目的探究轴突蛋白1(neurexin 1,NRXN1)基因在Tourette综合征(Tourette syndrome,TS)患儿中的突变特点。方法纳入524例TS患儿,采集外周血提取DNA,进行NRXN1基因全部外显子靶向测序(target region sequencing)后进行Sanger测序验证,应用DN...目的探究轴突蛋白1(neurexin 1,NRXN1)基因在Tourette综合征(Tourette syndrome,TS)患儿中的突变特点。方法纳入524例TS患儿,采集外周血提取DNA,进行NRXN1基因全部外显子靶向测序(target region sequencing)后进行Sanger测序验证,应用DNAMAN软件、SIFT、PolyPhen2、Mutation Taster、FATHMM和ClinPred对可疑变体的危害性进行生物信息学分析,最后对携带NRXN1基因变体的患儿进行基因型及表型分析。结果13例TS患者携带13个NRXN1基因变体,包括11个点突变及2个缺失突变。其中2个点突变,c.79G>T(p.A27S)和c.58G>T(p.G20C),为新发现的变体,其他9个点突变及2个缺失突变包括c.3523A>G(p.I1175V)、c.4180A>T(p.T1394S)、c.1697A>T(p.H566L)、c.3715G>A(p.A1239T)、c.878A>C(p.N293T)、c.475C>T(p.P159S)、c.320C>T(p.T107M)、c.365A>G(p.Q122R)、c.611T>A(p.L204Q)、c.68_79del(p.G23_G26del)、c.65_79del(p.G22_G26del)。生物信息学分析表明c.58G>T、c.1697A>T、c.475C>T、c.365A>G、c.878A>C、c.79G>T等6种基因变体的危害性可能相对较高。13例患儿中有6例采集到临床表现的信息,该6例患儿有不同部位的抽动,1例伴随强迫症状,1例出现情绪不稳,3例表现易激惹,6例患儿未出现重复语言、注意缺陷、多动障碍、睡眠障碍及抑郁症状的表现。结论TS患儿中检测到NRXN1基因突变位点,拓展了NRXN1突变谱。携带不同基因变体的患儿临床表现不相同,基因型及表型之间的关系需要进一步探索。展开更多
目的检测结直肠癌(CRC)患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)的甲基化水平,并分析其临床应用价值。方法收集38例大连大学附属新华医院就诊的CRC患者(Ⅰ~Ⅲ期)及38例体检健康者的血液标本,采用化学发光法检测血清癌胚抗原(CEA)水平;提取...目的检测结直肠癌(CRC)患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)的甲基化水平,并分析其临床应用价值。方法收集38例大连大学附属新华医院就诊的CRC患者(Ⅰ~Ⅲ期)及38例体检健康者的血液标本,采用化学发光法检测血清癌胚抗原(CEA)水平;提取CRC组及体检健康者血浆cfDNA,行高通量甲基化靶向测序检测,计算甲基化评分,并分析其与CRC患者临床病理参数的关系;ROC曲线评估cfDNA和CEA单独及联合检测筛查CRC的临床价值。结果与健康人对照组相比,CRC组cfDNA浓度差异无统计学意义(34.41±5.00 vs 36.59±4.46,t=0.326,P=0.745),而cfDNA甲基化评分显著升高(0.53±0.27 vs 0.26±0.18,t=6.134,P<0.001)。伴有淋巴结转移的CRC患者cfDNA甲基化阳性率较无淋巴结转移者显著升高(88.9%vs 60%,χ^(2)=4.323,P=0.038),但在不同性别、年龄、肿瘤位置分组中的差异均无统计学意义(P均>0.05)。ROC曲线分析结果显示,cfDNA甲基化检测筛查CRC的ROC曲线下面积(AUC_(ROC))为0.892(95%CI:0.814~0.970),血清CEA为0.810(95%CI:0.707~0.909),二者联合检测的AUC_(ROC)为0.930(95%CI:0.8674~0.9967)。cfDNA甲基化检测的敏感性为84.21%,特异性为86.84%(cut-off值为0.2805);CEA单独检测的敏感性为42.1%,特异性为97.3%(cut-off值为4.0 ng/mL);二者联合检测的敏感性显著升高(89.47%),特异性为91.89%,准确性为90.67%。结论血浆cfDNA甲基化检测在CRC筛查中的敏感性和特异性较高,并且与淋巴结转移相关,具有较好的临床应用价值。展开更多
文摘目的:鉴定并比较不同测序方案中多发性骨髓瘤(multiple myeloma,MM)潜在的驱动基因,为探讨MM的发生机制提供研究基础。方法:选择两套数据,一套数据为2016年5月至2020年11月苏州大学附属第二医院84例MM患者的基因组靶向突变测序数据,另一套数据从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载的205例MM全基因组测序数据。在R4.1.0环境下,利用驱动基因识别算法对MM的潜在驱动基因进行挖掘,分析并比较两套数据筛选出的驱动基因及具体突变信息。结果:NRAS、KRAS、TP53、IDH1为两套数据共同识别出的驱动基因。两套数据中突变基因在NOTCH、RTK-RAS、Cell-Cycle、TP53、MYC及WNT通路均有富集。显著突变的NRAS、KRAS、TP53和IDH1在两套数据中发生突变的位点无显著性差异。另外,通过靶向突变测序方法,鉴定出MM新的驱动基因,CBL、BCOR和DNMT3A。结论:通过本研究获得了MM可能的驱动基因,有助于从基因分子层面揭示MM发生发展机制。
文摘目的检测结直肠癌(CRC)患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)的甲基化水平,并分析其临床应用价值。方法收集38例大连大学附属新华医院就诊的CRC患者(Ⅰ~Ⅲ期)及38例体检健康者的血液标本,采用化学发光法检测血清癌胚抗原(CEA)水平;提取CRC组及体检健康者血浆cfDNA,行高通量甲基化靶向测序检测,计算甲基化评分,并分析其与CRC患者临床病理参数的关系;ROC曲线评估cfDNA和CEA单独及联合检测筛查CRC的临床价值。结果与健康人对照组相比,CRC组cfDNA浓度差异无统计学意义(34.41±5.00 vs 36.59±4.46,t=0.326,P=0.745),而cfDNA甲基化评分显著升高(0.53±0.27 vs 0.26±0.18,t=6.134,P<0.001)。伴有淋巴结转移的CRC患者cfDNA甲基化阳性率较无淋巴结转移者显著升高(88.9%vs 60%,χ^(2)=4.323,P=0.038),但在不同性别、年龄、肿瘤位置分组中的差异均无统计学意义(P均>0.05)。ROC曲线分析结果显示,cfDNA甲基化检测筛查CRC的ROC曲线下面积(AUC_(ROC))为0.892(95%CI:0.814~0.970),血清CEA为0.810(95%CI:0.707~0.909),二者联合检测的AUC_(ROC)为0.930(95%CI:0.8674~0.9967)。cfDNA甲基化检测的敏感性为84.21%,特异性为86.84%(cut-off值为0.2805);CEA单独检测的敏感性为42.1%,特异性为97.3%(cut-off值为4.0 ng/mL);二者联合检测的敏感性显著升高(89.47%),特异性为91.89%,准确性为90.67%。结论血浆cfDNA甲基化检测在CRC筛查中的敏感性和特异性较高,并且与淋巴结转移相关,具有较好的临床应用价值。
