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基于18S和28S rDNA基因的房舍甲螨DNA条形码比较研究
1
作者 陈慧林 朱永航 +5 位作者 范海页 赵薇 刘璐瑶 曹玉祥 叶长江 孙恩涛 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CSCD 北大核心 2023年第2期163-169,共7页
目的比较18S和28S rDNA基因应用于房舍甲螨物种鉴定的有效性及适用性。方法2021年2—10月在安徽省部分地区(亳州、阜阳、淮南、滁州、合肥、芜湖、铜陵、安庆和黄山等9市)的居室、农舍及仓储等房舍采集灰尘并分离甲螨,利用形态学特征鉴... 目的比较18S和28S rDNA基因应用于房舍甲螨物种鉴定的有效性及适用性。方法2021年2—10月在安徽省部分地区(亳州、阜阳、淮南、滁州、合肥、芜湖、铜陵、安庆和黄山等9市)的居室、农舍及仓储等房舍采集灰尘并分离甲螨,利用形态学特征鉴定螨种,提取单只甲螨基因组DNA,PCR扩增甲螨18S rDNA,28S rDNA D3和D8基因片段并测序。从GenBank下载房舍甲螨基因序列,用MEGA X软件进行序列特征分析和遗传距离计算,并通过ABGD网站进行DNA条形码间隙分析。采用邻接法构建甲螨的系统进化树。结果共采集甲螨53只,经形态学鉴定属于3科5属5种,分别为滑菌甲螨(15只)、盛若甲螨(9只)、新小奥甲螨(10只)、棒梳枝奥甲螨(10只)和间新美奥甲螨(9只)。从该5种甲螨扩增获得18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因单倍型分别为7、5和11条;从GenBank中共下载房舍甲螨序列42条。序列分析结果显示,18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因长度分别为442~590、247~331、270~283 bp,GC含量分别为45.6%、52.2%和57.5%,变异率分别为17.6%、21.4%和21.7%。18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因种内遗传距离平均值分别为0.001、0.001和0.005,种间遗传距离平均值分别为0.064、0.115和0.109,种间遗传距离平均值均大于种内遗传距离平均值(10倍以上)。DNA条形码间隙分析结果显示,18S rDNA和28S rDNA D3基因种内和种间遗传距离存在重叠区,28S rDNA D8基因则存在明显DNA条形码间隙。系统进化树分析结果显示,房舍甲螨科属分类阶元聚类结果与形态学聚类结果一致,金黄缝甲螨和淡红缝甲螨在18S rDNA基因系统进化树显示聚集在一起,无法分开;28S rDNA D3基因系统进化树呈现出交叉类聚。结论18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因能够有效地用于房舍甲螨的物种鉴定,28S rDNA D8基因适合于低分类阶元螨种的鉴定,18S rDNA和28S rDNA D3基因适合于高阶元螨种。 展开更多
关键词 房舍甲螨 DNA条形码 18S rdna基因 28S rdna基因
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云南省血吸虫病流行区一种拟钉螺及其寄生吸虫尾蚴的分子鉴定 被引量：2
2
作者 杜春红 吕山 +11 位作者 张云 李石柱 熊孟韬 何志海 李志华 吴明寿 孙佳昱 任银本 陈春琼 顾琼 王云松 董毅 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期159-167,共9页
目的对云南省血吸虫病流行区的一种拟钉螺及其寄生吸虫进行分子生物学鉴定,了解其种属分类地位。方法采集云南省祥云县拟钉螺和钉螺,压碎镜检采集螺软体腹足部组织,并观察其体内尾拗寄生情况。采用逸拗法采集拟钉螺寄生的不同形态尾拗,... 目的对云南省血吸虫病流行区的一种拟钉螺及其寄生吸虫进行分子生物学鉴定,了解其种属分类地位。方法采集云南省祥云县拟钉螺和钉螺,压碎镜检采集螺软体腹足部组织,并观察其体内尾拗寄生情况。采用逸拗法采集拟钉螺寄生的不同形态尾拗,螺体组织和尾拗样本分别提取基因组DNA,采用PCR法扩增螺体内16S核糖体RNA(16S rRNA)、细胞色素c氧化酶I(COI)、28S核糖体DNA(28S rDNA)基因及其体内寄生吸虫尾拗的NADH脱氢酶亚基1(ND1)、28S rfNA基因,对扩增产物进行测序,并通过序列比对及系统进化分析鉴定样本螺和寄生吸虫种属。结果共检测拟钉螺样本382只,发现无叉形、双叉形、燕子形等3种形态吸虫尾拗,阳性率分别为20.94%(80/382)、3.40%(13/382)、7.07%(27/382)。基于16S rRNA、COI、28S rDNA基因的分子进化分析显示,该拟钉螺与滇池德拉维螺(Delavaya dianchiensis)同源性较高、聚在同一个分支。基于ND1、28S rDNA4基因的序列分析显示,无叉形尾拗吸虫属侧殖吸虫科,燕子形尾拗吸虫属孔肠科,双叉形尾拗吸虫可能为不同于中华血吸虫(Schistosoma sinensium)和勾形卵血吸虫(Schistosoma ovuncatum)的另一种血吸虫。结论初步了解了云南省血吸虫病流行区拟钉螺及其寄生吸虫种属分类,但更明确的分类关系和危害性等尚有待深入研究。 展开更多
关键词 拟钉螺 钉螺 吸虫 尾蚴 16SRRNA基因 COI基因 28Srdna基因 ND1基因 血吸虫病 云南省
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菲律宾蛤仔重复序列28S rRNA及组蛋白H3基因的染色体定位 被引量：2
3
作者 卢素敏 包振民 +5 位作者 张玲玲 孟庆磊 胡景杰 胡晓丽 刘慧 方建光 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期974-978,共5页
克隆了菲律宾蛤仔的28S rRNA基因（rDNA）及组蛋白H3基因,并应用FISH技术研究了它们在菲律宾蛤仔染色体上的定位情况.28S rDNA定位于一对中部着丝粒染色体的端部,在蛤仔的染色体上有一个位点;组蛋白基因定位于一对亚中部着丝粒染色体长... 克隆了菲律宾蛤仔的28S rRNA基因（rDNA）及组蛋白H3基因,并应用FISH技术研究了它们在菲律宾蛤仔染色体上的定位情况.28S rDNA定位于一对中部着丝粒染色体的端部,在蛤仔的染色体上有一个位点;组蛋白基因定位于一对亚中部着丝粒染色体长臂的端部,在蛤仔的染色体上也有一个位点.28S rDNA基因和组蛋白基因的特异性定位准确地区分了菲律宾蛤仔的两对染色体,这两对染色体可以作为菲律宾蛤仔的染色体标记,为蛤仔统一核型的建立打下良好的基础, 也有利于对贝类细胞遗传学进行研究,同时还可辅助育苗产业的发展. 展开更多
关键词 荧光原位杂交(FISH) 28S rdna 组蛋白H3基因 菲律宾蛤仔
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