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鸡CFL2基因3′UTR多态性与肉质性状的关联分析 被引量:3
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作者 赵强 孙桂荣 +3 位作者 韩瑞丽 白义春 徐亚铂 康相涛 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2011年第21期17-20,共4页
以固始鸡×安卡鸡F2代资源群为研究对象,利用PCR-RFLP方法检测鸡CFL2基因3′UTR多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析。结果表明:在鸡CFL2基因3′UTR区预测到5个microRNA靶位点。在CFL2基因3′UTR区发现G577A位点,该位点... 以固始鸡×安卡鸡F2代资源群为研究对象,利用PCR-RFLP方法检测鸡CFL2基因3′UTR多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析。结果表明:在鸡CFL2基因3′UTR区预测到5个microRNA靶位点。在CFL2基因3′UTR区发现G577A位点,该位点为KpnⅠ自然酶切位点,表现为GG、AA和GA 3种基因型,基因型频率分别为0.589、0.349和0.061,经χ2适合性检验,该位点在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。该突变位点对鸡的腿肌肌纤维密度和肌纤维直径具有显著影响(P<0.05)。结果显示,CFL2基因对鸡的腿肌肌纤维性状有一定影响,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究提供参考。 展开更多
关键词 CFL2基因 3utr 肉质性状 PCR-RFLP
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不同代次广西巴马小型猪内源性反转录病毒3′UTR克隆及结构和调控元件分析 被引量:2
2
作者 欧阳康 邓世杰 +3 位作者 吴健敏 陈凤莲 张启模 郭亚芬 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1169-1174,共6页
利用CDNA末端快速扩增技术(RACE)成功扩增了广西巴马小型猪近交系连续4代次及封闭群的猪内源性反转录病毒(PERV)3UTR,共获得8条序列(GenBank登录号分别为:GQ475493、GQ475494、GQ475495、GQ475496、GQ475497、GQ475498、GQ475499、GQ475... 利用CDNA末端快速扩增技术(RACE)成功扩增了广西巴马小型猪近交系连续4代次及封闭群的猪内源性反转录病毒(PERV)3UTR,共获得8条序列(GenBank登录号分别为:GQ475493、GQ475494、GQ475495、GQ475496、GQ475497、GQ475498、GQ475499、GQ475500),分为638、749bp 2种不同的类型,都属于PERV-A亚型。以PERV-3UTR构建遗传进化树,PERV-A,B,C分群清晰,3UTR可作为PERV亚型区分的另一基因序列。对调控元件定位分析,推测具有749bp类型3UTR的PERV病毒转录水平更高。在所获得序列的209~227bp位置,发现了"CTTGAAACTT"10个碱基的1.9个重复。模拟RNA二级结构,广西巴马小型猪PERV-3UTR 2种类型无论从空间构型、自由能,还是茎环数量都存在明显的不同。这些结果为全面评价广西巴马小型猪来源的PERV病原安全性提供了参考。 展开更多
关键词 猪内源性反转录病毒 广西巴马小型猪 RACE 3utr
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鸭肝炎病毒基因组3′末端序列的克隆和分析 被引量:73
3
作者 丁春宇 张大丙 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期312-319,共8页
用3′RACE和RT-PCR扩增并克隆鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)Ⅰ型毒株C80和Ⅰ型变异株E63的3′末端序列。分析结果显示,C80株和E63株基因组3′末端均包含1 359 nt的3D、终止密码子TGA、长314nt的3′UTR,而poly(A)尾分别含18... 用3′RACE和RT-PCR扩增并克隆鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)Ⅰ型毒株C80和Ⅰ型变异株E63的3′末端序列。分析结果显示,C80株和E63株基因组3′末端均包含1 359 nt的3D、终止密码子TGA、长314nt的3′UTR,而poly(A)尾分别含18个A和19个A。由2株DHV 3D核苷酸序列所推导的3D蛋白均含453个氨基酸,均包含KDELR、DxxxxD、GxxCSGxxxTxxxNS、YGDD和FLKR等小RNA病毒RNA聚合酶的特征基序,该结果进一步证实Ⅰ型DHV属于小RNA病毒科的成员。两株DHV与小RNA病毒科9个已知属之间3D蛋白的氨基酸序列同源性为16%-37%,介于属间3D蛋白的氨基酸序列同源性范围(18%-60%)之内;此外,Ⅰ型DHV的3′UTR在小RNA病毒科是最长的。用3D蛋白进行进化分析的结果表明,Ⅰ型DHV可能属于小RNA病毒科的一个独立的病毒属。 展开更多
关键词 鸭肝炎病毒 3D基因 3utr POLY(A) 3′RACE
