鸡生长激素基因5′端部分调控区的克隆分析 被引量：12

1

作者 章岩 李宁 张沅 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 1998年第5期427-432,共6页

利用PCR技术扩增、克隆、测序了7个跨越不同生长速度的鸡品种(系)的生长激素(GH)基因的5′端部分调控区。这7个品种(系)分别为:高生长速度的宝罗肉鸡父本;较高生长速度和一定的产蛋性能的宝罗肉鸡母本;肉蛋兼用型的芦花鸡;中等生长速度... 利用PCR技术扩增、克隆、测序了7个跨越不同生长速度的鸡品种(系)的生长激素(GH)基因的5′端部分调控区。这7个品种(系)分别为:高生长速度的宝罗肉鸡父本;较高生长速度和一定的产蛋性能的宝罗肉鸡母本;肉蛋兼用型的芦花鸡;中等生长速度和中等体重的蛋鸡品种洛岛红和农大褐;生长速度较慢体重较轻的蛋鸡品种北京白鸡和生长速度很慢但又不是矮小型的地方品种丝毛乌骨鸡。所扩增的片段长度为760bp,包括了转录起始位点5′端侧翼区的473bp、两个可能的TATA框、组织特异性转录因子结合位点、第一个外显子和部分第一内含子。所有克隆的鸡GH基因5′端调控区与Tanaka发表的序列相比,均在-34碱基的位置上缺失一个胞嘧啶C,在+160与+161碱基之间多1个胸腺嘧啶丁,在+175碱基的位置上出现了以腺嘌呤A替换了鸟嘌呤G的情况。7个品种(系)之间的比较显示,鸡GH基因启动区具有极高的保守性,在具有不同生长速度的鸡品种间不存在任何差异。说明鸡的不同生长速度和成年体重,不是由于生长激素5′调控区变异造成的。鸡生长激素基因表达的差异可能受到内含子或3′端侧翼序列的影响。 展开更多

关键词 鸡生长激素 5'调控区 克隆 PCR

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鳜脂蛋白脂酶和肝脂酶基因结构与组织表达 被引量：10

2

作者 姚煜 梁旭方 +2 位作者 李光照 王琳 刘秀霞 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期506-517,共12页

为了研究鳜(Siniperca chuatsi)脂蛋白脂酶(LPL)、肝脂酶(HL)基因结构与功能关系,首先采用RT-PCR及RACE法,克隆得到鳜肝脏LPL与HL基因cDNA全序列。鳜肝脏LPL基因cDNA全长为2089bp,其中开放阅读框(ORF)为1548bp,编码515个氨基酸。鳜HL基... 为了研究鳜(Siniperca chuatsi)脂蛋白脂酶(LPL)、肝脂酶(HL)基因结构与功能关系,首先采用RT-PCR及RACE法,克隆得到鳜肝脏LPL与HL基因cDNA全序列。鳜肝脏LPL基因cDNA全长为2089bp,其中开放阅读框(ORF)为1548bp,编码515个氨基酸。鳜HL基因cDNA全长为1964bp,其中ORF为1494bp,编码497个氨基酸。进化树分析显示,鳜LPL与HL基因与其他脊椎动物的LPL、HL基因各自聚集成簇。对鳜基因组进行PCR获得鳜LPL与HL全基因组DNA序列,与其他脊椎动物基因结构相似,鳜LPL基因由10个外显子和9个内含子组成,全长7392bp;鳜HL基因由9个外显子和8个内含子组成,全长8837bp。应用Genome Walker方法在鳜克隆得到一段长为1071bp的LPL和一段长为2173bp的HL基因5′侧翼区序列,并利用相关软件预测其中具有多个保守的顺式调控元件。组织表达研究显示与易患动脉粥样硬化的人类LPL不同,鳜LPL基因在所有被检测组织中均有表达:在脂肪组织中大量表达,其次是肝脏、脑、肠道、肌肉,在脾中表达量最低;而鳜HL基因的表达则与人类相似,只在肝脏中表达。本研究将为深入探讨机体脂质代谢调节机制以及LPL、HL在防治动脉粥样硬化中的作用奠定良好基础。 展开更多

