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表观遗传学研究方法进展 被引量:7
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作者 郑小国 陈亮 +1 位作者 楼巧君 罗利军 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期63-71,共9页
表观遗传调控是基因表达调控的重要组成部分,已成为当前研究的热点。目前其研究主要集中在DNA甲基化和组蛋白修饰。针对这两种表观修饰,其研究方法也取得了较大进展,一方面方法的灵敏度和特异性都在不断提高;另一方面表观修饰的检测正... 表观遗传调控是基因表达调控的重要组成部分,已成为当前研究的热点。目前其研究主要集中在DNA甲基化和组蛋白修饰。针对这两种表观修饰,其研究方法也取得了较大进展,一方面方法的灵敏度和特异性都在不断提高;另一方面表观修饰的检测正在逐步从定性检测向定量分析方向发展,从个别位点向高通量检测发展。此外,新一代测序技术的应用将大大推动表观遗传研究的发展,包括单分子实时测序法、单分子纳米孔测序法等。综述目前常用的DNA甲基化、组蛋白修饰研究方法以及最新的单分子测序技术,并对它们在表观遗传修饰检测中的应用作了简要对比分析。 展开更多
关键词 表观遗传学 DNA甲基化 组蛋白修饰 限制性内切酶酶切 亚硫酸盐 染色质免疫共沉淀 单分子实时测序 单分子纳米孔测序
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大鼠Ins1基因启动子区域DNA甲基化状态的研究 被引量:3
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作者 王小莉 尹世学 +2 位作者 刘乔 江德巧 李东升 《湖北医药学院学报》 CAS 2012年第2期114-118,92,共6页
目的:研究大鼠Ins1(Insulin 1)基因启动子在各种组织中DNA甲基化的状态及在转化分化过程中甲基化的变化情况,为从表观遗传学方面研究Ins1基因表达调控的机制奠定基础。方法:通过RT-PCR检测大鼠胰岛、大鼠胰岛素瘤细胞(INS-1)及大鼠肝干... 目的:研究大鼠Ins1(Insulin 1)基因启动子在各种组织中DNA甲基化的状态及在转化分化过程中甲基化的变化情况,为从表观遗传学方面研究Ins1基因表达调控的机制奠定基础。方法:通过RT-PCR检测大鼠胰岛、大鼠胰岛素瘤细胞(INS-1)及大鼠肝干细胞(WB)中Ins1基因的表达情况。采用重亚硫酸盐测序法分析这三种细胞位于转录起始位点上游400 bp的Ins1基因启动子区域DNA甲基化的状态,并用焦磷酸测序法分析大鼠肺、脾、皮肤、小肠、脂肪和肝脏组织的甲基化状态及WB细胞转入PDX1慢病毒后甲基化的变化情况。结果:大鼠胰岛和INS-1细胞中Ins1基因高表达,启动子区域的甲基化程度非常低,而在大鼠肺、脾、皮肤、小肠、脂肪、肝脏组织和WB细胞中Ins1基因不表达,启动子区域的甲基化程度很高,当WB细胞转入PDX1慢病毒后可使Ins1基因启动子区域的甲基化程度降低。结论:Ins1基因的表达受甲基化调控,PDX1单个转录因子虽可降低Ins1基因甲基化程度但并不能使其完全去甲基化并表达Ins1基因。 展开更多
关键词 Ins1基因 亚硫酸盐测序 焦磷酸测序 DNA甲基化
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DNA甲基化测序技术及其在哺乳动物中的应用研究进展 被引量:2
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作者 段昕妤 肖蘅 陈善元 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期79-82,86,共5页
DNA甲基化在很多真核生物中是一种非常重要的表观遗传学标记,结合新一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)对哺乳动物的DNA甲基化水平进行定量测定已成为目前的研究热点。具有高通量、高覆盖率、高分辨率等优点,能较为精准地检... DNA甲基化在很多真核生物中是一种非常重要的表观遗传学标记,结合新一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)对哺乳动物的DNA甲基化水平进行定量测定已成为目前的研究热点。具有高通量、高覆盖率、高分辨率等优点,能较为精准地检测全基因组范围内的甲基化位点。对限制性内切酶消化法、亲和富集法及重亚硫酸盐转化法进行归纳比较,以期为DNA甲基化测序技术的选择提供参考依据,并对测序技术进行展望。 展开更多
关键词 哺乳动物 DNA甲基化 限制性内切酶消化 亲和富集 亚硫酸盐转化
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猪胚胎期小肠组织MKRN3基因启动子区CpG岛的甲基化模式分析 被引量:1
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作者 张阳 汪龙梅 +4 位作者 郭玲 付书林 刘玉兰 张晶 陈洪波 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2018年第6期38-42,共5页
