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微波法快速提取放线菌基因组DNA 被引量:171
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作者 徐平 李文均 +1 位作者 徐丽华 姜成林 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期82-84,共3页
原有的放线菌基因组DNA提取方法费时、费力、费用高 ,且对极端环境放线菌成功率较低。利用微波热振惊提取固体培养基表面放线菌菌落基因组DNA ,具有快速、简便、费用低廉等优点。所得的基因组DNA可作为PCR反应的模板进行 1 6SrRNA基因... 原有的放线菌基因组DNA提取方法费时、费力、费用高 ,且对极端环境放线菌成功率较低。利用微波热振惊提取固体培养基表面放线菌菌落基因组DNA ,具有快速、简便、费用低廉等优点。所得的基因组DNA可作为PCR反应的模板进行 1 6SrRNA基因有效扩增。 展开更多
关键词 微波 基因组DNA提取 PCR 16S DNA
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养殖刺参腐皮综合征病原菌的分离与鉴定 被引量:118
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作者 张春云 王印庚 荣小军 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期118-123,共6页
2003年春季,山东省青岛地区刺参养殖场暴发了较为严重的传染性疾病-“腐皮综合征”,该病引起的死亡造成约30%的损失。养殖刺参的发病症状表现为:厌食、摇头、肿嘴、排脏、身体萎缩、口部溃烂乃至体表大面积溃疡。从患病个体溃疡部位分... 2003年春季,山东省青岛地区刺参养殖场暴发了较为严重的传染性疾病-“腐皮综合征”,该病引起的死亡造成约30%的损失。养殖刺参的发病症状表现为:厌食、摇头、肿嘴、排脏、身体萎缩、口部溃烂乃至体表大面积溃疡。从患病个体溃疡部位分离得到一种优势细菌KL1,KL1经人工回接感染实验证明对健康刺参具有较强的致病性,且感染病参的症状与自然发病海参的症状相同。通过形态学、生理生化和16SrDNA分子生物学方法对该菌进行的分类鉴定表明,导致养成刺参“腐皮综合征”的致病菌是灿烂弧菌(Vibriosplendidus)。本文首次揭示了该地区“腐皮综合征”导致养成刺参大规模死亡的致病原因,对刺参病害防治和健康养殖具有重要的指导意义。 展开更多
关键词 刺参 海水养殖 疾病 细菌 腐皮综合征 16S rdna
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红树林土壤细菌群落16SrDNAV3片段PCR产物的DGGE分析 被引量:64
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作者 王岳坤 洪葵 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期201-204,共4页
从土壤中抽提微生物总DNA ,直接扩增 16SrDNAV3片段 ,应用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和分子克隆技术分析 16SrDNAV3片段的多态性 ,发现地域因素和红树品种都是影响土壤细菌群落结构的因素。通过对杯萼海桑土壤 16SrDNAV3片段PCR产物两个D... 从土壤中抽提微生物总DNA ,直接扩增 16SrDNAV3片段 ,应用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和分子克隆技术分析 16SrDNAV3片段的多态性 ,发现地域因素和红树品种都是影响土壤细菌群落结构的因素。通过对杯萼海桑土壤 16SrDNAV3片段PCR产物两个DGGE条带进行分子克隆、序列测定和Blast分析 ,发现每个DGGE条带包含着许多不同的 16SrDNAV3片段 ,并且其中多数为NCBI未收录的序列。这表明DGGE和克隆技术相结合的方法是研究土壤微生物群落结构的一种可行方法。 展开更多
关键词 红树林土壤 16S rdna DGGE
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甲基对硫磷降解菌假单胞菌WBC-3的筛选及其降解性能的研究 被引量:65
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作者 陈亚丽 张先恩 +2 位作者 刘虹 王银善 夏祥明 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期490-497,共8页
