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16S rRNA序列分析法在医学微生物鉴定中的应用 被引量:43
1
作者 周煜 《生物技术通讯》 CAS 1999年第4期297-305,共9页
16S rRNA序列分析作为微生物系统分类的主要依据已得到了广泛认同,随着微生物核糖体数据库的日益完善,该技术成为细菌分类和鉴定的一个有力工具。本文概述了 165 rRNA序列分析法的技术步骤以及该技术在医学微生物研究... 16S rRNA序列分析作为微生物系统分类的主要依据已得到了广泛认同,随着微生物核糖体数据库的日益完善,该技术成为细菌分类和鉴定的一个有力工具。本文概述了 165 rRNA序列分析法的技术步骤以及该技术在医学微生物研究中的应用,总结了目前文献报导的各种致病微生物种属特异性 165 rRNA引物和探针序列,同时分析了该技术在应用中存在的一些问题。 展开更多
关键词 16Srrna 医学微生物 鉴定
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PCR-DGGE技术解析生物制氢反应器微生物多样性 被引量:39
2
作者 邢德峰 任南琪 宫曼丽 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第2期172-176,共5页
为了揭示发酵法生物制氢反应器厌氧活性污泥的微生物种群多样性 ,从运行不同时期取厌氧活性污泥 ,通过细胞裂解直接提取活性污泥的基因组DNA .以细菌 16SrRNA基因通用引物F338GC/R5 34进行V3高变异区域PCR扩增 ,长约 2 0 0bp的PCR产物... 为了揭示发酵法生物制氢反应器厌氧活性污泥的微生物种群多样性 ,从运行不同时期取厌氧活性污泥 ,通过细胞裂解直接提取活性污泥的基因组DNA .以细菌 16SrRNA基因通用引物F338GC/R5 34进行V3高变异区域PCR扩增 ,长约 2 0 0bp的PCR产物经变性梯度凝胶电泳 (DGGE)分离后 ,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱 .研究表明 ,不同时期的厌氧活性污泥中存在共同种属和各自的特异种属 ,群落结构和优势种群数量具有时序动态性 ,微生物多样性呈现出协同变化的特征 .微生物多样性由强化到减弱 ,群落结构之间的相似性逐渐升高 ,演替速度由快速到缓慢 .优势种群经历了动态演替过程 ,最终形成特定种群构成的顶级群落 . 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 生物制氢 16S Rrna 微生物多样性
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应用PCR-DGGE技术解析MBR中微生物群落多样性 被引量:30
3
作者 孙宝盛 张斌 +1 位作者 吴卿 金敏 《天津大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第3期356-361,共6页
为了揭示膜生物反应器中活性污泥的微生物多样性,取样处理不同水质的膜生物反应器中的活性污泥,通过细胞裂解直接提取其中的基因组DNA,以细菌通用引物进行16SrRNA基因V3高变异区域PCR扩增,再将PCR产物(约240bp)进行变性梯度凝胶... 为了揭示膜生物反应器中活性污泥的微生物多样性,取样处理不同水质的膜生物反应器中的活性污泥,通过细胞裂解直接提取其中的基因组DNA,以细菌通用引物进行16SrRNA基因V3高变异区域PCR扩增,再将PCR产物(约240bp)进行变性梯度凝胶电泳分离(变性剂梯度为30%~60%),获得表征污泥中微生物群落特征的DNA指纹图谱.研究表明,不同的膜生物反应器中既存在着共同的微生物种属也有各自特异的种属、相同的微生物种群在不同反应器中的优势地位不同,各自特有的微生物群落则是由于水质的不同经过长期演替而来. 展开更多
关键词 微生物多样性 膜生物反应器 变性梯度凝胶电泳 16S Rrna
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小鲵科线粒体16S rRNA基因序列分析及其系统发育 被引量:11
4
作者 李悦 吴敏 王秀玲 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第3期464-469,共6页
