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Application of the CRISPR-Cas System for Efficient Genome Engineering in Plants 被引量:133
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作者 Mao, Yanfei Zhang, Hui +3 位作者 Xu, Nanfei Zhang, Botao Gou, Feng Zhu, Jian-Kang 《Molecular Plant》 SCIE CAS CSCD 2013年第6期2008-2011,共4页
Dear Editor, Recently, engineered endonucleases, such as Zinc-Finger Nucleases (ZFNs) (Carroll, 2011), Transcription Activator-Like Effector Nucleases (TALENs) (Mahfouz et al., 2011; Li et al., 2012), and Clu... Dear Editor, Recently, engineered endonucleases, such as Zinc-Finger Nucleases (ZFNs) (Carroll, 2011), Transcription Activator-Like Effector Nucleases (TALENs) (Mahfouz et al., 2011; Li et al., 2012), and Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-associated (Cas) systems (Cong et al., 2013) have been successfully used for gene editing in a variety of species. These systems generate double-strand breaks (DSBs) at target loci to drive site-specific DNA sequence modifica- tions. The modifications include sequence insertion and deletion and other mutations in the host genomes via the error-prone non-homologous end joining (NHEJ) pathway or sequence correction or replacement through the error-free homologous recombination (HR) pathway (Symington and Gautier, 2011). Here, we show that the CRISPR-Cas system can be applied to generate targeted gene mutations and gene corrections in plants, and the system can also be readily engi- neered to achieve deletion of large DNA fragments and for multiplex gene editing in plants. 展开更多
关键词 CAS系统 基因组工程 植物基因 应用 DNA双链断裂 重复序列 同源重组 核酸内切酶
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中药植物虎杖根的高通量转录组测序及转录组特性分析 被引量:50
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作者 郝大程 马培 +6 位作者 穆军 陈士林 肖培根 彭勇 霍利 许利嘉 孙超 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2012年第5期398-412,431-433,共15页