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Small but influential:the role of microRNAs on gene regulatory network and 3′UTR evolution 被引量:14
4
作者 Rui Zhang Bing Su 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 2009年第1期1-6,共6页
MicroRNAs (miRNAs) are endogenous -22 nucleotide noncoding RNAs that regulate the expression of complementary messenger RNAs (mRNAs). Thousands of miRNA genes have been found in diverse species, and many of them a... MicroRNAs (miRNAs) are endogenous -22 nucleotide noncoding RNAs that regulate the expression of complementary messenger RNAs (mRNAs). Thousands of miRNA genes have been found in diverse species, and many of them are highly conserved. With the miRNA roles identified in nearly all aspects of biological processes, evidence is mounting that miRNAs could represent a new layer of regulatory network, and their regulatory effect might be much more pervasive than previously suspected. Here we focus on the posttranscriptional level gene regulation of miRNAs in animals and review how the miRNAs act to sustain and shape up the expression profiles of specific cell types; how the miRNAs integrate into the existing gene regulatory networks; and how the miRNAs influence the evolution of 3'UTR of mammalian mRNAs. 展开更多
关键词 MIRNA gene expression regulatory network 3utr evolution
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MicroRNA调控固有免疫应答的分子机制 被引量:11
5
作者 侯召华 张建 田志刚 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1131-1136,共6页
MicroRNA(miRNA)是近几年继siRNA之后非编码RNA研究的又一热点.它通过与靶mRNA的特异性结合,在转录后水平上对基因表达进行调控.研究表明,miRNA可能参与脊椎动物固有免疫应答的多个环节.在病原微生物感染时,它们不仅成为重要的固有免疫... MicroRNA(miRNA)是近几年继siRNA之后非编码RNA研究的又一热点.它通过与靶mRNA的特异性结合,在转录后水平上对基因表达进行调控.研究表明,miRNA可能参与脊椎动物固有免疫应答的多个环节.在病原微生物感染时,它们不仅成为重要的固有免疫受体活化后的信号调节分子,而且能够直接干扰病毒复制而发挥抗病毒效应.miRNA可能与经典的固有免疫应答体系共同组成机体抵御病原微生物入侵的"第一道防线".同时,病原微生物,特别是病毒还可以通过自己编码miRNA或者改变宿主细胞miRNA表达谱直接或间接地干扰很多宿主免疫相关基因的表达,实现逃逸机体免疫清除的目的.因此,miRNA水平的相互作用可能是病原微生物与其宿主展开免疫"博弈"的重要战场. 展开更多
关键词 MIRNA 3'-utr TLR 固有免疫 病毒
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单股正链RNA病毒基因组3′非编码区的高级结构与功能研究进展 被引量:7
6
作者 孙道春 伯晓晨 王升启 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第4期299-303,共5页
单股正链RNA病毒种类繁多 ,其宿主涉及人、动物、植物 ,对人畜健康和农业经济生产都有重大的影响 .病毒基因组 3′UTR内的序列形成茎环、假结、TLS等高级结构 ,既可以作为顺式元件 ,又可以结合蛋白质反式因子 ,对病毒的转录、复制、翻... 单股正链RNA病毒种类繁多 ,其宿主涉及人、动物、植物 ,对人畜健康和农业经济生产都有重大的影响 .病毒基因组 3′UTR内的序列形成茎环、假结、TLS等高级结构 ,既可以作为顺式元件 ,又可以结合蛋白质反式因子 ,对病毒的转录、复制、翻译都有调控作用 .简要介绍了单股正链RNA病毒代表种属的 3′UTR内高级结构与功能的研究方法、主要进展和存在的问题 . 展开更多
关键词 单股正链RNA病毒 二级结构 拟tRNA结构 基因组 3’非编码区
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拟南芥ANAC055基因突变体对高盐和渗透胁迫的响应 被引量:7
7