To study the phylogeny of Hynobiidae, we amplified DNA fragments of 470 bp 16S ribosomal RNA (16S rRNA) gene on mitochondrial DNA from Ranodon sibiricus and Ranodon tsinpaensis. PCR products were cloned into PMD18 T v... To study the phylogeny of Hynobiidae, we amplified DNA fragments of 470 bp 16S ribosomal RNA (16S rRNA) gene on mitochondrial DNA from Ranodon sibiricus and Ranodon tsinpaensis. PCR products were cloned into PMD18 T vector after purification. These sequences were determined and deposited in the GenBank (accession numbers: AY373459 for Ranodon sibiricus, AY372534 for Ranodon tsinpaensis). By comparing the nucleotide differences of 16S ribosomal RNA sequences among Liua shihi,Pseudohynobius flavomaculatus and Batrachuperus genus from GenBank database,we analyzed the divergences and base substitution among these sequences with the MEGA software. The molecular results support that B tibetanus, B pinchonii and B karlschmidti are classified into three valid species. Liua shihi has closer phylogenetic relationships to Ranodon tsinpaensis than to other species. More our results reveal that Pseudohynobius flavomaculatus is not a synonym of Ranodon tsinpaensis. . 展开更多
关键词 小鲵科 16 S核糖体rna 分子系统学 基因 系统进化
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养殖大菱鲆烂鳍病病原菌的鉴定及系统发育学研究 被引量:15
5
作者 张正 王印庚 +1 位作者 韩文君 李秋芬 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期193-197,共5页
从山东半岛3个养殖场各分离到一株大菱鲆烂鳍病的病原菌,均为革兰氏阴性,短杆状,极生鞭毛,有运动能力,菌落半透明。经常规生理生化特征测试和16SrRNA基因序列对比,表明它们都是同一种细菌。理化特征的结果显示这3株菌均与V.anguillarum... 从山东半岛3个养殖场各分离到一株大菱鲆烂鳍病的病原菌,均为革兰氏阴性,短杆状,极生鞭毛,有运动能力,菌落半透明。经常规生理生化特征测试和16SrRNA基因序列对比,表明它们都是同一种细菌。理化特征的结果显示这3株菌均与V.anguillarum的表性特征非常相似。对其16SrRNA基因序列进行分析,并构建了系统发育树,结果表明这些菌株与V.anguillarum亲缘关系最近。综合上述研究结果,将该菌鉴定为V.anguillarum。 展开更多
关键词 大菱鲆 烂鳍 16S Rrna 系统发育树 VIBRIO ANGUILLARUM
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肠道微生物群的病理生理学进展 被引量:17
6
作者 黄秀艳 曾耀英 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1127-1135,共9页
尽管人类是地球的主宰者,但是无论在数量或者多样性方面,地球上的微生物是主流。人体只是许许多多细菌、古生菌、病毒以及真核微生物的支架或者平台罢了。这些微生物栖息在多个人体解剖学上的壁龛里(消化道、泌尿生殖道、呼吸道和皮... 尽管人类是地球的主宰者,但是无论在数量或者多样性方面,地球上的微生物是主流。人体只是许许多多细菌、古生菌、病毒以及真核微生物的支架或者平台罢了。这些微生物栖息在多个人体解剖学上的壁龛里(消化道、泌尿生殖道、呼吸道和皮肤)与宿主形成共生关系,其数量大大超过人体的体细胞和生殖细胞一个或者多个数量级。 展开更多
