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植物干旱和盐胁迫响应相关miRNA研究进展 被引量：1
1
作者 宋子荷 甄艳 《南京林业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1-11,共11页
非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)是一类由生物基因组转录产生但不编码蛋白质的遗传信息分子,作为表观遗传学研究的主要内容,曾一度被视为基因组中的“暗物质”或“转录噪音”。最广为人知的微小RNA(microRNA,miRNA)是在进化上高度保守... 非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)是一类由生物基因组转录产生但不编码蛋白质的遗传信息分子,作为表观遗传学研究的主要内容,曾一度被视为基因组中的“暗物质”或“转录噪音”。最广为人知的微小RNA(microRNA,miRNA)是在进化上高度保守的一类长20~24个核苷酸的短链非编码小分子RNA,通过与靶位点碱基互补配对切割降解靶基因转录本或抑制其翻译,从而实现对生物体生长发育等过程的调控。随着小RNA测序和降解组测序等miRNA研究手段的发展,越来越多的miRNA及其生物学功能在动植物中被相继报道,揭示了miRNA在逆境响应过程中的重要调控作用。笔者较为系统地论述了植物miRNA的特征、合成过程、作用方式及其在抗旱耐盐方面的研究进展,以期揭示植物抗旱耐盐的miRNA调控机理,为创制抗旱耐盐新种质提供依据。 展开更多
关键词 非编码RNA 盐胁迫 干旱胁迫 小RNA测序 降解组
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拟南芥ago1-27突变体的RNA-seq分析 被引量：4
2
作者 马轩 李盛本 +2 位作者 莫蓓莘 曹晓风 陈雪梅 《深圳大学学报（理工版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第1期27-32,共6页
miRNA在植物生长发育和环境适应等方面起着极为重要的作用.本研究对拟南芥ago1-27突变体进行了RNA-seq,鉴定到几千个差异表达基因,并且miRNA靶基因倾向于在ago1-27中表达上调.ago1-27 RNA-seq结合降解组分析鉴定到新的miRNA靶基因,如miR... miRNA在植物生长发育和环境适应等方面起着极为重要的作用.本研究对拟南芥ago1-27突变体进行了RNA-seq,鉴定到几千个差异表达基因,并且miRNA靶基因倾向于在ago1-27中表达上调.ago1-27 RNA-seq结合降解组分析鉴定到新的miRNA靶基因,如miR396靶向半胱氨酸蛋白酶基因和miR167靶向编码AT-hook DNA结合蛋白的基因等. 展开更多
关键词 植物生物化学 MIRNA ago1-27基因 RNA-SEQ 降解组 靶基因 拟南芥
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microRNA靶基因检测技术研究进展 被引量：3
3
作者 郭晓琴 孙红正 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2013年第4期11-13,18,共4页
microRNA是真核生物基因表达调控的重要因子,对其靶基因的验证是研究microRNA功能必不可少的环节。验证microRNA与其靶基因的相互作用,可以根据能否进行靶基因切割、能否造成目标靶基因RNA表达量或蛋白表达量降低以及能否形成RISC-mRNA... microRNA是真核生物基因表达调控的重要因子,对其靶基因的验证是研究microRNA功能必不可少的环节。验证microRNA与其靶基因的相互作用,可以根据能否进行靶基因切割、能否造成目标靶基因RNA表达量或蛋白表达量降低以及能否形成RISC-mRNA复合体等特征进行检测。基于此,从以上三方面对验证microRNA靶基因的技术进行了综述。 展开更多
关键词 MICRORNA 5’RLM—RACE target—mimic 靶基因 降解组 免疫共沉淀
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miRNAs调控lincRNAs的生物信息学预测与功能分析 被引量：3
4
作者 樊春燕 魏强 +1 位作者 郝志强 李广林 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1226-1234,共9页
