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题名利用高通量测序快速定位目标性状位点的研究
被引量：2
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作者
林静
赵青松
张孟臣
杨春燕
赵团结
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机构
河北省农林科学院粮油作物研究所
南京农业大学国家大豆改良中心
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出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2019年第6期47-53,共7页
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基金
国家“863”计划项目(2012AA101106)
国家产业技术体系(CARS-004-PS06)
现代农业科技创新工程项目(2019-4-3-1)
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文摘
为了快速鉴定目标性状遗传位点,开发与性状连锁的分子标记,用于剔除高世代选育株行中不利性状,从而加速育种进程。以大豆MS轮回群体中发生花色分离的叫株行为研究材料,利用其衍生的F6;7中20个紫花和17个白花纯合家系分别构建2个DNA混池,通过高通量重技术获得变异信息,明确SNP,并在SNP富集区内开发分子标记对目标性状进行连锁分析。结果显示,在2个DNA混池间发现329992个SNP位点,表明混池间的遗传背景已经非常相似,但未发现明显SNP富集区,表明可能存在较多假阳性位点;进一步对高质量(Quality〉100)的SNP变异位点进行筛选,并去除杂合SNP位点,最终获得3371个可信位点。其中,位于13号染色上的SNP变异有700个(占比20.77%),并在20-30 Mb的物理区间形成一个最大的SNP富集区,推测调控花色的叼位点可能位于此区间内。利用该区间内SNP信息开发出dCAPS-1.dCAPS-2分子标记,连锁分析结果显示其与叼位点紧密连锁(W1-(0.4 cM)-dCAPS-1-(2.3 cM)-dCAPS-2),表明叼位点位于SNP富集区内。综上所述,通过构建高世代株行的分离群体混池,利用高通量测序方法可以快速定位控制目标性状的遗传位点,且开发的dCAPS标记可以有效剔除不状,从而加速遗传育种程。
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关键词
高世代混池
高通量测序
SNP变异
遗传定位
分子标记开发
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Keywords
Mixture pools of advance line
High-throughput sequencing
SNP variations
Genetic mapping
Molecular marker development
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分类号
Q78
[生物学—分子生物学]
S565.03
[农业科学—作物学]
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