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胡萝卜14-3-3基因家族的鉴定与分析
1
作者 王瑞雪 郭杰 +1 位作者 郝楠 朱丽君 《北方园艺》 CAS 北大核心 2024年第6期17-24,共8页
以胡萝卜为试材,采用分子生物学和生物信息学方法对胡萝卜14-3-3基因家族各成员进行鉴定,研究分析其理化特性、基因结构、保守结构域、复制事件、系统进化及顺式作用元件,以期为进一步研究胡萝卜14-3-3蛋白的功能提供参考依据。结果表明... 以胡萝卜为试材,采用分子生物学和生物信息学方法对胡萝卜14-3-3基因家族各成员进行鉴定,研究分析其理化特性、基因结构、保守结构域、复制事件、系统进化及顺式作用元件,以期为进一步研究胡萝卜14-3-3蛋白的功能提供参考依据。结果表明:胡萝卜中共鉴定到11个14-3-3基因,不均匀分布在6条染色体上,含有3~7个外显子,其中1对基因发生片段复制事件;编码的蛋白序列长度为236~264 aa,分子量为26.64~30.14 kD,等电点为4.65~5.33,具有7个Motif,全部为酸性非分泌型蛋白,定位在细胞核。系统进化分析显示,胡萝卜14-3-3蛋白分为ε类(3个)与非ε(8个)类2个亚族。此外,顺式作用元件分析结果表明,胡萝卜14-3-3基因含有大量激素与逆境胁迫相关元件。 展开更多
关键词 胡萝卜 14-3-3基因家族 系统进化分析
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白刺14-3-3基因家族的鉴定及表达分析 被引量：4
2
作者 易丹 王博 +2 位作者 段慧荣 李毅 王丽蓉 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期443-456,共14页
为探明白刺(Nitraria tangutorum)14-3-3基因家族的基本特征及其进化关系,本研究基于白刺转录组数据,利用生物信息学方法,对白刺14-3-3基因家族成员进行鉴定,预测其理化性质、亚细胞定位、保守结构域,分析其系统进化关系及其基因在不同... 为探明白刺(Nitraria tangutorum)14-3-3基因家族的基本特征及其进化关系,本研究基于白刺转录组数据,利用生物信息学方法,对白刺14-3-3基因家族成员进行鉴定,预测其理化性质、亚细胞定位、保守结构域,分析其系统进化关系及其基因在不同浓度盐、干旱处理下的组织器官表达模式。结果表明:从白刺转录组数据中初步筛选出10个14-3-3家族成员,其中具有完整蛋白质编码区(Coding Sequence,CDS)的9个成员,其蛋白的编码氨基酸的数目为212~297个,等电点在4.73~6.14之间,分子量范围是24.06~33.51 kDa,二级结构主要以α螺旋为主,三级结构高度保守;亚细胞定位预测显示该家族成员主要分布在细胞质上;表达模式分析表明,14-3-3基因在白刺不同组织器官中呈现不同的表达规律,且参与应答外界的干旱和盐胁迫。由此推测,14-3-3基因家族可能在白刺的胁迫防御方面发挥重要功能。本研究结果为进一步深入揭示白刺14-3-3基因家族的功能奠定基础。 展开更多
关键词 14-3-3基因家族 白刺 生物信息学 表达模式
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苹果14-3-3基因家族的鉴定与MdGRF13的功能分析
3
作者 任家玄 李艳梅 +2 位作者 马维峰 吴宙 毛娟 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期405-421,共17页
【目的】通过鉴定和分析苹果14-3-3基因家族,并在苹果愈伤组织中过表达MdGRF13,研究逆境胁迫下其对苹果愈伤组织生长的影响,为探究该家族基因功能提供理论参考。【方法】利用生物信息学方法对苹果14-3-3基因家族进行鉴定和表达分析,构建... 【目的】通过鉴定和分析苹果14-3-3基因家族,并在苹果愈伤组织中过表达MdGRF13,研究逆境胁迫下其对苹果愈伤组织生长的影响,为探究该家族基因功能提供理论参考。【方法】利用生物信息学方法对苹果14-3-3基因家族进行鉴定和表达分析,构建MdGRF13过表达载体并转化苹果愈伤组织。【结果】共鉴定出36个苹果14-3-3基因家族成员。系统进化分析将该家族成员分为ε类和非ε类,每个亚族基因结构相似,且高度保守。共线性分析发现片段重复是该基因家族扩张的主要原因。基因组织特异性表达分析显示,苹果14-3-3家族基因在茎中多数上调表达。亚细胞定位表明MdGRF13蛋白定位在细胞核、细胞质和细胞膜上。qRT-PCR分析发现,在PEG和NaCl处理下分别有14和13个基因在不同时间点上调表达。过表达型(OE)愈伤组织在PEG和NaCl处理下长势优于野生型(WT)。【结论】鉴定出36个苹果14-3-3基因家族成员,且各亚族成员结构高度保守。过表达MdGRF13增强了苹果愈伤组织的抗旱性和耐盐性。 展开更多