关键词 肠道微生物群 16S核糖体rna 代谢 免疫系统 疾病易感性
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16S核糖体RNA基因片段分析及在药品葡萄球菌污染控制应用中的探讨 被引量:13
7
作者 冯震 李芳 +4 位作者 宋明辉 洪小栩 许华玉 刘浩 杨美成 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期680-687,共8页
目的:建立细菌16S核糖体RNA基因片段分析的规范化方法,探讨其在药品葡萄球菌污染控制中的应用。方法:对Genbank数据库中用于常见细菌污染物鉴定的核酸序列进行筛选、定位和分区比较分析,建立具有鉴定和分类意义的标准核酸序列片段;以葡... 目的:建立细菌16S核糖体RNA基因片段分析的规范化方法,探讨其在药品葡萄球菌污染控制中的应用。方法:对Genbank数据库中用于常见细菌污染物鉴定的核酸序列进行筛选、定位和分区比较分析,建立具有鉴定和分类意义的标准核酸序列片段;以葡萄球菌为例进行菌株的核酸测序鉴定,分析菌株间的聚类关系和核酸序列的多样性。结果:16S rRNA基因中的V1~V3可变区具有显著的鉴定和分类意义,可实现葡萄球菌属20个"种"水平的鉴定。结论:本文对16S rRNA基因核酸测序鉴定规范化方法及在制药行业中葡萄球菌污染控制的应用进行探讨,为细菌核酸测序鉴定标准化和标准核酸序列数据库建设提供研究思路和参考依据。 展开更多
关键词 16S Rrna基因 序列片段 标准核酸序列 葡萄球菌 污染控制
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成年人前列腺组织细菌16S rRNA基因的检测 被引量:7
8
作者 谢辉 黄慧聪 +8 位作者 杨亦荣 吴建波 何秋香 朱启建 陈建欧 王思齐 李澄棣 夏鹏 沈龙捷 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第14期976-978,共3页
目的 探讨慢性前列腺炎的细菌学病因,为临床治疗提供帮助。方法前列腺检测标本取自140例猝死的器官捐献者,年龄20~35岁。取前列腺周围带组织,分成两块,一块作常规病理检查,另一块用聚合酶链反应检测细菌16S rRNA基因。结果32.9%... 目的 探讨慢性前列腺炎的细菌学病因,为临床治疗提供帮助。方法前列腺检测标本取自140例猝死的器官捐献者,年龄20~35岁。取前列腺周围带组织,分成两块,一块作常规病理检查,另一块用聚合酶链反应检测细菌16S rRNA基因。结果32.9%(46/140)的组织病理呈慢性前列腺炎,均为轻度灶性炎症改变,其中间质炎42例,间质伴腺体周围炎3例,腺体周围炎1例。16S rDNA阳性率为19.3%(27/140),其中前列腺炎标本阳性率为48.9%.(22/46),非前列腺炎标本阳性率为5.3%(5/94),前列腺炎标本阳性率高于非前列腺炎标本,差异有统计学意义(X^2=36.910,P〈0.001)。结论细菌感染可能是引起慢性前列腺炎的重要原因。 展开更多
关键词 慢性前列腺炎 细菌 16S Rrna基因 聚合酶链反应
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30株苍白杆菌的分离鉴定和药物敏感性分析 被引量:8
9
作者 李工厂 屈平华 +5 位作者 陈东科 蔡婷婷 陈默蕊 张磊 陈茶 吴尚为 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期948-951,共4页
目的分析临床苍白杆菌分离株的种型特征和药物敏感性。方法收集临床分离苍白杆菌共30株。用手工生化试验、Vitek 2 Compact GN鉴定卡、API 20NE鉴定试条进行生化鉴定,扩增16S rRNA基因并进行测序鉴定和序列分析。用Vitek 2Compact AST-G... 目的分析临床苍白杆菌分离株的种型特征和药物敏感性。方法收集临床分离苍白杆菌共30株。用手工生化试验、Vitek 2 Compact GN鉴定卡、API 20NE鉴定试条进行生化鉴定,扩增16S rRNA基因并进行测序鉴定和序列分析。用Vitek 2Compact AST-GN13药敏鉴定卡进行微量稀释法的药敏实验。结果经生化鉴定和基因测序,17株为人苍白杆菌、10株为中间苍白杆菌、1株为嗜血苍白杆菌、1株疑为苍白杆菌属内未分类的新种、1株为解糖精假苍白杆菌。药敏试验显示对喹诺酮类和亚胺培南的敏感率分别为100%和93.3%;对三代头孢类抗菌药物和哌拉西林/他唑巴坦的耐药率为93.3%和96.7%;对氨基糖苷类抗菌药物敏感性因菌种而异,人苍白杆菌对阿米卡星、庆大霉素和妥布霉素的敏感率分别为94.1%、88.2%和94.1%,而中间苍白杆菌为0%、10%和0%,差异具有统计学意义(χ2=14.50,P<0.05)。结论临床苍白杆菌感染主要由人苍白杆菌和中间苍白杆菌引起,二者对氨基糖苷类抗菌药物敏感率的差异可用于其种型的区分。 展开更多
