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土壤酸杆菌门细菌生态学研究进展 被引量:191
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作者 王光华 刘俊杰 +3 位作者 于镇华 王新珍 金剑 刘晓冰 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期14-20,共7页
酸杆菌是土壤中一类重要的细菌类群。基于16S r RNA基因序列分析发现,酸杆菌一般占细菌总量的20%左右,甚至高达50%以上,表明酸杆菌在土壤生态过程中起到重要的作用。从植被、海拔高度、氮肥管理及二氧化碳升高对土壤酸杆菌分布的影响,... 酸杆菌是土壤中一类重要的细菌类群。基于16S r RNA基因序列分析发现,酸杆菌一般占细菌总量的20%左右,甚至高达50%以上,表明酸杆菌在土壤生态过程中起到重要的作用。从植被、海拔高度、氮肥管理及二氧化碳升高对土壤酸杆菌分布的影响,以及酸杆菌根际效应等几方面论述了土壤酸杆菌门细菌生态学研究进展;综合分析揭示出不同分类单元酸杆菌细菌分布与环境因子间的关系;阐述了部分酸杆菌细菌的潜在生态功能。最后指出在土壤酸杆菌研究中应强化分离培养、细化分子生态、采用宏基因组学和单细胞测序新技术的重要性。 展开更多
关键词 酸杆菌 微生物生态 亚群 16S RRNA基因 高通量测序
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微波法快速提取放线菌基因组DNA 被引量:171
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作者 徐平 李文均 +1 位作者 徐丽华 姜成林 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期82-84,共3页
原有的放线菌基因组DNA提取方法费时、费力、费用高 ,且对极端环境放线菌成功率较低。利用微波热振惊提取固体培养基表面放线菌菌落基因组DNA ,具有快速、简便、费用低廉等优点。所得的基因组DNA可作为PCR反应的模板进行 1 6SrRNA基因... 原有的放线菌基因组DNA提取方法费时、费力、费用高 ,且对极端环境放线菌成功率较低。利用微波热振惊提取固体培养基表面放线菌菌落基因组DNA ,具有快速、简便、费用低廉等优点。所得的基因组DNA可作为PCR反应的模板进行 1 6SrRNA基因有效扩增。 展开更多
关键词 微波 基因组DNA提取 PCR 16S DNA
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养殖刺参腐皮综合征病原菌的分离与鉴定 被引量:118
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作者 张春云 王印庚 荣小军 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期118-123,共6页
2003年春季,山东省青岛地区刺参养殖场暴发了较为严重的传染性疾病-“腐皮综合征”,该病引起的死亡造成约30%的损失。养殖刺参的发病症状表现为:厌食、摇头、肿嘴、排脏、身体萎缩、口部溃烂乃至体表大面积溃疡。从患病个体溃疡部位分... 2003年春季,山东省青岛地区刺参养殖场暴发了较为严重的传染性疾病-“腐皮综合征”,该病引起的死亡造成约30%的损失。养殖刺参的发病症状表现为:厌食、摇头、肿嘴、排脏、身体萎缩、口部溃烂乃至体表大面积溃疡。从患病个体溃疡部位分离得到一种优势细菌KL1,KL1经人工回接感染实验证明对健康刺参具有较强的致病性,且感染病参的症状与自然发病海参的症状相同。通过形态学、生理生化和16SrDNA分子生物学方法对该菌进行的分类鉴定表明,导致养成刺参“腐皮综合征”的致病菌是灿烂弧菌(Vibriosplendidus)。本文首次揭示了该地区“腐皮综合征”导致养成刺参大规模死亡的致病原因,对刺参病害防治和健康养殖具有重要的指导意义。 展开更多
关键词 刺参 海水养殖 疾病 细菌 腐皮综合征 16S RDNA
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PCR-DGGE技术在农田土壤微生物多样性研究中的应用 被引量:84
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作者 罗海峰 齐鸿雁 +1 位作者 薛凯 张洪勋 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第8期1570-1575,共6页