从农药污染土样中分离出的一株细菌具有彻底降解甲基对硫磷的能力。该菌经生理生化特性分析和 1 6SrDNA序列同源性分析 ,鉴定为假单胞菌属 ,命名为Pseudomonassp .WBC 3。该菌在pH7~ 8、温度 2 3℃~ 3 0℃范围内均生长良好 ,对甲基对... 从农药污染土样中分离出的一株细菌具有彻底降解甲基对硫磷的能力。该菌经生理生化特性分析和 1 6SrDNA序列同源性分析 ,鉴定为假单胞菌属 ,命名为Pseudomonassp .WBC 3。该菌在pH7~ 8、温度 2 3℃~ 3 0℃范围内均生长良好 ,对甲基对硫磷的耐受浓度在单纯无机盐培养基中可达到 80 0mg L ,在含有 0 1 %葡萄糖的培养基中可达到 2 0 0 0mg L。该菌能够以甲基对硫磷作为唯一碳源、氮源 ,将其彻底降解作为生长基质 ,对于 3 0 0mg L甲基对硫磷的降解速度达 1 5mg L·h ,于 2 2h后达到其稳定生长期。该菌对于多种有机磷农药及部分芳烃类化合物具有生化代谢能力。从该菌的细胞周质组分中纯化出的有机磷水解酶在SDS PAGE胶上显示为分子量约为 3 3 5× 1 0 3 的条带。 展开更多
关键词 甲基对硫磷降解菌 假单胞菌 WBC-3 筛选 降解性能 有机磷水解酶 农药
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不同16SrDNA靶序列对DGGE分析活性污泥群落的影响 被引量:66
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作者 邢德峰 任南琪 +2 位作者 宋佳秀 曲敏 徐香玲 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1424-1428,共5页
为探讨不同通用引物扩增16S rDNA靶序列对活性污泥微生物群落分析的影响,更合理的利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析活性污泥样品.从连续流搅拌槽式反应器(CSTR)中获取活性污泥,以3对通用引物341f/534r、968f/1 401r和341f/926r扩增16... 为探讨不同通用引物扩增16S rDNA靶序列对活性污泥微生物群落分析的影响,更合理的利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析活性污泥样品.从连续流搅拌槽式反应器(CSTR)中获取活性污泥,以3对通用引物341f/534r、968f/1 401r和341f/926r扩增16S rDNA序列,用DGGE分离PCR扩增产物.研究表明采用不同引物对进行DGGE分析时,群落多样性和动态存在显著的差异.341f/534r和968f/1 401r的靶序列分离效果较好,341f/926r的靶序列分离效果较差.引物341f/534r和341f/926r DGGE图谱显示S2和S3相似性高,引物968f/1 401r DGGE图谱显示S1和S2相似性高.由此可见采用不同引物对进行DGGE分析时,群落结构之间的相似性和动态是不一致的.341f/534r的DGGE图谱中条带丰富,多样性最好,968f/1 401r的DGGE图谱次之,341f/926r DGGE图谱条带最少,多样性也较差.因此,在利用DGGE分析活性污泥样品时采用引物341f/534r和968f/1 401r是比较适宜的. 展开更多
关键词 DGGE 16S rdna 活性污泥 群落动态 群落多样性
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重金属复合污染农田土壤的微生物群落遗传多样性研究 被引量:62
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作者 赵祥伟 骆永明 +3 位作者 滕应 李振高 宋静 吴龙华 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期186-191,共6页
采集了浙江省富阳市环山乡某冶炼厂小高炉附近受铜、锌、铅、镉不同程度复合污染的4个农田土壤样品,首先扩增土壤总DNA中的16SrDNA,然后进行变性梯度凝胶电泳(DenaturingGradientGelElectrophoresis),分析了长期受重金属复合污染的农田... 采集了浙江省富阳市环山乡某冶炼厂小高炉附近受铜、锌、铅、镉不同程度复合污染的4个农田土壤样品,首先扩增土壤总DNA中的16SrDNA,然后进行变性梯度凝胶电泳(DenaturingGradientGelElectrophoresis),分析了长期受重金属复合污染的农田土壤的微生物群落遗传多样性变化.结果表明,不同程度的重金属复合污染明显改变了农田土壤的微生物群落遗传多样性,但与多样性的改变不是简单的负相关关系,最大的多样性指数出现在中等污染程度的土壤中. 展开更多
