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课堂影像拍摄与转录的若干议题:基于互动分析方法的探讨 被引量:7
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作者 肖思汉 《教育学报》 CSSCI 北大核心 2013年第2期44-50,共7页
课堂互动分析是一种探究师生互动行为的研究取径。自20世纪七八十年代以来,新维果茨基学派、微观民族志、会话分析等理论取径在美国兴起,互动分析方法受到了教育学界的重视。由于强调实时、微观、具体的情境,这种方法极大地依赖于课堂... 课堂互动分析是一种探究师生互动行为的研究取径。自20世纪七八十年代以来,新维果茨基学派、微观民族志、会话分析等理论取径在美国兴起,互动分析方法受到了教育学界的重视。由于强调实时、微观、具体的情境,这种方法极大地依赖于课堂影像的录制与分析。为了最大程度地记录"真实",课堂影像的拍摄需要遵循一定的规范;然而,任何影像都不可避免地涉及到拍摄者的存在与视角,因此研究者必须时刻审视自身的立场。并且,将影像转录为文字的工作也暗含着记录者的视角,影响阅读者的视角,进而影响随后的研究分析,因此研究者必须对"从上至下"、"从左至右"的偏见保有自觉,并在转录过程中尽可能地克服这些偏见。 展开更多
关键词 课堂录像 互动分析 课堂话语 话语分析 转录技术
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Influence of different Fe sources and concentrations on formation of magnetosomes in Acidithiobacillus ferrooxidans 被引量:4
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作者 刘文斌 武海艳 +1 位作者 刘学端 刘新星 《中国有色金属学会会刊:英文版》 EI CSCD 2008年第6期1379-1385,共7页
紧张 Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 的整个染色体被生物信息学分析,在 magnetotactic 细菌的功能的一些相当或相同的事物基因是可得到的。为了响应不同 Fe 来源和集中,获得 Acidithiobacillus ferrooxidans 的 magnetos... 紧张 Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 的整个染色体被生物信息学分析,在 magnetotactic 细菌的功能的一些相当或相同的事物基因是可得到的。为了响应不同 Fe 来源和集中,获得 Acidithiobacillus ferrooxidans 的 magnetosomes 形成机制的进一步的知识,时间的基因表示 mpsA 介绍, magA, mamB 并且你被使用实时量的反向的 transcription-PCR 检验。magnetosomes 和 magnetotaxis 的微生物引起的形成也在不同 Fe2+ 集中下面被学习。结果显示 1622 ATCC 23270, 0276, 1124 和 2572 的 ORF 数字与 mpsA 是相应的,你,在 magnetotactic 细菌的 magA 和 mamB 基因。mpsA, magA 和 mamB 的表示层次是直接在 150200 点与铁的集中,和最高的表示有关铺平 mmol/L 铁被获得。在 ATCC 23270 和房间的 magnetotaxis 的 magnetosomes 的数字是显著地这三基因与表示有关铺平,建议这些基因在在 A 的 magnetosome 形成的过程期间与铁运输是相关的。ferrooxidans。 展开更多
关键词 氧化亚铁 生物技术 PCR 转录技术
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猪单个卵母细胞体外转录体系的建立 被引量:3
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作者 杨小淦 江明生 +6 位作者 卢晟盛 刘红波 任子利 吕培茹 张明 陆阳清 卢克焕 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期31-37,共7页
利用switching mechanism at 5′end of RNA transcript(SMART)技术对猪单个体外成熟培养的MⅡ期卵母细胞进行了扩增,在此基础上,利用T7体外转录技术进行体外转录,aRNA浓度达到1.962μg。通过联合SMART技术和T7体外转录技术,mRNA浓度扩... 利用switching mechanism at 5′end of RNA transcript(SMART)技术对猪单个体外成熟培养的MⅡ期卵母细胞进行了扩增,在此基础上,利用T7体外转录技术进行体外转录,aRNA浓度达到1.962μg。通过联合SMART技术和T7体外转录技术,mRNA浓度扩增了2.3×104倍左右,这个数量级已基本能满足cDNA array等通量筛选研究的需求。本研究为珍贵和微量的生物材料进行高通量筛选研究提供了一个有效的体系。 展开更多
