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西藏山羊高海拔适应性的选择信号筛选
被引量:
4
1
作者
金美林
陆健
+6 位作者
费晓娟
卢曾奎
权凯
储明星
狄冉
王慧华
魏彩虹
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020年第10期3214-3223,共10页
试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数(...
试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数(Fst)来分析群体遗传结构,同时对群体进行主成分分析(principal component analysis,PCA)和系统进化树构建以确定其群体结构;借助Di和XP-EHH两种不同的方法,以前5%为阈值,通过SNPs注释得到西藏山羊基因组受选择基因,并利用相关的生物信息学数据分析库对候选基因进行功能富集分析。结果显示,在3个群体中共鉴定出48358个SNPs标记,3个群体有相近的遗传距离(Fst<0.05),西藏山羊的遗传分化程度(Fst=0.0376)明显高于新疆山羊(Fst=0.0256)、太行山羊(Fst=0.0257),表明西藏山羊群体已经产生一定程度的遗传分化。通过选择信号分析,在西藏山羊群体中共筛选到36个受到较强选择的位点和211个候选基因,其中EGFR、AKT1、PDHB和PFKP等基因与高海拔适应性相关。这些基因主要富集在嘌呤代谢通路、代谢途径和HIF-1信号通路等。利用基因组SNP标记可以更全面地揭示西藏山羊高海拔适应性的选择进展,为种质资源的保护和利用提供重要参考。
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关键词
西藏山羊
高
海拔
适应性
低氧
选择信号
下载PDF
职称材料
高海拔适应性与喜马拉雅山区居民基因组学变化
被引量:
1
2
作者
陈锋
黄崇亚
+1 位作者
赵志鹏
康龙丽(审校)
《国外医学(医学地理分册)》
CAS
2013年第4期276-278,281,共4页
2010年有计划的鉴定基因和遗传变异贡献于人类适应喜马拉雅山脉高海拔数据的论文被发表。引起了国内外的极大关注,研究的数个基因中,最显著的是EGLN1和EPAS1,被认为是在进化过程中适应高海拔变化最强有力的候选基因,数据表明,至少在现...
2010年有计划的鉴定基因和遗传变异贡献于人类适应喜马拉雅山脉高海拔数据的论文被发表。引起了国内外的极大关注,研究的数个基因中,最显著的是EGLN1和EPAS1,被认为是在进化过程中适应高海拔变化最强有力的候选基因,数据表明,至少在现代藏族人的祖先,有一个强大的选择压力,有利于基因对低氧分子应答的基因型变化。这种选择最明显的表现似乎就是西藏人红细胞生成反应迟钝的低氧血症。
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关键词
高
海拔
适应性
西藏
进化
基因组学
EPAS1
EGLN1
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职称材料
反刍家畜高海拔低氧适应性性状的鉴定研究现状与展望
被引量:
1
3
作者
万星
刘雅婧
+1 位作者
黄家辉
吕锋骅
《中国科学:生命科学》
CSCD
北大核心
2023年第7期964-980,共17页
适应性性状是指生物体为应对某种环境所演化出的特定表型性状.在高海拔环境条件下,氧气成为影响生物生存的最主要环境因子.世居高原的生物(牦牛)在长期的演化过程中,生物体演化出适应于高海拔低氧的适应性性状.与人类生产、生活密切相...
适应性性状是指生物体为应对某种环境所演化出的特定表型性状.在高海拔环境条件下,氧气成为影响生物生存的最主要环境因子.世居高原的生物(牦牛)在长期的演化过程中,生物体演化出适应于高海拔低氧的适应性性状.与人类生产、生活密切相关的反刍家畜(绵羊、山羊、牛)在短期内(约3000~5000年)同样适应了高海拔低氧环境,并形成适应性性状.本文综述了反刍家畜高海拔低氧适应性的性状以及各性状的鉴定方法,比较了传统与基于信息技术的高通量鉴定方法,并展望了精准适应性表型鉴定方法下的高海拔低氧适应性性状遗传机制解析,以期为未来高海拔地区品种改良和品种选育奠定基础.
