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海拔高度对青藏高原放牧牦牛肠道菌群多样性的影响 被引量:11
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作者 马艳 向信 +1 位作者 樊嘉凯 张本印 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期620-634,共15页
[背景]肠道菌群与宿主健康及环境适应性密切相关,牦牛为青藏高原特有的草食性反刍动物,不同海拔高度如何影响牦牛肠道菌群组成及肠道菌群在牦牛适应高海拔生境中的作用尚不清楚。[目的]探究青藏高原放牧牦牛肠道菌群多样性及其与海拔高... [背景]肠道菌群与宿主健康及环境适应性密切相关,牦牛为青藏高原特有的草食性反刍动物,不同海拔高度如何影响牦牛肠道菌群组成及肠道菌群在牦牛适应高海拔生境中的作用尚不清楚。[目的]探究青藏高原放牧牦牛肠道菌群多样性及其与海拔高度间的关系。[方法]采集青海省玛沁县(海拔4220 m)和乐都县(2745 m)2个海拔高度放牧牦牛的22份新鲜粪便样品,然后利用16S rRNA基因通用引物扩增V3-V4区并进行高通量测序和分析。[结果]从22份样品中共获得1723018条有效序列,通过聚类共获得1113个操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU),注释到22个门和263个属。在门和属分类水平上,2组样品中的优势菌为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、瘤胃菌科UCG-005菌属(Ruminococcaceae;CG-005)和理研菌科RC9菌属(Rikenellaceae;C9;ut;roup),但是其相对丰度在2组样品中差异显著。随着海拔升高,厚壁菌门和瘤胃菌科UCG-005菌属相对丰度显著提高,而拟杆菌门和理研菌科RC9菌属的相对丰度显著降低。对不同样品菌群组成和差异分析表明,放牧牦牛的肠道微生物群落组成受不同海拔环境的影响较大。此外,通过PICRUSt2功能预测分析表明,随着海拔升高,能量代谢、辅因子代谢、维生素代谢、核苷酸代谢、多糖代谢和氨基酸代谢等相关代谢通路显著富集,这可能与牦牛通过提高牧草利用效率并获取更多能量以适应极端高海拔环境有关。[结论]不同海拔环境放牧牦牛的肠道菌群组成具有明显的差异,并且肠道菌群对于牦牛适应高海拔生境具有重要功能。 展开更多
关键词 牦牛 肠道微生物多样性 16S rrna基因高通量测序 海拔 环境适应性
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不同土壤采样设计下土壤表层微生物α多样性的差异分析 被引量:10
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作者 孙万龙 陈苏铭 +2 位作者 刘雪华 王科朴 杨云锋 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1699-1708,共10页
【背景】土壤采样是土壤研究的基础,采样方案的不同可能会对土壤微生物多样性的研究结果产生一定影响。【目的】研究不同的土壤采样设计方案对土壤样品16S rRNA基因高通量测序结果的影响。【方法】对2个不同生境样地的土壤进行网格化采... 【背景】土壤采样是土壤研究的基础,采样方案的不同可能会对土壤微生物多样性的研究结果产生一定影响。【目的】研究不同的土壤采样设计方案对土壤样品16S rRNA基因高通量测序结果的影响。【方法】对2个不同生境样地的土壤进行网格化采样,对采集的18个土壤样品进行16S rRNA基因测序分析,通过模拟5种常见土壤采样方法,对比不同采样方式所获得的测序结果。【结果】不同采样方式会产生不同的测序结果。在测序深度有效的情况下,细菌总物种数随着采样数的增加而逐渐增长,增长速度在采样数大于5以后趋于平缓;样品中的优势物种(序列数200以上)只需很少的采样数(1-3)即可观察到全部物种;Shannon-Wiener指数与Simpson指数的变化较相似,当采样数由1到3时两指数均有较大增长,之后变化放缓。【结论】土壤细菌微生物测序研究中,土壤样地采样数量低于3个会影响测序结果的可靠性,采样方案选择梅花形采样法或蛇形采样法较为适宜。 展开更多
关键词 16S rrna基因高通量测序 采样设计 土壤采样 微生物群落
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凡纳滨对虾肠道红杆菌科细菌富集碳源筛选及其定向分离 被引量:6
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作者 高繁 干恩磊 +6 位作者 刘巍 郭海朋 王艳婷 王若愚 燕孟琛 董鹏生 张德民 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1805-1818,共14页