中药植物虎杖已有上千年的应用历史,从虎杖根部已提取出多种药用活性成分.但目前尚不清楚虎杖次级代谢过程中这些活性物质合成的遗传基础.采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得虎杖根转录组的25600002条短读序(2.3Gb),用生物信息学方... 中药植物虎杖已有上千年的应用历史,从虎杖根部已提取出多种药用活性成分.但目前尚不清楚虎杖次级代谢过程中这些活性物质合成的遗传基础.采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得虎杖根转录组的25600002条短读序(2.3Gb),用生物信息学方法从头组装并注释了86418个Unigene(单基因簇).研究发现,虎杖根部表达的12,18,60和54个Unigene分属于甲羟戊酸(MVA)、2-甲基-D-赤藓糖醇4-磷酸(MEP)、莽草酸和白藜芦醇生物合成路径,它们可能参与药用活性物质蒽醌类和白藜芦醇的生物合成.实验发现,18个尿苷二磷酸-葡萄糖基转移酶Unigene可能与糖苷类次级代谢物生物合成有关.识别次级代谢物生物合成相关基因可为未来通过基因工程操纵提高有用成分的含量奠定基础.本研究基于19种非模式植物的高通量转录组数据识别出1127个共有的直系同源基因,将用于植物功能、系统发育和进化等研究. 展开更多
关键词 虎杖 转录组 高通量测序 次级代谢 重复序列 直系同源基因
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从棉花ESTs数据库中筛选微卫星标记的初步研究 被引量:22
3
作者 李华盛 范术丽 沈法富 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2005年第4期211-216,共6页
利用生物信息学方法在含有94709条棉花EST序列的数据库中进行微卫星标记筛选,共发现微卫星序列4396个,占整个EST数据库的4.64%。其中双碱基重复序列1282个、三碱基序列2411个,分别占在EST数据库中发现微卫星序列总数的29.27%和54.8%。... 利用生物信息学方法在含有94709条棉花EST序列的数据库中进行微卫星标记筛选,共发现微卫星序列4396个,占整个EST数据库的4.64%。其中双碱基重复序列1282个、三碱基序列2411个,分别占在EST数据库中发现微卫星序列总数的29.27%和54.8%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物25对,其中24对引物有扩增产物,17对产物条带比较清晰,对这些条带比较清晰的产物作了一系列的分析。 展开更多
关键词 微卫星标记 ESTS 棉花 EST数据库 微卫星序列 EST序列 生物信息学 标记筛选 重复序列 碱基序列 序列设计 扩增产物 引物 清晰 条带
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基因确诊的肯尼迪病两例临床与分子生物学特点 被引量:34
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作者 鲁明 樊东升 +7 位作者 李小英 梁国威 李英 张华纲 康德瑄 张俊 张捷 王晶 《中华神经科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期232-236,共5页
目的确诊2例肯尼迪病患者,并对其临床和分子生物学特点进行报道。方法总结2例临床拟诊肯尼迪病患者的临床资料,对其雄激素受体基因第1外显子进行分子生物学检测,并分析其临床表型特征。结果 2例患者均表现为以肢体近端和延髓受累为主的... 目的确诊2例肯尼迪病患者,并对其临床和分子生物学特点进行报道。方法总结2例临床拟诊肯尼迪病患者的临床资料,对其雄激素受体基因第1外显子进行分子生物学检测,并分析其临床表型特征。结果 2例患者均表现为以肢体近端和延髓受累为主的下运动神经元损害,其中,例1合并少精子症。二者血清肌酸激酶水平均明显增高,并存在明显的脂质代谢异常。基因检测结果显示,例1的雄激素受体基因第1外显子中 CAG 重复序列数为52个,例2的 CAG 重复序列数为48个,证明2例均为基因检测确诊的肯尼迪病患者。结论肯尼迪病的临床特点是进展缓慢的以肢体近端和延髓部受累为主的下运动神经元综合征,伴有内分泌或代谢异常。我们重复了肯尼迪病的实验室检测方法,肯尼迪病的确诊需依靠基因检测。 展开更多
关键词 肌萎缩 脊髓性 受体 雄激素 重复序列 核酸
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重复的诗学——评《许三观卖血记》 被引量:28
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作者 余弦 《当代作家评论》 CSSCI 北大核心 1996年第4期12-15,共4页