变性梯度凝胶电泳技术 ( DGGE)在微生物生态学领域有着广泛的应用。研究采用化学裂解法直接提取出不同农田土壤微生物基因组 DNA,并以此基因组 DNA为模板 ,选择特异性引物 F357GC和 R518对 1 6Sr RNA基因的 V3区进行扩增 ,长约 2 30 bp... 变性梯度凝胶电泳技术 ( DGGE)在微生物生态学领域有着广泛的应用。研究采用化学裂解法直接提取出不同农田土壤微生物基因组 DNA,并以此基因组 DNA为模板 ,选择特异性引物 F357GC和 R518对 1 6Sr RNA基因的 V3区进行扩增 ,长约 2 30 bp的 PCR产物经变性梯度凝胶电泳 ( DGGE)进行分离后 ,得到不同数目且分离效果较好的电泳条带。结果说明 ,DGGE能够对土壤样品中的不同微生物的 1 6Sr RNA基因的 V3区的 DNA扩增片断进行分离 ,为这些 DNA片断的定性和鉴定提供了条件。与传统的平板培养方法相比 ,变性梯度凝胶电泳 ( DGGE)技术能够更精确的反映出土壤微生物多样性 ,它是一种有效的微生物多样性研究技术。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 DGGE 基因组DNA 16S RRNA 微生物多样性 农田土壤
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16S rRNA基因在微生物生态学中的应用 被引量:107
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作者 刘驰 李家宝 +2 位作者 芮俊鹏 安家兴 李香真 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期2769-2788,共20页
16S rRNA(Small subunit ribosomal RNA)基因是对原核微生物进行系统进化分类研究时最常用的分子标志物(Biomarker),广泛应用于微生物生态学研究中。近些年来随着高通量测序技术及数据分析方法等的不断进步,大量基于16S rRNA基因的研究... 16S rRNA(Small subunit ribosomal RNA)基因是对原核微生物进行系统进化分类研究时最常用的分子标志物(Biomarker),广泛应用于微生物生态学研究中。近些年来随着高通量测序技术及数据分析方法等的不断进步,大量基于16S rRNA基因的研究使得微生物生态学得到了快速发展,然而使用16S rRNA基因作为分子标志物时也存在诸多问题,比如水平基因转移、多拷贝的异质性、基因扩增效率的差异、数据分析方法的选择等,这些问题影响了微生物群落组成和多样性分析时的准确性。对当前使用16S rRNA基因分析微生物群落组成和多样性的进展情况做一总结,重点讨论当前存在的主要问题以及各种分析方法的发展,尤其是与高通量测序技术有关的实验和数据处理问题。 展开更多
关键词 16S RRNA基因 微生物群落 多样性 高通量测序 生物信息数据处理
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Chelex-100快速提取放线菌DNA作为PCR扩增模板 被引量:104
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作者 周双清 黄小龙 +2 位作者 黄东益 胡新文 陈吉良 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期123-125,共3页
旨在建立有效扩增16S rRNA基因序列的放线菌DNA快速提取的方法。采用Chelex-100法提取放线菌DNA,使用PCR扩增16S rRNA基因序列评价提取核酸的质量。结果显示,Chelex-100法能够在10 min之内从放线菌中快速提取DNA,所提取的DNA可以直接用... 旨在建立有效扩增16S rRNA基因序列的放线菌DNA快速提取的方法。采用Chelex-100法提取放线菌DNA,使用PCR扩增16S rRNA基因序列评价提取核酸的质量。结果显示,Chelex-100法能够在10 min之内从放线菌中快速提取DNA,所提取的DNA可以直接用于PCR扩增反应,PCR扩增产物电泳条带清晰,符合理论预期结果。因此,Chelex-100法提取放线菌DNA可以作为16S rRNA基因序列PCR扩增的模板,该方法具有经济、简便、快速的特点,适合于放线菌菌株大规模地筛选和分类鉴定。 展开更多
关键词 Chelex-100 放线菌 DNA提取 PCR 16S RRNA
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红树林土壤细菌群落16SrDNAV3片段PCR产物的DGGE分析 被引量:64
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作者 王岳坤 洪葵 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期201-204,共4页
从土壤中抽提微生物总DNA ,直接扩增 16SrDNAV3片段 ,应用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和分子克隆技术分析 16SrDNAV3片段的多态性 ,发现地域因素和红树品种都是影响土壤细菌群落结构的因素。通过对杯萼海桑土壤 16SrDNAV3片段PCR产物两个D... 从土壤中抽提微生物总DNA ,直接扩增 16SrDNAV3片段 ,应用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和分子克隆技术分析 16SrDNAV3片段的多态性 ,发现地域因素和红树品种都是影响土壤细菌群落结构的因素。通过对杯萼海桑土壤 16SrDNAV3片段PCR产物两个DGGE条带进行分子克隆、序列测定和Blast分析 ,发现每个DGGE条带包含着许多不同的 16SrDNAV3片段 ,并且其中多数为NCBI未收录的序列。这表明DGGE和克隆技术相结合的方法是研究土壤微生物群落结构的一种可行方法。 展开更多