作者 任瑞 张喜凤 +3 位作者 胡文韬 钟丽梅 余潮 刘金龙 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期721-728,共8页
高盐和渗透等非生物胁迫是影响农作物产量和品质的重要因素,非生物胁迫发生时,植物通过体内各类转录因子启动胁迫应答反应,进而降低非生物胁迫对植物的损伤。本研究筛选出植物特异性转录因子ANAC055编码基因的纯合T-DNA插入突变体SALK_1... 高盐和渗透等非生物胁迫是影响农作物产量和品质的重要因素,非生物胁迫发生时,植物通过体内各类转录因子启动胁迫应答反应,进而降低非生物胁迫对植物的损伤。本研究筛选出植物特异性转录因子ANAC055编码基因的纯合T-DNA插入突变体SALK_152738,测序分析发现T-DNA插在ANAC055基因的3'UTR区域。实时荧光定量PCR结果表明叶中ANAC055基因表达量最高;与野生型相比,突变体叶、茎和花中ANAC055基因表达量分别下降了40%、50%和70%。高盐胁迫后,野生型和突变体叶中ANAC055基因表达量分别比对照上升了320%和55.4%;而渗透胁迫时,该基因叶中的表达量分别比对照下降了47.7%和56.3%;电子表达谱分析发现该基因根中的表达可受高盐和渗透等多种非生物胁迫的诱导表达。高盐和渗透胁迫时野生型和突变体幼根的生长均受到明显抑制,但高盐胁迫对突变体根生长的抑制作用比对野生型根生长的抑制作用更大。上述分析表明拟南芥ANAC055基因可受高盐和渗透等非生物胁迫的诱导表达,并且其在拟南芥幼根的生长发育过程中具有一定的作用,本研究有助于进一步明确其在非生物胁迫过程中的作用。 展开更多
关键词 拟南芥 ANAC055基因 3'utr SALK_152738 高盐 渗透
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草鱼醛缩酶A3'-UTR突变与生长性状相关研究 被引量:6
8
作者 李玺洋 白俊杰 +1 位作者 于凌云 梁旭方 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2012年第5期13-16,共4页
采用直接测序法筛选草鱼(Ctenopharyngodon idella)醛缩酶A 3'-UTR突变位点,发现其转录终止密码子后58 bp处存在17 bp的插入片段。对草鱼养殖群体的插入突变进行分型,检测到该群体有AA、BB、AB三种基因型,等位基因B在群体中的频率为... 采用直接测序法筛选草鱼(Ctenopharyngodon idella)醛缩酶A 3'-UTR突变位点,发现其转录终止密码子后58 bp处存在17 bp的插入片段。对草鱼养殖群体的插入突变进行分型,检测到该群体有AA、BB、AB三种基因型,等位基因B在群体中的频率为0.723,处于Hardy-weinberg平衡,多态信息含量是0.32,此突变在所测群体中属于中等遗传变异。利用一般线性模型分析基因型与草鱼群体生长性状(体重、体长、体高、体宽)的相关性,结果表明:醛缩酶A 3'-UTR突变与草鱼体宽和吻长2个生长性状达到显著相关(P<0.05),BB基因型个体比AA基因型个体的体重增加8.37%,在全长、体长、体高、尾柄长等生长性状也表现出比AA和AB基因型个体好。可将醛缩酶A 3'-UTR上的这段插入突变位点作为草鱼生长性状的候选分子标记用于草鱼的选育。 展开更多
关键词 草鱼(Ctenopharyngodon idella) 醛缩酶 3'-utr 生长性状 关联分析
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鸡IGFBP2基因3′UTR区1196C>A单核苷酸多态性的功能性鉴定及分析 被引量:6
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作者 于莹莹 乔书培 +5 位作者 孙婴宁 宋鹤 张潇飞 闫晓红 李辉 王宁 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1163-1172,共10页
鸡IGFBP2基因3′非编码区(3′UTR)1196C>A单核苷酸多态性(SNP)与鸡的腹脂重和腹脂率显著相关.生物信息学分析显示,该SNP恰好位于gga-mi R-456-3p的一个潜在靶基因结合位点处,提示IGFBP2基因可能是gga-mi R-456-3p的一个靶基因,且该SN... 鸡IGFBP2基因3′非编码区(3′UTR)1196C>A单核苷酸多态性(SNP)与鸡的腹脂重和腹脂率显著相关.生物信息学分析显示,该SNP恰好位于gga-mi R-456-3p的一个潜在靶基因结合位点处,提示IGFBP2基因可能是gga-mi R-456-3p的一个靶基因,且该SNP位点可能影响gga-mi R-456-3p对IGFBP2基因表达的调控作用.为鉴定SNP 1196C>A是否为功能性SNP,本研究分别构建了包含该SNP位点C或A等位基因的双荧光素酶报告基因载体,比较分析这两个等位基因在鸡胚成纤维细胞系(DF1)和鸡前脂肪细胞中对报告基因活性和表达的影响;利用mi RNA mimics和inhibitor分析gga-mi R-456-3p对不同等位基因报告基因活性以及内源性IGFBP2表达的影响.结果发现,在DF1细胞和鸡前脂肪细胞中,A等位基因的报告基因活性和表达均显著高于C等位基因(P<0.05);gga-mi R-456-3p仅影响C等位基因的报告基因活性和表达,而对A等位基因的报告基因活性没有明显影响;gga-mi R-456-3p调控细胞内源性IGFBP2基因的m RNA和蛋白质表达.本研究证实IGFBP2基因是gga-mi R-456-3p的靶基因,其3′UTR区SNP 1196C>A是一个功能性SNP,它影响gga-mi R-456-3p对鸡IGFBP2基因的表达调控作用.本研究结果对于鸡的分子辅助选择育种及IGFBP2基因在脂肪沉积中调控机制的阐明具有重要意义. 展开更多
