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基于差异蛋白质组学分析氧化应激下耐辐射奇球菌的抗氧化机制
1
作者 王馥丽 魏琳洋 +4 位作者 甘巧玉 蒋辉 宋天宇 姚戈 万秀坤 《生命科学仪器》 2023年第3期54-63,共10页
耐辐射奇球菌具有极强的生命力,被吉尼斯世界记录收录并誉为是“世界上最顽强的细菌”,也作为模式生物用于抗性机制研究,电离辐射、强氧化剂等物理化学作用导致细胞产生大量具有高度细胞毒性作用的活性氧自由基,从而间接对生命体产生氧... 耐辐射奇球菌具有极强的生命力,被吉尼斯世界记录收录并誉为是“世界上最顽强的细菌”,也作为模式生物用于抗性机制研究,电离辐射、强氧化剂等物理化学作用导致细胞产生大量具有高度细胞毒性作用的活性氧自由基,从而间接对生命体产生氧化损伤,对ROS带来氧化损伤其也具有极强的抗氧化机制,对但其抗氧化机制的研究尚未完全。本研究将采用非标记定量蛋白质组学分析氧化应激下耐辐射奇球菌的抗氧化机制,基于非标记定量蛋白质组学分析,H2O2处理后的耐辐射奇球菌共检测到1853个蛋白,其中80个蛋白表达量与处理前相比具有显著差异,其中25个显著上调,55个显著下调。4h恢复培养后,耐辐射奇球菌组共检测到1853个蛋白,其中58个蛋白表达量发生显著变化,38个显著上调,20个显著下调。基于差异蛋白进行生物信息学分析并比较差异蛋白类型,我们发现H2O2氧化处理产生的差异蛋白主要富集在抵抗氧化应激胁迫等生物学过程;恢复培养4h产生的差异蛋白在恢复耐辐射奇球菌的正常生理代谢生物过程中显著富集。分析可知,在强氧化剂作用状态下,耐辐射奇球菌产生保护机制,翻译、核糖体结构相关蛋白上调以的合成更多抵御氧化损伤的蛋白,恢复培养后,重建恢复平衡相关蛋白的上调使得耐辐射奇球菌能够更快捷恢复正常生长状态。 展开更多
关键词 耐辐射奇球菌 氧化应激 抗氧化机制 蛋白质组学 非标记定量分析
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我国不同流行区婴儿利什曼原虫前鞭毛体比较蛋白质组学分析 被引量：1
2
作者 危芙蓉 高春花 +2 位作者 汪俊云 杨玥涛 石锋 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期625-629,共5页
目的应用比较蛋白质组学方法分析两株来自我国内脏利什曼病不同流行区的婴儿利什曼原虫前鞭毛体蛋白表达差异,为筛选和鉴定我国不同流行区利什曼原虫致病差异相关分子奠定基础。方法分别培养两株分离于我国四川九寨沟县(SC6株)和新疆伽... 目的应用比较蛋白质组学方法分析两株来自我国内脏利什曼病不同流行区的婴儿利什曼原虫前鞭毛体蛋白表达差异,为筛选和鉴定我国不同流行区利什曼原虫致病差异相关分子奠定基础。方法分别培养两株分离于我国四川九寨沟县(SC6株)和新疆伽师县内脏利什曼病流行区(JIASHI-5株)的婴儿利什曼原虫前鞭毛体,经酶解后进行液相色谱串联质谱(Liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)非标记(Label-free)定量分析,利用MaxQuant软件(版本号1.3.0.5)查库,进行非标定量(Label-free quantitation,LFQ)分析。结果成功鉴定蛋白4 274个,筛选出差异蛋白1 219个(差异倍数>2.0或<0.5,P<0.05),其中JIASHI-5株前鞭毛体特有蛋白550个,SC6株前鞭毛体特有蛋白174个。SC6株和JIASHI-5株间差异表达蛋白495个,其中SC6株上调蛋白(高表达)167个,JIASHI-5株上调蛋白328个。这些差异表达蛋白主要涉及能量代谢、应激反应、延长感染宿主细胞的寿命以及利什曼原虫存活与增殖。结论来自我国内脏利什曼病不同流行区的婴儿利什曼原虫前鞭毛体蛋白质表达存在差异。 展开更多
关键词 利什曼原虫 内脏利什曼病 比较蛋白质组学 差异蛋白 非标记定量分析
原文传递
一种结合生物医学知识的蛋白质组非标记定量分析方法及其应用
3
作者 潘超 苏运聪 +2 位作者 杨睿 段会龙 邓宁 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第1期82-90,共9页
基于质谱的非标记定量方法能够对复杂蛋白质组进行规模化分析,同时,在定量分析的基础上理解和解释蛋白质组的功能和相互作用关系更有意义.这需要建立一种有效的兼容定量和定性分析结果的方法.针对这一需求,本文首先借鉴了NSAF(normalize... 基于质谱的非标记定量方法能够对复杂蛋白质组进行规模化分析,同时,在定量分析的基础上理解和解释蛋白质组的功能和相互作用关系更有意义.这需要建立一种有效的兼容定量和定性分析结果的方法.针对这一需求,本文首先借鉴了NSAF(normalized spectral abundance factor)算法采用肽段计数对蛋白质组数据进行定量,进一步结合共享肽对该方法进行优化.以此为基础,通过g:Profiler获取海量蛋白质组的功能注释信息,在定量分析的过程中,同步实现了对蛋白质组数据的功能性分析.本文选择来自人心脏、小鼠心脏、小鼠肝脏的三组线粒体蛋白质组数据对该方法进行验证,按照功能性分析将三组数据划分为若干功能组或信号通路,并进行相关性、功能聚类以及电子传递链分析.结果表明,结合共享肽的优化算法克服了对低丰度蛋白质的错误估计,提高了非标记定量的准确性.同时,结合生物医学知识的分析方法解释了蛋白质组的功能和相互作用关系,为差异比较蛋白质组学、疾病蛋白质组学以及功能蛋白质组学等组学研究提供了新的方法. 展开更多
关键词 蛋白质组学 非标记定量分析 生物质谱 生物医学知识
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