了总结 ,特别对消除mRNA二级结构阻碍的方法及其效果、较高反应温度和金属离子对模板mRNA完整性的影响、RNA分子伴侣在反应温度不变的情况下改善cDNA第一链质量的效果等作了较为详细的介绍。此外 ,还介绍了确保具有完整5′端的cDNA进入后续研究的几种新方法。 展开更多
关键词 反转录 RNA分子伴侣 目的基因 全长CDNA 克隆
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马铃薯低温响应的ScmiR390-5p及其靶基因表达与结构分析 被引量:4
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作者 谢洁 王明 +4 位作者 丁红映 李青 王万兴 熊兴耀 秦玉芝 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第13期2295-2308,共14页
【目的】研究马铃薯富含亮氨酸重复序列(leucine-rich repeat receptor-like protein kinase LRR-RLK)类受体蛋白激酶基因SCLRRK1受miR390(ScmiR390-5p)调控响应非生物胁迫的机理。【方法】通过低温响应马铃薯miRNA测序分析与靶基因预测... 【目的】研究马铃薯富含亮氨酸重复序列(leucine-rich repeat receptor-like protein kinase LRR-RLK)类受体蛋白激酶基因SCLRRK1受miR390(ScmiR390-5p)调控响应非生物胁迫的机理。【方法】通过低温响应马铃薯miRNA测序分析与靶基因预测,发现ScmiR390-5p通过调控1个可能的LRR类受体蛋白激酶基因对低温做出响应;利用实时荧光定量PCR技术(Quantitative Real-time PCR,RT-qPCR)验证ScmiR390-5p和SCLRRK1响应低温胁迫的表达情况;利用RLM-5′RACE确定ScmiR390-5p作用于SCLRRK1的切割位点;利用PCR技术克隆得到SCLRRK1的DNA序列和CDS序列,生物信息学分析SCLRRK1的结构和功能;利用RT-qPCR分析ScmiR390-5p/SCLRRK1在马铃薯各组织中的表达情况及其响应各种非生物胁迫的表达情况。【结果】RT-qPCR结果表明,低温诱导ScmiR390-5p表达,SCLRRK1的表达则受到低温的抑制,ScmiR390-5p和SCLRRK1的表达在低温胁迫下呈负相关性;RLM-5′RACE分析表明,ScmiR390-5p作用于SCLRRK1的切割位点是ATTCCT//CCTGAGTT,马铃薯ScmiR390-5p/SCLRRK1调控模块在低温响应中起作用。克隆结果表明SCLRRK1的CDS序列长度为2 685bp,编码894个氨基酸,DNA序列长度为3 549 bp,含有1个内含子、2个外显子、3′非编码区和5′非编码区,ScmiR390-5p的靶位点位于SCLRRK1 CDS序列内部(960—981 bp,GGAACTATTCCTCCTGAGTTT)。生物信息学显示SCLRRK1是1个富含亮氨酸重复序列(leucine-richrepeat,LRR)的类受体蛋白激酶基因,编码的蛋白属于跨膜分泌蛋白。马铃薯组织表达RT-qPCR分析显示,ScmiR390-5p在叶中的表达量最高,根次之,茎中(地上茎、块茎和匍匐茎)表达量较低;而SCLRRK1的表达情况与ScmiR390-5p相反,其在叶中的表达最低,在茎中表达最高(匍匐茎>块茎>地上茎)。多种非生物胁迫结果显示,ScmiR390-5p和SCLRRK1表达在NaCl胁迫下呈负相关,ScmiR390-5p受到NaCl胁迫诱导表达。与对照相比,ABA和6-BA处理下ScmiR390-5p表达先下降之后呈波浪小幅回调 展开更多
关键词 马铃薯 ScmiR390-5p SCLRRK1 实时荧光定量PCR RLM-5′race
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真菌产人参皂苷葡萄糖苷酶基因的调取 被引量:1
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作者 杜枫 金凤燮 鱼红闪 《大连工业大学学报》 CAS 北大核心 2011年第2期87-89,共3页
根据已知的人参皂苷糖苷酶(GluGF)的N端氨基酸序列设计简并引物,从Absidia Sp.R84g菌株的总RNA出发,应用RACE技术,快速扩增测序得到cDNA3′末端与cDNA5′末端的未知序列,利用扩增测序所得到的cDNA5′末端和cDNA3′末端的序列设计引物,... 根据已知的人参皂苷糖苷酶(GluGF)的N端氨基酸序列设计简并引物,从Absidia Sp.R84g菌株的总RNA出发,应用RACE技术,快速扩增测序得到cDNA3′末端与cDNA5′末端的未知序列,利用扩增测序所得到的cDNA5′末端和cDNA3′末端的序列设计引物,进行二次RT-PCR扩增并测序得到GluGF基因的全序列。回收PCR产物测序,得到GluGF基因的序列全长为2149 bp,其中5′UTR长度为82 bp,3′UTR长度为114 bp,GluGF的CDS区序列全长为1 923 bp,所编码的氨基酸序列的长度为640个氨基酸。 展开更多
关键词 人参皂苷糖苷酶 3′race技术 5′race技术 RNA PCR
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基于简并引物同步克隆两个红麻PDIL同源基因cDNA 5'-末端序列 被引量:2
