谷子基因组中SSR的偏态分布

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作者 高建明 邱丽娜 桂枝 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期19-26,共8页

为了研究谷子基因组中SSR的分布偏好,采用生物信息学方法搜索和分析了谷子基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。结果发现,随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加,SSR在5′侧翼区的频率与其基因组... 为了研究谷子基因组中SSR的分布偏好,采用生物信息学方法搜索和分析了谷子基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。结果发现,随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加,SSR在5′侧翼区的频率与其基因组频率的比值(相对频率)逐渐下降,在1~700 bp区域内相对频率远大于1.50,而在3′侧翼区、外显子区和内含子区中SSR的相对频率均接近1.00。进一步分析发现,随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加,不同单一SSR类型的相对频率的变化趋势各不相同,总体上,包括CCG、AG、AGG、AGGG、ACC和AGC在内的这6个SSR类型在5′侧翼区的频率和相对频率均较高,其中,AG在5′侧翼区相对频率大于1.5的区域最大(1~1 800 bp),而在CCG的区域最小(1~200 bp)。在外显子区,CCG、AGG、AGC、ACG和ACC这5个高C/G含量的三碱基SSR类型具有较高的频率和相对频率。综上,SSR在基因座5′侧翼区1~700 bp内特异性出现,其中,包括CCG、AG、AGG、AGGG、ACC和AGC在内的6个SSR类型为主要的特异性分布类型;而在基因座3′侧翼区、外显子区和内含子区中,SSR的分布与整个基因组无明显差别,但在外显子区,CCG、AGG、AGC、ACG和ACC这5个SSR类型具有明显的分布特异性。 展开更多

关键词 谷子 SSR 分布偏好 5′侧翼区 外显子区

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粳稻基因组SSR偏好性分布研究

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作者 高建明 桂枝 +1 位作者 施利利 赵飞 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期936-943,共8页

【目的】旨在分析简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)在粳稻(Oryza sativa ssp japonica)基因组中的分布偏好性。【方法】采用生物信息学的方法搜索和分析粳稻全基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区... 【目的】旨在分析简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)在粳稻(Oryza sativa ssp japonica)基因组中的分布偏好性。【方法】采用生物信息学的方法搜索和分析粳稻全基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。【结果】随着5′侧翼区距起始密码子距离的增加,SSR的相对频率(某一区域的频率与基因组频率的比值)逐渐下降,且在1~500 bp区域内大于1.50;在外显子区和3′侧翼区,SSR的相对频率略大于1.00,而内含子区SSR的相对频率明显小于1.00。进一步分析发现,在5′侧翼区,CCG、AGG和AG 3类SSR的频率最高,其相对频率分别在1~200、1~400、1~600 bp区间内大于1.50;在3′侧翼区,A、ATCG、AAG和AATT 4类SSR表现出较高的频率和较高的相对频率,但它们的相对频率大于1.50的区域并不相同;外显子区的SSR大多数为三碱基类型,其中,CCG、AGG、ACG、AGC和ACC 5种高C/G含量的SSR类型在外显子区的频率和相对频率均较高;在内含子区,A具有较高的频率和相对频率。【结论】SSR在基因座5′侧翼区大约1~500 bp范围内特异性出现,CCG、AGG和AG为主要的3个特异性分布SSR类型;外显子区和3′侧翼区的SSR频率与基因组频率接近,前者的SSR类型以C/G含量较高的三碱基类型,即CCG、AGG、ACG、AGC和ACC为主,后者以A、ATCG、AAG和AATT为主;而内含子区较少出现SSR,但A为主要的特异性分布类型。本研究可为更好地理解SSR的功能和开发水稻SSR分子标记提供参考。 展开更多

关键词 微卫星 水稻 分布偏好 5′侧翼区 外显子区

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西农萨能奶山羊β-乳球蛋白基因5′侧翼区多态性分析 被引量：1

