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ABCA1基因编码区稀有变异与原发性开角型青光眼关联分析
被引量:
1
1
作者
徐玉霞
黄賂琳
+3 位作者
龚波
陈宇虹
孙兴怀
杨正林
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期439-445,共7页
目的对原发性开角型青光眼(POAG)患者ABCA1基因编码区变异进行分析,探讨ABCA1基因稀有非同义变异在POAG患者中的分布情况。方法采用前瞻性队列研究方法,自2017年3月至2018年3月共招募复旦大学附属眼耳鼻喉科医院就诊的POAG患者398例,并...
目的对原发性开角型青光眼(POAG)患者ABCA1基因编码区变异进行分析,探讨ABCA1基因稀有非同义变异在POAG患者中的分布情况。方法采用前瞻性队列研究方法,自2017年3月至2018年3月共招募复旦大学附属眼耳鼻喉科医院就诊的POAG患者398例,并招募同期就诊的年龄和性别匹配的健康对照者198人。采集受检者外周静脉血2~5ml,提取基因组DNA,利用全外显子测序(WES)技术对受检者ABCA1基因50个外显子区的稀有非同义变异进行测序和分析。结果POAG患者ABCA1基因稀有非同义变异检出率为6.8%(27/398),发现21个稀有非同义变异位点,其中有4个新变异,包括c.4310C>A(p.Thr1437Asn)、c.3772G>T(p.Asp1258Tyr)、c.775A>G(p.Lys259Glu)和c.1507_1508insGAGGT(p.Glu503GlyfsX7)。健康对照者ABCA1稀有变异检出率为2.5%(5/198),PGAG患者ABCA1稀有变异检出率明显高于健康对照者,差异有统计学意义(χ^2=4.72,P=0.03,OR=2.81)。结论ABCA1的稀有非同义变异与POAG发病有一定关联,丰富了ABCA1基因的稀有变异谱。
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关键词
开角型青光眼/基因
基因
变异
DNA序列分析/方法
非
同义
变异
全外显子测序
ABCA1基因
下载PDF
职称材料
大豆非同义SNP相邻碱基组分分析
2
作者
王娟
常玮
《南阳师范学院学报》
CAS
2022年第4期33-37,共5页
单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括转换、颠换、缺失和插入.根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义cSNP(synonymous SNP,sSNP)和非同义cSNP(non-synonymous SNP,nsSNP).采用生物信息的方法对1453823条大豆ESTs数...
单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括转换、颠换、缺失和插入.根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义cSNP(synonymous SNP,sSNP)和非同义cSNP(non-synonymous SNP,nsSNP).采用生物信息的方法对1453823条大豆ESTs数据中所包含的候选SNP进行挖掘,依据其编码蛋白的情况挖掘了1766个nsSNPs,并对这些nsSNPs分布规律及其附近的序列特征进行统计分析,分析表明只有在两侧碱基都为A或者T时,Ts/Tv的比值才会升高.由于突变位点上游第一个碱基无明显的频率偏差,故推测下游第一个碱基的频率偏差会导致Ts/Tv的比值升高,Ts中T的出现频率(-0.052)小于Tv中T的出现频率(-0.048),说明在突变位点下游第一个碱基T频率偏差与Ts/Tv的比值成反比.
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关键词
大豆
EST
SNP
非
同义
变异
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职称材料
题名
ABCA1基因编码区稀有变异与原发性开角型青光眼关联分析
被引量:
1
1
作者
徐玉霞
黄賂琳
龚波
陈宇虹
孙兴怀
杨正林
机构
成都中医药大学医学技术学院
电子科技大学附属医院四川省人民医院人类疾病基因研究四川省重点实验室
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院上海市五官科医院
出处
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期439-445,共7页
基金
国家自然科学基金项目(81430008、81790643、81300802、81670853、81670895)
国家精准医疗计划项目(2016YFC0905200)
四川省科技厅基金项目(2014SZ0169、2015SZ0052、2015JQO057、2016HH0072、2017JQ0024).
文摘
目的对原发性开角型青光眼(POAG)患者ABCA1基因编码区变异进行分析,探讨ABCA1基因稀有非同义变异在POAG患者中的分布情况。方法采用前瞻性队列研究方法,自2017年3月至2018年3月共招募复旦大学附属眼耳鼻喉科医院就诊的POAG患者398例,并招募同期就诊的年龄和性别匹配的健康对照者198人。采集受检者外周静脉血2~5ml,提取基因组DNA,利用全外显子测序(WES)技术对受检者ABCA1基因50个外显子区的稀有非同义变异进行测序和分析。结果POAG患者ABCA1基因稀有非同义变异检出率为6.8%(27/398),发现21个稀有非同义变异位点,其中有4个新变异,包括c.4310C>A(p.Thr1437Asn)、c.3772G>T(p.Asp1258Tyr)、c.775A>G(p.Lys259Glu)和c.1507_1508insGAGGT(p.Glu503GlyfsX7)。健康对照者ABCA1稀有变异检出率为2.5%(5/198),PGAG患者ABCA1稀有变异检出率明显高于健康对照者,差异有统计学意义(χ^2=4.72,P=0.03,OR=2.81)。结论ABCA1的稀有非同义变异与POAG发病有一定关联,丰富了ABCA1基因的稀有变异谱。
关键词
开角型青光眼/基因
基因
变异
DNA序列分析/方法
非
同义
变异
全外显子测序
ABCA1基因
Keywords
Glaucoma,Open angle/genetics
Genetic variation
Sequence analysis,DNA/methods
Nonsynonymous variants
Whole exome sequencing
ABCA1 gene
分类号
R775.2 [医药卫生—眼科]
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职称材料
题名
大豆非同义SNP相邻碱基组分分析
2
作者
王娟
常玮
机构
南阳师范学院生命科学与农业工程学院
出处
《南阳师范学院学报》
CAS
2022年第4期33-37,共5页
基金
南阳市2022科技攻关项目(KJGG088)
南阳师范学院青年基金项目(2022QN013)。
文摘
单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括转换、颠换、缺失和插入.根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义cSNP(synonymous SNP,sSNP)和非同义cSNP(non-synonymous SNP,nsSNP).采用生物信息的方法对1453823条大豆ESTs数据中所包含的候选SNP进行挖掘,依据其编码蛋白的情况挖掘了1766个nsSNPs,并对这些nsSNPs分布规律及其附近的序列特征进行统计分析,分析表明只有在两侧碱基都为A或者T时,Ts/Tv的比值才会升高.由于突变位点上游第一个碱基无明显的频率偏差,故推测下游第一个碱基的频率偏差会导致Ts/Tv的比值升高,Ts中T的出现频率(-0.052)小于Tv中T的出现频率(-0.048),说明在突变位点下游第一个碱基T频率偏差与Ts/Tv的比值成反比.
关键词
大豆
EST
SNP
非
同义
变异
Keywords
soybean
EST
SNP
non-synonymous variations
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
ABCA1基因编码区稀有变异与原发性开角型青光眼关联分析
徐玉霞
黄賂琳
龚波
陈宇虹
孙兴怀
杨正林
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
下载PDF
职称材料
2
大豆非同义SNP相邻碱基组分分析
王娟
常玮
《南阳师范学院学报》
CAS
2022
0
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职称材料
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0
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