关键词 脂蛋白脂酶 肝脂酶 CDNA序列 基因结构 5'调控区 组织表达 鳜

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鲢鱼可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)基因cDNA全序列与5′调控区的克隆与分析 被引量：5

3

作者 廖婉琴 梁旭方 +2 位作者 王琳 雷腊梅 韩博平 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期470-476,共7页

淡水鱼类可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)在微囊藻毒素去毒代谢过程中具有独特的关键作用,因而也称为微囊藻毒素去毒酶.从淡水食毒藻鱼类鲢鱼(Hypophthalmichthysmolitrix)肝脏通过简并引物克隆微囊藻毒素去毒酶基因cDNA核心序列,应用5′R... 淡水鱼类可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)在微囊藻毒素去毒代谢过程中具有独特的关键作用,因而也称为微囊藻毒素去毒酶.从淡水食毒藻鱼类鲢鱼(Hypophthalmichthysmolitrix)肝脏通过简并引物克隆微囊藻毒素去毒酶基因cDNA核心序列,应用5′RACE和3′RACE技术分别扩增该序列的5′末端和3′末端序列,最后通过序列拼接获得鲢鱼肝脏微囊藻毒素去毒酶基因cDNA全序列.序列分析结果表明,鲢鱼肝脏微囊藻毒素去毒酶基因cDNA全长920bp,其中5′-UTR长74bp,3′-UTR长174bp,编码区长672bp,编码223个氨基酸.应用基因组步行法,在鲢鱼克隆得到淡水鱼类微囊藻毒素去毒酶基因5′侧翼区878bp序列.与哺乳动物及海水鱼sGST基因不同,鲢鱼微囊藻毒素去毒酶基因的5′侧翼区,发现存在多个脂多糖反应元件(LPSRE),表明来源于毒藻的脂多糖可能对鲢鱼微囊藻毒素去毒酶基因表达有潜在调控作用. 展开更多

关键词 微囊藻毒素去毒酶基因 CDNA序列 5'调控区 克隆 鲢鱼

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鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列的克隆与分析 被引量：6

4

作者 王雷 王宝维 +5 位作者 贾晓晖 杨志刚 刘光磊 张名爱 张旭晖 龙芳羽 《中国畜牧兽医》 CAS 2007年第3期71-73,共3页

根据鸡、鸭等的IGF-Ⅰ基因5’调控区的保守区序列设计一对兼并引物,从五龙鹅的基因组DNA中扩增了IGF-Ⅰ基因5’调控区序列,将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,结果得到长796bp的序列。五龙鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列与鸭、鸡的同源性分别... 根据鸡、鸭等的IGF-Ⅰ基因5’调控区的保守区序列设计一对兼并引物,从五龙鹅的基因组DNA中扩增了IGF-Ⅰ基因5’调控区序列,将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,结果得到长796bp的序列。五龙鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列与鸭、鸡的同源性分别为98.1%、93.0%,充分显示了IGF-Ⅰ基因在进化上的高保守性;与鸭相比有4处碱基缺失和7处碱基插入;与鸡相比有4处碱基缺失和3处碱基插入。对其序列进行酶切图谱分析发现,共有5种常见的限制性内切酶的酶切位点。 展开更多

关键词 IGF-I基因 5’调控区 克隆 序列分析

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三个山羊品种FSHR基因部分序列的克隆与分析 被引量：3

5

作者 宋美玲 尚友国 +2 位作者 于艳 李建平 王建民 《山东农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2006年第3期397-401,共5页

以波尔山羊、莱芜黑山羊、崂山奶山羊为研穷对象,对其FSHR基因5’端调控区及第一外星子部分序列进行克隆测序。结果表明,波尔山羊与莱芜黑山羊、崂山奶山羊三者序列的同源性为98．13%,相应的突变率为1．87%。三个品种间共有27处发生碱... 以波尔山羊、莱芜黑山羊、崂山奶山羊为研穷对象,对其FSHR基因5’端调控区及第一外星子部分序列进行克隆测序。结果表明,波尔山羊与莱芜黑山羊、崂山奶山羊三者序列的同源性为98．13%,相应的突变率为1．87%。三个品种间共有27处发生碱基缺失/插入,且碱基突变区段位于基因的5’端区转录启动调控区,主要集中在-210～—290bp之间,莱芜黑山羊与崂山奶山羊之间仅出现3个碱基的突变。 展开更多