关键词 苹果 14-3-3基因家族 表达分析 亚细胞定位 愈伤组织
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辣椒14-3-3蛋白基因家族全基因组鉴定与表达特征分析 被引量：2
4
作者 桑婷 颜秀娟 +2 位作者 裴红霞 高晶霞 王学梅 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第16期5268-5278,共11页
14-3-3蛋白(GRF)基因家族通过与靶蛋白相互作用,广泛参与植物激素信号转导和生理代谢过程,在植株生长发育和逆境响应中发挥重要作用。本研究以辣椒(Capsicum annuum)为材料,利用生物信息学研究方法,鉴定得到15个辣椒14-3-3基因家族成员... 14-3-3蛋白(GRF)基因家族通过与靶蛋白相互作用,广泛参与植物激素信号转导和生理代谢过程,在植株生长发育和逆境响应中发挥重要作用。本研究以辣椒(Capsicum annuum)为材料,利用生物信息学研究方法,鉴定得到15个辣椒14-3-3基因家族成员,命名为CaGRF1~CaGRF15。系统分析了CaGRF基因家族成员的结构、进化关系、启动子顺式作用元件、组织及冷胁迫表达,并对CaGRF蛋白互作网络进行预测。结果表明,根据进化关系CaGRF家族成员被分为ε类和非ε类,ε类CaGRF含有更多外显子和内含子;启动子序列分析发现CaGRF启动子中有多个响应激素、胁迫、光的顺式作用元件;表达分析表明CaGRF各成员在辣椒各组织和冷胁迫响应中特异性表达;蛋白互作网络预测发现CaGRF可能与氮代谢、质子转运、转录调控相关蛋白互作。本研究为深入研究辣椒14-3-3家族成员功能及调控途径提供了参考。 展开更多
关键词 辣椒 14-3-3基因家族 GRF 全基因组鉴定 表达特征
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苦荞14-3-3基因家族生物信息学分析 被引量：1
5
作者 时兴伟 陈叶 +3 位作者 李玉兰 袁哲明 董玉梅 李兰芝 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第5期1473-1483,共11页
14-3-3蛋白是普遍存在于真核细胞中的蛋白质,在植物的生长发育、信号传导、抵御胁迫等方面发挥着重要的作用,编码14-3-3蛋白的基因以基因家族的形式存在。本试验利用BLASTp从苦荞全基因组中查找到19个14-3-3基因家族成员,其编码蛋白中... 14-3-3蛋白是普遍存在于真核细胞中的蛋白质,在植物的生长发育、信号传导、抵御胁迫等方面发挥着重要的作用,编码14-3-3蛋白的基因以基因家族的形式存在。本试验利用BLASTp从苦荞全基因组中查找到19个14-3-3基因家族成员,其编码蛋白中ε类蛋白序列8条,非ε类蛋白序列11条。利用生物信息学软件对14-3-3蛋白的氨基酸序列进行理化性质分析,发现它们的长度介于101~242 aa,等电点范围为4.27~9.59,大部分表现为酸性亲水蛋白,通过亚细胞定位预测其存在于细胞质、叶绿体、胞外、细胞核和细胞骨架中。通过对苦荞14-3-3蛋白的结构分析,发现该蛋白以α-螺旋、延伸链、无规则卷曲为主来维持蛋白质结构的相对稳定性且蛋白质序列高度保守,共含有8个保守基序,分布在7条染色体上。根据苦荞14-3-3蛋白的理化性质、结构、进化等方面的分析对其功能进行了初步的预测,推测苦荞14-3-3蛋白在靶蛋白亚细胞定位、基因转录、物质跨膜运输、非生物胁迫、代谢调控中发挥着重要的作用。本研究为后续苦荞14-3-3蛋白复杂结构和生物学功能等方面的深入研究提供科学依据。 展开更多
关键词 苦荞(Fagopyrum tataricum) 14-3-3基因家族 生物信息学分析
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倭竹族14-3-3非ε类基因编码区单核苷酸多态性 被引量：1
6
作者 许在恩 俞瑜 +2 位作者 李兵娟 陈虹君 郭小勤 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期80-87,共8页