关键词 农田土壤 遗传多样性 微生物群落 总DNA 多样性指数 采集 变性梯度凝胶电泳 重金属复合污染 污染程度 冶炼厂
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养殖大菱鲆溃疡症病原菌的分离鉴定及系统发育分析 被引量:67
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作者 范文辉 黄倢 +2 位作者 王秀华 史成银 刘莉 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期665-670,共6页
2004年夏季山东海阳一带养殖大菱鲆(Scophthalmus maximusL.)暴发溃疡病。症状主要表现为体表病灶部位出血、肌肉溃烂、眼球凸出等,解剖可见鳃丝贫血,肝脏充血,肾脏和胆囊肿大,肠壁充血并呈透明状,从出现发病症状起,大约一周后开始出现... 2004年夏季山东海阳一带养殖大菱鲆(Scophthalmus maximusL.)暴发溃疡病。症状主要表现为体表病灶部位出血、肌肉溃烂、眼球凸出等,解剖可见鳃丝贫血,肝脏充血,肾脏和胆囊肿大,肠壁充血并呈透明状,从出现发病症状起,大约一周后开始出现死亡。从病鱼体表溃疡部位及内脏分离出优势菌并命名为H1,经人工感染证实H1即为引起本次养殖大菱鲆体表溃疡症的病原菌。对病原菌进行鉴定揭示该菌革兰氏染色阴性,菌体呈短杆状,极生单鞭毛。综合该菌在形态、生理生化、API20NE与API20E自动鉴定结果、16S rDNA同源性等方面的特性,确认H1为哈维氏弧菌(Vibrio harveyi),该菌对呋喃妥因、菌必治等多种抗生素敏感。哈维氏弧菌是海水养殖鱼类的常见致病菌,但作为养殖大菱鲆的病原菌属首次报道。 展开更多
关键词 哈维氏弧菌 大菱鲆 溃疡症 病原菌 16S rdna
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应用变性梯度凝胶电泳和16SrDNA序列分析对山羊瘤胃细菌多样性的研究 被引量:53
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作者 姚文 朱伟云 +3 位作者 韩正康 Antoon D L Akkermans Barbara Williams Seerp Tamminga 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第9期1374-1378,共5页
以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上... 以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%~55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36% 、2 号 46% 、3 号 30%。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有5个基因序列与基因数据库登录的相关序列的相似性大于97%,8个基因序列的相似性在90%~96%,余下的低于90%。相似性大于97%的5个克隆中,只有1个被鉴定为Prevotella sp .,其余 4 个都属于未被鉴定的瘤胃细菌。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 16Srdna序列分析 山羊 瘤胃细菌 多样性
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一株苯酚降解菌的分离和鉴定 被引量:59
9
作者 徐玉泉 张维 +3 位作者 陈明 林敏 李浚明 方宣钧 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第4期450-455,共6页
:从工业废水中分离到一株高效降解苯酚的菌株PHEA 2 ,它能够在以苯酚为单一碳源和能源的无机培养基上生长 ,其最高苯酚降解率为 394nmol/ (mg·min) .经Biolog细菌自动鉴定仪鉴定 ,该菌株为醋酸钙不动杆菌 (Acinetobactercalcoaceti... :从工业废水中分离到一株高效降解苯酚的菌株PHEA 2 ,它能够在以苯酚为单一碳源和能源的无机培养基上生长 ,其最高苯酚降解率为 394nmol/ (mg·min) .经Biolog细菌自动鉴定仪鉴定 ,该菌株为醋酸钙不动杆菌 (Acinetobactercalcoaceti cus) .采用PCR扩增获得的该菌 16SrDNA片段 ,核苷酸序列分析结果表明 ,该菌株的 16SrDNA的核苷酸序列与醋酸钙不动杆菌同源性为 98% .在细菌系统发育分类学上 ,PHEA 2归属变形细菌γ亚类、不动杆菌属、醋酸钙不动杆菌 . 展开更多
关键词 苯酚 生物降解 16Srdna 醋酸钙不动杆菌
