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福氏2a志贺氏菌301株基因组水平的缺失基因分析 被引量：4
1
作者 张笑冰 刘红 +8 位作者 杨帆 杨剑 薛颖 董杰 孙立连 杨国威 朱俊萍 楚雍烈 金奇 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第6期587-592,共6页
在完成福氏2a志贺氏菌 301株全基因组序列测定工作的基础上, 以非致病性大肠杆菌K12 MG1655株的全基因组序列为参比对象, 进行比较基因组学分析. 结果显示, 与大肠杆菌基因组相比, 福氏2a志贺氏菌 301株基因组中共有136个长度大于1000 b... 在完成福氏2a志贺氏菌 301株全基因组序列测定工作的基础上, 以非致病性大肠杆菌K12 MG1655株的全基因组序列为参比对象, 进行比较基因组学分析. 结果显示, 与大肠杆菌基因组相比, 福氏2a志贺氏菌 301株基因组中共有136个长度大于1000 bp的片段缺失, 总长为717253 bp. 这些缺失片段中共包含670个可读框(ORF). 通过对ORFs编码产物的功能预测和分析, 发现这些缺失的ORFs主要编码与细菌代谢相关的酶类、结构蛋白、基因转录调控因子以及与细菌遗传物质水平转移相关的元件. 这不仅从全基因组水平揭示了两种具有不同生物学特性和表型的重要肠道细菌的分子差异, 而且为进一步探索其生理活动过程、致病机制以及肠道细菌间的进化等诸方面的问题提供了有价值的线索. 展开更多
关键词 福氏2a志贺氏菌 301株 基因组水平 大肠杆菌K12 比较基因组学 缺失基因 细菌性痢疾
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痢疾杆菌全基因组序列及基因组岛的分析 被引量：15
2
作者 刘红 杨帆 +18 位作者 张笑冰 张继瑜 杨国威 董杰 薛颖 侯云德 袁正宏 闻玉梅 徐建国 陈洪松 马大龙 王宇 杨剑 沈岩 强伯勤 吴洪涛 贺秉坤 吕渭川 金奇 《中国工程科学》 2002年第10期40-47,共8页
福氏 2a志贺菌 (Shigellaflexneriserotype 2a)是引起人类细菌性痢疾的主要病原体。本文在国际上首次完成了福氏 2a志贺菌 30 1株 (Sf30 1) (我国细菌性痢疾的优势流行株 )的全基因组核苷酸序列测定和初步分析。该基因组包括一条由 4 6 ... 福氏 2a志贺菌 (Shigellaflexneriserotype 2a)是引起人类细菌性痢疾的主要病原体。本文在国际上首次完成了福氏 2a志贺菌 30 1株 (Sf30 1) (我国细菌性痢疾的优势流行株 )的全基因组核苷酸序列测定和初步分析。该基因组包括一条由 4 6 0 72 0 3个碱基对 (bp)组成的环状染色体和一个含 2 2 16 18bp的侵袭性大质粒pCP30 1以及另外两个小质粒。通过将Sf30 1的染色体序列与其亲源关系相近的非致病性大肠杆菌K - 12菌株MG16 5 5进行比较基因组学研究 ,发现Sf30 1的染色体上有 5 72Kb特异性序列 ,并形成了 32 0个长度大于 5 0bp的“痢疾岛” (Shigella island ,SIs) ,其中大于 1Kb的共计 131个。这些岛共包含 5 19个开放读码框架 (OpenReadingFrames,ORFs) ,多数SIs的一侧或两侧均伴有插入序列元件、转座子或者tRNAs。G +C含量及密码子使用频率等分析显示出部分SIs的外源性。通过结构及ORF编码产物功能的分析 ,鉴别出 9个可能与痢疾杆菌致病性有关的“毒力岛” ,其中 展开更多
关键词 福氏2a志贺菌301株 全基因组序列 测定 痢疾岛 毒力岛 痢疾杆菌 痢疾传染病
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痢疾杆菌福氏2a及其环丙沙星耐药株gyrA和parC基因耐药性决定区的序列分析 被引量：1
3
作者 张继瑜 邓旭明 +2 位作者 阎继业 金奇 侯云德 《中国兽医科技》 CSCD 北大核心 2003年第4期20-25,共6页
测定了痢疾杆菌福氏 2a 30 1株与喹喏酮类药物耐药性相关的 gyrA基因和 parC基因的序列 ,并对其环丙沙星耐药诱变株的 gyrA和 parC基因喹喏酮类药物耐药性决定区 (QRDR)序列进行了测定分析。结果表明 ,痢疾杆菌福氏 2a 30 1株 gyrA和 p... 测定了痢疾杆菌福氏 2a 30 1株与喹喏酮类药物耐药性相关的 gyrA基因和 parC基因的序列 ,并对其环丙沙星耐药诱变株的 gyrA和 parC基因喹喏酮类药物耐药性决定区 (QRDR)序列进行了测定分析。结果表明 ,痢疾杆菌福氏 2a 30 1株 gyrA和 parC基因分别为 2 6 2 5bp和2 2 5 6bp ,环丙沙星诱导的耐药菌 gyrA基因QRDR(2 4 5bp)发生氨基酸残基 6 9 Ala→Val和 87 Tyr→Asp改变 ,parC基因QRDR(2 37b)发生氨基酸残基 79 Ala→Asp、84 Ala→Glu和 85 Pro→Ala改变。 展开更多
关键词 痢疾杆菌 福氏2a301株 环丙沙星 耐药性 GYRA基因 PARC基因 喹诺酮类药物 分子机理
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福氏志贺痢疾杆菌硫胺素单磷酸激酶(ThiL)表达纯化及晶体生长研究 被引量：1
4
作者 尚桂军 丁志强 +3 位作者 赵子华 聂荣鑫 高伟 仓怀兴 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期25-29,共5页
硫胺素单磷酸激酶(ThiL)在ATP存在下催化硫胺素单磷酸(TMP)形成硫胺素焦磷酸(TPP)和ADP,硫胺素焦磷酸就是维生素B1的活性形式。硫胺素单磷酸激酶属于一个小的ATP结合蛋白超家族成员。将来源于福氏志贺痢疾杆菌2a(301株)ThiL基因构建入pE... 硫胺素单磷酸激酶(ThiL)在ATP存在下催化硫胺素单磷酸(TMP)形成硫胺素焦磷酸(TPP)和ADP,硫胺素焦磷酸就是维生素B1的活性形式。硫胺素单磷酸激酶属于一个小的ATP结合蛋白超家族成员。将来源于福氏志贺痢疾杆菌2a(301株)ThiL基因构建入pET-22b(+)表达载体,在大肠杆菌中得到高效表达,经过两步纯化,得到高纯度蛋白,用于晶体生长,经过对其晶体生长条件进行摸索和优化,得到了能用于X-射线衍射的单晶,为其结构解析、催化机理研究和药物设计提供了基础。 展开更多
关键词 硫胺素单磷酸激酶(ThiL)晶体生长 福氏志贺痢疾杆菌2a301株
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