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杏EST-SSR标记的开发 被引量：29
1
作者 上官凌飞 李晓颖 +3 位作者 宁宁 王玉柱 章镇 房经贵 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期43-54,共12页
利用MISA软件对NCBI上杏的15387条EST序列进行SSR位点查找,发掘出含有SSR位点的序列1073条,共有1353个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为8.79%。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占23.50%、38.80%和23.43%。设计... 利用MISA软件对NCBI上杏的15387条EST序列进行SSR位点查找,发掘出含有SSR位点的序列1073条,共有1353个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为8.79%。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占23.50%、38.80%和23.43%。设计了50对EST-SSR引物并进行PCR扩增,发现40对引物能扩增出理想的PCR产物,其中有25对引物能够扩增出多态性带。随机对7对引物的部分杏扩增片段进行了测序分析,发现有57.1%的片段具有相应的SSR位点,对梅DNA指纹中部分谱带的测序结果也证明是杏扩增出的相应的SSR位点。根据推算,从杏EST中开发SSR标记的开发效率为3.98%。进一步选用20对扩增效果最好的引物对24个杏品种,16个花梅品种以及8个果梅品种进行DNA指纹构建与遗传多样性分析,结果表明,来源于杏的EST-SSR引物在梅中有很高的通用性,杏和梅是遗传差异明显的两种植物,果梅与花梅在遗传上是不能分为两类的同种植物。 展开更多
关键词 杏 梅 EST-SSR 遗传差异分析
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小麦骨干亲本碧蚂4号及其姊妹系遗传差异分析 被引量：14
2
作者 王庆专 袁园园 +4 位作者 崔法 赵春华 杜斌 张景涛 王洪刚 《分子植物育种》 CAS CSCD 2009年第6期1100-1105,共6页
碧蚂4号是我国小麦育种的重要骨干亲本之一。本研究利用513对分布于小麦21条染色体上的多态性引物对碧蚂4号与其4个姊妹系的遗传差异进行了分析。分析结果表明,亲本碧玉麦对碧蚂2号的遗传贡献率最高,为41.1%;亲本蚂蚱麦对碧蚂1号的遗传... 碧蚂4号是我国小麦育种的重要骨干亲本之一。本研究利用513对分布于小麦21条染色体上的多态性引物对碧蚂4号与其4个姊妹系的遗传差异进行了分析。分析结果表明,亲本碧玉麦对碧蚂2号的遗传贡献率最高,为41.1%;亲本蚂蚱麦对碧蚂1号的遗传贡献率最高,为47.9%;碧蚂4号与4个姊妹系的平均遗传相似性系数变异范围为0.779～0.823,表明碧蚂4号与4个姊妹系的遗传差异比较大;碧蚂4号在188个位点上与其4个姊妹系存在差异,其特异位点主要源于亲本蚂蚱麦,占碧蚂4号特异位点的50.5%;分布在碧蚂4号1A、1B、1D、2A、2BS、2BL、2D、3A、6AL和7AL上的部分特异位点遗传距离很近,形成了密集特异位点的染色体区段,在这些区段上存在许多与产量、抗病、抗逆和适应性等重要农艺性状相关的基因和QTL位点,这可能是碧蚂4号区别于其4个姊妹系成为骨干亲本的遗传基础。 展开更多
关键词 小麦 碧蚂4号 骨干亲本 姊妹系 遗传差异分析
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梅EST-SSR标记的开发及利用 被引量：9
3
作者 上官凌飞 李晓颖 +4 位作者 宋长年 王西成 王玉柱 章镇 房经贵 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第9期1766-1772,共7页
利用MISA软件对10 123条梅EST序列进行SSR位点查找,得到含SSR位点的序列935条,SSR位点1 233个,平均每100条EST序列中含有12.18个SSR位点。2核苷酸、3核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占35.52%和41.36%。设计了40对EST-SSR引物并进行扩... 利用MISA软件对10 123条梅EST序列进行SSR位点查找,得到含SSR位点的序列935条,SSR位点1 233个,平均每100条EST序列中含有12.18个SSR位点。2核苷酸、3核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占35.52%和41.36%。设计了40对EST-SSR引物并进行扩增,有24对引物能扩增出理想的PCR产物,其中17对引物具有较好的扩增多态性。测序后发现13对引物中有73.08%的片段具有相应的SSR位点,对杏DNA指纹中部分谱带的测序结果也证明了是梅扩增出的相应的SSR位点。根据本研究含有SSR位点的测序结果推算,从梅EST中开发真实SSR位点的数目为901。随机选择13对引物对杏和梅进行DNA指纹构建与遗传多样性分析,结果发现,来源于梅的EST-SSR引物在杏中有很高的通用性,这些引物把梅和杏分成了两大群体,说明他们是遗传差异明显的两种植物。 展开更多
