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一种侵染滇重楼的Potexvirus病毒分离物分子鉴定及其3′末端序列分析 被引量：3
1
作者 董家红 丁铭 +5 位作者 方琦 罗延青 张仲凯 李展 杨斌 李晓明 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期237-241,共5页
从云南武定的滇重楼上得到一个病毒分离物Paris-YN,病毒粒体为弯曲线状。利用RT-PCR扩增获得一条1074bp的片段,序列比较分析发现其与马铃薯X病毒属(Potexvirus)病毒3′末端的结构最为相似,且与属内的白三叶草花叶病毒等20个不同分离物3... 从云南武定的滇重楼上得到一个病毒分离物Paris-YN,病毒粒体为弯曲线状。利用RT-PCR扩增获得一条1074bp的片段,序列比较分析发现其与马铃薯X病毒属(Potexvirus)病毒3′末端的结构最为相似,且与属内的白三叶草花叶病毒等20个不同分离物3′末端有36.7%～58.9%的同源性;该病毒cp基因长639个核苷酸,编码212个氨基酸(22.8kDa),与20个Potexvirus病毒分离物的CP氨基酸序列比较发现,Paris-YN与白三叶草花叶病毒的CP氨基酸同源性最高(60.1%)。证据表明,该分离物可能为Potexvirus的新成员,暂命名为重楼X病毒(Paris polyphylla virus X)。 展开更多
关键词 滇重楼 马铃薯x病毒属 3’末端序列
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侵染贵州火龙果的蟹爪兰X病毒和火龙果X病毒基因组序列差异和遗传变异 被引量：1
2
作者 郑乾明 王小柯 马玉华 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第5期1173-1177,共5页
【目的】分离侵染贵州火龙果的蟹爪兰X病毒(Zygocactus virus X,ZyVX)和火龙果X病毒(Pitaya virus X,PiVX)基因组序列,探讨其序列差异和遗传变异。【方法】利用RT-PCR筛选含有ZyVX和PiVX的火龙果样品,然后通过RNA-seq获得ZyVX和PiVX基... 【目的】分离侵染贵州火龙果的蟹爪兰X病毒(Zygocactus virus X,ZyVX)和火龙果X病毒(Pitaya virus X,PiVX)基因组序列,探讨其序列差异和遗传变异。【方法】利用RT-PCR筛选含有ZyVX和PiVX的火龙果样品,然后通过RNA-seq获得ZyVX和PiVX基因组相关序列,进行序列组装、一致性比较、基因重组和系统进化分析。【结果】获得4条ZyVX贵州分离物和3条PiVX贵州分离物基因组近全长序列,长度分别为6570~6600和6649~6657 bp,分别覆盖参考基因组序列的99.2%~99.6%和99.3%~99.8%。4条ZyVX贵州分离物之间的基因组序列一致性为96.7%~99.5%,与其他已报道分离物的序列一致性为91.4%~96.9%,其ORF编码的氨基酸序列一致性为93.8%~100%。3条PiVX贵州分离物之间基因组序列一致性为98.2%~98.5%,与其他已报道分离物序列一致性为98.0%~99.1%,其ORF编码的氨基酸序列一致性为97.8%~100%。ZyVX和PiVX贵州分离物基因重组分析表明未发现明显的重组事件,系统进化分析表明未发生明显的遗传分化。【结论】当前贵州ZyVX和PiVX群体的基因组序列一致性高,其变异均为单核苷酸变异,未发生基因重组和遗传分化。 展开更多
关键词 马铃薯x病毒属 氨基酸序列 序列一致性 遗传分化
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