Triple-negative breast cancer(TNBC)is currently the most malignant subtype of breast cancer without effective targeted therapies,which makes its pathogenesis an important target for research.A growing number of studie...Triple-negative breast cancer(TNBC)is currently the most malignant subtype of breast cancer without effective targeted therapies,which makes its pathogenesis an important target for research.A growing number of studies have shown that non-coding RNA(ncRNA),including microRNA(miRNA)and long non-coding RNA(lncRNA),plays a significant role in tumorigenesis.This review summarizes the roles of miRNA and lncRNA in the progression,diagnosis,and neoadjuvant chemotherapy of TNBC.Aberrantly expressed miRNA and lncRNA are listed according to their roles.Further,it describes the multiple mechanisms that lncRNA shows for regulating gene expression in the nucleus and cytoplasm,and more importantly,describes lnc RNA-regulated TNBC progression through complete combining with miRNA at the post-transcriptional level.Focusing on miRNA and lncRNA associated with TNBC can provide new insights for early diagnosis and treatment—they can be targeted in the future as a novel anticancer target of TNBC.展开更多
目的:筛选长链非编码RNA(lncRNA)在类风湿性关节炎患者PBMCs和正常人PBMCs中差异表达,分析lncRNA在RA发病中的可能作用。方法:选取2014年湖北民族学院附属民大医院风湿免疫科就诊的12例RA患者和11例正常对照组。利用Agilent human lncRN...目的:筛选长链非编码RNA(lncRNA)在类风湿性关节炎患者PBMCs和正常人PBMCs中差异表达,分析lncRNA在RA发病中的可能作用。方法:选取2014年湖北民族学院附属民大医院风湿免疫科就诊的12例RA患者和11例正常对照组。利用Agilent human lncRNA芯片检测3例RA患者PBMCs和3例正常人PBMCs中lncRNA和mRNA表达,GO及Pathway分析差异表达的lncRNA功能分布,构建lncRNA-mRNA的共表达网络,并在此基础上通过Cis-和Trans-预测可能与RA相关lncRNA。结果:RA患者中差异表达的lncRNA共有1 615条,差异表达的mRNA共有878条,GO分析发现差异表达的mRNA主要参与金属离子结合、蛋白激酶结合、转录调节及核苷酸结合等。Pathway分析发现差异表达的mRNA主要参与TNF信号通路、B细胞受体信号通路、前列腺癌、系统性红斑狼疮、子宫内膜癌等。经Cis-和Trans-预测发现,REL、SMAD3和ETS1可能与RA的发生密切相关,因此考虑与之相关的lncRNA:NONHSAG027875、FR378506和NONHSAT031501也可能参与了RA的发生。结论:RA患者外周血中差异表达的lncRNA可能与RA的发生和发展密切相关,未来可能成为RA潜在治疗靶点。展开更多
目的通过癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库,利用生物信息学方法构建与肝细胞癌患者生存预后相关的长链非编码RNA (LncRNA)筛选模型,建立肝细胞癌诊断和预后相关的LncRNA,为研究肝细胞癌的发生发展及预后提供新的研究思...目的通过癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库,利用生物信息学方法构建与肝细胞癌患者生存预后相关的长链非编码RNA (LncRNA)筛选模型,建立肝细胞癌诊断和预后相关的LncRNA,为研究肝细胞癌的发生发展及预后提供新的研究思路,有望成为新的治疗靶点。方法从癌症基因图谱(TCGA)数据库中下载424例肝细胞癌患者的RNA表达谱数据和相应的临床资料,其中包括374例肿瘤组织和50例正常对照。通过R语言的edgeR包,获取在正常组织和肝细胞癌组织中差异表达的LncRNA,并使用单因素Cox回归分析筛选出与预后相关的LncRNA。用lasso回归和多因素回归分析建立与肝细胞癌预后相关LncRNA模型,绘制受试者工作特征曲线,验证其模型的可靠性。结果在TCGA数据库中用单因素生存分析筛选出899个与生存预后相关的LncRNA,进一步用多因素Cox回归,筛选出5个与生存预后最显著相关的LncRNA,并构建肝细胞癌预后模型,其受试者工作特征曲线的曲线下面积表明该模型对肝细胞癌的三年和五年生存率的评估有很好地准确性,可能是肝细胞癌发生发展中的关键基因,为后期临床及动物实验提供研究方向和依据。结论研究确定了肝细胞癌中与生存预后显著相关的5个LncRNA,包括B3GALT5-AS,KC877982.1,MIR7-3JG,PGM5P3-AS1和TBX5-AS1(P<0.01)。其表达特征与患者的存活风险具有较高的关联性,联合检测这5个LncRNA能较准确地预测肝细胞癌患者的三年和五年生存率。展开更多