【目的】红杆菌科(Rhodobacteraceae)细菌为凡纳滨对虾肠道微生物的优势类群,在健康对虾肠道中具有较高的相对丰度,是指示对虾健康的关键类群,探究对虾肠道红杆菌科细菌定向富集和分离方法,可为对虾养殖益生菌菌剂的研发提供基础。【方... 【目的】红杆菌科(Rhodobacteraceae)细菌为凡纳滨对虾肠道微生物的优势类群,在健康对虾肠道中具有较高的相对丰度,是指示对虾健康的关键类群,探究对虾肠道红杆菌科细菌定向富集和分离方法,可为对虾养殖益生菌菌剂的研发提供基础。【方法】利用16S rRNA基因高通量测序技术研究不同碳源添加对凡纳滨对虾肠道中红杆菌科细菌的富集作用,筛选对红杆菌科细菌有显著富集作用的碳源;利用纯培养技术从红杆菌科细菌富集的样品中定向分离红杆菌科细菌,并对其进行鉴定和遗传多样性分析。【结果】添加短链脂肪酸(乙酸、丙酸、丁酸、戊酸)和碳酸氢钠对红杆菌科细菌有显著富集作用,主要富集到Cribrihabitans、Tritonibacter、Rhodovulum、Ruegeria、Sagittula和Thalassobius属相关菌株;对红杆菌科细菌相对丰度最高的样品进行稀释涂布培养,共分离纯化出303株细菌,分属于2门12科,其中红杆菌科细菌为主导类群共119株,主要包括Tritonibacter(90株)、Phaeobacter(25株)、Sulfitobacter(1株)、Ruegeria(1株)、Roseovarius(1株)和Aliiroseovarius(1株)等6个属;分离的各属红杆菌科细菌占总分离菌株比例与高通量测序结果中红杆菌科各属细菌占比相似。【结论】本研究基于高通量测序技术探究了添加不同碳源连续传代培养对红杆菌科细菌富集的影响,筛选出了5种富集红杆菌科细菌的碳源,并定向分离获得119株红杆菌科细菌,构建了一种有效定向富集分离红杆菌科细菌的方法。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 红杆菌科 碳源 16S rrna基因高通量测序 定向分离
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双阳极室甲烷微生物燃料电池同步脱氮除硫性能及微生物群落分析
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作者 何盼 张超 +3 位作者 刘嘉欣 白晋龙 卢静 侯彬 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期1010-1022,共13页
【背景】甲烷厌氧氧化(anaerobic oxidation of methane,AOM)包含反硝化型甲烷厌氧氧化和硫酸盐还原型甲烷厌氧氧化。目前,人们向水体中排放过量的含氮及含硫污染物,引起了严重的环境污染和生态破坏。【目的】利用甲烷厌氧氧化微生物燃... 【背景】甲烷厌氧氧化(anaerobic oxidation of methane,AOM)包含反硝化型甲烷厌氧氧化和硫酸盐还原型甲烷厌氧氧化。目前,人们向水体中排放过量的含氮及含硫污染物,引起了严重的环境污染和生态破坏。【目的】利用甲烷厌氧氧化微生物燃料电池(microbial fuel cell,MFC)研究同步脱氮除硫耦合反应机理及反应过程中微生物的多样性信息。【方法】构建了3个微生物燃料电池(N-S-MFC、N-MFC、S-MFC),以甲烷作为唯一碳源,探究其同步脱氮除硫性能,并采用16S rRNA基因高通量测序技术对微生物群落结构进行分析。【结果】N-S-MFC中硝酸盐和硫酸盐的去除率分别为90.91%和18.46%。阳极室中微生物的相对丰度提高,与反硝化及硫酸盐还原菌相关的微生物大量富集,如门水平上拟杆菌门(Bacteroidota)、厚壁菌门(Firmicutes)和脱硫杆菌门(Desulfobacterota),同时属水平上Methylobacterium_Methylorubrum、Methylocaldum、Methylomonas等常见的甲烷氧化菌增多。【结论】N-S-MFC促进了硝酸盐还原,而对硫酸盐还原几乎无影响,本研究为甲烷MFC在污水中同步脱氮除硫的应用提供理论依据。 展开更多
关键词 双阳极室微生物燃料电池 甲烷厌氧氧化 脱氮除硫 16S rrna基因高通量测序 微生物多样性
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患子宫内膜炎母猪产道致病菌谱分析及卟啉单胞菌的分离鉴定 被引量:1
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作者 刘炜宁 陶天宇 +5 位作者 郑桂花 杨贝莹 毛丹 何后军 戴益民 张锦华 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期5045-5057,共13页