关键词 梅 杏 EST-SSR 遗传差异分析
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马铃薯ISSR体系优化及其品种间遗传差异分析 被引量：6
4
作者 张自强 刘宇杰 +5 位作者 于卓 蒙美莲 樊明寿 周亚星 甘霖 李长青 《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2010年第3期95-99,共5页
为建立适于马铃薯ISSR-PCR反应体系,并了解克新1号、费乌瑞它、底西芮、大西洋、陇薯3号、青薯168、黑美人7个马铃薯品种在DNA分子水平上的遗传差异性,本试验利用梯度试验法对ISSR扩增结果影响较大的引物浓度、dNTP的浓度、TaqDNA聚合... 为建立适于马铃薯ISSR-PCR反应体系,并了解克新1号、费乌瑞它、底西芮、大西洋、陇薯3号、青薯168、黑美人7个马铃薯品种在DNA分子水平上的遗传差异性,本试验利用梯度试验法对ISSR扩增结果影响较大的引物浓度、dNTP的浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2+浓度4个因子进行了摸索和优化,并利用筛选出的适宜引物对供试的马铃薯品种进行了ISSR分析。结果表明:马铃薯最适ISSR-PCR反应条件为Mg2+2.0mmol/L、dNTP 0.2mmol/L、Taq 0.04U和引物0.4μM;利用8个ISSR适宜引物共扩增出319个条带,DNA片段长度为200bp^2 000bp,其中多态性条带306个,多态性条带百分率高达95.92%;以GD值0.51为基准,7个材料分为3类:大西洋、底西芮、青薯168、克新1号和费乌瑞它5个品种为一类,品种陇薯3号和黑美人各单独为一类。 展开更多
关键词 马铃薯品种 ISSR 体系优化 遗传差异分析
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浙江省10个晚粳稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传差异分析 被引量：8
5
作者 翟荣荣 叶胜海 +3 位作者 朱国富 余鹏 王俊梅 张小明 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期944-950,共7页
本研究利用均匀分布于水稻12条染色体上的48对SSR引物,采用荧光标记毛细管电泳检测方法,以浙江省主要推广种植的10个常规晚粳稻品种为材料,进行遗传多样性分析并构建其指纹图谱。结果表明,共有27对引物在品种间存在57个多态性片段,每对... 本研究利用均匀分布于水稻12条染色体上的48对SSR引物,采用荧光标记毛细管电泳检测方法,以浙江省主要推广种植的10个常规晚粳稻品种为材料,进行遗传多样性分析并构建其指纹图谱。结果表明,共有27对引物在品种间存在57个多态性片段,每对引物可以扩增出2~3个态性片段,平均每个引物2.1个。10个品种间的遗传相似系数为0.439~0.877,平均为0.642,10个供试材料间遗传基础相对狭窄。选用7对多态性较高的引物构建的核心指纹图谱能区分10个晚粳稻品种。聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.580处可将10个品种划分为两类:越光衍生品种如浙粳27和其他类型。研究结果为浙江省常规晚粳稻品种的保护和纯度鉴定,选育和推广提供理论和技术支持。 展开更多
关键词 浙江 晚粳稻 SSR荧光标记 指纹图谱 遗传差异分析
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河南主推旱稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传差异分析 被引量：7
6
作者 韩迎春 李俊周 +3 位作者 杜彦修 张静 孙红正 赵全志 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期226-232,共7页
为构建河南早稻种植品种的DNA指纹图谱，了解河南早稻的遗传多样性，本研究利用均匀分布于水稻12条染色体的38对SSR引物，以河南主要推广种植的10个早稻品种为材料，进行遗传多样性分析并构建SSR指纹图谱。结果表明，35对引物具有多态... 为构建河南早稻种植品种的DNA指纹图谱，了解河南早稻的遗传多样性，本研究利用均匀分布于水稻12条染色体的38对SSR引物，以河南主要推广种植的10个早稻品种为材料，进行遗传多样性分析并构建SSR指纹图谱。结果表明，35对引物具有多态性片段，共检测到108个等位基因，平均每位点3．1个等位基因；引物平均多态性频率为0．485。10个品种间的遗传相似系数为0．435～0．907，平均0．678。利用RM552、RM171、RM5、RM308、RM338、RM17和RM5877对多态性较高的SSR引物构建的核心指纹图谱能区分出10个旱稻品种。采用非加权类平均法进行聚类分析，在遗传相似系数0．480处可将10个品种分为籼、粳两大类。 展开更多