关键词 猪卵母细胞 SMART技术 T7体外转录技术
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新颖会说话的贺卡
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作者 小冬 《家用电器》 2002年第1期46-47,共2页
音乐贺卡广大读者已经十分熟悉,但会说话的语音贺卡就不一定人人皆知了.这里介绍一种会说话的贺卡,它能够将致卡人的贺词、敬语、恋爱情话等,以语音形式录入并长期保存,这比起单纯的文字或图画来,又多了一份亲情.这份礼物可谓"声... 音乐贺卡广大读者已经十分熟悉,但会说话的语音贺卡就不一定人人皆知了.这里介绍一种会说话的贺卡,它能够将致卡人的贺词、敬语、恋爱情话等,以语音形式录入并长期保存,这比起单纯的文字或图画来,又多了一份亲情.这份礼物可谓"声情并茂,有声有色",是节日里送给至爱亲朋的最佳礼物! 展开更多
关键词 电子贺卡 语音转录技术 元器件
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转录组学主要研究技术及其应用概述 被引量:23
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作者 刘伟 郭光艳 秘彩莉 《生物学教学》 北大核心 2019年第10期2-5,共4页
转录组学从整体水平上研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理。本文介绍转录组学主要研究技术的原理、技术特点及其应用进展。
关键词 转录组学 微阵列技术 转录组测序技术 应用
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草莓轻型黄边病毒RT-LAMP检测方法的建立 被引量:24
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作者 陈柳 尚巧霞 +5 位作者 陈笑瑜 邢冬梅 冉策 魏艳敏 赵晓燕 刘正坪 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期613-620,共8页
【目的】草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)是侵染草莓的重要病毒,严重影响草莓果实的产量和品质。研究旨在建立利用反转录等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LA... 【目的】草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)是侵染草莓的重要病毒,严重影响草莓果实的产量和品质。研究旨在建立利用反转录等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)检测SMYEV的方法。【方法】根据SMYEV外壳蛋白基因3′端保守序列设计4个特异性引物SMYEV-FIP(5′-CAGATCAGCGACAATTTGGACTCCTGAGGAACTTGCTGCT-3′)、SMYEV-BIP(5′-GCTTTGTC GGGGATCCTGGGAAGGCTAAGTCGAAGAGACC-3′)、SMYEV-F3(5′-TCAAGTTGGTGACCCTTTCC-3′)和SMYEV-B3(5′-CGAGGAAC CAATGTCGTAGC-3′)。对RT-LAMP检测体系中的条件进行优化,设置反应温度为60、61、62、63、64、65℃,反应时间为30、45、60、75 min,分别设置引物SMYEV-FIP/BIP浓度为1.0、1.2、1.4、1.6、1.8μmol·L-1,引物SMYEV-F3/B3浓度0.1、0.15、0.2、0.25、0.3μmol·L-1,设置Mg2+浓度为2、4、6、8、10 mmol·L-1,d NTPs浓度为0、0.4、0.8、1.2、1.6、2.0 mmol·L-1,betaine浓度为0、0.4、0.8、1.0、1.2、1.4 mol·L-1,DTT浓度为2.0、2.4、2.8、3.2、3.6、4.0μmol·L-1等,并对以上不同反应条件进行检测,确定优化后的RT-LAMP检测体系。选用其他常见的草莓病毒以及健康草莓植株叶片中的RNA作为模板,对RT-LAMP体系的特异性进行测定;将SMYEV的RNA进行10倍梯度逐级稀释,分别获得RNA原液、10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6和10-7不同稀释液作为模板,比较RT-LAMP和RT-PCR的检测灵敏度。RT-LAMP反应产物可以进行电泳和紫外成像检测,阳性样品出现瀑布状条带,阴性样品无条带,或者在反应产物中加入SYBR green I核酸染料,直接观察检测,阳性样品为绿色,阴性样品为橙色。【结果】建立了一种特异性检测SMYEV的RT-LAMP方法,经过各反应条件优化后的检测体系为1.0μmol·L-1SMYEV-FIP/BIP、0.1μmol·L-1 SMYEV-F3/B3、4 mmol·L-1 Mg2+、1.6 mmol·L-1 d NTPs、0.4 mol·L-1 betaine、2.0μmol·L-1DTT,60℃反应45 min。选用SMYEV、草莓镶脉病毒(Strawberry vein ban 展开更多