在阅读《许三观卖血记》的过程中,我屡屡想到余华另一部长篇《活着》。《活着》以连续性的死亡事件为结构,叙述了主人公福贵的大半生。先是父亲摔死在粪缸,接着母亲病死,后来儿子有庆死于献血,女儿凤霞难产致死,妻子家珍病死,女婿二喜... 在阅读《许三观卖血记》的过程中,我屡屡想到余华另一部长篇《活着》。《活着》以连续性的死亡事件为结构,叙述了主人公福贵的大半生。先是父亲摔死在粪缸,接着母亲病死,后来儿子有庆死于献血,女儿凤霞难产致死,妻子家珍病死,女婿二喜死于意外事故,最后孙子苦根因吃豆子撑死。小说从福贵亲人的连续死亡中获得叙事的动力,推动着主人公走向孤身一人的结局。故事的发展意味着福贵不断失去亲人。 《许三观卖血记》讲的是一个不同的故事:许三观为生活所迫,不断以卖血来为生。不过,“主人公不断丧失某种有价值的东西”——作为小说叙事的深层结构,与《活着》完全相同。从福贵身边死去的亲人置换成许三观的鲜血,不断从他的身体中流失,完成相同的语义内容:丧失。 展开更多
关键词 《许三观卖血记》 《活着》 先锋小说 诗学 主题 小说叙事 《现实一种》 主人公 重复序列 死亡事件
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微卫星(TATG)_n基序在香菇菌种中的验证 被引量:18
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作者 秦莲花 张红 +2 位作者 陈明杰 谭琦 潘迎捷 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期474-478,共5页
以 (TATG) 4重复序列为引物对香菇属的 3个种 1 3个菌株的微卫星区DNA进行PCR扩增 ,1 5 %的琼脂糖凝胶电泳 ,获得了 2 5个条带 ,并且在供试菌株上表现出多态性 ,可以实现遗传分类研究。为了验证微卫星分子标记实验准确性 ,又用RAPD技术... 以 (TATG) 4重复序列为引物对香菇属的 3个种 1 3个菌株的微卫星区DNA进行PCR扩增 ,1 5 %的琼脂糖凝胶电泳 ,获得了 2 5个条带 ,并且在供试菌株上表现出多态性 ,可以实现遗传分类研究。为了验证微卫星分子标记实验准确性 ,又用RAPD技术对 1 3个供试菌株进行了实验。 7个引物在 1 3个菌株上共获得了 1 0 2条多态性条带。通过聚类分析 ,RAPD获得的分类结果与微卫星分子标记获得的结果一致。此外 ,为了证明微卫星分子标记获得的条带不是假阳性 ,在实验中回收了No .1 0菌株的PCR扩增产物 ,进行克隆测序。测序结果显示有 (TATG) n 基序存在 ,并且达到了微卫星基序重复数量的最低限度。通过本实验可知 ,香菇中是存在微卫星 (TATG) n 基序的 。 展开更多
关键词 微卫星 重复序列 香菇属 菌株 RAPD验证
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人类基因组STR及其应用 被引量:17
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作者 蔡善荣 刘希永 +1 位作者 郑树 李鲁 《国外医学(遗传学分册)》 2000年第2期60-63,共4页
高度重复DNA序列中的简单串联重复序列 (STR)越来越受到生命科学工作者的重视 ,本文简述了目前已知STR的位点分布状况 ,STR的可能产生机制和其功能以及STR在基因作图、人类学、医学等领域的应用状况 ,比较了STR和RFLP、SNP作为遗传位标... 高度重复DNA序列中的简单串联重复序列 (STR)越来越受到生命科学工作者的重视 ,本文简述了目前已知STR的位点分布状况 ,STR的可能产生机制和其功能以及STR在基因作图、人类学、医学等领域的应用状况 ,比较了STR和RFLP、SNP作为遗传位标的优缺点 ,认为STR有较广阔的应用前景。 展开更多
关键词 重复序列 STR 遗传位标 基因定位
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呼吸道感染病原学诊断年度进展2021 被引量:22
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作者 邹晓辉 曹彬 《中华结核和呼吸杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期78-82,共5页
呼吸道感染是人群的常见和高发疾病,严重时可发展为ARDS。各类病原微生物如细菌、真菌、病毒,均可引起呼吸道感染,快速准确的病原检测是实现呼吸道感染疾病有效诊治的关键,但超过50%的患者未能诊断出明确的致病微生物。近年来,以临床宏... 呼吸道感染是人群的常见和高发疾病,严重时可发展为ARDS。各类病原微生物如细菌、真菌、病毒,均可引起呼吸道感染,快速准确的病原检测是实现呼吸道感染疾病有效诊治的关键,但超过50%的患者未能诊断出明确的致病微生物。近年来,以临床宏基因组学、CRISPR(成簇规律间隔的短回文重复序列)为代表的新型检测技术在病原诊断领域取得了迅速发展,在提高病原检出率的同时,也带来了新的挑战。本文综述了过去1年来呼吸道感染病原诊断领域的进展和成果,为呼吸道感染的病原诊断提供临床视角的思考。 展开更多