为研究倭竹族Shibataeeae中14-3-3非ε类基因的结构及其编码区单核苷酸多态性,分别从倭竹族5个不同属的代表种中获得14-3-3b,14-3-3c,14-3-3e,14-3-3f的基因全长。这些基因均包含5个外显子和4个内含子,编码序列(CDS)大小为771~789 bp。1... 为研究倭竹族Shibataeeae中14-3-3非ε类基因的结构及其编码区单核苷酸多态性,分别从倭竹族5个不同属的代表种中获得14-3-3b,14-3-3c,14-3-3e,14-3-3f的基因全长。这些基因均包含5个外显子和4个内含子,编码序列(CDS)大小为771~789 bp。14-3-3b,14-3-3c,14-3-3e和14-3-3f编码区序列中分别有21,19,26和17个单核苷酸多态性(SNP)位点,SNP频率分别为1SNP/38 bp,1SNP/41 bp,1SNP/30 bp,1SNP/46 bp,基因核苷酸多样性(π)值分别为0.012 17,0.011 83,0.015 21,0.010 38。同一基因在不同竹种间氨基酸序列一致性均达99%以上,毛竹Phyllostachys edulis Pe14-3-3b,Pe14-3-3c,Pe14-3-3e,Pe14-3-3f蛋白的理化性质非常相似,均为亲水性蛋白,含量较多的是丙氨酸(ala),谷氨酸(glu),亮氨酸(leu),等电点为4.75~4.90,这4个蛋白的二级结构也非常相似,α-螺旋结构含量最高,无规则卷曲其次,β-转角和延伸链很少。上述研究为进一步探索竹类植物14-3-3生物学功能奠定基础。 展开更多
关键词 分子遗传学 倭竹族 竹类植物 14-3-3基因家族 单核苷酸多态性
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枸杞Lb14-3-3基因家族cDNA克隆及生物信息学分析 被引量：1
7
作者 周丽 冯嘉馨 +5 位作者 李瑞国 岳思君 石晶 王丽娟 姚新灵 郑蕊 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1455-1461,共7页
在开花植物中,14-3-3蛋白对植物生长发育具有重要的调控作用。本研究在前期枸杞花药发育差异蛋白质组研究基础上,利用RT-PCR技术,从宁夏枸杞‘宁杞1号’花药中克隆了5条长度分别为768 bp、747 bp、777 bp、753 bp和777 bp的cDNA序列,分... 在开花植物中,14-3-3蛋白对植物生长发育具有重要的调控作用。本研究在前期枸杞花药发育差异蛋白质组研究基础上,利用RT-PCR技术,从宁夏枸杞‘宁杞1号’花药中克隆了5条长度分别为768 bp、747 bp、777 bp、753 bp和777 bp的cDNA序列,分别命名为Lb14-3-3a、Lb14-3-3b、Lb14-3-3c、Lb14-3-3d和Lb14-3-3e,对Lb14-3-3a、Lb14-3-3b、Lb14-3-3c、Lb14-3-3d和Lb14-3-3e,5个基因编码蛋白质的结构预测发现,其蛋白质的分子量大小在60.91~64.14 kD之间,编码蛋白质的长度在248~259个aa之间,理论等电点在4.95~4.99之间,均为酸性氨基酸,且都为不稳定的亲水性蛋白。α-螺旋(Alpha helix)是这5个蛋白质二级结构的主要成分,三级结构主要是由α-螺旋构成的对称结构,具有高度的相似性。该家族蛋白既没有信号肽也无明显的跨膜区,亚细胞定位显示Lb14-3-3a定位在线粒体上,Lb14-3-3b和Lb14-3-3e定位在叶绿体上,Lb14-3-3c和Lb14-3-3d定位在细胞质中,Lb14-3-3a蛋白发生磷酸化修饰的可能性最高,Lb14-3-3b磷酸化的可能性最低。多序列比对分析显示,该家族蛋白之间的相似性为77.51%,具有高度的保守性。进化分析显示Lb14-3-3a与其它Lb14-3-3蛋白家族的亲缘关系较远,Lb14-3-3c和Lb14-3-3e,Lb14-3-3d和Lb14-3-3b处于同一分支,亲缘关系较近,Lb14-3-3家族蛋白与马铃薯、番茄、烟草等亲缘关系较近。研究结果为阐明该蛋白家族基因在枸杞花药发育过程中潜在的调控机理提供科学依据。 展开更多
关键词 枸杞(Lycium barbarum L.) Lb14-3-3基因家族 CDNA克隆 生物信息学分析
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