关键词 红树林土壤 16S RDNA DGGE
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16S rRNA基因序列分析法鉴定病原细菌 被引量:91
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作者 朱飞舟 陈利玉 陈汉春 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1035-1041,共7页
目的:运用16S rRNA基因序列分析法鉴定14种细菌,为该方法的临床应用奠定基础。方法:提取细菌DNA,采用通用引物PCR扩增16S rRNA基因片段并测序。将测序结果用Blastn在线软件在Nucleotide数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定... 目的:运用16S rRNA基因序列分析法鉴定14种细菌,为该方法的临床应用奠定基础。方法:提取细菌DNA,采用通用引物PCR扩增16S rRNA基因片段并测序。将测序结果用Blastn在线软件在Nucleotide数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果:12种细菌可以鉴定到"种",2种细菌可以鉴定到"属"。结论:16SrRNA基因序列分析是一种有效的病原细菌鉴定方法。 展开更多
关键词 16S RRNA 病原细菌 基因序列分析
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利用PCR-DGGE未培养技术对中国白酒高温和中温大曲细菌群落结构的分析 被引量:91
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作者 高亦豹 王海燕 徐岩 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期999-1004,共6页
采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究了5种高温和中温白酒大曲细菌群落结构,通过优势条带切胶鉴定确定了大曲中优势细菌种属信息。结果表明,Weissella cibaria、Lactobacillus helveticus、L.fermentum、L.panis等... 采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究了5种高温和中温白酒大曲细菌群落结构,通过优势条带切胶鉴定确定了大曲中优势细菌种属信息。结果表明,Weissella cibaria、Lactobacillus helveticus、L.fermentum、L.panis等乳酸菌普遍存在于5种大曲中,Ther-moactinomyces sanguinis仅存在于高温曲酱曲中,同时DGGE检测到了传统方法未能分离鉴定的Staphylococcus xylosus、Klebsiella oxytoca。不同工艺大曲细菌群落结构存在明显差异,随着制曲温度的升高,大曲细菌多样性指数有下降趋势。PCR-DGGE技术是一种能够快速有效地研究白酒大曲细菌群落结构的技术。 展开更多
关键词 大曲 16S rRNAV3 DGGE 细菌群落结构
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酸马奶中乳杆菌Lb.casei.Zhang和ZL12-1的16S rDNA基因序列及聚类分析 被引量:74
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作者 乌日娜 张和平 孟和毕力格 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2005年第6期4-9,共6页
利用遗传学方法对分离自内蒙古锡林郭勒盟牧区采集的酸马奶样品中的乳杆菌Lb.casei.Zhang和ZL12-1进行16SrDNA基因扩增与测序,并将结果与同属的乳杆菌作同源性分析,建立系统发育树,以求更准确地确定其归属,为益生菌的筛选奠定基础。结... 利用遗传学方法对分离自内蒙古锡林郭勒盟牧区采集的酸马奶样品中的乳杆菌Lb.casei.Zhang和ZL12-1进行16SrDNA基因扩增与测序,并将结果与同属的乳杆菌作同源性分析,建立系统发育树,以求更准确地确定其归属,为益生菌的筛选奠定基础。结果表明,菌株Lb.casei.Zhang与标准菌株Lb.caseiATCC334T的同源性为100%,菌株ZL12-1与标准菌株Lb.gallinarumATCC33199T的同源性为98%。结合系统发育树及16SrDNA的部分序列分析结果,将Lb.casei.Zhang判定为Lb.caseisubsp.casei,ZL12-1鉴定为Lb.gallinarum,这与传统分类方法所得鉴定结果一致。 展开更多
关键词 乳杆菌 16S rDNA同源性 系统发育树 酸马奶