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作者 李瑞彪 陈宏 +3 位作者 雷初朝 孙维斌 雷雪芹 胡沈荣 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2004年第1期74-76,共3页

　根据β-乳球蛋白基因的DNA序列设计了1对引物,用PCR-RFLP技术对56只西农萨能奶山羊β-乳球蛋白基因5′侧翼区进行了多态性分析。结果发现,在西农萨能奶山羊群体中,PCR所扩增出的710bp片段经限制性内切酶Sam 消化后,表现出3种基因型。... 　根据β-乳球蛋白基因的DNA序列设计了1对引物,用PCR-RFLP技术对56只西农萨能奶山羊β-乳球蛋白基因5′侧翼区进行了多态性分析。结果发现,在西农萨能奶山羊群体中,PCR所扩增出的710bp片段经限制性内切酶Sam 消化后,表现出3种基因型。等位基因A,B的频率分别为0.91和0.09,3种基因型AA,AB,BB的频率分别为0.821,0.179和0.000。经检验,在所研究的群体中,该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。 展开更多

关键词 西农萨能奶山羊 Β-乳球蛋白基因 5′侧翼区 多态性分析 PCR—RFLP

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野桑蚕、家蚕LSP基因5'侧翼区的克隆与序列分析 被引量：1

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作者 唐顺明 沈兴家 +2 位作者 张志芳 李奕仁 何家禄 《蚕业科学》 CAS CSCD 2003年第2期142-147,共6页

根据已报道的家蚕朝日×东海的幼虫血清蛋白LSP基因序列设计1对引物,以野桑蚕、家蚕苏·菊×明·虎的基因组DNA为模板,分别克隆了野桑蚕、家蚕苏·菊×明·虎的LSP,基因5’侧翼区,约1.9kb,并进行了序列测... 根据已报道的家蚕朝日×东海的幼虫血清蛋白LSP基因序列设计1对引物,以野桑蚕、家蚕苏·菊×明·虎的基因组DNA为模板,分别克隆了野桑蚕、家蚕苏·菊×明·虎的LSP,基因5’侧翼区,约1.9kb,并进行了序列测定与分析。结果表明:克隆的野桑蚕、家蚕苏·菊×明·虎的LSP基因5’侧翼区涵盖了第一内含子、第一外显子、启动子区及其5’上游区;野桑蚕LSP基因5’侧翼区与朝日×东海LSP,基因5’侧翼区的同源性达96.4％,其中第一内含子、第一外显子的同源性分别为91.6％,100％;家蚕苏·菊×明·虎的LSP基因5’侧翼区与朝日×东海LSP基因5’侧翼区的同源性达98.9％,其中第一内含子、第一外显子的同源性都为100％,核心启动子区具有典型的TATA盒,还有数种昆虫脂肪体内组织特异性表达基因的共有序列和推定的激素响应元件等功能元件;野桑蚕的LSP基因启动子的5’上游区(-304～598bp)与J139家蚕丝素轻链基因第一内含子区域(7639～7933bp)的同源性达90.6％,-913～-1383bp为失活的部分水手转座子元件。 展开更多

关键词 野桑蚕 家蚕 LSP基因 5′侧翼区 基因克隆 序列分析 血液蛋白 完全变态

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蓝狐MITF-M基因序列扩增及生物信息学分析 被引量：2

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作者 郭敏 张东林 +7 位作者 刘艳军 彭永东 王建涛 付志新 董淑珍 刘铮铸 巩元芳 李祥龙 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第1期47-56,共10页