关键词 河南 旱稻 SSR指纹图谱 遗传差异分析
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新疆60份引进陆地棉资源主要性状的遗传差异分析 被引量：3
7
作者 李雪瑞 刘宁 +3 位作者 王永刚 樊艳星 肖菁 马艳明 《棉花科学》 2022年第1期15-23,共9页
为拓宽棉花育种的遗传基础,在广泛收集国外种质资源的基础上,筛选优良种质资源作为育种亲本。以60份中亚地区引进的棉花种质资源为试验材料,进行主要表型性状与纤维品质的变异系数、遗传多样性指数及性状间的相关性分析,并以主要农艺性... 为拓宽棉花育种的遗传基础,在广泛收集国外种质资源的基础上,筛选优良种质资源作为育种亲本。以60份中亚地区引进的棉花种质资源为试验材料,进行主要表型性状与纤维品质的变异系数、遗传多样性指数及性状间的相关性分析,并以主要农艺性状为指标进行了聚类分析。结果表明:叶色、株型、铃形等6个表型质量性状的遗传多样性指数在1.42与11.32之间;在8个农艺产量性状中,单株铃数的变异系数最大(36.02%),第一果枝位节数(31.15%)和单铃重(29.89%)变异较为明显,生育期的变异系数最小(5.01%);在5个纤维品质性状中,伸长率的变异系数最大(16.99%),整齐度指数的变异系数最小(1.95%),相较于农艺产量性状,纤维品质性状的变异系数均较小。13个性状的遗传多样性指数范围为0.91~2.07,以整齐度指数最大(2.07),单铃重最小(0.91);相关性分析表明各性状之间均呈极显著正相关或负相关;聚类分析表明60份材料可聚为五个类群,Ⅰ、Ⅱ类共有30份种质资源,其纤维品质性状较好、籽指较高,可作为改良棉纤维品质的杂交亲本来利用,Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ类共有30份种质资源,其表现为高衣分、高果枝节位,但纤维品质一般。 展开更多
关键词 新疆 陆地棉 种质资源 主要性状 遗传差异分析
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马铃薯ISSR体系优化及品系间遗传差异分析 被引量：2
8
作者 周亚星 周伟 +3 位作者 徐寿军 提俊阳 郭然 于卓 《内蒙古民族大学学报（自然科学版）》 2019年第5期407-412,共6页
对马铃薯ISSR反应体系4种重要的影响因子中Mg^2+,dNTP,引物,Taq聚合酶的最适浓度进行了筛选,并利用所选出的几种适宜的引物,对L6,TW2,DX35,HM66,XY215个马铃薯品系进行了ISSR试验分析.结果表明:马铃薯最适ISSR反应条件为:Mg^2+浓度1.5 m... 对马铃薯ISSR反应体系4种重要的影响因子中Mg^2+,dNTP,引物,Taq聚合酶的最适浓度进行了筛选,并利用所选出的几种适宜的引物,对L6,TW2,DX35,HM66,XY215个马铃薯品系进行了ISSR试验分析.结果表明:马铃薯最适ISSR反应条件为:Mg^2+浓度1.5 mmol·L^-1;dNTP浓度为2.0 mmol·L^-1;Taq聚合酶2.0 U;引物1.5 mmol·L^-1.从ISSR引物中筛选出5个适宜的引物,共扩增出169个条带,DNA片段长度在200 bp^2000 bp,平均每个引物扩增了33.8个条带.其中138个条带具有多态性,多态性百分率达81.7%.引物BS-71876的多态性最好,扩增的条带最多,为45个;引物BS-63456扩增的条带最少,为25个.5个供试马铃薯的遗传距离(GD)变动在0.40至0.89之间,以GD值0.60为基准,5个材料分为3类:XY21与DX35为一类,HM66和TW2为一类,L6单独为一类. 展开更多
关键词 马铃薯 体系优化 ISSR 遗传差异分析
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不同地区腐乳中10种红曲霉菌的遗传差异分析 被引量：2
9
作者 代文婷 吴宏 +3 位作者 夏芳 连喜军 康海岐 吴洪斌 《上海农业学报》 CSCD 2017年第3期19-24,共6页
对不同地区腐乳中分离纯化后的10种红曲霉菌进行形态学观察,再结合分子生物学手段,分析其遗传差异性。结果表明:10种红曲霉菌丝体大体相似,但新疆地区的红曲霉菌落形态与其他地区红曲霉有着较为明显的不同;红曲霉菌色素基因的DNA长度为1... 对不同地区腐乳中分离纯化后的10种红曲霉菌进行形态学观察,再结合分子生物学手段,分析其遗传差异性。结果表明:10种红曲霉菌丝体大体相似,但新疆地区的红曲霉菌落形态与其他地区红曲霉有着较为明显的不同;红曲霉菌色素基因的DNA长度为1 024—1 121 bp,通过多序列比对分析发现,10种红曲霉菌的红曲色素基因在3'端和5'端存在明显的序列差异;该基因的系统发育树表明:BCQ-北京与天津5连,ZBX(7)天津与6-吉林,9M与ZBX-新疆,ZBX-北京、9H与ZBX(D)北京的遗传关系较近。 展开更多
关键词 红曲霉菌 红曲色素基因 遗传差异分析
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