关键词 呼吸道感染 病原诊断 病原学诊断 病原微生物 病原检测 宏基因组学 重复序列 致病微生物
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黄芩叶绿体基因组重复序列及密码子偏好性分析 被引量:23
9
作者 王文斌 于欢 邱相坡 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期2445-2452,共8页
本研究应用REPuter、MISA和Codon W软件对黄芩叶绿体全基因组进行重复序列及密码子偏好性分析,统计了重复序列的数量及分布情况并计算了RSCU、氨基酸使用频率、ENC、GC3s以及GC总含量等一系列数值,确定了最优密码子。结果显示,黄芩叶绿... 本研究应用REPuter、MISA和Codon W软件对黄芩叶绿体全基因组进行重复序列及密码子偏好性分析,统计了重复序列的数量及分布情况并计算了RSCU、氨基酸使用频率、ENC、GC3s以及GC总含量等一系列数值,确定了最优密码子。结果显示,黄芩叶绿体基因组重复序列多以正向重复(F)和回文重复(P)为主,且大多分布于LSC区;还检测到43个SSR大多分布于基因间隔区(IGS),单碱基重复序列最多占65.12%;由RSCU值及GC含量分析确定以UCU、UCA、AGU等31个密码子为最优密码子,几乎均以A/T结尾,使用频率最高的氨基酸是亮氨酸,最低的是半胱氨酸,ENC值为50.52,表明密码子偏好性较弱。研究结果为黄芩的分子标记的筛选提供了基础信息,并在其分子改造和遗传转化方面具有重要指导意义。 展开更多
关键词 黄芩 叶绿体基因组 重复序列 SSR 密码子偏好性
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重复序列ERIC(IRU)研究进展 被引量:18
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作者 林朝洪 倪学勤 +1 位作者 曾东 周小秋 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期370-373,共4页
重复序列几乎存在于所有生物的基因组中。"肠道细菌基因间重复序列"(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus,ERIC)是主要存在于肠道细菌的一类基因间重复序列,也称为"基因间重复单位"(Intergenic Repeti... 重复序列几乎存在于所有生物的基因组中。"肠道细菌基因间重复序列"(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus,ERIC)是主要存在于肠道细菌的一类基因间重复序列,也称为"基因间重复单位"(Intergenic Repetitive Unit,IRU)。ERIC(IRU)首先在大肠杆菌(Escherichia coli)中发现,后来又在多种其他细菌中发现。ERIC(IRU)长127bp,有的还有插入序列。绝大多数ERIC(IRU)都可以转录,mRNA形成茎环结构。ERIC(IRU)局限于基因组可转录区,即多顺反子操纵子基因间区域,或开放阅读框架上、下游非翻译区。ERIC(IRU)很可能调节侧翼基因(flanking gene)的表达。ERIC(IRU)高度保守,可能其变异受到自然选择压力的限制或它本身就可能是"自私的DNA"(selfish DNA)。Versalovic等建立起ERIC-PCR,它可以有效地同时平行分析不同生态系统的结构差异以及动态监测同一生态系统微生物群落结构的变化。近年来这一技术逐渐运用到对动物肠道菌群的研究上。 展开更多
关键词 重复序列 ERIC(IRU) ERIC-PCR 动物肠道菌群
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基因组中重复序列的意义 被引量:19
11
作者 艾对元 《生命的化学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期343-345,共3页
从原核生物到真核生物,其基因组中的重复序列呈递增趋势。重复序列的作用也被各种实验所揭示。各种重复序列的类型与它在染色体上的分布密切相关。重复序列不是垃圾,而是影响着生命的进化、遗传、变异;同时它对基因表达、转录调控、染... 从原核生物到真核生物,其基因组中的重复序列呈递增趋势。重复序列的作用也被各种实验所揭示。各种重复序列的类型与它在染色体上的分布密切相关。重复序列不是垃圾,而是影响着生命的进化、遗传、变异;同时它对基因表达、转录调控、染色体的构建以及生理代谢都起着不可或缺的作用。它们的功能及演化也正在被逐步阐明。 展开更多