基因间长链非编码RNAs(Long intergenic non-coding RNAs,linc RNAs)是位于蛋白编码基因之间的长度超过200 nt的非编码RNAs,在动物中参与细胞周期调控、免疫监视、胚胎干细胞分化等多种生物学过程,但是linc RNAs在大多数植物中的功能尚... 基因间长链非编码RNAs(Long intergenic non-coding RNAs,linc RNAs)是位于蛋白编码基因之间的长度超过200 nt的非编码RNAs,在动物中参与细胞周期调控、免疫监视、胚胎干细胞分化等多种生物学过程,但是linc RNAs在大多数植物中的功能尚不清楚。Micro RNAs(mi RNAs)是真核生物中一类在转录水平和转录后水平介导基因沉默的21 nt左右的内源性单链小非编码RNAs分子,通过序列互补的方式调控靶标基因的表达。目前mi RNAs的靶标研究主要集中于编码蛋白的基因,而对于靶标为非编码RNAs的研究较少,尤其在植物中的研究更为少见。为了系统挖掘植物中linc RNAs的功能,文章整合mi RNAs数据、c DNAs数据和降解组数据,利用生物信息学方法找到拟南芥(Arabidopsis thaliana)337个成熟mi RNAs在2708个linc RNAs上的可能结合位点,构建了mi RNAs-m RNAs-linc RNAs调控网络,并根据竞争性内源(ce RNA)假说预测linc RNAs的功能,为进一步阐明植物中mi RNAs对linc RNAs的调控机制以及linc RNAs的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 微小RNAS 基因间长链非编码RNAs 降解组 靶标
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水稻microRNA及其靶基因的系统鉴定 被引量：1
5
作者 马轩 莫蓓莘 曹晓风 《华南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2017年第3期55-58,共4页
microRNA(miRNA)在植物生长发育和环境胁迫中发挥着重要的作用.本研究基于49个水稻小RNA测序数据,系统分析了已知miRNA的表达,并鉴定到了新的水稻miRNA.研究发现,miRBase上注释的水稻miRNA中,只有39%具有可检测的表达.此外,对水稻降解... microRNA(miRNA)在植物生长发育和环境胁迫中发挥着重要的作用.本研究基于49个水稻小RNA测序数据,系统分析了已知miRNA的表达,并鉴定到了新的水稻miRNA.研究发现,miRBase上注释的水稻miRNA中,只有39%具有可检测的表达.此外,对水稻降解组数据的分析鉴定到一些新的miRNA靶基因,包括2个新的miR444靶基因,它们分别编码WD40蛋白和热休克因子型DNA结合蛋白. 展开更多
关键词 水稻 小RNA测序 降解组 MIRNA 靶基因
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蛋白质组学技术分析肝癌细胞HCCLM3的细胞外蛋白降解组
6
作者 冯钜涛 李君 +1 位作者 方天翎 岑钧华 《中国普通外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期807-810,共4页
目的:分析肝癌细胞系HCCLM3的细胞外蛋白降解组,筛选肝癌标记物。方法:凝胶电泳分离HCCLM3细胞外蛋白,线性离子阱-傅立叶变换离子回旋共振质谱(LTQ-FT-MS/MS)对其鉴定,数据库检索结合分子质量分析其降解组。免疫杂交定量骨桥蛋白(OPN)... 目的:分析肝癌细胞系HCCLM3的细胞外蛋白降解组,筛选肝癌标记物。方法:凝胶电泳分离HCCLM3细胞外蛋白,线性离子阱-傅立叶变换离子回旋共振质谱(LTQ-FT-MS/MS)对其鉴定,数据库检索结合分子质量分析其降解组。免疫杂交定量骨桥蛋白(OPN)在正常、乙肝、乙肝肝硬化和肝癌4组血清中的表达。结果:HCCLM3细胞外蛋白电泳共测得51个条带,鉴定出1 405种非冗余蛋白,其中474种蛋白发生降解,且分泌蛋白的降解率最高(50%)。肝癌患者血清中OPN 20 kD片段明显高于其余3组(P<0.05),受试者工作特征曲线(ROC)显示AFP对肝癌诊断的曲线下面积(AUC)为0.79,OPN 20 kD片段的AUC为0.68,两者结合后能提高AUC至0.89。结论:凝胶电泳结合质谱技术研究肝癌蛋白降解组有效可行,骨桥蛋白20 kD片段可能对肝癌的诊断具有价值。 展开更多