关键词 草莓轻型黄边病毒 转录等温扩增技术 检测
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高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究 被引量:20
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作者 夏梦雷 杨帆 +3 位作者 陆锴 王頔 郑宇 王敏 《中国酿造》 CAS 北大核心 2021年第5期1-7,共7页
传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落... 传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落结构的动态变化,系统阐明其发酵机理。该文综述高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究,对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)、实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-FQPCR)、宏基因组、宏转录组测序等研究方法的原理、操作方法及其研究成果进行了总结,并对各分析技术优缺点进行了比较,旨在为传统发酵食品的微生物群落研究提供参考。 展开更多
关键词 高通量测序技术 传统发酵食品 微生物群落 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 实时荧光定量聚合酶链式反应 宏基因组测序技术 转录组测序技术
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2011~2014年广州地区无偿献血者核酸检测结果分析 被引量:20
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作者 梁浩坚 汪传喜 +4 位作者 许结仪 郑优荣 李仲平 蓝岚茵 林诗雅 《中国医药科学》 2016年第10期138-141,共4页
目的评估核酸检测技术应用于广州地区无偿献血者血液筛查的功效。方法采用Grifols公司(原诺华诊断公司)PROCLEIX TIGRIS 全自动核酸检测分析系统和PROCLEIX-?ULTRIO HIV-1/HCV/HBV Assay核酸检测试剂,对2011年1月-2014年12月的114674... 目的评估核酸检测技术应用于广州地区无偿献血者血液筛查的功效。方法采用Grifols公司(原诺华诊断公司)PROCLEIX TIGRIS 全自动核酸检测分析系统和PROCLEIX-?ULTRIO HIV-1/HCV/HBV Assay核酸检测试剂,对2011年1月-2014年12月的1146740例无偿献血者血液标本进行HIV/HCV/HBV三项单人份核酸检测,同时采用血清学试剂进行HBsAg,HCVAb,HIVAb/Ag检测。对核酸检测单独反应性标本(血清学阴性,核酸检测反应性)进行鉴别试验以确定感染病毒种类。结果 1146740例献血者血液标本,核酸检测的反应性比率为0.97%(10645/1146740),低于血清学HBsAg,HCVAb,HIVAbAg三项总的检测阳性率1.66%(19024/1146740)。在1114428例经血清学全项检测合格的标本中,单人份核酸检测共检出2457例核酸反应性样本,核酸单独反应性比率为0.22%;在2457例核酸单独反应性标本中,鉴别试验反应性的样本为718例,其中,HBV-DNA 711例,HCV-RNA 4例,HIV-RNA 3例。核酸鉴别试验阳性率为29.22%(718/2457)。结论目前在广州地区输血传播疾病的残余风险主要还是输血感染HBV。核酸检测技术应用于血液筛查,将有助于缩短病原体检测的窗口期,降低输血残余风险,血清学和核酸检测两种方法互为补充,应同时使用以保障血液安全。 展开更多
关键词 核酸检测 血液筛查 输血风险 血液安全 转录介导扩增技术
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引进种质西瓜中黄瓜绿斑驳花叶病毒的检测 被引量:17
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作者 赵世恒 李明福 +4 位作者 张永江 王进忠 李桂芬 孙淑玲 张涛 《北京农学院学报》 2007年第2期32-34,共3页
