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基于RAST的离子束重组菌DOB981的代谢网络研究
被引量：
1
1
作者
陈丹丹
毛培宏
蔡长龙
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第10期4217-4222,共6页
为进一步深入理解低能离子注入对DOB的生理代谢产生的生物学意义,本研究基于DOB全基因组De novo测序数据,应用生物信息学方法对离子束重组菌DOB981及其原始菌株进行基因组结构和功能注释,构建基因尺度的代谢网络,并用Cytoscape对其进行...
为进一步深入理解低能离子注入对DOB的生理代谢产生的生物学意义,本研究基于DOB全基因组De novo测序数据,应用生物信息学方法对离子束重组菌DOB981及其原始菌株进行基因组结构和功能注释,构建基因尺度的代谢网络,并用Cytoscape对其进行可视化分析。研究表明,离子束重组菌株DOB981的基因组大小比原始菌株减少了223 268 bp,ORF减少了204个,功能基因减少了136个,生化反应的数量减少了10个,而生物反应的反应底物比原始菌株增加了3个;离子束重组菌株DOB981独有19个生化反应,比原始菌株减少了10个。Cytoscape可视化分析表明,离子束重组菌DOB981代谢网络中包含1 604个节点和3 733条连线,虽然比原始菌株减少了1个节点,但连线却增加了68条。基因尺度代谢网络拓扑属性分析表明,离子束重组菌DOB981与原始菌株的代谢网络均为无标度网络,具有小世界网络(SWN)特性,但重组菌DOB981的代谢网络的特征路径长度大于原始菌株,其总体结构相对松散,且密度低。本研究不仅对DOB的环境适应性机制的研究具有重要意义,也为DOB基因组代谢网络模拟构建提供了理论基础。
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关键词
RAST
重组
dob
基因组
代谢网络
拓扑结构
原文传递
离子束重组菌DOB073的比较基因组学研究
被引量：
4
2
作者
范伟伟
毛培宏
蔡长龙
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第9期3775-3782,共8页
为了深入认识低能离子注入驱动DOB基因组的突变机制,我们利用生物信息学方法,对离子束重组菌株DOB073进行了比较基因组学研究。结果表明,该菌株的基因组比原始菌株增加了12 883 bp,基因数目也比原始菌株增加了28个,但也缺失了原始菌株...
为了深入认识低能离子注入驱动DOB基因组的突变机制,我们利用生物信息学方法,对离子束重组菌株DOB073进行了比较基因组学研究。结果表明,该菌株的基因组比原始菌株增加了12 883 bp,基因数目也比原始菌株增加了28个,但也缺失了原始菌株基因组中的13个基因。差异基因分析及其功能注释表明,离子束重组菌株DOB073基因组中新基因的功能主要与能量代谢、环境适应和DNA损伤修复相关,新基因主要分布于基因组的前部和后部;离子束重组菌株DOB073基因组中缺失的基因的功能主要与染色体分离蛋白和氯化物通道家族蛋白相关,主要分布于基因组的中部。基因组系统发育与进化的分析表明,离子束重组菌株DOB073与原始菌株亲缘关系最近。差异基因的COG功能富集分析表明,离子束重组菌DOB073独有的基因功能明显富集于蛋白质翻译、核糖体结构和发育、细胞壁/细胞膜/胞外层发育、防护机制,而碳水化合物转运与代谢则明显存在于原始菌株的独有基因中。本研究为低能离子注入驱动微生物的全基因组突变与重组提供了一定的分子证据,也为低能离子注入驱动新基因的从头起源研究提供了一定的理论和实践依据。
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关键词
离子束
重组
dob
基因组
新基因
注释
功能
原文传递
题名
基于RAST的离子束重组菌DOB981的代谢网络研究
被引量：
1
1
作者
陈丹丹
毛培宏
蔡长龙
机构
新疆大学
西安工业大学
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第10期4217-4222,共6页
基金
国家自然科学基金(No.11575149
No.11275164)
陕西省社会发展科技攻关项目(2016SF-450)共同资助
文摘
为进一步深入理解低能离子注入对DOB的生理代谢产生的生物学意义,本研究基于DOB全基因组De novo测序数据,应用生物信息学方法对离子束重组菌DOB981及其原始菌株进行基因组结构和功能注释,构建基因尺度的代谢网络,并用Cytoscape对其进行可视化分析。研究表明,离子束重组菌株DOB981的基因组大小比原始菌株减少了223 268 bp,ORF减少了204个,功能基因减少了136个,生化反应的数量减少了10个,而生物反应的反应底物比原始菌株增加了3个;离子束重组菌株DOB981独有19个生化反应,比原始菌株减少了10个。Cytoscape可视化分析表明,离子束重组菌DOB981代谢网络中包含1 604个节点和3 733条连线,虽然比原始菌株减少了1个节点,但连线却增加了68条。基因尺度代谢网络拓扑属性分析表明,离子束重组菌DOB981与原始菌株的代谢网络均为无标度网络,具有小世界网络(SWN)特性,但重组菌DOB981的代谢网络的特征路径长度大于原始菌株,其总体结构相对松散,且密度低。本研究不仅对DOB的环境适应性机制的研究具有重要意义,也为DOB基因组代谢网络模拟构建提供了理论基础。
关键词
RAST
重组
dob
基因组
代谢网络
拓扑结构
Keywords
Rast, Recombinant
dob
, Genome, Metabolic network, Topological structure
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
离子束重组菌DOB073的比较基因组学研究
被引量：
4
2
作者
范伟伟
毛培宏
蔡长龙
机构
新疆大学物理科学与技术学院离子束生物技术中心
西安工业大学离子束生物工程与生物多样性研究中心
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第9期3775-3782,共8页
基金
国家自然科学基金(No.11575149
No.11275164)
陕西省社会发展科技攻关项目(2016SF-450)共同资助
文摘
为了深入认识低能离子注入驱动DOB基因组的突变机制,我们利用生物信息学方法,对离子束重组菌株DOB073进行了比较基因组学研究。结果表明,该菌株的基因组比原始菌株增加了12 883 bp,基因数目也比原始菌株增加了28个,但也缺失了原始菌株基因组中的13个基因。差异基因分析及其功能注释表明,离子束重组菌株DOB073基因组中新基因的功能主要与能量代谢、环境适应和DNA损伤修复相关,新基因主要分布于基因组的前部和后部;离子束重组菌株DOB073基因组中缺失的基因的功能主要与染色体分离蛋白和氯化物通道家族蛋白相关,主要分布于基因组的中部。基因组系统发育与进化的分析表明,离子束重组菌株DOB073与原始菌株亲缘关系最近。差异基因的COG功能富集分析表明,离子束重组菌DOB073独有的基因功能明显富集于蛋白质翻译、核糖体结构和发育、细胞壁/细胞膜/胞外层发育、防护机制,而碳水化合物转运与代谢则明显存在于原始菌株的独有基因中。本研究为低能离子注入驱动微生物的全基因组突变与重组提供了一定的分子证据,也为低能离子注入驱动新基因的从头起源研究提供了一定的理论和实践依据。
关键词
离子束
重组
dob
基因组
新基因
注释
功能
Keywords
Ion-beam-recombinant
dob
Genome
Novel gene
Annotation
Function
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于RAST的离子束重组菌DOB981的代谢网络研究
陈丹丹
毛培宏
蔡长龙
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017
1
原文传递
2
离子束重组菌DOB073的比较基因组学研究
范伟伟
毛培宏
蔡长龙
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017
4
原文传递
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