基金Project supported by the Zhejiang Provincial Natural Science Foundation of China(No.LY18C050006)the Key Research and Development Project of Zhejiang Province(No.2020C02039)。
文摘Triple-negative breast cancer(TNBC)is currently the most malignant subtype of breast cancer without effective targeted therapies,which makes its pathogenesis an important target for research.A growing number of studies have shown that non-coding RNA(ncRNA),including microRNA(miRNA)and long non-coding RNA(lncRNA),plays a significant role in tumorigenesis.This review summarizes the roles of miRNA and lncRNA in the progression,diagnosis,and neoadjuvant chemotherapy of TNBC.Aberrantly expressed miRNA and lncRNA are listed according to their roles.Further,it describes the multiple mechanisms that lncRNA shows for regulating gene expression in the nucleus and cytoplasm,and more importantly,describes lnc RNA-regulated TNBC progression through complete combining with miRNA at the post-transcriptional level.Focusing on miRNA and lncRNA associated with TNBC can provide new insights for early diagnosis and treatment—they can be targeted in the future as a novel anticancer target of TNBC.
文摘目的:筛选长链非编码RNA(lncRNA)在类风湿性关节炎患者PBMCs和正常人PBMCs中差异表达,分析lncRNA在RA发病中的可能作用。方法:选取2014年湖北民族学院附属民大医院风湿免疫科就诊的12例RA患者和11例正常对照组。利用Agilent human lncRNA芯片检测3例RA患者PBMCs和3例正常人PBMCs中lncRNA和mRNA表达,GO及Pathway分析差异表达的lncRNA功能分布,构建lncRNA-mRNA的共表达网络,并在此基础上通过Cis-和Trans-预测可能与RA相关lncRNA。结果:RA患者中差异表达的lncRNA共有1 615条,差异表达的mRNA共有878条,GO分析发现差异表达的mRNA主要参与金属离子结合、蛋白激酶结合、转录调节及核苷酸结合等。Pathway分析发现差异表达的mRNA主要参与TNF信号通路、B细胞受体信号通路、前列腺癌、系统性红斑狼疮、子宫内膜癌等。经Cis-和Trans-预测发现,REL、SMAD3和ETS1可能与RA的发生密切相关,因此考虑与之相关的lncRNA:NONHSAG027875、FR378506和NONHSAT031501也可能参与了RA的发生。结论:RA患者外周血中差异表达的lncRNA可能与RA的发生和发展密切相关,未来可能成为RA潜在治疗靶点。
文摘目的通过癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库,利用生物信息学方法构建与肝细胞癌患者生存预后相关的长链非编码RNA (LncRNA)筛选模型,建立肝细胞癌诊断和预后相关的LncRNA,为研究肝细胞癌的发生发展及预后提供新的研究思路,有望成为新的治疗靶点。方法从癌症基因图谱(TCGA)数据库中下载424例肝细胞癌患者的RNA表达谱数据和相应的临床资料,其中包括374例肿瘤组织和50例正常对照。通过R语言的edgeR包,获取在正常组织和肝细胞癌组织中差异表达的LncRNA,并使用单因素Cox回归分析筛选出与预后相关的LncRNA。用lasso回归和多因素回归分析建立与肝细胞癌预后相关LncRNA模型,绘制受试者工作特征曲线,验证其模型的可靠性。结果在TCGA数据库中用单因素生存分析筛选出899个与生存预后相关的LncRNA,进一步用多因素Cox回归,筛选出5个与生存预后最显著相关的LncRNA,并构建肝细胞癌预后模型,其受试者工作特征曲线的曲线下面积表明该模型对肝细胞癌的三年和五年生存率的评估有很好地准确性,可能是肝细胞癌发生发展中的关键基因,为后期临床及动物实验提供研究方向和依据。结论研究确定了肝细胞癌中与生存预后显著相关的5个LncRNA,包括B3GALT5-AS,KC877982.1,MIR7-3JG,PGM5P3-AS1和TBX5-AS1(P<0.01)。其表达特征与患者的存活风险具有较高的关联性,联合检测这5个LncRNA能较准确地预测肝细胞癌患者的三年和五年生存率。