试验旨在研究蓝狐MITF-M基因核心启动子活性区、转录因子结合位点、基因编码蛋白结构及功能,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据。从成年蓝狐背部皮肤组织中采集1cm×1cm样品,采用RT-PCR扩增及测序技术首次获得MITF-M基因序列3... 试验旨在研究蓝狐MITF-M基因核心启动子活性区、转录因子结合位点、基因编码蛋白结构及功能,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据。从成年蓝狐背部皮肤组织中采集1cm×1cm样品,采用RT-PCR扩增及测序技术首次获得MITF-M基因序列3 880bp(包括5′侧翼区2 262bp、CDS区1 260bp、3′侧翼区358bp),编码419个氨基酸残基。生物信息学分析结果显示,蓝狐MITF-M基因5′侧翼区存在潜在的启动子区域(-86^-336bp),且发现TATA框、CAAT框、GC框和CRE等调控元件及CREB、LSF和Sp1等多种转录因子。MITFM基因编码的蛋白是定位于细胞核和细胞质的不稳定、可溶性亲水蛋白质。亚细胞定位结果提示该蛋白在细胞核、细胞质和线粒体的概率较高,分别为65.2%、17.4%和8.7%。DNAMAN软件对MITF-M基因编码蛋白的二级结构预测发现,该蛋白由α螺旋(33.66%)、β折叠(16.66%)和无规卷曲(49.68%)组成,且不存在跨膜区域和信号肽。蓝狐与其他物种MITF-M基因编码的氨基酸序列同源性对比和系统进化树分析均提示蓝狐与犬的遗传亲缘关系最近,与哺乳动物和禽类均具有较高的同源性(>89.1%),说明MITF-M基因编码区在物种进化过程中较为保守。本研究为深入研究MITF-M基因调控狐狸被毛颜色的分子遗传机制奠定了理论基础。 展开更多

关键词 蓝狐 MITF-M基因 5′侧翼区 编码区 生物信息学分析

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捻转血矛线虫疫苗候选抗原H11亚型基因的序列结构及启动子活性分析 被引量：1

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作者 杨怡 段丽君 +3 位作者 张红丽 周前进 陈学秋 杜爱芳 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期929-936,共8页

捻转血矛线虫微粒体氨肽酶H11是有效的疫苗候选抗原,其重组蛋白免疫保护效果可能与基因亚型相关。为分析H11亚型基因的序列结构及启动子活性,本研究扩增并鉴定了H11-1、H11-2亚型基因的开放阅读框(2 937,299 bp),发现其与已知H11 (H11-3... 捻转血矛线虫微粒体氨肽酶H11是有效的疫苗候选抗原,其重组蛋白免疫保护效果可能与基因亚型相关。为分析H11亚型基因的序列结构及启动子活性,本研究扩增并鉴定了H11-1、H11-2亚型基因的开放阅读框(2 937,299 bp),发现其与已知H11 (H11-3)、H11-4亚型氨基酸序列高度同源,具有保守的糖基化位点、跨膜区及微粒体氨肽酶活性中心锌指基序。分段扩增获得了H11-1、H11-2、H11-4亚型基因DNA序列(11 698,17 995,19 804 bp),比对分析发现,与H11(H11-3)基因结构相似,H11-1、H11-2亚型基因均含25个外显子和24个内含子,通过典型的GT…AG结构剪接,对应的外显子大小基本一致,内含子大小各异,同源性低;推测各亚型不是由同一基因选择性剪接形成,但剪接模式相同。运用基因步移技术扩增鉴定了H11-1、H11-2、H11-4亚型基因5′侧翼区(4 606,3 465,2 361 bp),利用pPD95.77载体构建了重组表达载体,通过显微注射将其导入秀丽线虫观察其启动转录活性,结果表明H11-4 5′侧翼区可启动GFP在秀丽线虫除胚胎以外的各时期表达,且表达集中于虫体肠道起始和末端;未检测到H11-1或H11-2 5′侧翼区启动的GFP表达,推测其转录活性或GFP表达较弱。本研究为后续探明H11基因各亚型生物学功能、参与免疫保护机制及高效重组疫苗研究奠定了基础。 展开更多