关键词 IGFBP2基因 单核苷酸多态性 3′非编码区 gga-mi R-456-3p
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家兔BMP7基因3′UTR的克隆及序列分析 被引量:5
10
作者 赵巧辉 陈其新 +2 位作者 李明 石晓卫 刘孟洲 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2009年第2期11-14,共4页
【目的】研究家兔BMP7基因3′非翻译区(3′UTR)序列的结构及功能特点。【方法】以家兔肾脏组织为材料,应用3′RACE技术对家兔BMP7基因3′UTR序列进行扩增,并与GenBank中登陆的其他哺乳动物相应序列进行比较分析。【结果】成功克隆了家兔... 【目的】研究家兔BMP7基因3′非翻译区(3′UTR)序列的结构及功能特点。【方法】以家兔肾脏组织为材料,应用3′RACE技术对家兔BMP7基因3′UTR序列进行扩增,并与GenBank中登陆的其他哺乳动物相应序列进行比较分析。【结果】成功克隆了家兔BMP7基因的3′UTR(GenBank号:EU004072);在3′UTR序列末端存在2个切割与胞质多聚腺苷化特异因子(CPSF)结合位点(AAUAAA)和1个11 bp的poly(A)。家兔BMP7基因3′UTR序列与小鼠、人、牛和猪的一致性分别为41.45%,50.30%,47.84%和57.91%,相对不保守。【结论】家兔BMP7基因3′UTR结构特点可能与其基因功能有关。 展开更多
关键词 家兔 哺乳动物 骨形态形成蛋白7 3utr 生物信息学分析
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喉癌中microRNA-24对S100A8基因3′非翻译区的作用 被引量:5
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作者 郭艳 尚超 +1 位作者 钟鸣 富伟能 《解剖科学进展》 CAS 2011年第3期280-283,286,共5页
目的分析喉癌中S100A8基因3'UTR与其靶向miRNA的调控作用。方法构建S100A8基因3′UTR野生型和突变型荧光素酶载体,应用MiRanda和RNA22软件预测S100A8基因3'UTR靶向miRNA,共转构建的荧光素酶载体和靶miRNA前体于喉癌Hep2细胞中,... 目的分析喉癌中S100A8基因3'UTR与其靶向miRNA的调控作用。方法构建S100A8基因3′UTR野生型和突变型荧光素酶载体,应用MiRanda和RNA22软件预测S100A8基因3'UTR靶向miRNA,共转构建的荧光素酶载体和靶miRNA前体于喉癌Hep2细胞中,双荧光素酶检测系统测定荧光素酶活性。结果成功构建了S100A8基因3'UTR荧光素酶载体,在S100A83'UTR第3bp位置预测到一个miR-24结合位点,与转染controlmiR组和突变型载体组相比,miR-24前体能明显降低野生型载体的荧光素酶活性(P<0.05)。结论 miR-24靶向负性调控S100A8基因3'UTR活性。 展开更多
关键词 喉癌 S100A8 3utr MIRNA
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FLT3基因3′-非翻译区-荧光素酶报告载体的构建及其活性鉴定 被引量:5
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作者 高晓宁 林季 +2 位作者 李永辉 王莉莉 于力 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2010年第3期694-697,共4页
为分析FMS样酪氨酸激酶3(FMS-liketyrosine kinase3,FLT3)基因3′-非翻译区(3′-untranslated region,3′-UTR)可能的微小RNA(miRNA)调控位点,构建FLT3基因3′-UTR-荧光素酶报告载体,与miRNA共转染293T细胞,分析miRNA对其调控作用。采用... 为分析FMS样酪氨酸激酶3(FMS-liketyrosine kinase3,FLT3)基因3′-非翻译区(3′-untranslated region,3′-UTR)可能的微小RNA(miRNA)调控位点,构建FLT3基因3′-UTR-荧光素酶报告载体,与miRNA共转染293T细胞,分析miRNA对其调控作用。采用PCR方法从HepG2细胞基因组DNA中扩增FLT3基因3′-UTR区序列,插入经PstI和EcoRI双酶切的经过改造的荧光素酶报告载体pGL3-control(pGL3-control-m);通过Target Scan5.1软件预测可能与FLT3基因3′-UTR作用的miRNA;采用FuGENEHD转染试剂包裹荧光素酶报告重组子和miRNA真核表达载体共转染293T细胞,双荧光素酶检测试剂盒测定荧光素酶活性。结果表明,成功构建了含有804bp的FLT3基因3′-UTR序列的荧光素酶报告重组子,通过酶切和基因测序的方法鉴定正确;miRNA靶位点预测显示,FLT3基因3′-UTR可能是miRNA-15a、miRNA-15b、miRNA-16、miRNA-195、miRNA-424、miRNA-497的作用靶点;与对照组相比,miRNA-15a、15b、195可使荧光素酶报告重组子的荧光素酶活性降低20%左右。结论:成功构建了FLT3基因3′-UTR-荧光素酶报告载体,而miRNA-15a、miRNA-15b、miRNA-195可抑制其荧光素酶活性。 展开更多
关键词 FLT3基因 microRNA 3’-非翻译区 荧光素酶报告载体 基因调控 基因转染
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ERK1/2信号通路基因3'UTR多态性与非小细胞肺癌的相关性