关键词 山羊 FSHR基因 5’调控区 转录启动区

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山羊GH基因5'调控区的单核苷酸多态性研究 被引量：4

6

作者 李美玉 潘玉春 +3 位作者 潘庆杰 闵令江 任正友 任志强 《莱阳农学院学报》 2004年第3期193-195,共3页

以鲁北白山羊、引进波尔山羊、纯繁波尔山羊以及鲁北白山羊与波尔山羊的杂交一代、回交一代共计274个山羊个体为研究材料,采用PCR-SSCP方法对山羊生长激素基因5'调控区的225～429bp片段进行多态性分析,发现该片断存在多态性。对两... 以鲁北白山羊、引进波尔山羊、纯繁波尔山羊以及鲁北白山羊与波尔山羊的杂交一代、回交一代共计274个山羊个体为研究材料,采用PCR-SSCP方法对山羊生长激素基因5'调控区的225～429bp片段进行多态性分析,发现该片断存在多态性。对两种纯合型(CC、DD)个体分别进行测序分析后发现,DD型存在3处突变,分别为264位由t→c,292位由t→a,372位由c→t。 展开更多

关键词 山羊 GH基因 5’调控区 单核苷酸 多态性 PCR-SSCP 生长激素基因

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牙鲆碱性磷酸酶基因5'调控区的克隆及其功能检测 被引量：4

7

作者 施志仪 顾一峰 +1 位作者 陈晓武 胡燕林 《生物技术通报》 CAS CSCD 2008年第2期207-213,共7页

通过基因组步移的方法扩增出一段924bp的牙鲆碱性磷酸酶基因5'调控区序列,在线软件分析表明5'调控区内可能含有GKLF、Oct、CREB、E2F、CEBP、GATA-1、Pitx-1、Pit1、RARE/TRE、AP4等转录因子结合位点。采用DNA重组的方法,将克... 通过基因组步移的方法扩增出一段924bp的牙鲆碱性磷酸酶基因5'调控区序列,在线软件分析表明5'调控区内可能含有GKLF、Oct、CREB、E2F、CEBP、GATA-1、Pitx-1、Pit1、RARE/TRE、AP4等转录因子结合位点。采用DNA重组的方法,将克隆得到的5'调控区片段插入启动子缺失的增强型绿色荧光蛋白表达载体pEGFP-1中,构建重组表达载体pEGFP-JFALP。重组载体瞬时转染COS-7细胞,在倒置荧光显微镜下可以检测到绿色荧光信号,且荧光信号随着时间的延长而增强。结果表明本实验克隆的牙鲆碱性磷酸酶基因5'调控区具有一定的启动子活性,为今后进一步研究碱性磷酸酶基因表达调控的分子机制奠定基础。 展开更多

关键词 碱性磷酸酶 基因 5'调控区 克隆 功能

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牦牛乳球蛋白基因5′调控区的分离、克隆及序列分析 被引量：2

8

作者 刘建忠 朱艳君 +1 位作者 周丽芳 马季骅 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期553-556,共4页

根据文献设计1对PCR引物,寡聚核苷酸序列上游引物为:5-′gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3′,下游引物:5-′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后扩增出长度为1 447 bp的DNA片段,将该片段从琼脂糖凝... 根据文献设计1对PCR引物,寡聚核苷酸序列上游引物为:5-′gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3′,下游引物:5-′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后扩增出长度为1 447 bp的DNA片段,将该片段从琼脂糖凝胶中回收,克隆到pMD18-T Vector后进行序列测定。序列分析结果表明,牦牛乳球蛋白基因5′调控区与文献报道的奶牛该基因同源性为97.65%,突出的碱基差异为牦牛乳球蛋白基因5′调控区发生了1个位点连续3个碱基的缺失突变和另一位点1个碱基的插入突变。该研究也为开展以牦牛乳球蛋白基因5′调控区为启动子的乳腺生物反应器研究准备了条件。 展开更多

关键词 乳球蛋白基因 5’调控区 牦牛 PCR扩增

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人G6PD基因启动子区结合蛋白的生物信息学分析 被引量：2