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黄芪多糖对肥胖小鼠的减肥作用与调节肠道菌群的关系研究 被引量:68
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作者 何旭云 贺姣姣 +2 位作者 郑宁宁 王顺春 李后开 《世界中医药》 CAS 2016年第11期2379-2384,2388,共7页
目的:观察黄芪多糖(Astragalus Polysaccharides,APS)对于高脂饮食诱导的肥胖小鼠的减肥作用与调节肠道菌群的关系。方法:1)将50只C57bl/6J小鼠随机分为5组(n=10),分别为正常对照组(Con)、HFD(high-fat diet)组和APS低中高(在高脂饮食... 目的:观察黄芪多糖(Astragalus Polysaccharides,APS)对于高脂饮食诱导的肥胖小鼠的减肥作用与调节肠道菌群的关系。方法:1)将50只C57bl/6J小鼠随机分为5组(n=10),分别为正常对照组(Con)、HFD(high-fat diet)组和APS低中高(在高脂饮食中添加分别添加2%,4%,或8%的APS)剂量组。利用高脂饮食连续喂养8周诱导出小鼠肥胖模型,给药组同步喂养,每周进行称重。实验周期结束后,收集各组粪便样本,利用基于细菌16S r DNA测序的元基因组学方法,分析了APS对于高脂喂养小鼠肠道菌的影响。2)将10只C57bl/6J小鼠随机分为2组(n=5),分别为HFD_R组(HFD_Receptor)和APS_R组(APS_Receptor),每天分别灌胃来自HFD组和APS低剂量组(2%APS)小鼠的新鲜粪便提取液进行肠道菌移植,前八周给予正常饮食,后四周更换为HFD。结果:APS能够明显抑制高脂喂养小鼠肥胖的形成、减轻肝脏脂肪变性、降低肝脏TG水平、改善胰岛素敏感性、显著恢复高脂喂养小鼠的肠道菌群紊乱,增加拟杆菌(Bacteroidetes)与厚壁门(Firmicutes)菌的相对丰度、降低变形菌门(Proteobacteria)细菌的相对丰度,并且,APS的减肥效应能够通过肠道菌移植转移给高脂喂养受体小鼠。结论:APS对高脂喂养小鼠具有减肥作用,且APS的减肥作用与调节肥胖小鼠的肠道菌群有关。 展开更多
关键词 黄芪多糖 肥胖 肠道菌群 胰岛素敏感性 脂肪变性 16S rdna
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生防菌株2P24与CPF-10的鉴定及其生防相关性状的初步分析 被引量:55
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作者 魏海雷 王烨 +1 位作者 张力群 唐文华 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期80-85,共6页
从山东省小麦根围土壤中分离到具有生防活性的细菌菌株2P24、CPF-10。通过对其16S rDNA序列同源性分析及生理生化测定鉴定为荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens),其中菌株2P24为生物型I,CPF-10为生物型V。对这2株细菌的生防相关性状... 从山东省小麦根围土壤中分离到具有生防活性的细菌菌株2P24、CPF-10。通过对其16S rDNA序列同源性分析及生理生化测定鉴定为荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens),其中菌株2P24为生物型I,CPF-10为生物型V。对这2株细菌的生防相关性状分析表明,二者均可产生多种抗菌物质,如2,4-二乙酰基间苯三酚(2,4-DAPG)、氢氰酸(HCN)、嗜铁素、蛋白酶等。平板对峙测定表明2株细菌对番茄青枯菌(Rastonia solanacearum)、棉花立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)、棉花枯萎菌(Fusarium oxysporum)具有明显的拮抗作用。温室生测表明2P24对番茄青枯病的防效达63.0%。CPF-10达62.4%,且持续稳定。 展开更多
关键词 生物防治 菌株2P24 CPF-10 鉴定技术 相关性状
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一株溶藻细菌的分离鉴定及其溶藻特性 被引量:62
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作者 裴海燕 胡文容 +2 位作者 曲音波 母锐敏 李小彩 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期796-802,共7页