13
作者 洪超 向旭东 +6 位作者 李盈甫 曹杨 陈雪雅 李帅 邢安灏 林牧 马千里 《昆明医科大学学报》 CAS 2024年第3期7-17,共11页
目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC... 目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的相关性。方法纳入了478名NSCLC患者及480名健康对照者,利用TaqMan探针法对其进行基因分型检测,并分析上述4个SNP与NSCLC的相关性。结果rs9340位点的等位基因在对照组与非小细胞鳞状细胞癌组(squamous cell carcinoma,SCC)中分布频率的差异具有统计学意义(P=0.009),该结果表明rs9340位点的G等位基因可能是非小细胞肺鳞癌的保护性因素(OR=0.67,95%CI:0.50~0.91)。同时,在<50岁年龄组中,rs9340位点的等位基因在对照组和NSCLC组中的分布频率差异具有统计学意义(P=5.07×10^(-4)),该结果表明rs9340等位基因G可能是NSCLC的保护性因素(OR=0.46,95%CI:0.29~0.72)。结论MAPK1基因SNP位点rs9340可能与NSCLC的发生风险相关。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 ERK1/2信号通路 单核苷酸多态性 3'utr MAPK1
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大麦黄矮病毒GPV株系基因组末端序列的克隆和分析 被引量:1
14
作者 张文蔚 成卓敏 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 2009年第1期102-107,共6页
利用5′RACE、3′RACE和RT-PCR完成了大麦黄矮病毒GPV株系5′和3′末端序列的克隆和分析。分析结果显示,GPV株系5′末端长302 nt,包含起始密码子ATG和长100 nt的5′UTR。与马铃薯卷叶病毒属其他病毒比较,5′UTR的长度差异大且不保守。3... 利用5′RACE、3′RACE和RT-PCR完成了大麦黄矮病毒GPV株系5′和3′末端序列的克隆和分析。分析结果显示,GPV株系5′末端长302 nt,包含起始密码子ATG和长100 nt的5′UTR。与马铃薯卷叶病毒属其他病毒比较,5′UTR的长度差异大且不保守。3′末端长328 nt,包含终止密码子TGA和长93 nt的3′UTR。比RPV3′UTR短74 nt,同源性为40%,但末端较为保守,与RPV3′UTR末端序列同源性达84.34%。 展开更多
关键词 大麦黄矮病毒GPV株系 5′RACE 3′RACE 5′utr 3utr
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Overexpression of a reversion-related protein in the revertant RR cells 被引量:4
15
作者 刘定干 李载平 +1 位作者 Shizuo Akira Tadamitsu Kishimoto 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 1996年第3期300-309,共10页
The cDNA insert of the plasmid p14-6[1] is found to be the 3’-untranslatcd region (3’-UTR) of the transcription factor for human interleukin-6, NF-IL6. This 3’ -DTK is actively transcribed in the revertant cell lin... The cDNA insert of the plasmid p14-6[1] is found to be the 3’-untranslatcd region (3’-UTR) of the transcription factor for human interleukin-6, NF-IL6. This 3’ -DTK is actively transcribed in the revertant cell line RR, which contains the p14-6 plasmid integrated into its genomic DNA. Simultaneously a protein specifically bound to this 3’-UTR is expressed in significantly larger amounts. Its overexpression is apparently related to the reversion of the malignant cellular phenotype. The properties of this protein, named BNF, and possible reasons for its overexpression are discussed, and hypothesis on the mechanism of reversion of the RR cells is proposed. 展开更多
关键词 NF-IL6 3’-utr BNF PROTEIN RNA-protein BINDING reversion.
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基因编辑酪氨酸酶(TYR)基因不同功能区对鱼类体色的影响 被引量:4
16