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PCR-DGGE技术用于湖泊沉积物中微生物群落结构多样性研究 被引量:78
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作者 赵兴青 杨柳燕 +6 位作者 陈灿 肖琳 蒋丽娟 马喆 朱昊巍 于振洋 尹大强 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期3610-3616,共7页
采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术比较南京市玄武湖、奠愁湖和太湖不同位置的表层沉积物微生物群落结构,研究结果表明,三湖泊沉积物微生物的16SrDNA的PCR扩增结果约为626bp,为16S rDNA V3~V5区特异性片段。玄武湖和莫愁湖表层沉积物中... 采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术比较南京市玄武湖、奠愁湖和太湖不同位置的表层沉积物微生物群落结构,研究结果表明,三湖泊沉积物微生物的16SrDNA的PCR扩增结果约为626bp,为16S rDNA V3~V5区特异性片段。玄武湖和莫愁湖表层沉积物中大约有20种优势菌群,且同一湖泊不同采样点DGGE图谱的差异性不大,细菌群落结构具有较高的相似性,而太湖样品DGGE条带的数目和位置表现出明显差异,且不同采样点图谱的差异性较大。三湖泊除具有特征性的微生物种属外,还分布约5个相同的细菌种群,可能与沉积物的理化性质和水生植被的影响相关。对DGGE图谱中7条主带进行回收、扩增和测序,结果显示其优势菌群具有不同的序列组成,其中5个序列与Genebank中已登录的细菌种群的同源性≥99%,2个序列的同源性为96%和93%,其中2个相似的细菌类群目前尚未获得纯培养。 展开更多
关键词 沉积物 微生物多样性 变性梯度凝胶电泳(DGGE) 16S RDNA 序列测定
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不同16SrDNA靶序列对DGGE分析活性污泥群落的影响 被引量:66
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作者 邢德峰 任南琪 +2 位作者 宋佳秀 曲敏 徐香玲 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1424-1428,共5页
为探讨不同通用引物扩增16S rDNA靶序列对活性污泥微生物群落分析的影响,更合理的利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析活性污泥样品.从连续流搅拌槽式反应器(CSTR)中获取活性污泥,以3对通用引物341f/534r、968f/1 401r和341f/926r扩增16... 为探讨不同通用引物扩增16S rDNA靶序列对活性污泥微生物群落分析的影响,更合理的利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析活性污泥样品.从连续流搅拌槽式反应器(CSTR)中获取活性污泥,以3对通用引物341f/534r、968f/1 401r和341f/926r扩增16S rDNA序列,用DGGE分离PCR扩增产物.研究表明采用不同引物对进行DGGE分析时,群落多样性和动态存在显著的差异.341f/534r和968f/1 401r的靶序列分离效果较好,341f/926r的靶序列分离效果较差.引物341f/534r和341f/926r DGGE图谱显示S2和S3相似性高,引物968f/1 401r DGGE图谱显示S1和S2相似性高.由此可见采用不同引物对进行DGGE分析时,群落结构之间的相似性和动态是不一致的.341f/534r的DGGE图谱中条带丰富,多样性最好,968f/1 401r的DGGE图谱次之,341f/926r DGGE图谱条带最少,多样性也较差.因此,在利用DGGE分析活性污泥样品时采用引物341f/534r和968f/1 401r是比较适宜的. 展开更多
关键词 DGGE 16S RDNA 活性污泥 群落动态 群落多样性
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用于PCR扩增的细菌DNA提取方法比较 被引量:81
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作者 冯广达 陈美标 +1 位作者 羊宋贞 朱红惠 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期439-442,共4页
以14个属的革兰阴性菌和阳性菌为研究对象,采用16S rRNA基因PCR扩增对4种细菌DNA提取法进行了比较.结果表明,对细菌DNA的提取效果排序,依次为冻融法、煮沸法、碱解法、ROSE法.冻融法效果最好,具有成本低、省时省力、无污染等优点,但仍... 以14个属的革兰阴性菌和阳性菌为研究对象,采用16S rRNA基因PCR扩增对4种细菌DNA提取法进行了比较.结果表明,对细菌DNA的提取效果排序,依次为冻融法、煮沸法、碱解法、ROSE法.冻融法效果最好,具有成本低、省时省力、无污染等优点,但仍存在少数革兰阳性菌DNA提取失败的现象.因此,在菌株较多的情况下可先采用冻融法提取细菌DNA,对少数提取失败的菌株,弃冻融法得到的上清液,再以SDS法、CTAB法或DNA试剂盒的提取进行补充.采用该操作流程既能节省成本和时间,又减少了提取过程中有机废弃物的产生. 展开更多