从日本引进的西瓜种子隔离种植后,采用生物学、双抗体夹心酶联方法及反转录PCR(RT-PCR)技术对其幼苗样品进行了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)的检测,结果表明:生物学试验接种的黄瓜健康植株全部发病;... 从日本引进的西瓜种子隔离种植后,采用生物学、双抗体夹心酶联方法及反转录PCR(RT-PCR)技术对其幼苗样品进行了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)的检测,结果表明:生物学试验接种的黄瓜健康植株全部发病;双抗体夹心酶联试验结果均为阳性;RT-PCR反应后进行1%琼脂糖凝胶电泳检测,结果出现预期的715 bp特异性扩增产物。3种方法均表明此次从日本引进的西瓜种质已经受到黄瓜绿斑驳花叶病毒的侵染,须做销毁处理。试验结果表明,采用3种方法中的2种对样品进行检测,即可以根据检测结果确诊被检对象是否带有CGMMV病毒。 展开更多
关键词 黄瓜绿斑驳花叶病毒 生物学检测 双抗体夹心酶联 转录PCR技术
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转录组学技术在中医药领域的应用研究进展 被引量:10
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作者 李艳荣 李瑞雪 +8 位作者 樊慧杰 孙芮芮 周文静 马艳苗 李艳彦 张波 周然 马存根 柴智 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期943-947,共5页
辨证论治、理法方药是中医药整个系统的基石,本质上是在探寻疾病的发生发展、诊断、治疗、中药药效、人体本身及对疾病和药物反应的内在规律。以往由于科技水平的限制,形成的内在规律只能以较为抽象的描述呈现出来。近年来,转录组学技... 辨证论治、理法方药是中医药整个系统的基石,本质上是在探寻疾病的发生发展、诊断、治疗、中药药效、人体本身及对疾病和药物反应的内在规律。以往由于科技水平的限制,形成的内在规律只能以较为抽象的描述呈现出来。近年来,转录组学技术发展迅猛,能够全面系统地从RNA水平了解细胞、组织或器官的基因表达模式,并解释其生理属性,深入认识其生长、发育、分化、衰老和疾病发生的机制,契合中医药的整体观,能更客观、精准的表述中医药的内在规律。文章主要就转录组测序技术在中医方药对疾病相关基因表达的影响、中医证候、中药有效成分的生物合成机制及中医针灸作用机制应用研究方面作一综述。 展开更多
关键词 中医药 转录组学技术 转录组测序 基因表达
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基于全转录组测序技术的转录组学在中医药领域的应用前景分析 被引量:11
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作者 陈惠 辛丽丽 龚婕宁 《环球中医药》 CAS 2013年第10期759-763,共5页
转录组学以其在全基因组转录水平上整体性、系统性的研究特点在中医药研究中发挥了重要作用,近年来兴起的全转录组测序(RNA Sequencing,RNA-Seq)技术使转录组学研究进入了数字化、信息化的时代。本文总结归纳了RNA-seq技术在转录组学中... 转录组学以其在全基因组转录水平上整体性、系统性的研究特点在中医药研究中发挥了重要作用,近年来兴起的全转录组测序(RNA Sequencing,RNA-Seq)技术使转录组学研究进入了数字化、信息化的时代。本文总结归纳了RNA-seq技术在转录组学中的优势,其整体性、系统性、个体组织差异性、时间独立性等优势改善了以往单基因研究不能切合中医学整体观念的不足;着重探讨了基于RNA-seq技术的转录组学在中医学理论及方药研究等方面的应用现状及前景,对其在中医辨治理论实质研究、方药有效成分的筛选和作用机制研究及临床用药安全评定体系等方面的应用策略进行了分析,并提出了初步的实验方案。 展开更多
关键词 中医药研究 分子生物学 转录组学 转录组测序技术
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核酸检测技术在献血人员血液筛查中的应用 被引量:11
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作者 柯苑 赵静 +4 位作者 马成平 黄敏 姚慧兰 张立波 马贵明 《检验医学与临床》 CAS 2014年第20期2858-2859,共2页