作者 许细丹 陈红林 +3 位作者 MANDAL Biplab Kumar 司周旋 王军 王成辉 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期811-819,共9页
以AB系斑马鱼(Danio rerio)为研究对象,应用CRISPR/Cas9基因编辑技术,对纯合亲鱼受精卵进行显微注射,通过编辑损坏Tyr基因的CDS区第二外显子和3′-UTR非poly-A加尾信号区,使基因发生突变,检测基因不同功能区经编辑后对鱼类体色的影响。... 以AB系斑马鱼(Danio rerio)为研究对象,应用CRISPR/Cas9基因编辑技术,对纯合亲鱼受精卵进行显微注射,通过编辑损坏Tyr基因的CDS区第二外显子和3′-UTR非poly-A加尾信号区,使基因发生突变,检测基因不同功能区经编辑后对鱼类体色的影响。结果显示:Tyr基因在野生型斑马鱼胚胎的各个发育时期均能正常表达,眼睛出现黑色素时的表达量最高;编辑损坏Tyr基因的CDS区后,突变型斑马鱼的胚胎和仔鱼均未出现黑色素细胞,表现为体表白化,而成鱼会再度出现黑色素细胞,表现为体表黑色条纹断裂。编辑损坏Tyr基因的3′-UTR非poly-A加尾信号区后,突变型胚胎、仔鱼和成鱼均未出现黑色素减褪,黑色素合成未受影响。研究表明,编辑损坏基因的CDS区会对生物表型产生显著影响,而编辑损坏3′-UTR非poly-A加尾信号区对生物表型的影响有限。 展开更多
关键词 Tyr 基因编辑 CDS 3’-utr 黑色素 CRISPR/Cas9
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沙棘耐盐基因HrNHX1的克隆及3'UTR序列分析 被引量:3
17
作者 郭长奎 罗淑萍 +1 位作者 沙依拉 于静 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期1031-1035,共5页
以沙棘(Hippophae rhamnoides L.)叶片为材料,用改良SDS法提取总RNA,反转录合成第一链cDNA作为模板,根据已公布NHX1家族同源序列保守区设计简并引物,扩增出沙棘中HrNHX1基因的中间序列,然后用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of c... 以沙棘(Hippophae rhamnoides L.)叶片为材料,用改良SDS法提取总RNA,反转录合成第一链cDNA作为模板,根据已公布NHX1家族同源序列保守区设计简并引物,扩增出沙棘中HrNHX1基因的中间序列,然后用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA end,RACE)方法,从沙棘中克隆到HrNHX13'cDNA序列。该序列(GenBank登录号:EU718492)长度为1373bp,与已知NHX1序列同源性最大为80%,其编码区1094bp,编码364个氨基酸,3'非翻译区(3'-untranslated region,3'UTR)长度为239 bp。3'UTR序列分析显示沙棘的3'UTR与陆地棉、葡萄柚和小盐芥的同源性分别为43.97%、45.63%和40.64%,明显低于编码区的同源性。结果表明,NHX1基因编码区具有较高的保守性,3'UTR序列的同源性较低,显示了非编码区在环境适应中的重要性,并为进一步研究沙棘对生境的适应分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 沙棘 3'RACE 3'utr HrNHX1基因 耐盐
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Sox2基因3'非翻译区保守元件对基因表达的调控作用 被引量:4
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作者 马莉 孔清华 +2 位作者 赵树华 魏云虎 毛炳宇 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期633-638,共6页
转录因子Sox2是脊椎动物早期发育中最早表达的神经系统特异性基因之一,同时在干细胞的维持中也起着关键作用。通过生物信息学分析,作者发现在脊椎动物Sox2mRNA3'非翻译区中存在4段非常保守的富含AU的区域。将这些片段按照不同的组... 转录因子Sox2是脊椎动物早期发育中最早表达的神经系统特异性基因之一,同时在干细胞的维持中也起着关键作用。通过生物信息学分析,作者发现在脊椎动物Sox2mRNA3'非翻译区中存在4段非常保守的富含AU的区域。将这些片段按照不同的组合克隆到GFP和荧光素酶两种报告基因载体中,在非洲爪蟾胚胎和培养细胞中检测了这些片段对报告基因表达的影响。结果显示,Sox2的3'UTR可影响报告基因的表达水平,特别是其中的保守片段2可显著提高报告基因的表达水平,表明Sox23'非翻译区有可能参与Sox2表达的转录后调控。 展开更多
关键词 SOX2 3’非翻译区 转录后调控 非洲爪蟾
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Molecular cloning and characterization of a putative proline dehydrogenase gene in the Colorado potato beetle, Leptinotarsa decemlineata 被引量:3
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作者 Pin-Jun Wan Dong Lu +4 位作者 Wen-Chao Guo Tursun Ahmat Lu Yang Li-Li Mu Guo-Qing Li 《Insect Science》 SCIE CAS CSCD 2014年第2期147-158,共12页