关键词 重复序列 基因组 基因调控网络
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菜粉蝶线粒体基因组的全序列测定和分析 被引量:20
12
作者 毛增辉 郝家胜 +3 位作者 朱国萍 胡静 司曼曼 朱朝东 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1295-1304,共10页
目前关于蝶类线粒体基因组全序列及其分子进化的研究还不多见。本研究通过长PCR和引物步移法对菜粉蝶Pieris rapae Linnaeus线粒体基因组全序列进行了测定和初步分析。结果表明:菜粉蝶线粒体基因组全长15157bp,包含13个蛋白编码基因、22... 目前关于蝶类线粒体基因组全序列及其分子进化的研究还不多见。本研究通过长PCR和引物步移法对菜粉蝶Pieris rapae Linnaeus线粒体基因组全序列进行了测定和初步分析。结果表明:菜粉蝶线粒体基因组全长15157bp,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA和2个rRNA基因以及1个非编码的控制区域,它们的长度分别是11196bp,1474bp,2093bp和393bp。37个基因的位置与已报道的其他蝶类基本一致,共有10对基因间存在总共59bp的重叠,重叠碱基数在1~35bp之间;基因间隔序列共计13处120bp,间隔长度1~46bp不等,最大的基因间隔46bp,位于tRNAIle和tRNAGln基因之间。另外,基于13个蛋白质编码基因的氨基酸序列,重建了基于蛋白质编码基因序列数据的11种代表性蝶类的NJ和MP系统树。结果表明:凤蝶类(包括凤蝶和绢蝶)为一大支系,粉蝶类、灰蝶类与蛱蝶类(包括蛱蝶、珍蝶)构成另一大支系。结果不支持粉蝶科与凤蝶科(包括凤蝶类和绢蝶类)构成单系群,却显示粉蝶科、灰蝶科和蛱蝶科的组合为单系群。 展开更多
关键词 鳞翅目 粉蝶科 菜粉蝶 线粒体基因组 RNA二级结构 重复序列
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亨廷顿病的诊断与治疗指南 被引量:20
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《中华神经科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期638-641,共4页
亨廷顿病(Huntington’s disease,HD)是一种常染色体显性遗传的神经退行性疾病,由位于4号染色体4p16.3区域的IT.15基因内CAG三核苷酸重复序列异常扩增所致。典型症状包括舞蹈样症状、认知和精神障碍。本病见于各种族人群,其中以... 亨廷顿病(Huntington’s disease,HD)是一种常染色体显性遗传的神经退行性疾病,由位于4号染色体4p16.3区域的IT.15基因内CAG三核苷酸重复序列异常扩增所致。典型症状包括舞蹈样症状、认知和精神障碍。本病见于各种族人群,其中以白种人最多见,其患病率为(5~7)/10万,而亚洲人患病率较低,在日本约为0.5/10万。 展开更多
关键词 亨廷顿病 治疗指南 常染色体显性遗传 神经退行性疾病 诊断 典型症状 4号染色体 重复序列
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小麦条锈菌一个中度重复DNA序列家族的鉴定 被引量:4
14
作者 陈受宜 张耕耘 +2 位作者 单卫星 李振岐 吴立人 《中国科学(C辑)》 CSCD 1997年第3期241-246,共6页
以pBluescriptⅡKS为载体建立了小麦条锈菌的基因组文库.从中选出4个互不同源的中度重复序列,命名为PSR(Puccinia striiformis repeat)序列.Southern分析表明这4个PSR序列(289,305,331和389)表现高度的条锈菌基因组特异性.对我国小麦条... 以pBluescriptⅡKS为载体建立了小麦条锈菌的基因组文库.从中选出4个互不同源的中度重复序列,命名为PSR(Puccinia striiformis repeat)序列.Southern分析表明这4个PSR序列(289,305,331和389)表现高度的条锈菌基因组特异性.对我国小麦条锈菌模式菌系的DNA指纹分析表明,PSR序列可检测到病菌小种间及小种内的遗传变异及29号小种模式菌系及其紫外诱变菌系间的DNA多态性.说明,PSR序列可用以检测条锈菌群体内丰富的多态性,具有获得条锈菌菌系(克隆)特异的指纹图谱的潜力,对小麦条锈菌群体生物学和流行学的研究具有重要意义. 展开更多