目的采取核酸检测(NAT)技术进行血液筛查,减少由献血者感染"窗口期"及隐匿感染献血引起的疾病传播。方法采用酶联免疫吸附法(ELISA)对54 358份献血者标本进行乙型肝炎表面抗原(HBsAg)、人类免疫缺陷病毒抗体(抗-HIV)、丙型肝... 目的采取核酸检测(NAT)技术进行血液筛查,减少由献血者感染"窗口期"及隐匿感染献血引起的疾病传播。方法采用酶联免疫吸附法(ELISA)对54 358份献血者标本进行乙型肝炎表面抗原(HBsAg)、人类免疫缺陷病毒抗体(抗-HIV)、丙型肝炎病毒抗体(HCV-Ab)检测,同时用转录介导扩增技术(TMA)进行HBV-DNA、HCV-RNA检测,人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)RNA核酸检测。结果 NAT检测阳性ELISA检测阴性标本共51份。51份标本有鉴别试验结果的33份,其中32份HBV-DNA阳性,1份HIV-1RNA阳性,HIV-1RNA阳性的献血者经南京市疾病预防控制中心免疫印迹法确认为HIV-1疑似阳性(gp160和p24±)。半年后再次回访该献血者,抽取血样送南京市疾控中心经免疫印迹法确认为HIV-1阳性(gp160、gp120、p66、p51、gp41、p31、p24、p17+)。结论 NAT技术可以减少由献血者感染"窗口期"及隐匿感染献血引起的疾病传播,从而减少输血风险。 展开更多
关键词 血液筛查 核酸检测技术 “窗口期” 转录介导扩增技术
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肺癌组织端粒酶亚基的表达及与端粒酶活性的关系 被引量:7
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作者 王孝养 张珍祥 +3 位作者 徐永健 何敏 陈仕新 方慧娟 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第6期599-603,共5页
目的:探讨肺癌端粒酶各亚基的表达及与端粒酶活性的关系。方法:用TRAP法检测端粒酶活性,用逆转录 PCR(RT-PCR)法检测肺癌组织、肺部良性瘤样病变和病灶旁非癌肺组织的 RNA成分(human telomerase ... 目的:探讨肺癌端粒酶各亚基的表达及与端粒酶活性的关系。方法:用TRAP法检测端粒酶活性,用逆转录 PCR(RT-PCR)法检测肺癌组织、肺部良性瘤样病变和病灶旁非癌肺组织的 RNA成分(human telomerase RNAcomponent, hTR)、端粒酶逆转录酶(human telomerase reverse transcriptase, hTERT)、端粒酶相关蛋白 1(humantelomerase-associated protein, hTEP1)各亚基的 mRNA表达,其结果与肺癌的组织类型、分化程度及TNM分期进行了比较。结果:肺癌组织、肺部良性瘤样病变、病灶旁非癌肺组织端粒酶活性阳性率为82%(48/59)、43%(3/7)和20%(7/35)(P<0.0001),hTERT mRNA表达阳性率分别为91%(33/36)、77%(7/9)、35%(8/22)(P<0.0001)。3组hTR、hTEP1 mRNA普遍呈阳性表达,差异无显著性(P>0.05)。肺癌不同细胞类型(鳞癌和腺癌)、TNM分期和分化程度之间端粒酶活性、hTERT mRNA水平未见显著差异(P>0.05)。肺癌组织、肺部良性瘤样? 展开更多
关键词 端粒酶 肺肿瘤 端粒酶逆转录 nTERT HTR 转录PCR技术
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双孢蘑菇转录组测序及褐变相关基因的挖掘 被引量:10
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作者 彭博 李炳娟 +1 位作者 关文强 林琼 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期126-132,共7页
为从分子水平研究双孢蘑菇多酚氧化酶调控褐变的机理,以采后贮藏第1、7、14天的双孢蘑菇菌盖为材料,应用转录组测序技术对双孢蘑菇菌盖RNA进行测序分析。共获得168 607 212个高质量的clean reads;贮藏第7天和第1天相比筛选出727个差异... 为从分子水平研究双孢蘑菇多酚氧化酶调控褐变的机理,以采后贮藏第1、7、14天的双孢蘑菇菌盖为材料,应用转录组测序技术对双孢蘑菇菌盖RNA进行测序分析。共获得168 607 212个高质量的clean reads;贮藏第7天和第1天相比筛选出727个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),贮藏第14天和第1天相比筛选出1 524个DEGs;Gene Ontology(GO)功能富集和Pathway富集分析将这些差异表达基因归类于180个代谢途径;从已获得的差异表达基因中筛选得到PPO1、PPO3、PPO5、LAC1和LAC4五个多酚氧化酶相关基因。研究结果为双孢蘑菇功能相关基因挖掘和品质改良提供理论数据支撑。 展开更多
关键词 双孢蘑菇 褐变 转录组测序技术 差异表达基因 多酚氧化酶
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应用环介导逆转录等温扩增技术快速检测新城疫病毒 被引量:10
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作者 孔令辰 侯佳蕾 +4 位作者 蒋文泓 聂飞 敖艳华 廖明 任涛 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期75-78,共4页
