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绿豆分子遗传图谱构建及若干农艺性状的QTL定位分析 被引量:8
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作者 王建花 张耀文 +1 位作者 程须珍 王丽侠 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1096-1102,共7页
利用花叶1号×紫茎1号杂交后代衍生的208个F2家系组建群体,构建含有95个SSR标记位点的遗传连锁图谱,该图谱包含11个连锁群,全长1457.47 c M,标记平均间距为15.34 c M。利用复合区间作图法,对株高、幼茎色、主茎色、生长习性、结荚... 利用花叶1号×紫茎1号杂交后代衍生的208个F2家系组建群体,构建含有95个SSR标记位点的遗传连锁图谱,该图谱包含11个连锁群,全长1457.47 c M,标记平均间距为15.34 c M。利用复合区间作图法,对株高、幼茎色、主茎色、生长习性、结荚习性、复叶叶形和成熟叶色等农艺性状进行QTL分析,分别检测到与株高、幼茎色、主茎色、复叶叶形有关的QTL各1个,贡献率在8.49%~66.64%之间;与结荚习性有关的QTL3个,贡献率在60.32%~80.36%之间;与成熟叶色有关QTL 4个,贡献率在69.06%~87.35%之间;与生长习性有关的QTL数量最多,共26个,贡献率在58.32%~99.51%之间。上述QTL主要分布在LG1、LG2、LG4、LG8和LG10连锁群,其中LG1最少,仅检测到生长习性的1个QTL,LG4最多,包含了幼茎色、主茎色、结荚习性、生长习性、复叶叶形、成熟期叶色6个农艺性状的15个QTL;这些QTL既可以应用于绿豆育种的分子标记辅助选择,也对深入研究这些性状的遗传奠定了基础。 展开更多
关键词 绿豆 连锁遗传图谱 SSR标记 复合区间作 QTL 贡献率
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基于InDel标记的谷子株高QTL定位
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作者 杜晓芬 钱枰励 +5 位作者 唐楚楚 杜德杰 韩康妮 李禹欣 王智兰 王军 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期217-225,共9页
插入/缺失(InDel)标记在植物基因组中广泛分布,然而谷子中InDel标记的数量十分有限。为挖掘InDel位点和开发分子标记,本研究基于衡谷12号和长农35号的深度重测序结果,分析其单核苷酸多态性(SNP)、InDel和结构变异(SV)。利用JoinMap 4软... 插入/缺失(InDel)标记在植物基因组中广泛分布,然而谷子中InDel标记的数量十分有限。为挖掘InDel位点和开发分子标记,本研究基于衡谷12号和长农35号的深度重测序结果,分析其单核苷酸多态性(SNP)、InDel和结构变异(SV)。利用JoinMap 4软件构建连锁遗传图谱,利用WinQTLCart 2.5软件定位株高数量性状位点(QTL),利用生物信息学、测序和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行候选基因分析。研究表明,3种变异类型数量由多到少排序为SNP>InDel>SV;获得1392个在衡谷12号和长农35号中具有多态性的InDel标记,多态性率为35.14%,这些标记在谷子9条染色体上分布不均;获得一张包含467个InDel标记的谷子遗传连锁图谱,该图谱总图距448.45 cM,平均图距0.96 cM;利用F2群体定位了4个株高QTL(qPH5-1、qPH5-2、qPH9-1和qPH9-2),进一步利用重组自交系(RIL)群体对其中2个效应值较大的QTL(qPH5-1和qPH9-2)进行验证,结果重新检测到qPH9-2,似然比的自然对数(LOD)值为93.6,加性效应为-46.15,解释表型贡献率(PVE)达91.06%;Seita.9G080400在编码区存在2处非同义突变,且在茎中表达水平呈极显著差异,推测Seita.9G080400可能是控制株高的关键候选基因。本研究开发的InDel标记能够良好地应用于株高QTL定位,同时可为谷子种质资源鉴定、亲缘关系分析等研究提供一套好用的分子标记。 展开更多
关键词 谷子 重测序 标记开发 连锁遗传图谱 株高 QTL
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基于SLAF-seq技术的抗杨树叶锈病SNP位点开发 被引量:3
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作者 戴美丽 方乐成 +1 位作者 尹佟明 李小平 《南京林业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期73-78,共6页
【目的】探索美洲黑杨抗叶锈病的分子机制,为杨树抗病分子育种提供理论参考。【方法】选取抗锈病差异显著的美洲黑杨‘2-2’与‘2-38’为亲本,通过控制授粉杂交获得80个F1代个体。用特异性位点扩增(specific-locus amplified fragmenl s... 【目的】探索美洲黑杨抗叶锈病的分子机制,为杨树抗病分子育种提供理论参考。【方法】选取抗锈病差异显著的美洲黑杨‘2-2’与‘2-38’为亲本,通过控制授粉杂交获得80个F1代个体。用特异性位点扩增(specific-locus amplified fragmenl sequencinq, SLAF-seq)简化基因组技术对所获F1代进行深度测序,以美洲黑杨第3代组装基因组为参照。通过序列比对筛选特异长度的DNA片段,构建SLAF-seq文库,获得特异性SNP位点。经美洲黑杨叶锈病的病原菌经形态学与分子工具鉴定,确定为落叶松-杨栅锈菌(Melampsora larici-populina Kleb.)。通过叶盘法控制条件接种并对被锈菌侵染后的杨树抗性进行评估;应用Kruskal-Wallis方法对接种结果进行检验。【结果】通过接种,获得了孢子堆数量和大小等表型数据;基于SNP标记的连锁分析,一共有8 723个SNP连锁至遗传图谱上;共识别出19个连锁群,总遗传距离为3 610.67 cM;通过Kruskal-Wallis检验可得到37个紧密连锁位点(P<0.005),标记分别位于I、IV、VI、XI、XV和XIX号连锁群上。【结论】利用SLAF-seq技术开发出了37个与杨树叶锈病抗病性状紧密关联的SNP分子标记,其中Marker42056位点连锁程度最高。 展开更多
