为评估四款主流的miRNA鉴定工具(miRDeep-P2,Mirnovo,ShortStack,UEA s RNA workbench)在非模式植物中应用的有效性和普适性,本研究选取模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)以及非模式植物玉米(Zea mays)和智利草莓(Fragaria chiloens...为评估四款主流的miRNA鉴定工具(miRDeep-P2,Mirnovo,ShortStack,UEA s RNA workbench)在非模式植物中应用的有效性和普适性,本研究选取模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)以及非模式植物玉米(Zea mays)和智利草莓(Fragaria chiloensis)3个物种的小RNA高通量数据作为测试数据集,从用户体验、运行性能、结果评估、参数设置等方面对这四款工具进行了系统比较。结果表明,就用户体验而言,miRDeep-P2和ShortStack在总体易用性上优于Mirnovo和UEA s RNA workbench;就运行性能而言,miRDeep-P2和UEA s RNA workbench运行较高效;经过从头鉴定和同源性注释之后的结果比较发现,miRDeep-P2和ShortStack在不同物种间的miRNA鉴定结果整体好于另外两款工具,表明这两款工具可能也适用于其他非模式植物;另外,从评估指标来看,ShortStack鉴定的未注释的miRNAs数量最低,表明其可能具有较低假阳性,而miRDeep-P2具有最高的敏感性和准确性。最后选择不同的比对参数(错配数为0,1,2)对miRDeep-P2和ShortStack的鉴定结果进行比较,结果表明即使在不同的错配数设置下,ShortStack的鉴定结果在种内较为一致,而miRDeep-P2鉴定的miRNAs总数变化范围较大。总体而言,miRDeep-P2在综合表现上优于其他三款工具,但推荐在鉴定非模式植物的miRNAs时最好结合其他证据过滤假阳性,以及必要时对鉴定的miRNAs结构进行手动检查。本研究可为从事相关领域的研究者在工具选择和参数设置上提供一定参考。展开更多
运动发酵单胞菌(Zymomonas mobilis)是目前已知唯一能够在厌氧条件下利用Entner-Doudoroff(ED)途径代谢葡萄糖、果糖和蔗糖产乙醇的革兰氏阴性细菌,具有乙醇发酵速率高和对糖表观收率高、乙醇耐受性好及生物安全(generally regarded as ...运动发酵单胞菌(Zymomonas mobilis)是目前已知唯一能够在厌氧条件下利用Entner-Doudoroff(ED)途径代谢葡萄糖、果糖和蔗糖产乙醇的革兰氏阴性细菌,具有乙醇发酵速率高和对糖表观收率高、乙醇耐受性好及生物安全(generally regarded as safe,GRAS)等特点。基于合成生物学方法和代谢工程改造,可以作为纤维素乙醇及其他生物基产品生物炼制的细胞工厂。本文综述了运动发酵单胞菌独特的生理特点及其作为细胞工厂在不同领域的应用,重点介绍了构建运动发酵单胞菌作为底盘细胞,实现工业产品规模化经济生产涉及的系统生物学、合成生物学及代谢工程改造相关方法、技术与工具等方面的进展及瓶颈。同时探讨了持续开发、完善、应用高效精准的基因编辑技术、代谢途径精准时空调控方法及高通量自动筛选检测手段,在运动发酵单胞菌基因组精简优化以及生物固碳与固氮等方面取得的突破,推动合成生物学理论研究和实践应用的发展。展开更多
文摘为评估四款主流的miRNA鉴定工具(miRDeep-P2,Mirnovo,ShortStack,UEA s RNA workbench)在非模式植物中应用的有效性和普适性,本研究选取模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)以及非模式植物玉米(Zea mays)和智利草莓(Fragaria chiloensis)3个物种的小RNA高通量数据作为测试数据集,从用户体验、运行性能、结果评估、参数设置等方面对这四款工具进行了系统比较。结果表明,就用户体验而言,miRDeep-P2和ShortStack在总体易用性上优于Mirnovo和UEA s RNA workbench;就运行性能而言,miRDeep-P2和UEA s RNA workbench运行较高效;经过从头鉴定和同源性注释之后的结果比较发现,miRDeep-P2和ShortStack在不同物种间的miRNA鉴定结果整体好于另外两款工具,表明这两款工具可能也适用于其他非模式植物;另外,从评估指标来看,ShortStack鉴定的未注释的miRNAs数量最低,表明其可能具有较低假阳性,而miRDeep-P2具有最高的敏感性和准确性。最后选择不同的比对参数(错配数为0,1,2)对miRDeep-P2和ShortStack的鉴定结果进行比较,结果表明即使在不同的错配数设置下,ShortStack的鉴定结果在种内较为一致,而miRDeep-P2鉴定的miRNAs总数变化范围较大。总体而言,miRDeep-P2在综合表现上优于其他三款工具,但推荐在鉴定非模式植物的miRNAs时最好结合其他证据过滤假阳性,以及必要时对鉴定的miRNAs结构进行手动检查。本研究可为从事相关领域的研究者在工具选择和参数设置上提供一定参考。
文摘运动发酵单胞菌(Zymomonas mobilis)是目前已知唯一能够在厌氧条件下利用Entner-Doudoroff(ED)途径代谢葡萄糖、果糖和蔗糖产乙醇的革兰氏阴性细菌,具有乙醇发酵速率高和对糖表观收率高、乙醇耐受性好及生物安全(generally regarded as safe,GRAS)等特点。基于合成生物学方法和代谢工程改造,可以作为纤维素乙醇及其他生物基产品生物炼制的细胞工厂。本文综述了运动发酵单胞菌独特的生理特点及其作为细胞工厂在不同领域的应用,重点介绍了构建运动发酵单胞菌作为底盘细胞,实现工业产品规模化经济生产涉及的系统生物学、合成生物学及代谢工程改造相关方法、技术与工具等方面的进展及瓶颈。同时探讨了持续开发、完善、应用高效精准的基因编辑技术、代谢途径精准时空调控方法及高通量自动筛选检测手段,在运动发酵单胞菌基因组精简优化以及生物固碳与固氮等方面取得的突破,推动合成生物学理论研究和实践应用的发展。