参考新城疫病毒融合基因(fusion gene,F gene)序列,设计了2对能够特异性地识别F基因上的6个区域的引物,并以此建立了一种简单、快速、有效的环介导逆转录等温扩增(RT-LAMP)方法检测NDV.试验结果表明:该方法用时短(2 h内完成)、特异性好... 参考新城疫病毒融合基因(fusion gene,F gene)序列,设计了2对能够特异性地识别F基因上的6个区域的引物,并以此建立了一种简单、快速、有效的环介导逆转录等温扩增(RT-LAMP)方法检测NDV.试验结果表明:该方法用时短(2 h内完成)、特异性好而且灵敏度高,最小检测限可达100 pg;对人工发病样品进行鸡胚分离和RT-LAMP检测,二者的阳性符合率高达93.5%;同时采用镁离子沉淀对检测结果进行可视化处理,方便利用肉眼直接观察. 展开更多
关键词 环介导逆转录等温扩增技术 新城疫病毒 快速检测
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基于宏转录组学技术解析工业豇豆泡菜发酵过程中活性微生物群落结构变化 被引量:9
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作者 魏雯丽 宫尾茂雄 +1 位作者 吴正云 张文学 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期60-65,共6页
利用宏转录组学技术解析了工业豇豆泡菜在发酵过程中活性微生物的群落结构组成并进行了功能基因注释。结果表明,乳杆菌属(Lactobacillus)、Starmerella、片球菌属(Pediococcus)、魏斯氏菌属(Weissella)、Millerozyma和Sugiyamaella是工... 利用宏转录组学技术解析了工业豇豆泡菜在发酵过程中活性微生物的群落结构组成并进行了功能基因注释。结果表明,乳杆菌属(Lactobacillus)、Starmerella、片球菌属(Pediococcus)、魏斯氏菌属(Weissella)、Millerozyma和Sugiyamaella是工业豇豆泡菜发酵过程中的主要活性菌属。其中,乳杆菌属(Lactobacillus)在发酵前中期起主导作用,随着发酵进行,乳杆菌属的相对丰度逐渐降低而Starmerella的相对丰度上升,成为发酵后期的绝对优势活菌属。在KEGG功能注释方面,整体上,发酵过程中有关代谢的基因表达量最高,其中以碳水化合物代谢为主。研究结果揭示了工业豇豆泡菜发酵过程中真正发挥作用的活性菌群组成,为工业泡菜发酵机理解析及发酵过程控制提供了一定理论基础。 展开更多
关键词 豇豆泡菜 活性微生物 转录组学技术 微生物多样性 KEGG功能注释
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RNA-Seq在药用植物研究中的应用 被引量:8
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作者 刘厚伯 上官艳妮 +3 位作者 潘胤池 赵梓岐 李林 徐德林 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第21期5346-5354,共9页
转录组测序技术(RNA-Seq)是近10年新崛起的一种在组学水平剖析基因功能和互作关系的研究方法,广泛应用于分子生物学等前沿领域。近年来,该技术在药用植物研究中得到广泛应用,相关报道也日渐增多。对相关文献进行系统整理,归纳RNA-Seq技... 转录组测序技术(RNA-Seq)是近10年新崛起的一种在组学水平剖析基因功能和互作关系的研究方法,广泛应用于分子生物学等前沿领域。近年来,该技术在药用植物研究中得到广泛应用,相关报道也日渐增多。对相关文献进行系统整理,归纳RNA-Seq技术在药用植物功能基因发掘、基因网络分析、遗传机制揭示、分子标记开发等领域中的应用。同时,依据RNA-Seq的技术特点和药用植物研究的发展需求,对该技术在中药材中的进一步应用进行展望,以期为RNA-Seq技术应用于中药系统基因组学的研究提供参考。 展开更多
关键词 转录组测序技术 药用植物 系统基因组学 功能基因挖掘 基因网络分析 分子标记开发
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高良姜转录组的特征分析 被引量:7
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作者 黄琼林 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期729-734,共6页
