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基于GEO和TCGA数据库筛选恶性胸膜间皮瘤免疫治疗疗效预测关键基因 被引量:3
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作者 张明光 齐晓光 徐海军 《安徽医药》 CAS 2023年第1期135-139,I0007,共6页
目的探索免疫治疗在恶性胸膜间皮瘤(malignant pleural mesothelioma,MPM)中免疫疗效相关关键分子及其可能的机制。方法2018年7月至2020年7月,纳入GEO数据库中GSE117358的表达谱进行分析;首先,根据是否对免疫治疗是否有效分为两组:免疫... 目的探索免疫治疗在恶性胸膜间皮瘤(malignant pleural mesothelioma,MPM)中免疫疗效相关关键分子及其可能的机制。方法2018年7月至2020年7月,纳入GEO数据库中GSE117358的表达谱进行分析;首先,根据是否对免疫治疗是否有效分为两组:免疫治疗反应组和免疫治疗无反应组,同时分析两组之间差异有统计学意义基因;其次,分析两组差异有统计学意义基因在基因本体(gene ontology,GO)生物学行为及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and ge‐nomes,KEGG)富集信号通路等方面的差异;最后,对差异有统计学意义基因构建蛋白-蛋白互作网络,筛选在生物学行为中的重要模块及关键基因,并对关键基因在TCGA数据库中进行整合分析验证。结果在免疫治疗反应组(12个样本)及免疫治疗无反应组(12个样本)中共筛选出1025个差异基因,相对于免疫治疗无反应组,在免疫治疗反应组中有782个上调和243个下调基因。GO和KEGG分析显示,这些差异基因的功能主要集中在细胞因子受体通路、细胞黏附通路、T细胞受体通路及NFkappa B信号通路等;在蛋白-蛋白互作网络分析中,筛选出节点度最高的10个核心基因包括Tnf,Il6,Ptprc,Csf2,Cd86,Cxcl9,Sell,Cxcr3,Ccl2,Cd40。TCGA数据库整合分析显示,Tnf,Il6,Cd86,Cxcl9,Sell,Cxcr3,Cd40等疗效相关关键基因在肉瘤样胸膜间皮瘤中呈现相对高表达,且差异有统计学意义。结论核心基因Tnf,Il6,Ptprc,Csf2,Cd86,Cxcl9,Sell,Cxcr3,Ccl2,Cd40有望成为预测MPM的分子标志物及治疗的潜在靶点。 展开更多
关键词 间皮瘤 胸膜 高通量基因表达(geo)数据库 免疫治疗 生物信息学 TCGA数据库 程序性死亡受体1 细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4
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基于GEO数据库分析非小细胞肺癌癌组织中配对盒基因8的表达及其与病人预后的关系
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作者 渠茂林 《安徽医药》 CAS 2021年第6期1169-1172,共4页
目的探讨基于高通量基因表达数据库(Gene expression Omnibus,GEO数据库)分析配对盒基因8(PAX8)在非小细胞肺癌(NSCLC)病人癌组织中的表达情况及与预后的关系。方法利用在线工具Oncomine分析PAX8在NSCLC与正常肺组织的表达情况,基于GEO... 目的探讨基于高通量基因表达数据库(Gene expression Omnibus,GEO数据库)分析配对盒基因8(PAX8)在非小细胞肺癌(NSCLC)病人癌组织中的表达情况及与预后的关系。方法利用在线工具Oncomine分析PAX8在NSCLC与正常肺组织的表达情况,基于GEO数据库下载相关芯片数据(GSE77803),收集156例NSCLC组织的基因表达谱及相关临床数据,采用中位数法将其分为PAX8低表达组(n=78)和PAX8高表达组(n=78)。分析PAX8的表达与病人性别、年龄、病理类型、T分期、N分期和术后复发情况之间的关系;采用生存分析PAX8的表达与病人预后生存之间的关系;采用基因本体(GO)注释分析PAX8基因的功能,采用KEGG PATHWAY分析PAX8可能参与的信号通路。结果TCGA Lung 2数据集共检测了1537个样本,其中正常肺组织样本390例,肺癌组织样本共721例,血液样本420例,无意义样本6例。与正常肺组织相比,PAX8在肺腺癌和肺鳞癌中表达水平明显升高(P<0.05);基于GEO数据库中GSE77803(GPL570)数据集分析,NSCLC癌组织中PAX8的表达水平与病人的T分期、N分期和是否复发有关(P<0.05),生存分析显示,癌组织中PAX8低表达病人的总生存率为52.94%,中位生存期为54.6个月,显著高于PAX8高表达病人(34.35%,48.6个月)(log-rankχ~2=4.609,P=0.032)。PAX8低表达病人无病生存率为42.50%,中位生存期为51.7个月,显著高于PAX8高表达病人(28.71%,40.8个月)(log-rankχ~2=5.712,P=0.017);GO注释和KEGG分析显示,PAX8可能参与调节NSCLC发生发展相关的信号通路的表达。结论PAX8蛋白在肺腺癌和肺鳞癌中均存在异常高表达,PAX8低表达NSCLC病人具有更高的生存率。 展开更多
关键词 非小细胞肺 高通量基因表达数据库(geo数据库) 配对盒基因8
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