从对藻类及藻毒素有良好去除作用的海绵固定化微生物系统中分离到一株溶藻细菌P0 7,对该菌溶解铜绿微囊藻(Microcystisaeruginosa)、栅藻(Scenedesmus)及小球藻(Chlorella)的效果、溶藻方式进行了研究,利用16SrDNA序列分析对其进行了鉴... 从对藻类及藻毒素有良好去除作用的海绵固定化微生物系统中分离到一株溶藻细菌P0 7,对该菌溶解铜绿微囊藻(Microcystisaeruginosa)、栅藻(Scenedesmus)及小球藻(Chlorella)的效果、溶藻方式进行了研究,利用16SrDNA序列分析对其进行了鉴定.结果表明,该菌株不但对铜绿微囊藻具有良好的溶解效果,而且对淡水中常见的栅藻及小球藻也具有良好的去除作用.初始菌浓度越大,溶藻效果越明显,达到最佳溶藻效果的时间越短.当菌浓度为2 . 4×10 7个·mL- 1 时,3d后铜绿微囊藻的去除率可达到81 .67% .该菌溶藻无需菌体与藻细胞直接接触,是通过分泌某种非蛋白质类物质溶藻.该菌革兰氏染色呈阳性,可运动;不能利用大多数常见碳源.16SrDNA序列分析表明,P0 7菌株与多株芽孢杆菌的16SrDNA核苷酸序列的同源性均在99. 7%以上,归属于芽孢杆菌属. 展开更多
关键词 溶藻细菌 溶藻特性 16S rdna 芽孢杆菌
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产广谱细菌素乳酸菌的筛选和鉴定 被引量:59
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作者 张艾青 刘书亮 敖灵 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期753-756,共4页
以大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、藤黄微球菌、铜绿假单胞杆菌和枯草芽孢杆菌为指示菌,从分离自四川传统发酵食品中的267株乳酸菌中,采用平板打孔法初筛、牛津杯法复筛(排除酸、过氧化氢干扰以及胰蛋白酶和木瓜蛋白酶处理),筛选出1株分离... 以大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、藤黄微球菌、铜绿假单胞杆菌和枯草芽孢杆菌为指示菌,从分离自四川传统发酵食品中的267株乳酸菌中,采用平板打孔法初筛、牛津杯法复筛(排除酸、过氧化氢干扰以及胰蛋白酶和木瓜蛋白酶处理),筛选出1株分离自醪糟的具有较强抑菌作用的产广谱细菌素的乳杆菌菌株P158,结合形态学、生理生化特性和16S rDNA序列同源性分析,该菌株被鉴定为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)。 展开更多
关键词 乳酸菌 细菌素 抑菌实验 16S rdna
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一株牙鲆皮肤溃烂症病原菌的鉴定 被引量:48
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作者 莫照兰 茅云翔 +1 位作者 陈师勇 张培军 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期263-269,共7页
从山东荣成养鱼场发病牙鲆分离到一株病原菌M3 ,革兰氏阴性 ,杆状 ,能运动 ,菌落半透明 ,用BIOLOG细菌鉴定系统不能鉴定。通过 1 6SrDNA序列分析和同源性检索发现M3菌株与弧菌属的同源性较高 ,为 94%~ 98%。系统发育学分析表明菌株M3... 从山东荣成养鱼场发病牙鲆分离到一株病原菌M3 ,革兰氏阴性 ,杆状 ,能运动 ,菌落半透明 ,用BIOLOG细菌鉴定系统不能鉴定。通过 1 6SrDNA序列分析和同源性检索发现M3菌株与弧菌属的同源性较高 ,为 94%~ 98%。系统发育学分析表明菌株M3与鳗弧菌关系最近 ,相似性为 99 6 % ,其生化性状也和鳗弧菌的特征相似 ,故可把M3定为鳗弧菌 (Vibrioan guillarum)。 展开更多
关键词 牙鲆 皮肤溃烂症 病原菌 鉴定 鳗弧菌 16S rdna 系统发育
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生态养猪模式中发酵床优势细菌的微生物学性质及其应用研究 被引量:62
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作者 张庆宁 胡明 +5 位作者 朱荣生 任相全 武英 王怀忠 刘玉庆 王述柏 《山东农业科学》 2009年第4期99-105,共7页