关键词 苍白杆菌 细菌鉴定 16S核糖体rna基因 药物敏感性
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实时荧光PCR法鉴定食品中双歧杆菌 被引量:7
10
作者 肖其胜 杨捷琳 +2 位作者 杨惠琴 丁卓平 何宇平 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第20期177-182,共6页
根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法.对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该... 根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法.对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该方法对市售25 份标示含双歧杆菌样品进行检测.结果表明:该检测方法可特异性检测双歧杆菌属细菌,对近缘的乳杆菌属、链球菌属及食品中常见菌群包括大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌等均无扩增.双歧杆菌DNA检测绝对灵敏度可达到2 pg,相对灵敏度可达到104 CFU/mL.重复性测试表明相对标准偏差小于1%.同时进行了杂菌干扰检测实验,在培养物水平和纯基因组DNA水平上将青春双歧杆菌ATCC15703与大肠杆菌ATCC25922混合进行检测,检出Ct值较纯菌检测时无显著影响,表明建立的荧光PCR方法抗干扰能力良好.对25 份市售实际样品进行测试,有5 份标识含有“双歧杆菌”的样品未检测出双歧杆菌成分.本研究所建立的实时荧光PCR法能准确、快速检测食品中双歧杆菌属细菌. 展开更多
关键词 实时荧光聚合酶链式反应 双歧杆菌 16S核糖体rna 鉴定
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自育与非自育淡色库蚊体内菌群多样性比较 被引量:1
11
作者 类晶晶 吕文祥 +5 位作者 王文倩 王海防 郭秀霞 程鹏 公茂庆 刘丽娟 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期52-58,73,共8页
目的了解自育与非自育淡色库蚊体内菌群组成与多样性差异,从而为探索淡色库蚊自育发生机制提供参考依据。方法收集25℃自育与非自育淡色库蚊成蚊,利用Illumina NovaSeq 6000测序平台对细菌16S核糖体RNA基因高变区进行测序。采用α多样... 目的了解自育与非自育淡色库蚊体内菌群组成与多样性差异,从而为探索淡色库蚊自育发生机制提供参考依据。方法收集25℃自育与非自育淡色库蚊成蚊,利用Illumina NovaSeq 6000测序平台对细菌16S核糖体RNA基因高变区进行测序。采用α多样性指数分析菌群丰富度和多样性,采用β多样性指数分析菌群结构差异,通过线性判别分析效应大小(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)鉴别组间在丰度上具有显著差异的菌群。结果自育与非自育淡色库蚊体内菌群隶属18个门、28个纲、70个目、113个科和170个属,优势菌门主要有变形菌门、拟杆菌门等。在属水平,沃尔巴克氏体菌属为共有优势菌属,在自育及非自育淡色库蚊中的相对丰度分别为(77.6±11.3)%和(47.5±8.5)%;粪杆菌属(0.4%±0.1%)、杜氏杆菌属(0.5%±0.0%)、马赛菌属(0.5%±0.1%)等为自育淡色库蚊特有菌属。α多样性分析显示,自育淡色库蚊体内菌群Chao1指数和ACE指数大于非自育淡色库蚊(P均>0.05),而Shannon指数(P>0.05)和Simpson指数(P<0.05)小于非自育淡色库蚊。LEfSe分析结果显示,共计48个分类单元在自育和非自育淡色库蚊间存在显著差异(P均<0.05)。结论自育与非自育淡色库蚊体内菌群多样性存在显著差异。 展开更多
关键词 淡色库蚊 自育 16S核糖体rna 菌群构成 Alpha多样性 Beta多样性
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荧光原位杂交法检测双歧杆菌 被引量:5
12
作者 修淑丽 熊德鑫 +1 位作者 杨义 陆莲蓉 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2000年第1期3-5,共3页