【背景】子宫内膜炎是规模化养殖场母猪常患的生殖道疾病之一,对养殖业造成的经济损失较大,细菌感染是常见的病因之一,但具体病原及致病机制尚未完全明确。【目的】探究产道菌群对母猪子宫内膜炎的影响。【方法】采用第三代细菌16S rRN... 【背景】子宫内膜炎是规模化养殖场母猪常患的生殖道疾病之一,对养殖业造成的经济损失较大,细菌感染是常见的病因之一,但具体病原及致病机制尚未完全明确。【目的】探究产道菌群对母猪子宫内膜炎的影响。【方法】采用第三代细菌16S rRNA基因全长高通量测序技术进行对比,研究健康和患有子宫内膜炎母猪产道菌群差异,并依据菌群分析结果对子宫内膜炎母猪产道分泌物进行细菌分离。建立荧光定量PCR计数方法测定母猪产道样品中的卟啉单胞菌数。【结果】健康和患子宫内膜炎母猪产道菌群的丰富度和多样性差异显著;与健康组母猪相比,患子宫内膜炎母猪产道菌群变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门相对丰度显著增加(P<0.05)。在属分类水平上,健康母猪产道的主要优势菌属为金黄杆菌属、芽孢杆菌属、毛螺菌属等,这些优势属在患子宫内膜炎母猪产道丰度降低,患子宫内膜炎母猪产道丰度最高的菌属为埃希氏菌属(Escherichia)、Rodentibacter和卟啉单胞菌属(Porphyromonas)。在种水平上,Porphyromonas somerae是患子宫内膜炎母猪产道的主要条件性致病菌。依据菌群分析结果,本研究从子宫内膜炎母猪产道分泌物中分离到一株卟啉单胞菌,经鉴定该菌16S rRNA基因与Porphyromonas somerae DSM 23386 strain JCM 13867(NR_113090.1)相似性达99.04%。荧光定量PCR计数方法测定,子宫内膜炎母猪产道卟啉单胞菌数量显著高于健康母猪(P<0.05),推测卟啉单胞菌与该批次母猪子宫内膜炎病因有关。【结论】本研究为子宫内膜炎母猪的病因和发病机制奠定基础,并为其治疗提供理论依据。 展开更多
关键词 母猪 子宫内膜炎 产道菌群 16S rrna基因高通量测序 卟啉单胞菌
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柳膜肩网蝽和悬铃方翅目网蝽体内微生物多样性研究(半翅目:网蝽科)
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作者 李荣荣 李敏 +2 位作者 刘丽洁 徐喆 张虎芳 《山西农业大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2021年第1期67-74,共8页
[目的]探究行道树常见害虫柳膜肩网蝽(Hegesidemus habrus Drake)和悬铃木方翅网蝽(Corythucha ciliate Say)体内微生物群落结构和多样性。[方法]利用Illumina MiSeq(PE300)高通量测序技术对柳膜肩网蝽和悬铃木方翅网蝽体内微生物16S r... [目的]探究行道树常见害虫柳膜肩网蝽(Hegesidemus habrus Drake)和悬铃木方翅网蝽(Corythucha ciliate Say)体内微生物群落结构和多样性。[方法]利用Illumina MiSeq(PE300)高通量测序技术对柳膜肩网蝽和悬铃木方翅网蝽体内微生物16S rRNA基因的V3⁃V4特异区域序列进行测序,统计可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU),分析Alpha多样性、物种组成及丰度。[结果]2种网蝽的9个样本共得到366037个有效OTU。Αlpha多样性分析显示柳膜肩网蝽样本的微生物群落丰富度远远高于悬铃木方翅网蝽样本。16S rRNA基因高通量测序显示变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、栖热菌门(Thermi)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和蓝藻门(Cyanobacteria)同时存在于柳膜肩网蝽和悬铃木方翅网蝽样本中。PCA分析可以清楚的将两者样本区分开来。物种及丰度分析显示柳膜肩网蝽的核心菌属包括厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、栖热菌属(Thermus)、沃尔巴克氏体(Wolbachia);而厌氧芽孢杆菌属、“Candidatus Cardinium”、乳球菌属(Lactococ⁃cus)、苍白杆菌属、沙雷氏菌属(Serratia)及栖热菌属在悬铃木方翅网蝽样本中含量较高。[结论]柳膜肩网蝽和悬铃木方翅网蝽体内微生物组成具有显著差异,但它们都拥有较高丰度的核心菌属——栖热菌属,推测栖热菌属可能是网蝽科昆虫体内普遍存在的共生菌。悬铃木方翅网蝽不同地理种群间菌群组成稳定。沃尔巴克氏体和Cardinium以较高丰度分别存在于柳膜肩网蝽和悬铃木方翅网蝽样本中,为二者的生物防治提供新思路。 展开更多
关键词 柳膜肩网蝽 悬铃木方翅网蝽 16S rrna高通量测序 菌群组成
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驯化对生物阴极微生物燃料电池中阴极微生物群落多样性的影响 被引量:2
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作者 刘瑶 侯彬 +3 位作者 陈佳俊 张蓉 刘晓宇 叶蓉 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期373-382,共10页