为揭示猪MKRN3基因启动子区CpG岛在胚胎小肠组织的甲基化模式,本实验以梅山猪-大白猪正反交为模型,以65、100日龄的胚胎小肠组织为研究材料,首先利用生物信息学手段预测猪MKRN3基因的启动子区CpG岛,围绕预测的CpG岛设计引物,采用重亚硫... 为揭示猪MKRN3基因启动子区CpG岛在胚胎小肠组织的甲基化模式,本实验以梅山猪-大白猪正反交为模型,以65、100日龄的胚胎小肠组织为研究材料,首先利用生物信息学手段预测猪MKRN3基因的启动子区CpG岛,围绕预测的CpG岛设计引物,采用重亚硫酸盐测序法检测梅山猪、大白猪正反交不同发育时期胚胎小肠组织中目的基因的甲基化水平。结果表明:在大白×梅山65日龄胚胎小肠中,猪MKRN3基因启动子区CpG岛呈现高度甲基化(70.8%),而在梅山×大白65日龄胚胎小肠中呈现低甲基化(8.4%),正反交后代的甲基化模式截然相反;在大白×梅山100日龄胚胎小肠组织中,目的基因CpG岛呈现低甲基化(16.4%),而在梅山×大白100日龄胚胎小肠组织中的平均甲基化水平为37.2%。MKRN3基因启动子区CpG岛的甲基化模式随着正反交、胚胎发育时期不同而呈现出一定变化规律,推测该基因的DNA甲基化具有父母本等位基因偏好性,且在胚胎发育65~100日龄父本或母本等位基因可能会发生明显的去甲基化。本研究结果为进一步阐明猪MKRN3甲基化水平调控其基因表达及印记状态提供一定理论基础。 展开更多
关键词 DNA甲基化 亚硫酸盐测序 MKRN3基因 CPG岛
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猪MKRN3基因启动子区CpG岛在胚胎心脏组织甲基化模式分析 被引量:1
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作者 汪龙梅 朱哲坤 +4 位作者 王栋 刘玉兰 付书林 邓昌彦 郭玲 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期75-81,共7页
以梅山猪-大白猪正反交为模型,以65日龄和100日龄的胚胎心脏组织为研究材料,对MKRN3基因启动子区CpG岛进行预测,根据预测的CpG岛设计引物,采用重亚硫酸盐测序法(BSP法),分析MKRN3基因启动子区CpG岛在胚胎心脏组织的甲基化程度。结果显示... 以梅山猪-大白猪正反交为模型,以65日龄和100日龄的胚胎心脏组织为研究材料,对MKRN3基因启动子区CpG岛进行预测,根据预测的CpG岛设计引物,采用重亚硫酸盐测序法(BSP法),分析MKRN3基因启动子区CpG岛在胚胎心脏组织的甲基化程度。结果显示:对于65日龄胚胎,猪MKRN3基因启动子区CpG岛在大白×梅山和梅山×大白杂交后代的胚胎心脏组织中均表现高度甲基化(75.6%、76.4%);对于100日龄的胚胎,大白×梅山杂交后代的胚胎心脏组织表现高度甲基化(80%),而梅山×大白杂交后代的胚胎心脏组织呈现低甲基化(35.6%)。由此可见,猪MKRN3基因启动子区CpG岛的甲基化模式随着正反交、胚胎发育时期不同而呈现出一定变化,即在胚胎发育65日龄时,正反交子代均具有高度甲基化;而在胚胎发育至100日龄,正交子代呈现高度甲基化,反交子代呈现低甲基化,说明在胚胎发育晚期父本或母本等位基因可能会发生明显的去甲基化。 展开更多
关键词 猪胚胎 MKRN3 CPG岛 DNA甲基化 亚硫酸盐测序
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一种用于定量分析ABO基因启动子区域甲基化水平方法的建立
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作者 应燕玲 陶苏丹 +4 位作者 和艳敏 许先国 朱发明 吕杭军 严力行 《中国卫生检验杂志》 CAS 2011年第1期4-6,共3页
目的:建立重亚硫酸盐测序法(BSP法)定量分析ABO基因启动子区CpG岛的甲基化水平。方法:提取胃癌细胞株MKN45和KatoⅢ以及人全血基因组DNA,以重亚硫酸盐转化法修饰其DNA,应用Meth Primer软件在ABO基因启动子区非CpG位点区设计4对特异性甲... 目的:建立重亚硫酸盐测序法(BSP法)定量分析ABO基因启动子区CpG岛的甲基化水平。方法:提取胃癌细胞株MKN45和KatoⅢ以及人全血基因组DNA,以重亚硫酸盐转化法修饰其DNA,应用Meth Primer软件在ABO基因启动子区非CpG位点区设计4对特异性甲基化扩增引物,将ABO启动子附近区域的CpG岛分成4个片段分别扩增,优化PCR扩增条件后进行T-A载体克隆和测序分析,采用BiQ Analyzer软件分析ABO基因启动子区CpG岛的甲基化水平。结果:PCR扩增获得了约2kb的完整CpG岛片段,共包含191个CpG位点,测序图谱证实亚硫酸盐转化修饰完全。MKN28细胞株整个CpG岛内191个检测的CpG位点全部甲基化,细胞株KatoⅢ甲基化比例为8.9%,随机标本DNA甲基化比例为30.4%。结论:建立的方法可检测出ABO基因启动子区CpG岛所有CpG位点的甲基化状况,定量分析其甲基化水平。 展开更多
关键词 亚硫酸盐直接测序 甲基化 CPG岛 定量
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