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作者 金刚 陈鹏 +1 位作者 唐向民 周瑞阳 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期109-113,共5页
探索利用同一套简并引物结合通用引物同步扩增两个红麻PDIL同源基因的cDNA 5'-末端序列,以期为同一转录组中两个旁系同源基因cDNA 5'RACE的同步扩增提供借鉴。通过红麻HcPDIL5-2a和HcPDIL5-2b cDNA中间片段及3'-末端已知序... 探索利用同一套简并引物结合通用引物同步扩增两个红麻PDIL同源基因的cDNA 5'-末端序列,以期为同一转录组中两个旁系同源基因cDNA 5'RACE的同步扩增提供借鉴。通过红麻HcPDIL5-2a和HcPDIL5-2b cDNA中间片段及3'-末端已知序列的比对,在其完全保守区段设计了一条引物用于两个基因5'RACE的共反转录;在其部分保守区段设计了两条简并引物,并利用其在两个基因的5'RACE扩增时退火温度的差异,结合通用引物巢式PCR同步扩增两个基因的cDNA 5'-末端未知序列。在两个基因全长cDNA拼接序列的基础上设计两对特异引物分别扩增它们的cDNA全长序列,测序结果进一步验证了序列拼接和cDNA 5'RACE同步扩增的可靠性。进化分析证实两个基因属于PDIL基因家族成员。 展开更多
关键词 红麻 简并引物 5'race 同步克隆
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绵羊CD46基因的克隆及真核表达
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作者 乔洋洋 陈蕾 +4 位作者 孙铭苑 朱学亮 王海明 窦永喜 才学鹏 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1029-1035,共7页
为了研究绵羊CD46蛋白的功能,根据从GenBank数据库获得的绵羊CD46基因的部分cDNA序列设计引物,以绵羊外周血淋巴细胞总RNA为模板,应用RACE方法扩增了绵羊CD46基因的完整开放阅读框序列,利用生物信息学软件对CD46cDNA及CD46蛋白结构进行... 为了研究绵羊CD46蛋白的功能,根据从GenBank数据库获得的绵羊CD46基因的部分cDNA序列设计引物,以绵羊外周血淋巴细胞总RNA为模板,应用RACE方法扩增了绵羊CD46基因的完整开放阅读框序列,利用生物信息学软件对CD46cDNA及CD46蛋白结构进行了预测分析。结果显示,绵羊CD46cDNA序列开放阅读框长1 083bp,编码由360个氨基酸残基组成的多肽,该多肽的理论分子质量为39ku,理论等电点为6.5。对该蛋白结构分析时发现,绵羊CD46第1~42位氨基酸残基为信号肽序列,共有5处N糖基化位点,4处蛋白激酶C磷酸化位点,5处Ⅱ-酪蛋白激酶磷酸化位点,7处N-豆蔻酰化位点。二级结构中无α螺旋,β折叠占26.1%,其余73.9%为转角,该蛋白具有4个结构域,与人源CD46的同源性较高。同时将CD46基因克隆到pCMV-Myc载体中,构建了真核表达质粒pCMV-Myc-CD46;将构建的重组质粒转染哺乳动物细胞CHO-K1以进行瞬时表达。Western-blot结果显示,CD46基因在真核细胞中成功获得了表达。上述研究结果为以后开展绵羊CD46的功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 绵羊 CD46基因 3′/5′race 序列分析 免疫印迹
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2个水稻花发育相关MADS-box基因的全序列cDNA克隆及结构分析 被引量:3
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作者 陈锐 高之桢 +2 位作者 詹树萱 孙崇荣 曹凯鸣 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期570-575,共6页
一组具有MADS box结构域的转录因子在控制花器官的诱导与发育中起着重要作用.以水稻广陆矮4号(OryzasativaL.Guang Lu AiNo.4)幼穗总RNA为模板,根据MADS box保守区的序列设计简并性引物,利用3′ RACE的方法获得了2个新的水稻花发育相关M... 一组具有MADS box结构域的转录因子在控制花器官的诱导与发育中起着重要作用.以水稻广陆矮4号(OryzasativaL.Guang Lu AiNo.4)幼穗总RNA为模板,根据MADS box保守区的序列设计简并性引物,利用3′ RACE的方法获得了2个新的水稻花发育相关MADS box基因,分别命名为FDRMADS3和FDRMADS4;并利用5′ RACE的方法获得了该2个基因完整的cDNA序列,包括完整的编码区,5′ UTR和3′ UTR.它们编码的蛋白质都具有典型的MADS box结构域和半保守的K区,其与水稻中其他家族成员的MADS box结构域同源性高达90%以上,这说明它们都是典型的MADS box基因. 展开更多
关键词 水稻 MADS-BOX基因 RT-PCR 5′-race 系统进化树分析
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