关键词 美洲黑杨 落叶松-杨栅锈菌 连锁遗传图谱 SLAF标签 Kruskal-Wallis检验
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多小穗种质10-A穗部性状的QTL定位与分析 被引量:1
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作者 张志鹏 赵晓芳 +6 位作者 易晓余 丁丽 赵梦梦 沈婧玥 蒲至恩 陈国跃 李伟 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第10期2137-2144,共8页
【目的】穗部性状是小麦生长发育过程中重要的农艺性状,对其遗传特性的研究具有重要的理论意义。本研究拟对控制多小穗材料10-A的穗部性状的位点进行初步定位。【方法】本研究以多小穗种质10-A与寡小穗材料BE89杂交获得的186个F2群体及... 【目的】穗部性状是小麦生长发育过程中重要的农艺性状,对其遗传特性的研究具有重要的理论意义。本研究拟对控制多小穗材料10-A的穗部性状的位点进行初步定位。【方法】本研究以多小穗种质10-A与寡小穗材料BE89杂交获得的186个F2群体及其衍生的F2∶3家系为材料,利用DArSeq标记构建遗传连锁图谱,并结合2年4个环境群体的穗长、芒长、总小穗数、穗粒数和千粒重5个穗部性状表现,并利用QTL ICIMapping的复合区间作图法进行了QTL分析。【结果】构建了968个DArSeq标记组成的1878.408 cM的遗传连锁图谱,标记间平均距离为1.925 cM,共检测到15个QTL(LOD>2.5),分布在1A、1B、2A、2D、3B、5D和6B等7条染色体上,可解释表型变异的7.64%~21.80%。其中,控制穗长的QSl-2A.2在F2群体中可解释21.80%的表型变异;控制芒长的QAl-5D.1位点在F2和F2∶3群体中可分别解释表型变异的7.64%和13.81%;控制总小穗数的位点QTss-1A.1在F2∶3解释13.54%,其增效来自母本10-A,表明该材料可作为提高小穗数的育种材料加以利用。【结论】本研究初步得到了与穗部性状相关的QTL位点/区段,为小麦穗部性状的进一步精细定位、基因克隆和分子标记辅助选择育种奠定了理论基础。 展开更多
关键词 小麦 DArT标记 连锁遗传图谱 穗部性状 QTL定位
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美洲黑杨×青杨木材性状QTLs定位研究 被引量:14
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作者 黄秦军 苏晓华 +1 位作者 黄烈健 张志毅 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第2期55-60,共6页
利用来自 87个F2 代单株的 81 0个标记 (784个AFLP标记和 2 6个SSR标记 )构建了美洲黑杨×青杨杂种分子连锁遗传图谱。该图谱包括 1 9个主要连锁群 ,共有 36 8个标记 (35 6个AFLP标记和 1 2个SSR标记 )。框架图总图距为 3382 4cM ... 利用来自 87个F2 代单株的 81 0个标记 (784个AFLP标记和 2 6个SSR标记 )构建了美洲黑杨×青杨杂种分子连锁遗传图谱。该图谱包括 1 9个主要连锁群 ,共有 36 8个标记 (35 6个AFLP标记和 1 2个SSR标记 )。框架图总图距为 3382 4cM ,平均标记间距为 9 6 9cM。利用区间作图法在LOD≥ 2 ,检测区间为 2cM条件下检测到 8个与木材性状有关的QTLs。其中与木材基本密度关联的 3个QTLs贡献率分别为 2 7 1 %、2 7 1 %、2 5 5 % ,与微纤丝角关联的QTLs贡献率为 1 8 6 % ,与纤维长度关联的QTLs贡献率为 4 8 9% ,与纤维宽关联的 3个QTLs贡献率分别为 1 7 4 %、2 7 4 %和 4 8 3%。这 8个QTLs遗传作用方式均为超显性 ,其中只有 2个与基本密度关联的QTLs来自于美洲黑杨 ,其余 6个均来自于青杨。 展开更多
关键词 美洲黑杨×青杨 木材性状 QTLS定位 数量性状位点 分子连锁遗传图谱
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黄瓜23对高多态性SSR标记的筛选与评价 被引量:12
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作者 吕婧 时秋香 +2 位作者 任毅 张忠华 黄三文 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期2140-2148,共9页
目前在黄瓜种质研究中仍然缺乏可用的引物。利用黄瓜基因组连锁遗传图谱开发的995对备选SSR引物,挑出在7条染色体上均匀分布且能扩增出清晰稳定单一条带的多态性引物23对,并利用这些引物对黄瓜种质遗传多样性进行了探讨。通过来自不同... 目前在黄瓜种质研究中仍然缺乏可用的引物。利用黄瓜基因组连锁遗传图谱开发的995对备选SSR引物,挑出在7条染色体上均匀分布且能扩增出清晰稳定单一条带的多态性引物23对,并利用这些引物对黄瓜种质遗传多样性进行了探讨。通过来自不同国家和地区的30份代表性黄瓜种质资源进行SSR扩增分析,从中能够得到153条多态性条带。不同引物分析得到的种质遗传多样性差异较大,供试种质间平均期望杂合度为0.57,平均PIC值(多态性信息量)为0.60。23对引物可以清晰检测出亚洲、欧美和印度群体遗传多样性,较客观地反映了群体结构和地域性差异等信息。 展开更多
关键词 黄瓜 基因组连锁遗传图谱 SSR标记 种质遗传多样性
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