目的:检验荧光原位杂交法在双歧杆菌属鉴定方面的用途。方法:采用对数生长期的8株双歧杆菌和10株其他厌氧、需氧杆菌在相同的条件下分别与双歧杆菌属特异性16SrRNA寡核苷酸基因探针和细菌界通用16SrRNA寡核苷酸基因探针在载玻片上进行... 目的:检验荧光原位杂交法在双歧杆菌属鉴定方面的用途。方法:采用对数生长期的8株双歧杆菌和10株其他厌氧、需氧杆菌在相同的条件下分别与双歧杆菌属特异性16SrRNA寡核苷酸基因探针和细菌界通用16SrRNA寡核苷酸基因探针在载玻片上进行原位杂交,在荧光显微镜下观察杂交结果,拍摄同一视野的荧光显微镜照片和相差显微镜照片,计算杂交率。结果:所用的双歧杆菌菌株均与两种基因探针杂交,在荧光显微镜下杂交菌与黑暗背景对照显著,杂交率在80%以上而其他菌株仅能与细菌界通用探针杂交。结论:所选用的以16SrRNA为靶基因的寡核苷酸探针可用于原位杂交法对双歧杆菌属的鉴定。 展开更多
关键词 双歧杆菌 检测 荧光原位杂交 16Srrna
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基于16S核糖体RNA高通量测序的严重烧伤患者早期肠道菌群变化分析及代谢功能预测的前瞻性研究 被引量:6
13
作者 郭在文 宋明明 +5 位作者 章杰 刘璐 杨云稀 邵一鸣 李林斌 孙炳伟 《中华烧伤杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1122-1129,共8页
目的基于16S核糖体RNA(16S rRNA)高通量测序分析严重烧伤患者早期肠道菌群变化并进行代谢功能预测。方法本前瞻性观察性研究将2018年1月—2019年12月江苏大学附属医院烧伤整形科收治的48例符合入选标准的严重烧伤患者纳入烧伤组,将同时... 目的基于16S核糖体RNA(16S rRNA)高通量测序分析严重烧伤患者早期肠道菌群变化并进行代谢功能预测。方法本前瞻性观察性研究将2018年1月—2019年12月江苏大学附属医院烧伤整形科收治的48例符合入选标准的严重烧伤患者纳入烧伤组,将同时期于江苏大学附属医院体检中心进行健康检查的符合入选标准的40名健康志愿者纳入健康组。收集烧伤组患者入院后1周左右的粪便标本及健康组志愿者体检当天粪便标本,进行16S rRNA V4区基因测序,分析各类菌属的相对丰度;应用Mothur软件进行操作分类单元(OTU)划分,分析优势菌群;通过QIIME1.9.0软件分析粪便菌群OTU数目、Chao1指数、Ace指数、Shannon指数;采用Canoco Software 5.0对粪便菌群相对丰度做主成分分析;采用京都基因和基因组数据库预测粪便菌群代谢功能。对数据行独立样本t检验、Mann-Whitney U检验。结果烧伤组患者粪便中拟杆菌属、肠球菌属、不动杆菌属、巨球型菌属、葡萄球菌属相对丰度明显高于健康组志愿者(Z=-5.20、-2.37、-5.17、-4.41、-6.03,P<0.05或P<0.01),而健康组志愿者粪便中未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、盲杆菌属、未分类的瘤胃球菌科、假丁酸弧菌属、布劳特菌属、未分类的消化链球菌科(Z=-8.03、-3.21、-7.63、-5.88、-8.05、-8.05、-6.77,P<0.01)等19种菌属的相对丰度明显高于烧伤组患者。健康组志愿者粪便菌群多样性优于烧伤组患者,其主要优势菌群为拟杆菌属、未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、未分类的肠杆菌科、布劳特菌属、副拟杆菌属和大肠志贺杆菌属等,而烧伤组患者粪便主要优势菌群为拟杆菌属、普氏菌属、未分类的肠杆菌科和副拟杆菌属。烧伤组患者粪便菌群OTU数目、Ace指数、Chao1指数、Shannon指数分别为(149±47)个、199±45、190±45、2.0±0.9,显著少/低于健康组志愿者的(266±57)个、323±51、318±51、3.8± 展开更多
关键词 烧伤 高通量核苷酸测序 肠道菌群 菌群多样性 16S核糖体rna 营养与代谢
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脓毒症急性肺损伤小鼠肠肺菌群结构变化分析 被引量:2
14
作者 杨舸 张瑞 +3 位作者 王晓红 马玉杰 刘勤富 杨晓军 《中华急诊医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期353-359,共7页