关键词 DNA提取 冻融法 16S RRNA基因 PCR
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养殖大菱鲆溃疡症病原菌的分离鉴定及系统发育分析 被引量:67
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作者 范文辉 黄倢 +2 位作者 王秀华 史成银 刘莉 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期665-670,共6页
2004年夏季山东海阳一带养殖大菱鲆(Scophthalmus maximusL.)暴发溃疡病。症状主要表现为体表病灶部位出血、肌肉溃烂、眼球凸出等,解剖可见鳃丝贫血,肝脏充血,肾脏和胆囊肿大,肠壁充血并呈透明状,从出现发病症状起,大约一周后开始出现... 2004年夏季山东海阳一带养殖大菱鲆(Scophthalmus maximusL.)暴发溃疡病。症状主要表现为体表病灶部位出血、肌肉溃烂、眼球凸出等,解剖可见鳃丝贫血,肝脏充血,肾脏和胆囊肿大,肠壁充血并呈透明状,从出现发病症状起,大约一周后开始出现死亡。从病鱼体表溃疡部位及内脏分离出优势菌并命名为H1,经人工感染证实H1即为引起本次养殖大菱鲆体表溃疡症的病原菌。对病原菌进行鉴定揭示该菌革兰氏染色阴性,菌体呈短杆状,极生单鞭毛。综合该菌在形态、生理生化、API20NE与API20E自动鉴定结果、16S rDNA同源性等方面的特性,确认H1为哈维氏弧菌(Vibrio harveyi),该菌对呋喃妥因、菌必治等多种抗生素敏感。哈维氏弧菌是海水养殖鱼类的常见致病菌,但作为养殖大菱鲆的病原菌属首次报道。 展开更多
关键词 哈维氏弧菌 大菱鲆 溃疡症 病原菌 16S RDNA
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16S rRNA基因序列分析技术在细菌分类中应用的研究进展 被引量:73
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作者 杨霞 陈陆 王川庆 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2008年第2期55-60,共6页
由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。
关键词 16S RRNA 分子指标 细菌分类鉴定
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斜带石斑鱼病原菌(哈维氏弧菌)的分离与鉴定 被引量:64
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作者 陈献稿 吴淑勤 +1 位作者 石存斌 李宁求 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期313-317,共5页
从患病斜带石斑鱼 (Epinepheluscoioides)肝脏组织分离到EcGY0 2 0 4 0 1菌株 ,经人工感染、回归感染实验证实为致病菌。通过API系统和菌体常规形态特征、培养特性和生理生化反应指标测定以及 16SrRNA测序分析等综合鉴定 ,Ec GY0 2 0 4 ... 从患病斜带石斑鱼 (Epinepheluscoioides)肝脏组织分离到EcGY0 2 0 4 0 1菌株 ,经人工感染、回归感染实验证实为致病菌。通过API系统和菌体常规形态特征、培养特性和生理生化反应指标测定以及 16SrRNA测序分析等综合鉴定 ,Ec GY0 2 0 4 0 1菌株为弧菌属哈维氏弧菌 (Vibrioharveyi) ,其半致死剂量LD50 为 2 .7× 10 6CFU/g鱼体重。药敏试验结果表明 ,EcGY0 2 0 4 0 1菌株对利福平、四环素。 展开更多
关键词 斜带石斑鱼 哈维氏弧菌 16S RRNA
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四君子汤对脾虚大鼠肠道菌群多样性的影响 被引量:76
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作者 孟良艳 陈秀琴 +2 位作者 石达友 黄海定 郭世宁 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期2029-2035,共7页
探讨四君子汤对脾虚大鼠肠道菌群多样性的影响。将48只大鼠随机分为空白组、模型组、中药四君子汤组、柳氮磺吡啶肠溶片(SASP)组,每组12只。将除空白组外的其余各组大鼠用利血平法造脾虚模型。然后给四君子汤、SASP分别灌胃治疗后,通过1... 探讨四君子汤对脾虚大鼠肠道菌群多样性的影响。将48只大鼠随机分为空白组、模型组、中药四君子汤组、柳氮磺吡啶肠溶片(SASP)组,每组12只。将除空白组外的其余各组大鼠用利血平法造脾虚模型。然后给四君子汤、SASP分别灌胃治疗后,通过16SrDNA测序法分析肠道菌群多样性变化。结果表明:与模型组比较,四君子汤组中的肠道菌群多样性明显升高,但与西药组中的肠道菌群多样性有差异。四君子汤能通过改善肠道菌群的多样性调理脾虚证。 展开更多