关键词 真菌 小麦条锈菌 DNA 重复序列 鉴定
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毛竹基因组大小和序列构成的比较分析 被引量:14
15
作者 桂毅杰 王晟 +7 位作者 全丽艳 周昌平 龙士豹 郑华军 金亮 张宪银 马乃训 樊龙江 《中国科学(C辑)》 CSCD 北大核心 2007年第4期488-492,共5页
毛竹(P.ubescens)是世界重要的竹类植物之一,是中国分布范围最广、种植面积最大(占全国竹林总面积的2/3以上)、经济价值最高的竹种.毛竹属于禾本科,为四倍体(4x=48),是该科中特殊的草本植物.禾本科中多个基因组已被或正在被测序,但竹类... 毛竹(P.ubescens)是世界重要的竹类植物之一,是中国分布范围最广、种植面积最大(占全国竹林总面积的2/3以上)、经济价值最高的竹种.毛竹属于禾本科,为四倍体(4x=48),是该科中特殊的草本植物.禾本科中多个基因组已被或正在被测序,但竹类植物基因组研究还未见报道.本研究以被测序的玉米(B73)和水稻(日本晴)基因组作为内参,利用流式细胞仪(FCM)获得大小约为2034Mb毛竹基因组,其与玉米基因组大小相仿,远大于水稻基因组.为了明确毛竹基因组是否与玉米基因组一样由大量重复序列组成,进行了毛竹基因组随机测序,获得近1000条基因组调查序列(GSS).序列分析表明,毛竹基因组的重复序列组成比例23.3%,明显低于玉米(65.7%);其重复序列主要由Ty1/Copia和Gypsy/DIRS12类LTR逆转座子(14.7%)构成,DNA转座子和其他重复序列比例均较低.但由于测序数量等原因,该结果还有待今后更大规模的基因组测序分析.本研究对毛竹和其他竹种的基因组学研究提供了一些有价值的基础数据,同时该研究是第一次对竹类植物基因组的序列构成进行了初步描述. 展开更多
关键词 毛竹(P.pubescens) 基因组大小 重复序列 基因组调查序列 流式细胞仪
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大赖草总DNA转化小麦的分子证据 被引量:12
16
作者 缪军 赵民安 李维琪 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2000年第7期621-627,共7页
用来自大麦基因组的4个高度重复序列克隆了pHv7161、pHv7179、pHv7191和pHv7293,经地高辛和同位素2种方法标记后作为探针,对新疆大赖草(供体)、春麦761(受体)以及用大赖草总DNA通过花粉管通道转化成功的大穗转化株基因组在高度严... 用来自大麦基因组的4个高度重复序列克隆了pHv7161、pHv7179、pHv7191和pHv7293,经地高辛和同位素2种方法标记后作为探针,对新疆大赖草(供体)、春麦761(受体)以及用大赖草总DNA通过花粉管通道转化成功的大穗转化株基因组在高度严谨条件下进行了分子杂交。结果表明,这4个探针可以探查出基因组内一种具有主串联重复单位的散在重复序列。比较受体、供体和转化株的杂交图谱,发现在转化株中出现了受体没有而供体具有的带。把上述经pHv7179探针探查出的在供体(大赖草)和转化株中共有的HindⅢ片段进行克隆,将大赖草片段克隆命名为pLR980。经与上述4种大麦重复序列杂交证明pLR980包含了4种大麦重复序列的同源序列。用大赖草DNA克隆pLR980对供体大赖草、受体春麦761和转化株大穗小麦的基因组进行了分子杂交,结果表明pLR980在大赖草和小麦的基因组间是同源的,并且再次探查出了供体大赖草与转化株大穗小麦共有而受体没有的带。说明pLR980为大赖草总DNA通过花粉管通道法转化小麦的相关DNA片段。这为总DNA导入提供了直接的分子证据。这个转化片段已经过分离克隆,可用于进一步的研究。 展开更多
关键词 小麦 大赖草 RFLP 总DNA导入 重复序列
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A BAC clone of MDV strain GX0101 with REV-LTR integration retained its pathogenicity 被引量:16
17
作者 SUN AiJun LAWRENCE Petherbridge +3 位作者 ZHAO YuGuang LI YanPeng NAIR Venugopal K CUI ZhiZhong 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2009年第15期2641-2647,共7页
