目的:以甘草黄酮类成分预测其作用靶点和药效作用,构建甘草黄酮多成分-多靶点网络。方法:依托中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)检索甘草的化学成分,...目的:以甘草黄酮类成分预测其作用靶点和药效作用,构建甘草黄酮多成分-多靶点网络。方法:依托中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)检索甘草的化学成分,把口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥50%和类药性(drug likeness,DL)≥0.18作为筛选条件,并根据分子结构筛选黄酮类成分;通过TCMSP和Swiss Target Prediction数据库获取黄酮类活性成分的相关靶点。通过UniProt数据库提取作用靶点的基因名称,并利用生物学信息注释数据库(database for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID)对靶点进行相关通路富集。最后用Cytoscape 3.2.0软件构建"成分-靶点"和"靶点-通路"网络图。结果:筛选得到28个黄酮类活性成分,可作用于97个潜在靶点和61条相关通路,涉及抗肿瘤、抗炎、内分泌调节和氨基酸代谢等多个环节,预测结果得到文献印证。结论:通过网络药理学验证了甘草黄酮多成分、多靶点、多通路的作用特点,为系统研究甘草活性成分药效作用及机制提供了参考。展开更多
目的采用网络药理学与分子对接技术探讨生脉注射液的活性成分和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选生脉注射液的活性化合物,通过TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点,通过Cytoscap...目的采用网络药理学与分子对接技术探讨生脉注射液的活性成分和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选生脉注射液的活性化合物,通过TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点,通过Cytoscape3.7.1构建活性成分-作用靶点网络图;在GeneCards及OMIM数据库中以"coronavirus pneumonia"为关键词搜索冠状病毒肺炎相关疾病靶点,与生脉注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点,将共同靶点导入STRING数据库获取数据后在Cytoscape 3.7.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用R语言进行GO(gene ontology)功能、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,预测其作用机制,并构建"成分-靶点-通路"网络图;通过DiscoveryStudio 2.5软件对关键靶点进行分子对接分析。结果生脉注射液筛选得到22个活性化合物,分别为邻苯二甲酸二辛酯、β-谷甾醇、当归酰基戈米辛O、戈米辛A、戈米辛R、五味子丙素、内南五味子酯乙、长南酸、南五味子内酯、香蒲木脂素B、新杜松烷酸A、新杜松烷酸B、新杜松烷酸C、新南五味子木脂宁、五味子内酯A、五味子内酯E、五味子酸、尿苷、薯蓣皂苷元、鸟嘌呤核苷、N-反式阿魏酰酪胺、豆甾醇。相应作用靶点224个,与COVID-19的共同靶点16个,分别为CASP3、CASP8、PTGS2、BCL2、BAX、PRKCA、PTGS1、PIK3CG、F10、NOS3、DPP4、NOS2、TLR9、ACE、ICAM1、PRKCE,关键靶点涉及CASP3、PTGS2、NOS2、NOS3、ICAM1。GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目771个,细胞组成(CC)条目11个,分子功能(MF)条目79个。KEGG通路富集分析筛选得到67条(P<0.05)信号通路,主要涉及糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、凋亡通路、P53信号通路、小细胞肺癌通路等。分子对接结果显示与关键靶点对接较好的成分有五味子内酯E、豆甾醇、N-反式阿魏酰酪胺。结论生脉注射�展开更多
目的基于多元统计分析和网络药理学分析预测炒酸枣仁饮片潜在的质量标志物(Q-Marker)。方法利用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱质谱联用(ultra performance liquid chromatography-quadrupole-electrostatic field orbital trap ma...目的基于多元统计分析和网络药理学分析预测炒酸枣仁饮片潜在的质量标志物(Q-Marker)。方法利用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱质谱联用(ultra performance liquid chromatography-quadrupole-electrostatic field orbital trap mass spectrometry,UHPLC-Q-Orbitrap-MS)解析生、炒酸枣仁饮片的主要成分,运用多元统计分析结合VIP>1和P<0.05筛选出炮制前后潜在的差异化学成分。