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基于DIA蛋白质组学技术联合PRM验证探讨去卵巢骨质疏松大鼠差异蛋白表达 被引量：1
1
作者 海云翔 宋敏 +3 位作者 杨秀娟 蒋宜伟 董万涛 巩彦龙 《中药药理与临床》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期87-93,共7页
目的:基于非数据依赖性采集(DIA)蛋白质组学联合平行反应监测(PRM)靶向质谱技术筛选去卵巢大鼠股骨组织的差异蛋白,寻找其中可能与骨质疏松(OP)发病相关的关键靶蛋白。方法:Wistar雌性大鼠16只,随机分为正常对照组和模型对照组各8只,模... 目的:基于非数据依赖性采集(DIA)蛋白质组学联合平行反应监测(PRM)靶向质谱技术筛选去卵巢大鼠股骨组织的差异蛋白,寻找其中可能与骨质疏松(OP)发病相关的关键靶蛋白。方法:Wistar雌性大鼠16只,随机分为正常对照组和模型对照组各8只,模型对照组采用卵巢切除法建立骨质疏松症模型。12 w后双能X线骨密度仪测量大鼠全身骨密度(BDM);解剖分离股骨标本进行Micro-CT扫描和重建;对正常对照组和模型对照组大鼠股骨组织进行蛋白DIA定量分析,筛选差异蛋白并进行生物信息学分析,并采用PRM技术验证两组间差异蛋白。结果:造模12 w后,与正常对照组比较,模型对照组骨小梁数量(Tb.N)、骨体积分数(BV/TV)、骨小梁厚度(Tb.Th)、连接密度(Conn.D)均明显下降(P<0.05或P<0.01),骨小梁分离度(Tb.Sp)、结构模型指数(SMI)显著升高(P<0.01);Micro-CT三维重建可见骨小梁整体结构退变、体积减少、连接断裂;DIA检测鉴定出显著差异蛋白234个,其中上调蛋白162个,下调蛋白72个,KEGG通路富集显示这些差异蛋白主要参与粘着斑、RNA转运、TGF-β、等信号通路。对关键差异蛋白进行PRM建库分析,检测到27个候选蛋白,其中双特异性丝裂原活化蛋白激酶1(MAP2K1)、谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、软骨寡聚基质蛋白(COMP)、等11个蛋白定量分析明显具有差异(P<0.05或P<0.01)。结论:OP大鼠股骨组织内有大量蛋白质差异表达,MAP2K1、GPX4、MAPK1、COMP等11个差异蛋白可能与骨质疏松发病密切相关。 展开更多
关键词 骨质疏松症 非数据依赖性采集 蛋白质组学 平行反应监测 去卵巢大鼠
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下咽鳞癌蛋白质谱鉴定及预后靶分子筛选
2
作者 陈立晓 英信江 +3 位作者 陈歆维 王菲 孙臻峰 董频 《山东大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2021年第9期140-147,共8页
目的利用非数据依赖性采集(DIA)蛋白质组学技术筛选下咽鳞癌晚期肿瘤预后相关的特异性靶分子。方法选取2016年1月至2018年9月在上海市第一人民医院确诊的5对晚期下咽鳞癌的癌组织和癌旁组织,对蛋白组织进行裂解研磨、蛋白电泳、组织酶... 目的利用非数据依赖性采集(DIA)蛋白质组学技术筛选下咽鳞癌晚期肿瘤预后相关的特异性靶分子。方法选取2016年1月至2018年9月在上海市第一人民医院确诊的5对晚期下咽鳞癌的癌组织和癌旁组织,对蛋白组织进行裂解研磨、蛋白电泳、组织酶解、肽段标记、分级标记、高效液相色谱系统分离,采用Q-Exactive质谱仪完成质谱分析。定量分析及生物信息学分析、筛选预后相关蛋白分子。结果建立下咽鳞癌蛋白组学数据库:蛋白质7 395个,肽段63 190个,筛选出的差异蛋白上调36个、下调43个,差异表达蛋白质总数79个。完成层次聚类分析基因本体论和京都基因与基因组百科全书信号通路富集分析、蛋白互做分析,筛选出关键蛋白MRPS5,为下咽鳞癌预后的特异性靶分子。结论 MRPS5可能为下咽鳞状细胞癌的预后靶分子。 展开更多
关键词 下咽鳞癌 蛋白质组学 非数据依赖性采集 预后因子
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