关键词 捻转血矛线虫 H11亚型基因 5′侧翼区 启动转录活性

原文传递

CCR5基因5′侧翼区的克隆及调控功能初步研究

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作者 沙新平 胡国龄 +5 位作者 谢玉桃 陈曦 刘映霞 龚环宇 侯珏 李萍 《湖南医科大学学报》 CSCD 北大核心 2002年第2期162-164,共3页

目的 :研究CCR5基因 5′侧翼区的调控序列。方法 :分段构建CCR5基因 5′侧翼区的pCAT报告基因载体 ;分析各片段在Hela细胞中的CAT调节活性。结果 :CCR5基因 5′侧翼区基因 - 1～ - 4 86bp序列的pCAT重组质粒在Hela细胞中能明显表现CAT... 目的 :研究CCR5基因 5′侧翼区的调控序列。方法 :分段构建CCR5基因 5′侧翼区的pCAT报告基因载体 ;分析各片段在Hela细胞中的CAT调节活性。结果 :CCR5基因 5′侧翼区基因 - 1～ - 4 86bp序列的pCAT重组质粒在Hela细胞中能明显表现CAT上调活性 ,其活性比pCATenhancervector的活性高 3倍。结论 :CCR5基因 5′侧翼区基因 - 1～ - 4 展开更多

关键词 5′侧翼区 克隆 调控功能 初步研究 CCR5基因 启动子 增强子 报告基因分析

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鸡OVR基因5′侧翼区多态性与鸡蛋胆固醇含量的关联分析 被引量：2

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作者 朱世康 吕世杰 +3 位作者 刘向波 田亚东 蒋瑞瑞 康相涛 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2014年第3期10-16,共7页

【目的】分析鸡卵母细胞卵黄生成受体(OVR)基因5′侧翼区多态性与鸡蛋胆固醇含量的关联性。【方法】以丝羽乌骨鸡为研究对象,测定936枚丝羽乌骨鸡蛋黄和全蛋胆固醇含量,利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法结合PCR... 【目的】分析鸡卵母细胞卵黄生成受体(OVR)基因5′侧翼区多态性与鸡蛋胆固醇含量的关联性。【方法】以丝羽乌骨鸡为研究对象,测定936枚丝羽乌骨鸡蛋黄和全蛋胆固醇含量,利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法结合PCR产物测序技术,对丝羽乌骨鸡OVR基因5′侧翼区进行多态性检测,并分析其多态性与鸡蛋胆固醇含量的关联性。【结果】丝羽乌骨鸡蛋黄胆固醇含量为13.411mg/g,全蛋胆固醇含量平均为456.502mg/hg。在鸡OVR基因5′侧翼区检测到g.9511G>A和g.10428T>C 2个突变位点,其与鸡蛋蛋黄和全蛋胆固醇含量显著或极显著相关,胆固醇含量较低的基因型分别是GG和TT(P<0.05)。【结论】鸡OVR基因5′侧翼区多态性对鸡蛋胆固醇含量有一定影响。 展开更多

关键词 丝羽乌骨鸡 OVR基因5′侧翼区 SNPS 鸡蛋胆固醇含量

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人类pax-5基因外显子1B的5′侧翼区碱基序列分析(英文)

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作者 刘茂林 Mizanur Rahman +1 位作者 平林泰彦 佐佐木毅 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2002年第2期100-103,共4页

pax 5基因是B细胞生成和B细胞发育中的重要转录因子。为了更好的理解 pax 5基因表达的调节机制 ,对 pax 5基因外显子 1B的 5′侧翼区进行了分离克隆及序列测定。整段碱基序列 (6 6 71bp)分析表明 ,无TATAbox共同序列存在 ,近侧启动子包... pax 5基因是B细胞生成和B细胞发育中的重要转录因子。为了更好的理解 pax 5基因表达的调节机制 ,对 pax 5基因外显子 1B的 5′侧翼区进行了分离克隆及序列测定。整段碱基序列 (6 6 71bp)分析表明 ,无TATAbox共同序列存在 ,近侧启动子包括 3CATboxs,1SP1和 1Ebox ,上游进一步推测的调节位点显示 6LMO2 COM ,5NFAT ,2LPOLYA B ,3GATA1,2AP4 ,10MZF1,1ETS1 B ,1GATA3,1NKX2 5 ,2RORA1,1LYF1,2Ikaros2 ,2TCF11,1GATA C和 1FREAC7,并确定在序列上。因此 ,pax 5基因外显子 1B的 5′侧翼区与 pax 5表达的调节有关 。 展开更多