结合网络药理学筛选核心靶点构建"成分-靶点-通路"网络关系,预测炒酸枣仁潜在的Q-Marker,以潜在Q-Marker为指标对市售样品进行含量测定,验证Q-Marker的科学性。结果生、炒酸枣仁共鉴定54个化学成分,包括斯皮诺素、当药黄素等黄酮类成分,酸枣仁皂苷A、酸枣仁皂苷B等皂苷类成分,以及木兰花碱、乌药碱等生物碱类成分;结合多元统计分析共找到木兰花碱、6"’-阿魏酰斯皮诺素、酸枣仁皂苷A、白桦脂酸等28个差异性成分;经网络药理学分析筛选出包括17个差异成分的Q-Marker库,分别为酸枣仁皂苷A、酸枣仁皂苷B、美洲茶酸、白桦脂酸、木兰花碱、乌药碱、去甲荷叶碱、巴婆碱、斯皮诺素、当药黄素、维采宁Ⅱ、6"’-对-香豆酰斯皮诺素、6"’-阿魏酰斯皮诺素、芹菜素、桦木酮酸、牡荆素、异牡荆素;结合课题组前期研究及市售样品测定结果,最终确定木兰花碱、乌药碱、斯皮诺素、6"’-阿魏酰斯皮诺素、酸枣仁皂苷A和B作为炒酸枣仁的Q-Marker。结论分析预测的Q-Marker为炒酸枣仁的整体质量控制及临床应用提供科学依据,同时也为其功效关联物质的研究及作用机制的阐释奠定基础。展开更多
目的通过网络药理学与分子对接方法探讨半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的分子机制。方法基于TCMSP、DisGeNET和OMIM等多个数据库查询半夏-附子药对活性成分和冠心病相关靶点。采用STRING数据库构建半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病相关靶...目的通过网络药理学与分子对接方法探讨半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的分子机制。方法基于TCMSP、DisGeNET和OMIM等多个数据库查询半夏-附子药对活性成分和冠心病相关靶点。采用STRING数据库构建半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病相关靶点PPI网络,运用Cytoscape3.7.1软件构建“半夏-附子药对活性成分-冠心病-靶点-通络”网络,随后使用R语言脚本进行GO和KEGG通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果半夏-附子药对活性成分16个,与半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的相关靶点有35个,35个靶点富集在57个GO term上,同时富集在75条KEGG信号转导通路上;KEGG富集P值最显著的信号转导通路为Lipid and atherosclerosis;进一步分析提示了,半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病的核心靶点可能为AKT1、FOS、MMP9和PTGS2,其关键有效成分为baicalein、cavidine和deltoin。结论本研究初步揭示了半夏-附子药对活性成分通过调控Lipid and atherosclerosis信号转导通路而拮抗冠心病,为半夏-附子药对抗冠心病的物质基础及分子机制的进一步研究奠定了理论基础。展开更多
文摘目的:以甘草黄酮类成分预测其作用靶点和药效作用,构建甘草黄酮多成分-多靶点网络。方法:依托中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)检索甘草的化学成分,把口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥50%和类药性(drug likeness,DL)≥0.18作为筛选条件,并根据分子结构筛选黄酮类成分;通过TCMSP和Swiss Target Prediction数据库获取黄酮类活性成分的相关靶点。通过UniProt数据库提取作用靶点的基因名称,并利用生物学信息注释数据库(database for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID)对靶点进行相关通路富集。最后用Cytoscape 3.2.0软件构建"成分-靶点"和"靶点-通路"网络图。结果:筛选得到28个黄酮类活性成分,可作用于97个潜在靶点和61条相关通路,涉及抗肿瘤、抗炎、内分泌调节和氨基酸代谢等多个环节,预测结果得到文献印证。结论:通过网络药理学验证了甘草黄酮多成分、多靶点、多通路的作用特点,为系统研究甘草活性成分药效作用及机制提供了参考。