从生态养猪模式的发酵床中分离纯化到14株优势好氧细菌,通过形态学、16S rDNA序列分析和同源性比较,鉴定均为芽孢杆菌属不同的种。发酵试验和饲养试验表明,这些菌株在猪粪和垫料组成的发酵床生长优势强,耐发酵高热,能够产生多种与猪粪... 从生态养猪模式的发酵床中分离纯化到14株优势好氧细菌,通过形态学、16S rDNA序列分析和同源性比较,鉴定均为芽孢杆菌属不同的种。发酵试验和饲养试验表明,这些菌株在猪粪和垫料组成的发酵床生长优势强,耐发酵高热,能够产生多种与猪粪降解相关的酶类,除臭效果明显;对某些病原菌具有抑制作用,对猪安全并有促进生长的功能,随着在发酵床饲养时间的延长,从对应猪分离的大肠杆菌的抗药性逐渐降低。生态养猪模式是安全环保节约的饲养模式,可以降低大肠杆菌的抗药性,减少药残。 展开更多
关键词 发酵床养殖 芽孢杆菌 16S rdna 降解猪粪 抗药性
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一种简单、有效的适于PCR操作的放线菌DNA提取方法 被引量:57
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作者 姜淑梅 张龙 +1 位作者 戴世鲲 李翔 《生物技术》 CAS CSCD 2007年第1期39-41,共3页
目的:利用改良酶法发展了一种从微量(几百微升)发酵液中快速安全的提取放线菌基因组DNA的方法。方法:利用溶菌酶破壁,蛋白酶K和SDS除蛋白,成功提取较高质量的放线菌基因组DNA,所得的DNA可作为PCR反应的模板进行16SrRNA等基因有效扩增。... 目的:利用改良酶法发展了一种从微量(几百微升)发酵液中快速安全的提取放线菌基因组DNA的方法。方法:利用溶菌酶破壁,蛋白酶K和SDS除蛋白,成功提取较高质量的放线菌基因组DNA,所得的DNA可作为PCR反应的模板进行16SrRNA等基因有效扩增。结果:能从海绵和土壤分离的放线菌中成功提取基因组DNA。结论:该方法操作简单、费用低廉、不使用酚、氯仿等有毒害作用有机试剂,非常适于长期从事放线菌操作的研究人员。为大量放线菌菌株的快速鉴别、高通量筛选和系统分类研究创造了条件。 展开更多
关键词 放线菌 基因组DNA提取 PCR 16S DNA
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PCR-DGGE技术解析针叶和阔叶凋落物混合分解对土壤微生物群落结构的影响 被引量:54
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作者 陈法霖 张凯 +3 位作者 郑华 林学强 欧阳志云 屠乃美 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期145-150,共6页
为深入理解凋落物类型和微生物群落之间的相互关系,通过小盆+凋落袋控制实验,运用PCR-DGGE技术解析了南方红壤丘陵区典型针叶树种马尾松和湿地松的凋落物分别与白栎、青冈两个阔叶树种凋落物混合分解对土壤微生物基因型多样性的影响.结... 为深入理解凋落物类型和微生物群落之间的相互关系,通过小盆+凋落袋控制实验,运用PCR-DGGE技术解析了南方红壤丘陵区典型针叶树种马尾松和湿地松的凋落物分别与白栎、青冈两个阔叶树种凋落物混合分解对土壤微生物基因型多样性的影响.结果表明:1)针叶凋落物中加入阔叶后细菌群落结构未发生显著变化,将所有处理归为一类的相似度达72%,其差异仅表现在马尾松+白栎和湿地松+青冈处理土壤微生物群落16S rDNA的丰富度和多样性分别显著高于单一马尾松和湿地松;2)针叶凋落物中加入阔叶后真菌群落结构发生了显著变化,单一针叶处理与针阔混合处理间18S rDNA基因泳道带型的相似度只有28%,并且单一马尾松处理土壤18S rDNA的丰富度和多样性显著高于马尾松+白栎和马尾松+青冈,单一湿地松处理土壤18S rDNA的丰富度也显著高于湿地松+白栎和湿地松+青冈,多样性显著高于湿地松+白栎处理;3)土壤真菌18S rDNA的丰富度与凋落物初始C含量呈显著正相关,与凋落物初始N含量呈显著负相关.针叶凋落物中引入阔叶凋落物后,增加了凋落物中N的比重,C的比重则下降,显著影响了土壤真菌群落的结构. 展开更多
关键词 森林凋落物 混合分解 土壤微生物 群落结构 16S rdna 18S rdna 多样性 DGGE
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利用16S rDNA结合gyrA和gyrB基因对生防芽孢杆菌R31的快速鉴定 被引量:55
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作者 喻国辉 牛春艳 +2 位作者 陈远凤 陈燕红 杨紫红 《中国生物防治》 CSCD 北大核心 2010年第2期160-166,共7页