9

作者 卢玲琳 梁海萍 颜冬菁 《生物技术世界》 2015年第4期13-14,16,共3页

目的:对人G6PD基因启动子区结合蛋白进行生物信息学分析。方法:从Gene Bank数据库中获取人G6PD基因5’调控区,使用在线软件JASPAR对该序列可能存在的转录因子结合位点进行预测。结果:获得人G6PD基因5’调控区序列2200 bp(-2000^+200 bp)... 目的:对人G6PD基因启动子区结合蛋白进行生物信息学分析。方法:从Gene Bank数据库中获取人G6PD基因5’调控区,使用在线软件JASPAR对该序列可能存在的转录因子结合位点进行预测。结果:获得人G6PD基因5’调控区序列2200 bp(-2000^+200 bp)。Relative profile score threshold在85%、90%、95%和100%时,该序列存在805、258、66和17个可能的转录因子结合位点,包含Maf G、Pdx1、Prrx2、MZF1、SPIB、KLF5和SP1等因子。结论:人G6PD基因5’调控区存在多种转录因子的结合位点,这些转录因子大多与胰腺发育、肿瘤发生和氧化应激有关。 展开更多

关键词 人G6PD基因 5’调控区 启动子 转录因子结合位点

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草原红牛IGF-I基因5′调控区序列的生物信息学分析 被引量：2

10

作者 张金玉 张国梁 +5 位作者 赵玉民 秦立红 鲍永华 刘畅 宋永利 赵志辉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期119-121,共3页

胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因为多启动子基因,也是影响动物生长发育和肉用性状的重要候选基因。在克隆草原红牛IGF-I基因5′调控区1 954 bP的基因组序列基础上,利用生物信息学软件,分析了IGF-I 5′调控区的启动子结构;预测出评分在95... 胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因为多启动子基因,也是影响动物生长发育和肉用性状的重要候选基因。在克隆草原红牛IGF-I基因5′调控区1 954 bP的基因组序列基础上,利用生物信息学软件,分析了IGF-I 5′调控区的启动子结构;预测出评分在95分以上的转录因子结合位点有71个;分析结果没有发现CpG岛和TATA-box。研究结果为进一步研究IGF-I转录效率以及对草原红牛生长和肉用性状的影响奠定基础。 展开更多

关键词 草原红牛 IGF-I基因 5’调控区 生物信息学

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人IDE基因启动子生物信息学分析 被引量：1

11

作者 鲍思元 金科华 +2 位作者 陈红霞 陈娇娥 胡旺平 《华中师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2018年第4期525-531,共7页

对人IDE基因启动子进行生物信息学分析以获得人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点特征.从UCSC基因组数据库成功获得人IDE基因5’调控区2 000bp序列.Promoter2.0、FPROM、NNPP预测人IDE基因分别有3个、2个、6个启动子.Relative pro... 对人IDE基因启动子进行生物信息学分析以获得人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点特征.从UCSC基因组数据库成功获得人IDE基因5’调控区2 000bp序列.Promoter2.0、FPROM、NNPP预测人IDE基因分别有3个、2个、6个启动子.Relative profile score threshold选择80%、85%、90%、95%、100%时,JASPAR预测该序列存在5170、1771、454、87和5个可能的转录因子结合位点.Relative profile score threshold选择80%,搜索到6个潜在的TCF7L2转录因子结合位点.采用进化足迹法,LAGAN预测方法获得位于人和小鼠同源IDE基因启动子保守区域相同位置的转录因子结合位点为14个,包含转录因子SPI-1、cap、c-FOS、FREAC-3、c-ETS、Cdxa、HSF2等.发现一个CpG岛,位于1 303~1 705bp之间,大小为403bp.人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点的生物学信息学分析,为下一步基因表达调控实验奠定了基础. 展开更多

关键词 生物信息学分析 IDE基因 5’调控区 转录因子 启动子

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紧密连接蛋白claudin-8基因5'调控区序列的生物信息学分析 被引量：1