文摘目的采用网络药理学与分子对接技术探讨生脉注射液的活性成分和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选生脉注射液的活性化合物,通过TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点,通过Cytoscape3.7.1构建活性成分-作用靶点网络图;在GeneCards及OMIM数据库中以"coronavirus pneumonia"为关键词搜索冠状病毒肺炎相关疾病靶点,与生脉注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点,将共同靶点导入STRING数据库获取数据后在Cytoscape 3.7.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用R语言进行GO(gene ontology)功能、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,预测其作用机制,并构建"成分-靶点-通路"网络图;通过DiscoveryStudio 2.5软件对关键靶点进行分子对接分析。结果生脉注射液筛选得到22个活性化合物,分别为邻苯二甲酸二辛酯、β-谷甾醇、当归酰基戈米辛O、戈米辛A、戈米辛R、五味子丙素、内南五味子酯乙、长南酸、南五味子内酯、香蒲木脂素B、新杜松烷酸A、新杜松烷酸B、新杜松烷酸C、新南五味子木脂宁、五味子内酯A、五味子内酯E、五味子酸、尿苷、薯蓣皂苷元、鸟嘌呤核苷、N-反式阿魏酰酪胺、豆甾醇。相应作用靶点224个,与COVID-19的共同靶点16个,分别为CASP3、CASP8、PTGS2、BCL2、BAX、PRKCA、PTGS1、PIK3CG、F10、NOS3、DPP4、NOS2、TLR9、ACE、ICAM1、PRKCE,关键靶点涉及CASP3、PTGS2、NOS2、NOS3、ICAM1。GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目771个,细胞组成(CC)条目11个,分子功能(MF)条目79个。KEGG通路富集分析筛选得到67条(P<0.05)信号通路,主要涉及糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、凋亡通路、P53信号通路、小细胞肺癌通路等。分子对接结果显示与关键靶点对接较好的成分有五味子内酯E、豆甾醇、N-反式阿魏酰酪胺。结论生脉注射�
文摘目的基于多元统计分析和网络药理学分析预测炒酸枣仁饮片潜在的质量标志物(Q-Marker)。方法利用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱质谱联用(ultra performance liquid chromatography-quadrupole-electrostatic field orbital trap mass spectrometry,UHPLC-Q-Orbitrap-MS)解析生、炒酸枣仁饮片的主要成分,运用多元统计分析结合VIP>1和P<0.05筛选出炮制前后潜在的差异化学成分。结合网络药理学筛选核心靶点构建"成分-靶点-通路"网络关系,预测炒酸枣仁潜在的Q-Marker,以潜在Q-Marker为指标对市售样品进行含量测定,验证Q-Marker的科学性。结果生、炒酸枣仁共鉴定54个化学成分,包括斯皮诺素、当药黄素等黄酮类成分,酸枣仁皂苷A、酸枣仁皂苷B等皂苷类成分,以及木兰花碱、乌药碱等生物碱类成分;结合多元统计分析共找到木兰花碱、6"’-阿魏酰斯皮诺素、酸枣仁皂苷A、白桦脂酸等28个差异性成分;经网络药理学分析筛选出包括17个差异成分的Q-Marker库,分别为酸枣仁皂苷A、酸枣仁皂苷B、美洲茶酸、白桦脂酸、木兰花碱、乌药碱、去甲荷叶碱、巴婆碱、斯皮诺素、当药黄素、维采宁Ⅱ、6"’-对-香豆酰斯皮诺素、6"’-阿魏酰斯皮诺素、芹菜素、桦木酮酸、牡荆素、异牡荆素;结合课题组前期研究及市售样品测定结果,最终确定木兰花碱、乌药碱、斯皮诺素、6"’-阿魏酰斯皮诺素、酸枣仁皂苷A和B作为炒酸枣仁的Q-Marker。结论分析预测的Q-Marker为炒酸枣仁的整体质量控制及临床应用提供科学依据,同时也为其功效关联物质的研究及作用机制的阐释奠定基础。
文摘目的通过网络药理学与分子对接方法探讨半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的分子机制。方法基于TCMSP、DisGeNET和OMIM等多个数据库查询半夏-附子药对活性成分和冠心病相关靶点。采用STRING数据库构建半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病相关靶点PPI网络,运用Cytoscape3.7.1软件构建“半夏-附子药对活性成分-冠心病-靶点-通络”网络,随后使用R语言脚本进行GO和KEGG通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果半夏-附子药对活性成分16个,与半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的相关靶点有35个,35个靶点富集在57个GO term上,同时富集在75条KEGG信号转导通路上;KEGG富集P值最显著的信号转导通路为Lipid and atherosclerosis;进一步分析提示了,半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病的核心靶点可能为AKT1、FOS、MMP9和PTGS2,其关键有效成分为baicalein、cavidine和deltoin。结论本研究初步揭示了半夏-附子药对活性成分通过调控Lipid and atherosclerosis信号转导通路而拮抗冠心病,为半夏-附子药对抗冠心病的物质基础及分子机制的进一步研究奠定了理论基础。