目的探究广东道地药材高良姜的转录组特征,为其资源可持续性研究奠定基础。方法以道地产区高良姜叶片、茎和根茎为研究材料,采用高通量测序(RNA-seq)技术进行转录组测序,并利用Trinity软件组装出非重复序列基因(unigene)。将获得的unige... 目的探究广东道地药材高良姜的转录组特征,为其资源可持续性研究奠定基础。方法以道地产区高良姜叶片、茎和根茎为研究材料,采用高通量测序(RNA-seq)技术进行转录组测序,并利用Trinity软件组装出非重复序列基因(unigene)。将获得的unigenes映射至Nr、KOG、Swissprot、GO、KEGG等蛋白质数据库进行功能基因注释、代谢通路分析。结果从高良姜不同组织中共获得147 652条unigenes,平均长度为895 bp,平均GC含量为42.61%。共有78 537条unigenes获得功能注释,占总unigene数的53.19%,其中在Nr、KOG、Swissprot和KEGG数据库中获得注释的unigenes数量分别为70 057、50 139、58 718和27 109条。在KEGG获得注释的unigenes被归属至129条代谢途径,其中涉及次生代谢产物生物合成的途径有34条。结论该研究在无基因组参考的情况下,探讨了高良姜转录组特征,为基于功能基因调控的高良姜药效成分的生物合成、品种优育等后续研究提供了丰富的基因数据。 展开更多
关键词 高良姜 转录 转录组测序技术 生物信息学 代谢途径 次生代谢产物
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单细胞转录组测序技术在慢性鼻窦炎中的应用与进展 被引量:1
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作者 刘非凡 鹿若玉 +1 位作者 郭翠莲 刘争 《中华耳鼻咽喉头颈外科杂志》 CSCD 北大核心 2024年第6期663-668,629,共7页
近年来,随着单细胞测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术的出现和成熟,其被应用于越来越多疾病发病机制的研究。慢性鼻窦炎(CRS)具有高度异质性,其发病过程有众多的免疫细胞和组织结构细胞参与,应用scRNA-seq技术可以有效解... 近年来,随着单细胞测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术的出现和成熟,其被应用于越来越多疾病发病机制的研究。慢性鼻窦炎(CRS)具有高度异质性,其发病过程有众多的免疫细胞和组织结构细胞参与,应用scRNA-seq技术可以有效解析不同细胞在CRS发生和发展中的作用,探究CRS发病机制。本文简要介绍了scRNA-seq技术的基本原理、实验流程和数据分析,讨论了其在CRS研究中的应用进展及局限性,并展望了其应用前景。 展开更多
关键词 慢性鼻窦炎 实验流程 CRS 发病机制 转录组测序技术 应用与进展 发病过程 单细胞测序
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RNA-Seq技术筛选APP/PS1阿尔茨海默病模型小鼠差异表达基因及功能分析 被引量:7
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作者 史长华 张玲 +2 位作者 陈巍 付信靖 秦川 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2018年第10期1-7,共7页
目的分析阿尔茨海默病(AD)模型小鼠前额叶皮层的差异表达基因,从转录组水平揭示AD的发病机制。方法本研究随机选取9月龄雌性APP swe/PS1ΔE9(PAP)的模型小鼠和野生型C57BL/6 J小鼠各5只,提取前额叶皮层组织RNA,用Illumina HiSeq 3000测... 目的分析阿尔茨海默病(AD)模型小鼠前额叶皮层的差异表达基因,从转录组水平揭示AD的发病机制。方法本研究随机选取9月龄雌性APP swe/PS1ΔE9(PAP)的模型小鼠和野生型C57BL/6 J小鼠各5只,提取前额叶皮层组织RNA,用Illumina HiSeq 3000测序。采用edgeR软件进行表达差异显著性分析。分析AD组和对照组基因表达变化,并采用qRT-PCR对其中6个关键差异表达基因进行验证。然后对差异表达基因进行聚类分析、GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。结果在AD组与对照组之间发现224个差异表达基因(P<0.05,|logFC|> 1.0),其中205个基因上调,19个基因下调。6个关键基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq趋势一致。GO功能富集分析结果表明,这些差异表达基因与免疫反应、炎症反应、趋化因子活动以及IgG结合等有关;KEGG通路富集分析结果表明,这些基因参与吞噬、溶酶体、Toll样受体信号通路、细胞因子受体相互作用、NF-κB信号通路等重要生物学通路。结论得到AD相关差异表达基因,为利用模型小鼠进行AD相关机制和治疗研究提供了实验依据。 展开更多
关键词 阿尔茨海默症 小鼠模型 转录组测序技术 差异表达基因
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