12

作者 周雯 蔡望伟 +1 位作者 周代锋 王青松 《滨州医学院学报》 2012年第6期415-418,共4页

目的研究紧密连接蛋白claudin-8基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用BLAST比对获得claudin-8基因5'调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件NeuralNetwork Promoter Pr... 目的研究紧密连接蛋白claudin-8基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用BLAST比对获得claudin-8基因5'调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件NeuralNetwork Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析claudin-8基因5'调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpGIsland Searcher分析claudin-8基因5'调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-8基因5'调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果 claudin-8基因5'调控区序列中存在2个CAAT-box,无TATA-box和GC-box;clau-din-8基因可能存在6个启动子位点;CpG岛为148 bp(379 bp-526 bp)、64 bp(1662 bp-1725 bp)、319 bp(296 bp-614 bp)。结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有498个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(ScoreThreshold:90.0)时,该区域具有221个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有98个潜在的转录因子结合位点;评分在100分(Score Threshold:99.0)时,该区域具有37个潜在的转录因子结合位点。结论通过生物信息学的方法对于claudin-8基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义。 展开更多

关键词 紧密连接蛋白 claudin-8 5’调控区 生物信息学

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褪黑激素受体MTNR1B5′调控区多态性及其与鸡产蛋性状的关联分析 被引量：1

13

作者 赵雪丹 王慧 +5 位作者 康丽 宋倩 温杰锋 贾美婷 张秀梅 唐辉 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期330-334,339,共6页

用直接测序法检测了434只寿光鸡MTNR1B 5'调控区的SNPs,并与寿光鸡的产蛋性状进行关联分析。结果发现,在5'调控区有13个SNPs位点,9个位点中度多态,4个位点低度多态,所有位点处于哈代温伯格平衡状态。-836位点(C→T),-778位点(G... 用直接测序法检测了434只寿光鸡MTNR1B 5'调控区的SNPs,并与寿光鸡的产蛋性状进行关联分析。结果发现,在5'调控区有13个SNPs位点,9个位点中度多态,4个位点低度多态,所有位点处于哈代温伯格平衡状态。-836位点(C→T),-778位点(G→A)和-629位点(G→A)完全连锁,群体中有CGA和TAG两种单倍型。CGA使产蛋数增加,在前期、中期、后期和总产蛋数上,加性效应值分别为1.0,2.5,1.4,4.9枚。在中期、后期和总产蛋数上2种单倍型存在正向互作效应,显性效应分别达到了2.7,2.3,5.6枚。构建的包含TAG、CGA和TGG 3种单倍型启动活性试验表明,-778位点突变是单倍型效应差异的关键。综上所述,MTNR1B的5'调控区有丰富的SNPs位点,-836、-778和-629位点SNPs及单倍型对寿光鸡的产蛋量有显著影响,可作为寿光鸡产蛋量辅助选择的具有潜在应用价值的分子遗传标记。 展开更多

关键词 鸡 MTNR1B 5’调控区 SNPS 产蛋性状

原文传递

青海牦牛与云南牦牛乳球蛋白基因5′调控区核苷酸序列同源性比较

14

作者 刘建忠 周丽芳 +3 位作者 朱艳君 田为宇 敖敬 马季骅 《武汉科技大学学报》 CAS 2006年第4期419-421,共3页

利用一对PCR引物,寡聚核苷酸序列的上游引物为5-′gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3;′下游引物为5-′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后,分别克隆来自我国青海和云南地区牦牛的乳球蛋白基因的5′... 利用一对PCR引物,寡聚核苷酸序列的上游引物为5-′gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3;′下游引物为5-′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后,分别克隆来自我国青海和云南地区牦牛的乳球蛋白基因的5′调控区1 447 bp的DNA片段。将该片段从琼脂糖凝胶中回收,克隆在pMD18-T Vector后进行序列测定。序列分析结果表明,青海牦牛该序列的核苷酸序列与文献报道的奶牛该基因的同源性为97.65%,云南牦牛该序列的核苷酸序列与奶牛该基因的同源性为96.8%,青海牦牛与云南牦牛该基因片段的核苷酸序列同源性为99.4%。 展开更多

关键词 牦牛 乳球蛋白基因 5’调控区 同源性

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牙鲆IGF-IR基因5′调控区的克隆及功能初步分析

15

作者 张俊玲 施志仪 +2 位作者 程琦 陈晓武 王晓竹 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期572-576,共5页