目的探讨脓毒症急性肺损伤小鼠血液、肺组织、粪便肠道微生态结构变化及关联。方法将12只健康雄性C57BL/6J小鼠按随机数字表法分为盲肠结扎穿孔术(CLP)组和假手术(Sham)组,每组6只。CLP组采用盲肠结扎穿刺法(cecal ligation punctual,C... 目的探讨脓毒症急性肺损伤小鼠血液、肺组织、粪便肠道微生态结构变化及关联。方法将12只健康雄性C57BL/6J小鼠按随机数字表法分为盲肠结扎穿孔术(CLP)组和假手术(Sham)组,每组6只。CLP组采用盲肠结扎穿刺法(cecal ligation punctual,CLP)制备脓毒症小鼠急性肺损伤模型;Sham组只开腹但不进行盲肠结扎穿孔。术后24 h取各组小鼠眼球血、肺组织、粪便。HE染色观察肺组织形态变化,16s核糖体RNA测序分析脓毒症小鼠各部位菌群微生态的结构变化并找出其中关联。结果(1)HE染色显示,CLP组小鼠肺泡腔有渗出、肺组织结构紊乱、伴随大量的炎性细胞浸润,肺组织病理评分较Sham组增高,差异有统计学意义(P<0.01)。(2)α多样性分析显示,Sham组与CLP组血液及粪便样本比较无统计学意义,肺组织样本中Ace指数、Chao指数、Simpson指数具有统计学意义(P<0.05)。(3)β多样性分析:Sham组与CLP组血液及粪便样本比较,组间差异均大于组内差异,分析Bray-curtis、Weighted、Unweighted指数具有统计学意义(P<0.05)。(4)在门水平,对比于Sham组,CLP组的变形菌门丰度逐渐增加,厚壁菌门及放线菌门丰度降低;在属水平,Sham组主要以不动杆菌属和杜氏杆菌属为主,而CLP组主要以大肠埃希菌和未分类的肠杆菌属为主。对比于粪便菌群,血液与肺组织菌群构成更为相似。结论脓毒症急性肺损伤小鼠血液、肺组织、以及肠道的菌群分布存在部分重合。 展开更多
关键词 脓毒症 脓毒症急性肺损伤 菌群 16S核糖体rna 高通量基因测序
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基于微生物多样性测序分析狼疮性肾炎患者肠道菌群特征
15
作者 卢凡 袁颖颖 +2 位作者 靳晶晶 程美娟 郭丽萍 《肾脏病与透析肾移植杂志》 CAS CSCD 2024年第4期315-320,共6页
目的:采用illumina高通量测序技术解析狼疮性肾炎(LN)患者肠道菌群结构。方法:选取2022年1月至2023年12月就诊于河北医科大学第四医院的60例LN患者(LN组)及同期体检的健康人60例(对照组)作为研究对象,采集所有受检者粪便标本,采用16S核... 目的:采用illumina高通量测序技术解析狼疮性肾炎(LN)患者肠道菌群结构。方法:选取2022年1月至2023年12月就诊于河北医科大学第四医院的60例LN患者(LN组)及同期体检的健康人60例(对照组)作为研究对象,采集所有受检者粪便标本,采用16S核糖体RNA(16S rRNA)分析两组受检者肠道菌群结构及多样性特征。结果:LN组和对照组的年龄、性别、体质量指数(BMI)、血脂及空腹血糖指标差异无统计学意义。β多样性分析结果提示两组的菌群结构组成存在显著差异。在门水平,LN组中桦菌门(WPS-2)的丰度显著高于对照组。在属水平,LN组和对照组间存在明显差异,主要包括木聚糖爱好性厌氧菌群[(Eubacterium)xylanophilum_group]、泰泽雷拉菌属4(Tyzzerella_4)、红斑梭菌属(Erysipelatoclostridium)、溶杆菌属(Lysobacter)、霍尔曼氏菌(Holdemanella)、普氏菌(Prevotella)、厌氧黏细菌属(Anaeromyxobacter)、酸杆菌属(Acidibacter)、伯杰菌属(Bergeyella)和黄色土源菌属(Flavisolibacter)等。结论:LN患者肠道菌群特征及结构组成与健康对照存在显著差异,提示微生物群落在LN的发生和进展中扮演重要角色,通过差异菌群可能为LN的诊断和治疗提供新的线索,有望为临床研究和治疗策略提供参考。 展开更多
关键词 狼疮性肾炎 肠道菌群 高通量测序 16S核糖体rna
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人体蠕形螨体内细菌群落多样性分析
16
作者 韩忍忍 张大存 +5 位作者 王澜 汤非凡 曹佳诚 王婧璇 湛孝东 谷生丽 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期174-178,共5页