The complete genome of Marek's disease virus (MDV) strain GX0101, which was integrated with the LTR sequences of REV, was cloned in Escherichia coli as a bacterial artificial chromosome (BAC). BAC vector sequences... The complete genome of Marek's disease virus (MDV) strain GX0101, which was integrated with the LTR sequences of REV, was cloned in Escherichia coli as a bacterial artificial chromosome (BAC). BAC vector sequences were introduced into the US2 locus of the MDV genome by homologous recombination. The viral DNA containing the BAC vector was used to transform Escherichia coli strain of DH10B. Then the recombinant virus was successfully rescued by transfection of the recombinant BAC DNA into primary chicken embryo fibroblast (CEF). This BAC viral clone was named bac-GX0101. When the reconstituted virus was inoculated into 1-day-old birds, visceral tumors could be detected as early as 62 d post infection. There was no difference in growth ability and pathogenicity to birds between the BAC derived virus and its parental virus. The BAC derived virus maintained its oncogenicity and immunosuppressive effects. In conclusion, the complete genome of GX0101 strain was successfully cloned into BAC and the infectious clone was rescued. With the powerful BAC manipulation system, the infectious clone will provide a useful tool for further understanding the functional roles of the inserted REV-LTR sequence in the GX0101 strain of MDV. 展开更多
关键词 马立克氏病病毒 BAC克隆 重复序列 致病性 应变 病毒基因组 细菌人工染色体 鸡胚成纤维细胞
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我国小麦条锈菌模式菌系的DNA指纹分析 被引量:9
18
作者 单卫星 陈受宜 +2 位作者 惠东威 吴立人 李振岐 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1996年第15期1427-1430,共4页
分子生物学的迅速发展推动了群体遗传学理论在植物病理学中的应用,由于建立了有效的DNA遗传标记体系,大大推进了对一些重要病原真菌群体遗传特征的认识,如稻瘟菌(Magnaporthe grisea),马铃薯晚疫菌(Phytophthora infestans),大麦白粉菌(... 分子生物学的迅速发展推动了群体遗传学理论在植物病理学中的应用,由于建立了有效的DNA遗传标记体系,大大推进了对一些重要病原真菌群体遗传特征的认识,如稻瘟菌(Magnaporthe grisea),马铃薯晚疫菌(Phytophthora infestans),大麦白粉菌(Erysiphe graminis f.sp.hordei),以及小麦颖枯菌(Septoria tritici)等。阐明病原菌的群体生物学特征是筛选和鉴定抗病资源、合理布局抗病基因以及设计有效的病害防治策略的基础。小麦条锈病是我国小麦最重要的病害之一,全国协作攻关已有四十多年的历史,通过对病菌群体的毒性分析,逐步形成了条锈病的有效的综合防治体系,为稳定小麦生产做出重大贡献。然而,由于传统的毒性分析方法本身缺乏遗传标记,限制了对这一活体营养病菌群体进化和毒性变异机制认识的深入,建立其DNA分子标记体系,可望为深入认识条锈菌的群体生物学和流行学奠定基础。在前期工作中我们在条锈菌基因组中克隆到一个中度重复的DNA序列家族PSR序列,这在锈菌类中尚属首次,本文报道用其中的PSR331序列的亚克隆PSR331S3对我国小麦条锈菌模式菌系进行DNA指纹分析的研究结果。 展开更多