胰岛素样生长因子-I受体（Insulin-like growth factorIreceptor，IGF-IR）是一种跨膜的酪氨酸激酶受体蛋白，是IGF-I生物功能的关键调节因子之一。当配体IGF-I与其结合时激活酪氨酸激酶活性，从而引起大多数细胞的促有丝分裂和抑制凋... 胰岛素样生长因子-I受体（Insulin-like growth factorIreceptor，IGF-IR）是一种跨膜的酪氨酸激酶受体蛋白，是IGF-I生物功能的关键调节因子之一。当配体IGF-I与其结合时激活酪氨酸激酶活性，从而引起大多数细胞的促有丝分裂和抑制凋亡效应，在细胞的正常生长和分化中起至关重要的作用。在生物体内，IGF-IR基因的表达受到多层次的调控，其中以转录水平的调控为主。 展开更多

关键词 牙鲆 IGF-IR 5’调控区

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紧密连接蛋白claudin-14基因5'调控区序列的生物信息学分析

16

作者 周雯 蔡望伟 +1 位作者 周代锋 王青松 《新乡医学院学报》 CAS 2013年第1期20-23,共4页

目的研究紧密连接蛋白claudin-14基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用局部序列比对基本检索工具(BLAST)比对获得claudin-14基因5'调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析... 目的研究紧密连接蛋白claudin-14基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用局部序列比对基本检索工具(BLAST)比对获得claudin-14基因5'调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析claudin-14基因5'调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析claudin-14基因5'调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-14基因5'调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果 Claudin-14基因5'调控区序列中存在1个CAAT-box、1个TATA-box和1个GC-box;claudin-14基因可能存在5个启动子位点;CpG岛位于62 bp区间(229～290 bp)、99 bp区间(417～515 bp)、76 bp区间(523～598 bp)、89 bp区间(836～924 bp)、69 bp区间(1 216～1 284 bp)和194 bp区间(1 235～1 428 bp)。评分在85分以上时,该区域有432个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域有156个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域有66个潜在的转录因子结合位点;评分在100分时,该区域有24个潜在的转录因子结合位点。结论 Claudin-14基因可能存在不同的转录起始位点;claudin-14基因的转录受DNA甲基化和多种转录因子的调控。 展开更多

关键词 紧密连接蛋白 claudin-14 5’调控区 生物信息学

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基于生物信息学的鸡PGC1-α基因5’调控区的序列结构分析

17

作者 吴海锋 汤绮明 +5 位作者 苏瑛 周松海 谭道杰 刘鸿 张丽 叶昌辉 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第23期142-145,共4页

利用BLAST、Neural Network Promoter Prediction、ORF Finder、CpG Island Searcher和TF SEARCH等在线软件预测鸡的PGC1-α基因的5’调控区的启动子、开放阅读框、CpG岛及转录因子结合位点。结果显示,鸡与其他物种的PGC1-α核苷酸序列... 利用BLAST、Neural Network Promoter Prediction、ORF Finder、CpG Island Searcher和TF SEARCH等在线软件预测鸡的PGC1-α基因的5’调控区的启动子、开放阅读框、CpG岛及转录因子结合位点。结果显示,鸡与其他物种的PGC1-α核苷酸序列同源性很高,达84%以上;PGC1-α基因5’调控区序列上启动子可能位于1 900 bp处;评分在85分以上时,该区域具有221个潜在的转录因子结合位点;有12个潜在的转录因子结合位点评分在95分以上;最大ORF位于1 411～1 617位核苷酸,共编码69个氨基酸;CpG岛为200 bp区间(1 900～2 100 bp)。 展开更多

关键词 PGC1-α 5’调控区 鸡 生物信息学

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人Daintain基因5'调控区序列的生物信息学分析

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作者 颜冬菁 王青松 +3 位作者 唐敏 王咸寿 冯秋芳 陈正望 《现代生物医学进展》 CAS 2015年第21期4178-4181,共4页