关键词 pax-5基因 pax-5外显子1B 5′侧翼区序列 碱基序列分析 B细胞

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人类Pax-5基因外显子1B的5'侧翼区碱基序列分析

10

作者 刘茂林 Mizanur Rahman +1 位作者 平林泰彦 佐佐木毅 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期318-321,共4页

目的：探讨Pax- 5基因表达在B细胞分化发育的调节机制。方法：利用分子克隆及亚克隆技术对Pax-5基因外显子1B的5’侧翼区分离克隆。用双链双脱氧终止法进行核苷酸序列测定，并对侧序资料进行序列程序分析。结果：整段碱基序列（6671 hp... 目的：探讨Pax- 5基因表达在B细胞分化发育的调节机制。方法：利用分子克隆及亚克隆技术对Pax-5基因外显子1B的5’侧翼区分离克隆。用双链双脱氧终止法进行核苷酸序列测定，并对侧序资料进行序列程序分析。结果：整段碱基序列（6671 hp）分析表明：无TATA盒共同序列存在，近段启动子包括3个CAT盒,1个SP1和1个E盒；上游进一步推测的调节位点显示6个LMO2COM，5个NFAT，2个LPOLYA-B，3个GATA1，2个AP4,10个AZF1，1个ETS1-B,1个GATA3，1个NKX25，2个RORA1,1个LYFI，2个Ikaros2,2个ICF11，1个GATA-C和1个FREAC7确定在序列上。结论：Pax-5基因外显子1B的5’侧翼区与Pax-5表达的调节有关，且对保证B细胞谱系和B细胞发育起重要调节作用。 展开更多

关键词 Pax-5基因 5′侧翼区序列 启动子 推测调节位点 基因表达

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鸡8个功能基因5′-侧翼区与内含子的SNP多样性比较 被引量：6

11

作者 饶友生 聂庆华 +3 位作者 梁勇 杜颖军 阎文龙 张细权 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期432-436,共5页

本研究旨在探讨鸡功能基因5′-侧翼区的单核苷酸多态性(SNP)水平。作者以白来航鸡、隐性白洛克鸡、杏花鸡、丝羽乌骨鸡、固始鸡、红色原鸡为材料,扩增了GH、DDBC1、RIKEN、RASGRP3、IGF1、THRSP、VIP及PRL共8个基因的5′-侧翼区DNA序列... 本研究旨在探讨鸡功能基因5′-侧翼区的单核苷酸多态性(SNP)水平。作者以白来航鸡、隐性白洛克鸡、杏花鸡、丝羽乌骨鸡、固始鸡、红色原鸡为材料,扩增了GH、DDBC1、RIKEN、RASGRP3、IGF1、THRSP、VIP及PRL共8个基因的5′-侧翼区DNA序列。扩增序列全长为8,399bp,SNP的总数为161个,平均每52bp出现一个SNP。8个功能基因5′-侧翼区核苷酸多样性的θ均值和π均值分别为0.00620±0.00110和0.00559±0.00100。比较检验表明,5′-侧翼区的SNP多样性显著低于内含子区域。5′-侧翼区是基因表达的一个重要调控区域,在分子进化和系统发生过程中承受着比内含子区域更大的选择压,其较低的SNP多样性是适应性较好的表现。Tajima检验与Fu和Li检验表明,与鸡繁殖性状显著关联的VIP基因和PRL基因很可能是人工选择或自然选择的目的基因。 展开更多