关键词 癌 肝细胞 骨桥蛋白 蛋白质组学 降解组
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降解组的研究进展
7
作者 黄海波 陈兵 +1 位作者 徐天瑞 文建凡 《生命的化学》 CAS CSCD 2017年第6期935-939,共5页
蛋白酶大多是通过组成级联途径来行使功能,单个蛋白酶分子的研究很难完整、系统地阐明它们的生命活动功能。在基因组学和蛋白质组学等组学概念的启发下,蛋白酶的组学概念应运而生:一个生物体内所有的蛋白酶的集合即称为降解组。文章旨... 蛋白酶大多是通过组成级联途径来行使功能,单个蛋白酶分子的研究很难完整、系统地阐明它们的生命活动功能。在基因组学和蛋白质组学等组学概念的启发下,蛋白酶的组学概念应运而生:一个生物体内所有的蛋白酶的集合即称为降解组。文章旨在对近年来该领域的研究进展做一简要综述。 展开更多
关键词 降解组 降解组学 蛋白酶 靶标
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降解组测序与剪切位点分析研究进展
8
作者 崔东亚 杨美玲 《江苏农业科学》 北大核心 2014年第7期56-60,共5页
动植物细胞内都存在大量的microRNA(miRNA),miRNA的功能之一是通过互补指导内切酶切割与之互补的mRNA,对该mRNA进行转录后调控。但miRNA与靶基因之间并不是完全互补,所以通过序列计算方式预测的靶基因中假阳性也是很高的。单独验证预测... 动植物细胞内都存在大量的microRNA(miRNA),miRNA的功能之一是通过互补指导内切酶切割与之互补的mRNA,对该mRNA进行转录后调控。但miRNA与靶基因之间并不是完全互补,所以通过序列计算方式预测的靶基因中假阳性也是很高的。单独验证预测的靶基因不能确定是否正确且费时费力,高通量测序与计算预测结合可以很好地验证和发现miRNA的靶基因。介绍了寻找miRNA靶基因的降解组测序方法,包括降解组测序的方法原理、试验流程、miRNA靶基因寻找等主要环节。经研究发现,降解组测序已经成为寻找miRNA靶基因的常用方法。 展开更多
关键词 降解组 MIRNA 靶基因 剪切位点 研究进展
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癌降解组计划及其意义
9
作者 周莉 张天宝 金克炜 《癌变．畸变．突变》 CAS CSCD 2005年第6期392-393,共2页
降解组(degradome)是体内降解蛋白质的所有酶的集合,人体中有大约560种这样的蛋白酶。近来,一些科学家们提出的所谓“癌降解组”(cancerdegradome)则是指这一系列蛋白酶基因、蛋白酶天然抑制剂和与蛋白酶相互作用的一些蛋白质的集合。... 降解组(degradome)是体内降解蛋白质的所有酶的集合,人体中有大约560种这样的蛋白酶。近来,一些科学家们提出的所谓“癌降解组”(cancerdegradome)则是指这一系列蛋白酶基因、蛋白酶天然抑制剂和与蛋白酶相互作用的一些蛋白质的集合。癌降解组的阐明可为癌变分子机理的阐明,为肿瘤的诊断、治疗提供依据,因此受到人们的关注。本文扼要介绍癌降解组计划的产生背景、研究目标、作用及研究意义,对其目前国内外的研究状况做一综述。 展开更多
关键词 癌降解组 蛋白酶
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细胞外的“组”和“组学”
10
作者 王克夷 《生命的化学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期527-530,共4页
总的说来,细胞是蛋白质组研究的热点。除了血浆,细胞外的蛋白质几乎是被遗忘了。然而,细胞外的蛋白质形成了细胞外基质,它们是细胞功能所必需的。在某些情况中,细胞外基质能对细胞产生许多效应。除了基质蛋白质组,细胞外还有很多"... 总的说来,细胞是蛋白质组研究的热点。除了血浆,细胞外的蛋白质几乎是被遗忘了。然而,细胞外的蛋白质形成了细胞外基质,它们是细胞功能所必需的。在某些情况中,细胞外基质能对细胞产生许多效应。除了基质蛋白质组,细胞外还有很多"组"。糖组是细胞外的另一个组。在许多生理和病理过程中,细胞外基质中的蛋白质和糖被降解。被降解的产物是化合物,它们是降解物组的对象。现在一个大的组——人类蛋白质组——正在启动。在这个大的组中,细胞外基质应该被捡起,并从冷点转化为热点。 展开更多
关键词 细胞外基质 基质蛋白质组 糖组 降解物组
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