【背景】生物阴极微生物燃料电池因其构造成本低和阴极可持续性发展的优点而成为一种很有前途的废水处理系统,但阴极微生物的氧化还原性能限制了其在实际应用中的推广。【目的】为了提高生物阴极的性能,需要深入了解影响阴极氧化还原性... 【背景】生物阴极微生物燃料电池因其构造成本低和阴极可持续性发展的优点而成为一种很有前途的废水处理系统,但阴极微生物的氧化还原性能限制了其在实际应用中的推广。【目的】为了提高生物阴极的性能,需要深入了解影响阴极氧化还原性能的微生物群落。【方法】利用16S rRNA基因高通量测序技术分析对比原始接种污泥样品和驯化后阴极电极上生物膜样品多样性及结构变化。【结果】测序结果表明,原始接种污泥样品与驯化后阴极电极生物膜样品中微生物群落种类和结构存在显著差异,驯化后阴极电极生物膜样品中变形菌门(Proteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和特吕珀菌属(Trueperaceae)相对丰度比例高于原始污泥样品,成为优势菌群。【结论】驯化对系统阴极电极生物膜群落影响显著,随着产电量的输出,优势菌群不断富集,最终形成一个适应该实验环境下的新的微生物群落。对优势菌群结构和变化进行探讨,为生物阴极的研究补充更多生物学方面的理论基础。 展开更多
关键词 生物阴极 微生物燃料电池 16S rrna基因高通量测序技术 驯化 微生物多样性
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福建漳浦凡纳滨对虾海水养殖中后期水体细菌群落多样性分析 被引量:10
8
作者 胡东 王丽萍 +1 位作者 赵苒 邵宗泽 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期89-98,共10页
为分析凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)海水养殖过程中水体细菌群落多样性变化,本研究采用Illumina测序技术对福建漳浦县凡纳滨对虾海水养殖中后期水体样品进行16SrRNA基因高通量测序,同时进行水质参数测定。结果表明,养殖过程中,氨氮... 为分析凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)海水养殖过程中水体细菌群落多样性变化,本研究采用Illumina测序技术对福建漳浦县凡纳滨对虾海水养殖中后期水体样品进行16SrRNA基因高通量测序,同时进行水质参数测定。结果表明,养殖过程中,氨氮(NH+4-N)、化学需氧量(COD)值波动较大,其他水质参数值波动较小。检测到的细菌种群归属于19个门、35个纲、80个目、135个科、254个属,说明该养殖水体中细菌群落具有高度的多样性。变形菌门和拟杆菌门是养殖期间主要优势类群,不同养殖时期细菌组成存在一定的波动,但没有明显的变化规律。蓝细菌在第67天、115天表现出高丰度,且其丰度在养殖期间变化较大(比例变化为0.7%~63.9%)。此外,益生菌和潜在致病菌丰度在养殖期间很低。冗余分析(Redundancy analysis,RDA)表明,对细菌群落影响最大的水质因子是化学需氧量与硝酸盐浓度比值(COD/NO-3)和COD;降低溶氧可以增加细菌丰富度。总之,本研究初步揭示了对虾养殖中后期水体微生物的演替规律,发现水质因子对养殖水体微生物组成具有显著影响,研究结果为凡纳滨对虾健康养殖提供一定的参考意义。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 微生物群落多样性 16Srrna基因高通量测序 水质因子
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沉积物中菲高效降解菌群的筛选鉴定及降解特性
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作者 张永敏 王天慧 王萍 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期128-135,共8页
以河流表层沉积物为菌群来源,富集分离出一组新型好氧微生物降解菌群,并对其进行微生物群落结构鉴定和降解特性探究。采用16S rRNA基因高通量测序方法对该菌群进行微生物群落结构分析,并设置单因素实验确定最佳生长及降解条件。结果表明... 以河流表层沉积物为菌群来源,富集分离出一组新型好氧微生物降解菌群,并对其进行微生物群落结构鉴定和降解特性探究。采用16S rRNA基因高通量测序方法对该菌群进行微生物群落结构分析,并设置单因素实验确定最佳生长及降解条件。结果表明,菌群主要包括硝基黄杆菌(Diaphorobacter)83.35%,假单胞杆菌属(Pseudomonas)7.46%,反硝化卡斯特兰尼氏菌(Castellaniella)1.67%,水微菌属(Aquamicrobium)1.65%等;菌群可在60 h内对100 mg/L菲降解率到达95.78%,且在pH5至pH11之间生长并保持高效降解率,最适生长温度为35℃,当盐度为1%时对菌群影响较小,降解率依旧保持在97.26%;可在7 d内降解浓度为400 mg/L的菲,第7天降解率为96.36%。菌群不仅具有高效降解能力且生长条件适应广泛、抗压能力强,可为多环芳烃生物修复提供新的种质资源。 展开更多
关键词 微生物群落结构 16S rrna基因高通量测序 降解动力学
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