关键词 四君子汤 脾虚 肠道菌群 16S RDNA
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16S rRNA基因在细菌菌种鉴定中的应用 被引量:55
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作者 都立辉 刘芳 《乳业科学与技术》 2006年第5期207-209,共3页
本文综述了应用16SrRNA基因作为靶基因对细菌进行鉴定的各种分子生物学技术,并指出应用16SrRNA基因在乳酸菌鉴定方面的研究进展。
关键词 16S RRNA 细菌 鉴定
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西伯利亚鲟(Acipenser baerii)致病性维氏气单胞菌的分离鉴定 被引量:73
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作者 马志宏 杨慧 +2 位作者 李铁梁 罗琳 高俊莲 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1289-1294,共6页
【目的】本研究旨在寻找引起养殖西伯利亚鲟鱼(Acipenser baerii)病害的致病因子。【方法】从北京地区自然患病的西伯利亚鲟鱼体内分离到致病菌株X-1-06909,采用生理生化鉴定结合16SrRNA基因序列的系统发育学分析确定该菌株的系统发育... 【目的】本研究旨在寻找引起养殖西伯利亚鲟鱼(Acipenser baerii)病害的致病因子。【方法】从北京地区自然患病的西伯利亚鲟鱼体内分离到致病菌株X-1-06909,采用生理生化鉴定结合16SrRNA基因序列的系统发育学分析确定该菌株的系统发育地位。同时采用琼脂扩散法对抗菌类药物的敏感性进行测定。【结果】菌株X-1-06909与Aeromonas veroniiATCC35624T的16SrRNA基因序列相似性达99.6%;结合形态特征与生理生化测定结果,革兰氏阴性杆菌,具极生单鞭毛。发酵葡萄糖产酸,甲基红试验和乙酰甲基甲醇试验阳性,精氨酸双水解阴性,3%氯化钠生长,明胶水解阳性、七叶灵水解阳性等。在21种抗菌类药物对该菌的抑菌试验中,其中,头孢羟氨苄、新霉素等11种药物的抑菌效果较好。【结论】确定该菌株在分类上属于维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)。为进一步防治鲟鱼养殖病害提供依据。 展开更多
关键词 鲟鱼 维氏气单胞菌 生理生化 分离鉴定 16S RRNA基因序列分析 药敏试验
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三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究 被引量:57
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作者 郭天慧 孔晓瑜 +1 位作者 陈四清 喻子牛 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期22-28,共7页
本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小... 本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小为 566bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 35.1 6% ,34.45% ,1 2 .37%和 1 8.0 2 % ;COI基因片段的大小为 658bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 36.63% ,2 6.44% ,2 0 .52 %和 1 6.41 %。在 2种基因片段中 ,AT含量均明显高于 GC含量 ,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的 1 6Sr RNA和 COI基因片段研究结果相似。通过对三疣梭子蟹 1 6S r RNA和 COI2个基因片段遗传特征的研究 ,发现其种内变异较低 ,在 3个样本中 1 6Sr RNA基因片段序列完全一样 ,COI基因片段中也只有 2个 T/ C位点转换。另外 ,比较本研究所得序列与 Gen Bank中梭子蟹科 5个属的 1 6Sr RNA基因片段序列后 ,发现其聚类结果与传统分类相一致。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 16S RRNA基因 COI基因 PCR 片段序列
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