目的：探讨人Daintain基因5’调控区的序列特征。方法：利用在线软件BLAST、Neural Network Promoter Prediction、Promoter2．0、Promoter SCAN、EMBOSS、CpG Island Searcher和TFSEARCH预测人Daintain基因启动子区域、CpG岛分布和转... 目的：探讨人Daintain基因5’调控区的序列特征。方法：利用在线软件BLAST、Neural Network Promoter Prediction、Promoter2．0、Promoter SCAN、EMBOSS、CpG Island Searcher和TFSEARCH预测人Daintain基因启动子区域、CpG岛分布和转录因子结合位点。结果：人Daintain基因5’调控区存在1个CAAT盒。Daintain基因可能存在6个启动子位点，CpG岛可能位于216bp区间（23～238bp）。评分85分以上时，该序列存在251个可能的转录因子结合位点；评分90分以上时，该序列存在70个可能的转录因子结合位点；评分95分以上时，该序列存在16个可能的转录因子结合位点；评分100分以上时，该序列存在7个可能的转录因子结合位点；这些结合的转录因子基本是与免疫细胞增殖或性别发生有关。结论：人Daintain基因5’调控区的生物信息学研究表明其转录受甲基化和多种转录因子的调控，为研究Daintain基因启动子的功能提供理论基础。 展开更多

关键词 人Daintain基因 5’调控区 启动子 CPG岛 转录因子结合位点

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GC_SBE元件突变对绵羊Myomaker基因5’调控区活性的影响

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作者 朱自欣 路盟 +3 位作者 张枫惠 秦健 李颖靓 杜荣 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第15期23-27,共5页

为了研究Smad蛋白结合元件GC_SBE对绵羊Myomaker基因5＇调控区转录调控活性的影响,试验将GC_SBE元件突变为特定酶切位点EcoRⅠ,构建元件突变型真核表达载体MyomakerProGC_SBEM-EGFP,并转染至C2C12成肌细胞中,用荧光定量PCR法检测突变组G... 为了研究Smad蛋白结合元件GC_SBE对绵羊Myomaker基因5＇调控区转录调控活性的影响,试验将GC_SBE元件突变为特定酶切位点EcoRⅠ,构建元件突变型真核表达载体MyomakerProGC_SBEM-EGFP,并转染至C2C12成肌细胞中,用荧光定量PCR法检测突变组GC_SBE元件突变对不同状态下EGFP mRNA表达的影响,同时以转染野生型绵羊MyomakerProW-EGFP真核表达载体的细胞作为对照。结果表明：成功构建了绵羊Myomaker ProGC_SBEM-EGFP载体;与对照组比较,在成肌细胞未分化状态下GC_SBE元件突变后导致EGFP mRNA表达下调,在成肌细胞分化状态下GC_SBE元件突变后则导致EGFP mRNA表达上调。说明GC_SBE元件突变对绵羊Myomaker基因5＇调控区的转录调控活性存在影响,且这种影响与细胞的状态有关。 展开更多

关键词 绵羊 肌肉 Myomaker基因 5'调控区 GC_SBE元件

原文传递

人Mcl-1基因启动子区结合蛋白的生物信息学分析 被引量：3

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作者 杜冠魁 骆凯丽 +6 位作者 庞驰 郭杨 恽枫林 柳红琴 文茂羽 张雪子 肖曼 《吉林医学》 CAS 2016年第12期2865-2867,共3页

目的:对人Mcl-1基因启动子区结合蛋白进行生物信息学分析。方法:从Gene Bank数据库中获取人Mcl-1基因5'调控区,使用在线软件JASPAR对该序列可能存在的转录因子结合位点进行预测。结果:Relative profile score threshold在85%、90%、... 目的:对人Mcl-1基因启动子区结合蛋白进行生物信息学分析。方法:从Gene Bank数据库中获取人Mcl-1基因5'调控区,使用在线软件JASPAR对该序列可能存在的转录因子结合位点进行预测。结果:Relative profile score threshold在85%、90%、95%和100%时,该序列存在1700、1147、368和32个可能的转录因子结合位点,包含Arid3a,Atoh1,ETV6,Gata1,GATA3,KLF5,LMX1A,LMX1B,MZF1,Prrx2,SPI1,TBX4,USF1,YY1,ZEB1等。结论:人Mcl-1基因5'调控区存在多种转录因子的结合位点,这些转录因子大多与肿瘤发生,红细胞生成及神经发育等有关。 展开更多

关键词 人Mcl-1基因 启动子5'调控区 转录因子结合位点

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