目的 分析人体蠕形螨体内细菌群落多样性,为探究蠕形螨在其所致传染病中的作用提供参考依据。方法2023年6—7月通过透明胶纸法采集芜湖市某高校大学生面部蠕形螨,通过Illumina PE250高通量测序平台扩增16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,1... 目的 分析人体蠕形螨体内细菌群落多样性,为探究蠕形螨在其所致传染病中的作用提供参考依据。方法2023年6—7月通过透明胶纸法采集芜湖市某高校大学生面部蠕形螨,通过Illumina PE250高通量测序平台扩增16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S r RNA)基因V4区以及核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)基因,将测序结果根据重叠关系进行拼接、过滤得到有效序列,再进行操作分离单元(operational taxonomic units,OTU)聚类。对得到的OTU进行多样性指数分析,并在不同分类水平对细菌菌落结构进行统计分析。结果 16S r RNA测序获得57 483条有效序列,根据不同相似度水平对其进行OTU分类,得到159个OTUs;对其中97%相似水平的OTU进行分类学水平分析,发现人体蠕形螨体内细菌分属于14个门、20个纲、51个目、72个科、94个属。在门分类水平,变形菌门为优势菌门;在属分类水平上,弧菌属、慢生根瘤菌和贪噬菌属为优势菌属。ITS测序共获得56 362条有效序列及147个OTUs,分属于5个门、17个纲、34个目、68个科、93个属;注释到子囊菌门、担子菌门、壶菌属门和毛囊菌门等,子囊菌门为优势菌门,链格孢菌属、附球菌属、青霉菌属和帚枝霉属为优势菌属。结论 蠕形螨体内细菌群落组成具有较高多样性,同时微生物种类较多、物种丰度较高。 展开更多
关键词 人体蠕形螨 细菌群落 群落多样性 16S核糖体rna 内转录间隔区
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抗生素暴露对极早产儿出生后不同时间肠道菌群定植的影响
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作者 冯梅 张金铃 +6 位作者 姜华 杨萌婷 马丽 雷光霞 杜欣欣 余涵 王鉴 《贵州医科大学学报》 CAS 2024年第8期1205-1211,共7页
目的探讨基于16S核糖体RNA(16S rRNA)基因测序技术动态监测抗生素治疗的极早产儿(VPI)出生后不同时间肠道菌群的定植及演变过程。方法选取生后24 h内使用抗生素治疗的VPI(胎龄<32周)20例为研究对象,收集VPI的一般临床资料[性别、胎... 目的探讨基于16S核糖体RNA(16S rRNA)基因测序技术动态监测抗生素治疗的极早产儿(VPI)出生后不同时间肠道菌群的定植及演变过程。方法选取生后24 h内使用抗生素治疗的VPI(胎龄<32周)20例为研究对象,收集VPI的一般临床资料[性别、胎龄、出生体质量、分娩方式、胎盘/脐带/羊水情况、喂养方式、抗生素使用种类和持续时间、有无使用呼吸机和使用时间、住院时长,住院期间新生儿肺炎、脓毒症、新生儿呼吸窘迫综合征(RDS)、支气管肺发育不良(BPD)、新生儿颅内出血(IVH)及新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)的发生情况];收集VPI生后第1天(使用抗生素前,A0)、第3天(A1)、第1周(A2)、第1月(A3)及第3月(A4)的粪便标本,采用16S rRNA基因测序技术进行肠道菌群的生物信息学分析肠道菌群扩增子序列变异体(ASV)数目、Chao1指数、shannon指数、菌门和菌属变化特点及表型预测。结果VPI肠道菌群ASV数目、Chao1指数及shannon指数A1时开始下降,随着抗生素的停用及日龄的增加有所恢复;变形菌门相对丰度先增加后减少,厚壁菌门相对丰度先减少后增加,放线菌门在生后处于稳定的低丰度状态、A4时迅速增加;菌属演替依次为明串珠菌属及克雷伯菌属、双歧杆菌属;刚出生时最先定植的是需氧菌和兼性厌氧菌,A4时厌氧菌和兼性厌氧菌成为优势菌群。结论VPI生后抗生素暴露可能会降低肠道菌群的丰富度及多样性,生后3个月内肠道菌群组成结构、相对丰度及表型不断变化。 展开更多
关键词 早产 表型 极早产儿 抗生素 肠道菌群 定植 多样性 16S核糖体rna
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利用微生物菌群演化及免疫系统的影响辅助推算死后时间
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作者 王星子 王晶 《实验与分析》 2024年第3期30-34,共5页
