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核酸碱基间氢键距离和作用能的快速预测 被引量:3
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作者 王长生 黄翠英 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2016年第3期368-372,共5页
氢键对蛋白质、核酸以及DNA-蛋白质复合物的结构和功能有着重要影响,快速准确预测氢键复合物的结构及作用能十分重要,因此,提出了一种可快速准确预测N—H…O=C、C—H…O=C和O—H…O型氢键复合物作用能的可极化偶极-偶极作用模型.对此模... 氢键对蛋白质、核酸以及DNA-蛋白质复合物的结构和功能有着重要影响,快速准确预测氢键复合物的结构及作用能十分重要,因此,提出了一种可快速准确预测N—H…O=C、C—H…O=C和O—H…O型氢键复合物作用能的可极化偶极-偶极作用模型.对此模型进行进一步发展,使之包含孤电子偶极的处理并将其推广到一系列不仅包含N—H…O=C、C—H…O=C型氢键,而且包含N—H…N型氢键的核酸碱基氢键复合物中,对这些复合物的平衡氢键距离和相互作用能进行了快速预测.结果表明:可极化模型的预测结果很好地重复了高水平从头算结果,但却更加快捷、省时,展示了可极化偶极-偶极作用模型的广阔应用前景. 展开更多
关键词 作用 孤电子 碱基对 作用能
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应用可极化偶极-偶极作用模型快速计算分子间非键作用强度
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作者 王长生 李晓蕾 高希婵 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2017年第4期479-483,共5页
非键作用广泛存在于生物体系中,对生物分子的结构和性能有重要影响,快速准确预测这些非键作用强度具有重要科学意义.为了实现快速计算分子间非键作用强度,提出了可极化偶极-偶极作用模型.为了进一步测试可极化偶极-偶极作用模型的适用范... 非键作用广泛存在于生物体系中,对生物分子的结构和性能有重要影响,快速准确预测这些非键作用强度具有重要科学意义.为了实现快速计算分子间非键作用强度,提出了可极化偶极-偶极作用模型.为了进一步测试可极化偶极-偶极作用模型的适用范围,将该模型应用于更多的含有有机和生物小分子的非键复合物体系.计算结果表明:可极化偶极-偶极作用模型的预测结果很好地重复了高精度从头计算计算结果,其预测能量时的计算精度至少与M06-2X和M06-2X-D3方法计算精度相当,优于AMBER99和AMOEBA方法.说明可极化偶极-偶极作用模型可望在生物分子体系的分子模拟领域得到应用. 展开更多
关键词 -作用 化作用 作用 分子模拟
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可快速计算水团簇三体作用强度的新方法 被引量:1
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作者 李晓蕾 王长生 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2019年第5期950-958,共9页
将水分子视为由2个O—H键偶极构成,再将水分子间的三体作用视为长程诱导作用和短程校正之和,使用Thole模型计算长程诱导作用,通过同时考虑不同水分子间的置换和同一个水分子中2个键偶极间的置换计算短程校正,从而提出了一个可快速计算... 将水分子视为由2个O—H键偶极构成,再将水分子间的三体作用视为长程诱导作用和短程校正之和,使用Thole模型计算长程诱导作用,通过同时考虑不同水分子间的置换和同一个水分子中2个键偶极间的置换计算短程校正,从而提出了一个可快速计算水团簇三体作用强度的新方法.根据已报道的12347个水三聚体的结构和CCSD(T)三体作用能,确定了该方法所需参数.将该方法和所确定的参数应用于67个水团簇体系,计算这些体系的三体作用能,并与CCSD(T),MP2,M06-2X方法的计算结果进行比较.结果表明,相对于CCSD(T)方法的总三体作用能,本文方法的均方根偏差(RMSD)仅为3. 32 k J/mol,平均相对偏差(MRD)仅为2. 43%;对较大水团簇体系,该方法计算精度稍优于MP2方法,明显优于M06-2X方法,并且更快捷高效. 展开更多
关键词 水团簇 三体作用
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卤素阴离子和取代苯间Anion-π作用强度的快速计算(英文)
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作者 王晓雯 李蕾 王长生 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第4期755-762,共8页
本文提出了一种可快速计算Anion-π作用强度的方法。该方法包含静电、极化和范德华作用。我们将取代苯的C≡N、C―F和C―H化学键作为键偶极,通过阴离子和取代苯的键偶极间相互作用来计算静电作用,根据键偶极大小随着环境变化而改变来计... 本文提出了一种可快速计算Anion-π作用强度的方法。该方法包含静电、极化和范德华作用。我们将取代苯的C≡N、C―F和C―H化学键作为键偶极,通过阴离子和取代苯的键偶极间相互作用来计算静电作用,根据键偶极大小随着环境变化而改变来计算极化作用。文中所需参数由模拟CCSD(T)/CBS势能曲线而确定。将本文方法应用于一系列卤素阴离子和取代苯间的Anion-π相互作用的快速计算,并与CCSD(T)/CBS方法的计算结果进行了比较。计算结果表明,本文方法得到的势能曲线与CCSD(T)/CBS势能曲线符合很好;与CCSD(T)/CBS方法的计算结果比较,本文方法预测平衡分子间距离均方根偏差为0.004 nm,相互作用能均方根偏差为2.81 k J?mol^(-1),说明本文方法合理可靠。本文方法可望在相关分子材料设计模拟领域发挥作用。 展开更多
关键词 Anion-π作用 静电作用 化作用 相互作用能
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