关键词 鸡 5′-侧翼区 SNP 适应性

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广东人群PP2A-Aα亚基基因5′-侧翼区单体型分析 被引量：3

12

作者 陈慧峰 林丽娜 +6 位作者 李文 罗洁 张树江 万建新 林忠宁 陈雯 林育纯 《中国预防医学杂志》 CAS 2011年第3期219-222,共4页

目的探讨蛋白磷酸酶2A(PP2A)-Aα亚基基因启动子区多态性的人群单体型分布特征。方法采用Haploview软件分析部分广东汉族人群PPP2R1A基因5′-侧翼区筛查到的7个多态性位点的遗传学特征、连锁不平衡(LD)、标签(tag)SNP和单体型(域)分布... 目的探讨蛋白磷酸酶2A(PP2A)-Aα亚基基因启动子区多态性的人群单体型分布特征。方法采用Haploview软件分析部分广东汉族人群PPP2R1A基因5′-侧翼区筛查到的7个多态性位点的遗传学特征、连锁不平衡(LD)、标签(tag)SNP和单体型(域)分布。结果各多态性位点基因型频率均符合H-W平衡(P>0.05);各位点在该人群的杂合度(π)不同,且在-568G>A和+87T>C与HapMap中的不同人群存在明显差异(P<0.05);-1039G>T(+Ins)与+87T>C和+108A>G、-568G>A与-241-/G位点之间呈强LD,+87T>C与+108A>G之间为完全LD;构建该人群中的5种单体型(H1～H5),频率分布为野生单体型(H1)53%、其余4种变异单体型(H2～H5)为44%;得到两个单体型域,筛选出-1039G>T(+Ins)、-512G>A、-241-/G、+107-/C为4个tag SNP,并确定了2个单体型域内标签SNPs(htSNP)及其分别代表的单体型。结论首次确定并报道中国广东汉族健康人群PPP2R1A基因5′-侧翼区的标签SNP和单体型(域)分布。 展开更多

关键词 蛋白磷酸酶2A(PP2A) Aα亚基 PPP2R1A基因 5′-侧翼区 多态性单体型

原文传递

广东汉族人群蛋白磷酸酶2A-Bα基因5′侧翼区多态性

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作者 林育纯 林丽娜 +3 位作者 陈慧峰 万建新 陈雯 林忠宁 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1242-1244,共3页

目的探讨蛋白磷酸酶2A-Bα亚基基因PPP2R2A启动子区的多态性在人群中的分布。方法随机选取广东健康汉族人群样本,PCR获得PPP2R2A基因5-侧翼区-1707nt^+309nt的目的片段,再测序筛查并确证遗传变异位点,用Hap loV iew软件分析各等位基因... 目的探讨蛋白磷酸酶2A-Bα亚基基因PPP2R2A启动子区的多态性在人群中的分布。方法随机选取广东健康汉族人群样本,PCR获得PPP2R2A基因5-侧翼区-1707nt^+309nt的目的片段,再测序筛查并确证遗传变异位点,用Hap loV iew软件分析各等位基因型的人群分布,并与HapM ap中不同人群的数据进行比较。结果成功测序100条染色体中目的片段,发现该部分人群中存在4个遗传变异位点,各等位基因型分布符合Hardy-W e inberg平衡(P>0.05),最小等位基因频率分别为-977C>G(44%)、-348C>T(4%)、-286C>T(16%)和-180T>C(3%);其中-977C>G在该人群分布与HapM ap的国外高加索和约鲁巴人群差异有统计学意义(P<0.05),但与亚洲人群差异无统计学意义(P>0.05)。结论筛查出中国南方广东部分汉族人群中PPP2R2A基因启动子区的3个已知和1个新多态性位点;首次报道等位基因型的分布及其与其他人群的异同。 展开更多

关键词 蛋白磷酸酶2A Bα亚基 基因5′-侧翼区 多态性

原文传递