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关键词
反刍家畜
高
海拔
低氧
适应性
性
状
鉴定方法
原文传递
题名
西藏山羊高海拔适应性的选择信号筛选
被引量:
4
1
作者
金美林
陆健
费晓娟
卢曾奎
权凯
储明星
狄冉
王慧华
魏彩虹
机构
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
全国畜牧总站
中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所
河南牧业经济学院
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020年第10期3214-3223,共10页
基金
国家肉羊产业技术体系项目(CARS-38)
国家自然科学基金项目(31672380)。
文摘
试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数(Fst)来分析群体遗传结构,同时对群体进行主成分分析(principal component analysis,PCA)和系统进化树构建以确定其群体结构;借助Di和XP-EHH两种不同的方法,以前5%为阈值,通过SNPs注释得到西藏山羊基因组受选择基因,并利用相关的生物信息学数据分析库对候选基因进行功能富集分析。结果显示,在3个群体中共鉴定出48358个SNPs标记,3个群体有相近的遗传距离(Fst<0.05),西藏山羊的遗传分化程度(Fst=0.0376)明显高于新疆山羊(Fst=0.0256)、太行山羊(Fst=0.0257),表明西藏山羊群体已经产生一定程度的遗传分化。通过选择信号分析,在西藏山羊群体中共筛选到36个受到较强选择的位点和211个候选基因,其中EGFR、AKT1、PDHB和PFKP等基因与高海拔适应性相关。这些基因主要富集在嘌呤代谢通路、代谢途径和HIF-1信号通路等。利用基因组SNP标记可以更全面地揭示西藏山羊高海拔适应性的选择进展,为种质资源的保护和利用提供重要参考。
关键词
西藏山羊
高
海拔
适应性
低氧
选择信号
Keywords
Tibetan goats
high-altitude adaptation
hypoxic
selective signal
分类号
S813.3 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
高海拔适应性与喜马拉雅山区居民基因组学变化
被引量:
1
2
作者
陈锋
黄崇亚
赵志鹏
康龙丽(审校)
机构
西藏民族学院医学院
西安交通大学医学部法医学院
出处
《国外医学(医学地理分册)》
CAS
2013年第4期276-278,281,共4页
基金
西藏自治区重点基金项目(No:2012)
教育部人文社科规划基金项目(No.12YJA850011)
文摘
2010年有计划的鉴定基因和遗传变异贡献于人类适应喜马拉雅山脉高海拔数据的论文被发表。引起了国内外的极大关注,研究的数个基因中,最显著的是EGLN1和EPAS1,被认为是在进化过程中适应高海拔变化最强有力的候选基因,数据表明,至少在现代藏族人的祖先,有一个强大的选择压力,有利于基因对低氧分子应答的基因型变化。这种选择最明显的表现似乎就是西藏人红细胞生成反应迟钝的低氧血症。
关键词
高
海拔
适应性
西藏
进化
基因组学
EPAS1
EGLN1
分类号
R339.5 [医药卫生—人体生理学]
下载PDF
职称材料
题名
反刍家畜高海拔低氧适应性性状的鉴定研究现状与展望
被引量:
1
3
作者
万星
刘雅婧
黄家辉
吕锋骅
机构
中国农业大学动物科学技术学院
出处
《中国科学:生命科学》
CSCD
北大核心
2023年第7期964-980,共17页
基金
国家重点研发计划(批准号:2021YFD1200900)
国家自然科学基金(批准号:31972527,32061133010,U21A20246)资助。
文摘
适应性性状是指生物体为应对某种环境所演化出的特定表型性状.在高海拔环境条件下,氧气成为影响生物生存的最主要环境因子.世居高原的生物(牦牛)在长期的演化过程中,生物体演化出适应于高海拔低氧的适应性性状.与人类生产、生活密切相关的反刍家畜(绵羊、山羊、牛)在短期内(约3000~5000年)同样适应了高海拔低氧环境,并形成适应性性状.本文综述了反刍家畜高海拔低氧适应性的性状以及各性状的鉴定方法,比较了传统与基于信息技术的高通量鉴定方法,并展望了精准适应性表型鉴定方法下的高海拔低氧适应性性状遗传机制解析,以期为未来高海拔地区品种改良和品种选育奠定基础.
关键词
反刍家畜
高
海拔
低氧
适应性
性
状
鉴定方法
Keywords
ruminant livestock
adaptation to high altitudes
trait
identification method
分类号
S82 [农业科学—畜牧学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
西藏山羊高海拔适应性的选择信号筛选
金美林
陆健
费晓娟
卢曾奎
权凯
储明星
狄冉
王慧华
魏彩虹
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020
4
下载PDF
职称材料
2
高海拔适应性与喜马拉雅山区居民基因组学变化
陈锋
黄崇亚
赵志鹏
康龙丽(审校)
《国外医学(医学地理分册)》
CAS
2013
1
下载PDF
职称材料
3
反刍家畜高海拔低氧适应性性状的鉴定研究现状与展望
万星
刘雅婧
黄家辉
吕锋骅
《中国科学:生命科学》
CSCD
北大核心
2023
1
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