克隆16S rDNA、DNA促旋酶A亚基编码基因gyrA和B亚基编码基因gyrB对分离自石斛兰(Dendrobiumsp.)叶片的广谱抗真菌生防芽孢杆菌R31进行鉴定。首先通过生理生化测定和克隆16S rDNA序列,分析显示其属于芽孢杆菌属(Bacillus),但不能准确鉴... 克隆16S rDNA、DNA促旋酶A亚基编码基因gyrA和B亚基编码基因gyrB对分离自石斛兰(Dendrobiumsp.)叶片的广谱抗真菌生防芽孢杆菌R31进行鉴定。首先通过生理生化测定和克隆16S rDNA序列,分析显示其属于芽孢杆菌属(Bacillus),但不能准确鉴定到种;然后分别利用克隆的gyrA基因和gyrB基因以及其BLAST分析结果构建系统发育树,最终将该菌株确定为枯草芽孢杆菌(B.subtilis)。结果显示利用16S rDNA与gyrA基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌,利用16S rDNA与gyrB基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌及其近缘种。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 16S rdna GYRA基因 gyrB基因 鉴定
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1株好氧反硝化菌的分离鉴定及反硝化特性研究 被引量:54
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作者 李卫芬 傅罗琴 +2 位作者 邓斌 陈南南 周绪霞 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第8期2403-2408,共6页
经BTB培养基初筛和反硝化活力定量测定,从草鱼养殖池水中分离得到1株具有较高脱氮效率的好氧反硝化菌F1.通过形态观察、生理生化特性及16S rDNA同源性分析,确定该菌株为施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri).反硝化特性研究结果表明,该... 经BTB培养基初筛和反硝化活力定量测定,从草鱼养殖池水中分离得到1株具有较高脱氮效率的好氧反硝化菌F1.通过形态观察、生理生化特性及16S rDNA同源性分析,确定该菌株为施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri).反硝化特性研究结果表明,该菌脱氮的最适碳源为乙酸钠、柠檬酸钠、葡萄糖和蔗糖,对硝酸盐的去除率均达到100%;当C/N比不低于10时,该菌的脱氮率可达到96%以上,且无亚硝酸盐的积累;最适生长和最佳脱氮的温度和pH值分别为30℃和7.0;当DO值为3.4~7.2 mg/L时,菌株24 h的脱氮率均可达到85%以上;以NaNO3或NaNO2为氮源时,菌株的反硝化过程主要发生在对数生长期,32 h的脱氮率分别达到92.51%和82.73%.结果提示,菌株F1能直接以NO 3-或NO 2-为底物进行反硝化,并能耐受较高的溶解氧,可以作为调节养殖水体水质的候选菌株. 展开更多
关键词 好氧反硝化菌 脱氮率 16S rdna 反硝化 假单胞菌属
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不同蔬菜连作对土壤细菌DNA分子水平多态性影响的研究 被引量:44
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作者 雷娟利 周艳虹 +2 位作者 丁桔 王礼 喻景权 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第10期2076-2083,共8页
采用从土壤中直接提取微生物总DNA,并用细菌16SrDNA特异性引物进行PCR扩增、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、克隆和测序等一系列分子生物学手段,研究了不同蔬菜连作对土壤中细菌群落结构的影响。结果表明,采自同一地区的土壤样品,其DGGE图谱... 采用从土壤中直接提取微生物总DNA,并用细菌16SrDNA特异性引物进行PCR扩增、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、克隆和测序等一系列分子生物学手段,研究了不同蔬菜连作对土壤中细菌群落结构的影响。结果表明,采自同一地区的土壤样品,其DGGE图谱的相似性很高;同时蔬菜连作对土壤中细菌的群落组成产生影响,这种影响同蔬菜作物种类和连作年限有关。研究结果还表明,所取土样中的细菌大多数为Proteobacteria类细菌,另外Acidobacteria、Sphingobacteria和Actinobacteria类细菌只占少量比例。 展开更多
关键词 蔬菜 连作土壤 细菌 16S rdna PCR—DGGE 细菌DNA 土壤样品 连作 分子水平
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