准确推算非正常死亡间隔时间(PMI),是法医需要面对的首要问题之一。基于分析死者体内特定微生物标志物的演变规律来量化死亡时间,具有科学性和精确性。同时,免疫系统与体内微生物群结构相互作用。为准确推算PMI提供了新的研究方向。采用... 准确推算非正常死亡间隔时间(PMI),是法医需要面对的首要问题之一。基于分析死者体内特定微生物标志物的演变规律来量化死亡时间,具有科学性和精确性。同时,免疫系统与体内微生物群结构相互作用。为准确推算PMI提供了新的研究方向。采用DNA二代测序技术,深入研究描述微生物群落动态变化,为推算PMI提供了重要依据。本文通过用Illumina MiSeq测序法分析高变区域的短片段、用Nanopore (MinION)测序法进行全测序的特点,对比了16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA)扩增测序实验,并详细梳理了建立死亡时间模型的历程,肯定了AI技术的辅助推动作用。本文还建议更多关注微生物群与免疫系统的关系,肯定了微生物学在法医科学领域的重要价值。 展开更多
关键词 法医微生物学 应用微生物学 死亡时间 尸体分解 16S核糖体rna 高通量测序技术 免疫系统
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正常足月新生儿出生3个月内肠道菌群的定植规律分析
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作者 张金铃 姜华 +6 位作者 杨萌婷 马丽 雷光霞 杜欣欣 冯梅 余涵 王鉴 《贵州医科大学学报》 CAS 2024年第1期109-114,共6页
目的 探讨正常足月新生儿出生3个月内肠道菌群的定植规律。方法 收集20例正常足月新生儿及其孕母的临床资料,取新生儿出生后第1天(C0)、第3天(C1)、第1周(C2)、第1个月(C3)及第3个月(C4)的粪便标本,采用Illumina NovaSeq PE250进行16S... 目的 探讨正常足月新生儿出生3个月内肠道菌群的定植规律。方法 收集20例正常足月新生儿及其孕母的临床资料,取新生儿出生后第1天(C0)、第3天(C1)、第1周(C2)、第1个月(C3)及第3个月(C4)的粪便标本,采用Illumina NovaSeq PE250进行16S核糖体RNA(16S rRNA)V3+V4区测序,采用生物信息学分析肠道菌群的定植规律。结果 正常足月新生儿粪便中肠道菌群的扩增子序列变异体(ASV)数目、Shannon指数于C0时最高;正常足月新生儿出生3个月内的肠道菌群以变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteriota)、拟杆菌门(Bacteroidota)为优势菌门,Proteobacteria相对丰度随日龄由高变低再逐渐增高,Firmicutes与之相反;正常足月新生儿生3个月内优势菌群在属水平的演变依次为罗尔斯通菌属(Ralstonia)、链球菌属(Streptococcus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium),随日龄增加,Bifidobacterium相对丰度逐渐升高,C4时达44.18%且为优势菌属。结论 正常足月新生儿生3个月内肠道菌群的多样性、组成结构及相对丰度出现变化。 展开更多
关键词 婴儿 新生 足月儿 肠道菌群 多样性 相对丰度 16S核糖体rna
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16S rRNA序列分析在多杀巴斯德氏菌鉴定中的应用 被引量:6
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作者 高正琴 张强 +1 位作者 贺争鸣 岳秉飞 《实验动物科学》 2009年第6期1-5,共5页
目的应用16s rRNA序列分析方法,对多杀巴斯德氏菌进行鉴定。方法采集猝死家兔样本,进行病理组织学检查和病原菌分离培养。针对细菌16S rRNA基因保守区序列设计一对引物,以分离菌株抽提的DNA为模板,进行PCR扩增及16S rRNA序列分析。结果... 目的应用16s rRNA序列分析方法,对多杀巴斯德氏菌进行鉴定。方法采集猝死家兔样本,进行病理组织学检查和病原菌分离培养。针对细菌16S rRNA基因保守区序列设计一对引物,以分离菌株抽提的DNA为模板,进行PCR扩增及16S rRNA序列分析。结果从死亡家兔肺脏中分离鉴定出了一株多杀巴斯德氏菌(PMr0901)。将分离菌株序列与GenBank中收录的序列进行比较,BLAST分析结果显示PMr0901与多杀巴斯德氏菌参考菌株PM70的16S rRNA核苷酸同源性大于99%。分离菌株对阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、左氧沙星、四环素敏感,而对青霉素G已产生耐药性。结论16s rRNA序列分析的分子生物学方法可用于病原菌的鉴定。 展开更多
关键词 16S Rrna 多杀巴斯德氏菌 鉴定
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