Leptinotarsa decemlineata adults exhibit a season-dependent activity. In spring, post-diapause beetles often fly a long distance from overwintering sites to potato fields. In summer and autumn, the flight ability is s... Leptinotarsa decemlineata adults exhibit a season-dependent activity. In spring, post-diapause beetles often fly a long distance from overwintering sites to potato fields. In summer and autumn, the flight ability is sharply reduced. Proline is the main energy substrate ofL. decemlineata during flight and proline dehydrogenase (ProDH) catalyzes the first step in proline catabolism. Here we identified a putative LdProDHgene; it had three cDNA isoforms which shared the same 5'UTR and coding region, but differed in the lengths of 3'UTRs (515, 1 092 and 1 242 bp for isoforms-1, -2 and -3, respectively). LdProDH encoded a 616 amino acid protein that showed high sequence similarity to ProDH-like proteins from other insect species. LdProDHwas expressed in the third and fourth instars larvae and adults, but not in pupae. Dietary ingestion of bacterially expressed LdProDH- dsRNA by adults significantly decreased its messenger RNA (mRNA) level, and caused an elevation of free proline content in the hemolymph. Further observation revealed that three canonical polyadenylation signals (AATAAA) were tandemly located in the 3'UTR of isoform-3. The first, second and third polyadenylation sites gave rise to isoforms-1, -2 and -3, respectively. Analysis of the genomic DNA uncovered that the three isoforms resulted from alternative polyadenylation. The mRNA level of isoform-1, which expressed at low levels in pre-diapause adults, became abundant in post-diapause beetles. It is indicated that the LdProDH expression is fine-tuned through 3'UTR to control proline catabolism for the season-dependent activity ofL. decemlineata adults. 展开更多
关键词 alternative polyadenylation ISOFORM RNA interference temporal expres-sion 3~utr
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奶牛OLR1 3'UTR A223C多态的生物学信息分析 被引量:3
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作者 张传生 耿立英 +3 位作者 尹春光 曹顶国 刘铮铸 付志新 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第1期75-77,共3页
[目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'UTR A2... [目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'UTR A223C突变定位于bta-miR-370靶标种子序列的互补区。[结论]由于OLR1 3'UTR A→C突变导致bta-miR-370靶标的消失,为OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制深入研究提供依据。 展开更多
关键词 OLR1 3'utr mir-370 生物信息 MICRORNA
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