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DNA序列数值映射方法的研究
被引量：
10
1
作者
饶妮妮
邱丽君
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005年第4期681-685,共5页
DNA序列的数值映射是用数学方法、物理方法和数字信号处理方法分析生物分子序列首先要解决的问题。本文分析了现有8种DNA序列数值映射方法的特点和适应性。在此基础上,提出了一种基于DNA序列中碱基出现概率的数值映射方法。大多数蛋白...
DNA序列的数值映射是用数学方法、物理方法和数字信号处理方法分析生物分子序列首先要解决的问题。本文分析了现有8种DNA序列数值映射方法的特点和适应性。在此基础上,提出了一种基于DNA序列中碱基出现概率的数值映射方法。大多数蛋白编码序列具有3-碱基周期特性(周期-3性质)。借助于具有周期-3性质的DNA序列的频谱分析,比较了8种数值映射方法的优劣,并证实了新方法的有效性。计算机仿真结果表明,基于复域的映射方法无论从携带原有生物分子序列的信息量,还是数值映射后所得功率谱的效果均优于其它7种映射方法,而DNA序列新数值映射方法能够获得与复域法几乎相同的识别率。
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关键词
DNA序列
数值映射
3
-
碱基
周期性
频谱分析
映射
数值
数字信号处理
分子序列
计算机仿真
数学方法
下载PDF
职称材料
不具有3-碱基周期性的编码序列初探
被引量：
7
2
作者
张静
石秀凡
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2002年第2期267-272,共6页
对 12 0个较短编码序列 (<12 0 0bp)的Fourier频谱进行分析表明 ,3 碱基周期性在短编码序列中并不是绝对存在的 .统计分析提示 ,编码序列有无 3 碱基周期性与序列的碱基组成和分布、所编码蛋白质氨基酸的选用和顺序以及同义密码子的...
对 12 0个较短编码序列 (<12 0 0bp)的Fourier频谱进行分析表明 ,3 碱基周期性在短编码序列中并不是绝对存在的 .统计分析提示 ,编码序列有无 3 碱基周期性与序列的碱基组成和分布、所编码蛋白质氨基酸的选用和顺序以及同义密码子的使用都有一定的关系 .一般地 ,非周期 3序列中A +U含量高于G +C含量 ,周期 3序列的情况则相反 ;非周期 3序列中碱基在密码子三个位点上的分布比周期 3序列中的分布均匀 ;非周期 3序列密码子和氨基酸的使用偏向没有周期 3序列的大 .在利用Fourier分析方法预测DNA序列中的基因和外显子时 。
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关键词
编码序列
FOURIER分析
3
-
碱基
周期性
非
3
-
碱基
周期性
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职称材料
题名
DNA序列数值映射方法的研究
被引量：
10
1
作者
饶妮妮
邱丽君
机构
电子科技大学生命科学与技术学院
出处
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005年第4期681-685,共5页
基金
教育部科技重点项目资助
电子科技大学青年科技基金资助
文摘
DNA序列的数值映射是用数学方法、物理方法和数字信号处理方法分析生物分子序列首先要解决的问题。本文分析了现有8种DNA序列数值映射方法的特点和适应性。在此基础上,提出了一种基于DNA序列中碱基出现概率的数值映射方法。大多数蛋白编码序列具有3-碱基周期特性(周期-3性质)。借助于具有周期-3性质的DNA序列的频谱分析,比较了8种数值映射方法的优劣,并证实了新方法的有效性。计算机仿真结果表明,基于复域的映射方法无论从携带原有生物分子序列的信息量,还是数值映射后所得功率谱的效果均优于其它7种映射方法,而DNA序列新数值映射方法能够获得与复域法几乎相同的识别率。
关键词
DNA序列
数值映射
3
-
碱基
周期性
频谱分析
映射
数值
数字信号处理
分子序列
计算机仿真
数学方法
Keywords
DNA sequence Numerical mapping
3
-base periodicity Spectrum analysis
分类号
Q75-3 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
不具有3-碱基周期性的编码序列初探
被引量：
7
2
作者
张静
石秀凡
机构
云南大学应用统计中心
中国科学院昆明动物研究所
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2002年第2期267-272,共6页
基金
国家教育部科研重点基金资助项目 ( 0 0 2 46 )~~
文摘
对 12 0个较短编码序列 (<12 0 0bp)的Fourier频谱进行分析表明 ,3 碱基周期性在短编码序列中并不是绝对存在的 .统计分析提示 ,编码序列有无 3 碱基周期性与序列的碱基组成和分布、所编码蛋白质氨基酸的选用和顺序以及同义密码子的使用都有一定的关系 .一般地 ,非周期 3序列中A +U含量高于G +C含量 ,周期 3序列的情况则相反 ;非周期 3序列中碱基在密码子三个位点上的分布比周期 3序列中的分布均匀 ;非周期 3序列密码子和氨基酸的使用偏向没有周期 3序列的大 .在利用Fourier分析方法预测DNA序列中的基因和外显子时 。
关键词
编码序列
FOURIER分析
3
-
碱基
周期性
非
3
-
碱基
周期性
Keywords
coding sequence, Fourier analysis,
3
base periodicity, non
3
base periodicity
分类号
Q755 [生物学—分子生物学]
Q617
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
DNA序列数值映射方法的研究
饶妮妮
邱丽君
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2005
10
下载PDF
职称材料
2
不具有3-碱基周期性的编码序列初探
张静
石秀凡
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2002
7
下载PDF
职称材料
已选择
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参考文献
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统计分析
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