关键词 重复序列 DNA指纹 小麦 条锈菌 遗传标记
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甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征分析 被引量:15
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作者 霍恺森 赵冬兰 +5 位作者 陈艳丽 周志林 王珧 唐君 朱国鹏 曹清河 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期728-735,共8页
马鞍藤(Ipomoea pes-caprae(L.)R. Br.)是甘薯的近缘野生种之一,为热带、亚热带海滩生长的多年生藤蔓植物,作为沿海地区的园林绿化植物之一,具有较强的耐盐性。马鞍藤基因组学的研究可为耐盐甘薯种质创制提供信息参考。本试验调查了马... 马鞍藤(Ipomoea pes-caprae(L.)R. Br.)是甘薯的近缘野生种之一,为热带、亚热带海滩生长的多年生藤蔓植物,作为沿海地区的园林绿化植物之一,具有较强的耐盐性。马鞍藤基因组学的研究可为耐盐甘薯种质创制提供信息参考。本试验调查了马鞍藤基因组大小和特征概况,为后续全基因组精细图谱绘制打下基础。研究以已知基因组大小的三裂叶薯(Ipomoea triloba L.)为对照,运用流式细胞术对马鞍藤基因组大小进行初步预估;使用二代高通量测序技术(Illumina Hiseq2500)对马鞍藤基因组进行survey评估,测序深度30×,利用生物信息学方法估算马鞍藤GC含量(即鸟嘌呤和胞嘧啶所占比例)、杂合率、重复序列等基因组概况。结果表明:流式细胞术估算马鞍藤基因组大小为1012.704±17.37 Mb;经全基因组Survey测定获得马鞍藤有效数据为21.71 Gb,基因组大小经修正后估算为1041.65 Mbp;通过K-mer分布曲线估算马鞍藤基因组中重复序列所占比率为74.52%,杂合率为0.99%;经初步组装后,GC平均深度及含量分布存在异常,出现分层的现象,这可能与马鞍藤基因组杂合率较高有关。本试验首次报导甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征信息,为马鞍藤进一步的全基因组深度测序和甘薯耐盐基因挖掘打下基础。 展开更多
关键词 马鞍藤 流式细胞术 基因组测序 GC含量 杂合度 重复序列
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利用原位杂交及CAPS标记分析芸薹属A、B和C基因组间的关系 被引量:11
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作者 孔芳 蒋金金 +1 位作者 吴磊 王幼平 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期1188-1192,共5页
以来源于Brassica rapa基因组(AA)的重复序列(151bp)为探针,分别同二倍体白菜型油菜(AA,2n=20)、甘蓝(CC,2n=18)和异源四倍体芥菜型油菜(AABB,2n=36)的中期染色体杂交,白菜型油菜和甘蓝的所有染色体上都有杂交信号,芥菜型油菜的染色体... 以来源于Brassica rapa基因组(AA)的重复序列(151bp)为探针,分别同二倍体白菜型油菜(AA,2n=20)、甘蓝(CC,2n=18)和异源四倍体芥菜型油菜(AABB,2n=36)的中期染色体杂交,白菜型油菜和甘蓝的所有染色体上都有杂交信号,芥菜型油菜的染色体上显示出20个明显的信号,其余染色体上信号很弱或无,可以区分出A和B基因组。对来源于油菜3个基本种与3个复合种FAE1基因进行CAPS分析表明,3个基本种表现出不同的酶切式样,用MboI和MspI酶切表现出多态性,基因组A和C非常相似,而基因组B与A、C关系较远,同时3个复合种也并不是2个基本种的简单相加,表明异源四倍体在长期进化过程中可能发生了重排和重组。 展开更多
关键词 芸薹属 荧光原位杂交 重复序列 CAPS标记 亲缘关系
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