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题名基于基因富集数据的中国金鱼品种谱系研究
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作者
周静彤
何为
李晨虹
张景航
潘伊凌
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机构
上海海洋大学环境DNA技术与水生态健康评估工程中心
上海海洋大学海洋动物系统分类与进化上海高校重点实验室
上海自然博物馆(上海科技馆分馆)
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出处
《上海海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期124-134,共11页
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基金
上海科技馆2020-2022年MicroCT成像效果相关基础研究项目(SSTM/SOPZY-03-R2KZ-20200300001)。
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文摘
金鱼(Carassius auratus)起源于中国,是由野生鲫鱼驯化而来的一种观赏性鱼类。金鱼不同品种间存在巨大外形差异,长期的杂交与人工选择产生了众多的品种,但也导致其谱系关系混乱复杂,划分品种的难度加大。人们尝试了许多方法明确金鱼各品种间的谱系历史与杂交关系,但是至今未取得进展。本研究收集了11个中国金鱼品种,共计59个个体,利用跨物种靶基因富集和高通量测序获取了各品种目标基因序列。以斑马鱼4434个单拷贝基因位点为参考序列,将金鱼对应的基因按照异源四倍体亚基因组分组,富集的序列分别按照两个亚基因组进行比对分型,产生35298个单核苷酸多态性(SNPs)位点数据,用于金鱼品种谱系历史和杂交关系的研究。通过主成分分析,品种遗传结构以及系统发育网状图的构建,揭示了中国部分金鱼品种的遗传关系,解释了它们的遗传演化过程:(1)龙睛、琉金两种文种金鱼与和金(文种金鱼)关系较近;珍珠鳞、狮头不是来自于和金,而是独立演化而来。(2)以兰寿为代表的蛋种金鱼虽然早于水泡眼出现,但水泡眼是文种金鱼先出现水泡眼特征,然后文种水泡背鳍消失,演化出现代金鱼中的主流水泡眼。这也解释了蛋种金鱼中,水泡眼出现文种的概率比较大的现象。(3)龙睛鹤顶红与狮头关系密切,先产生了头瘤的性状,而不是从龙睛演化而来,龙睛的性状是在头瘤性状出现之后产生。(4)珍珠鳞、皇冠珍珠、龙睛皇冠珍珠在遗传上关系相近,皇冠珍珠是由珍珠鳞直接演化而来,先出现珍珠鳞而后出现皇冠特征。龙睛皇冠珍珠是最晚演化而来,从龙睛中获得基因,并且可认为是由龙睛与皇冠珍珠杂交而来。研究结果将帮助了解中国金鱼的演化历史,对于金鱼品种的分类和品种培育起到一定的借鉴作用。
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关键词
金鱼
龙睛皇冠珍珠
狮头
琉金
单拷贝保守核编码序列
基因富集
谱系研究
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Keywords
goldfish
telescope-pearlscale-oranda
lionhead
Ryukin
single-copy conserved nuclearcoding sequence
gene enrichment
lineage study
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分类号
S965.8
[农业科学—水产养殖]
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