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冠心病血瘀证转录组学研究——病证结合生物标志物研究思路与方法 被引量：36
1
作者 王阶 姚魁武 +11 位作者 刘咏梅 邢雁伟 李军 杨保林 杨戈 虞桂 滕菲 廖江铨 段练 张振鹏 何庆勇 陈光 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第19期1-5,共5页
中医证候的生物学基础研究是影响中医学发展与创新的重大科学问题,证候相关生物标志物及中药干预调控网络的研究对于在证候标准规范的基础上进一步提高诊断效能和临床疗效具有重要意义。因此,在前期冠心病证候标准规范研究的基础上,本... 中医证候的生物学基础研究是影响中医学发展与创新的重大科学问题,证候相关生物标志物及中药干预调控网络的研究对于在证候标准规范的基础上进一步提高诊断效能和临床疗效具有重要意义。因此,在前期冠心病证候标准规范研究的基础上,本项目组以冠心病心绞痛血瘀证为切入点,从分子生物水平对证候进行了深入研究。第一,通过采集累计312例患者外周血基因信息,运用差异显示法、实时定量聚合酶链式反应(Real-time polymerase chain reaction,Real-time PCR),斑点杂交法,高通量芯片,测序等方法,确立了冠心病血瘀证长链非编码核糖核酸-微小核糖核酸-信使核糖核酸(long noncoding ribonucleic acid-micro ribonucleic acid-messenger ribonucleic acid,lncRNA-miRNA-mRNA)3个层面的潜在生物标志物。第二,在前期筛选出的差异基因的基础上,运用生物信息学分析结合细胞功能学验证的方法,构建了冠心病血瘀证基因miRNAmRNA以及lncRNA-miRNA-mRNA 2个水平的调控网络。第三,基于血瘀证差异基因及调控网络,通过累计202例活血化瘀中药干预冠心病心绞痛血瘀证患者的随机对照试验,治疗前后共计400余人次的基因检测,以及活血化瘀中药处理相关细胞模型的体外实验,从基因-蛋白-功能3个层面研究中药作用机制,从分子水平揭示了活血化瘀中药干预冠心病血瘀证的基因调控网络机制。本研究将相关的分子生物学技术及生物信息学方法引入证候的生物学基础研究,建立了一套证候相关生物标志物的研究方法,为证候实质的研究提供了新思路。 展开更多
关键词 冠心病 血瘀证 转录组学 生物标志物 调控网络 药物靶点 方法
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血管紧张素转换酶2与高血压 被引量：20
2
作者 钟久昌 朱鼎良 《高血压杂志》 CSCD 北大核心 2005年第11期682-686,共5页
肾素血管紧张素系统(renin-angiotensin system,RAS)和激肽释放酶-激肽系统是机体内调控血压稳定的两大体系,它们之间相互对抗,同时又形成多层次的相互作用的网络.在整个血压调控网络中,血管紧张素转换酶(angiotensin-converting enzyme... 肾素血管紧张素系统(renin-angiotensin system,RAS)和激肽释放酶-激肽系统是机体内调控血压稳定的两大体系,它们之间相互对抗,同时又形成多层次的相互作用的网络.在整个血压调控网络中,血管紧张素转换酶(angiotensin-converting enzyme,ACE)及其新近发现的同源酶ACE2是其中的关键作用子[1]. 展开更多
关键词 血管紧张素转换酶2 高血压 激肽释放酶-激肽系统 肾素血管紧张素系统 system 调控网络 相互作用 ACE2 机体内 多层次
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当归-川芎药对治疗脑梗死的“调控网络”和机制 被引量：22
3
作者 杨正飞 杨小燕 +4 位作者 陈叶飞 吴旦斌 郭茂娟 徐彦龙 姜希娟 《中医学报》 CAS 2020年第1期149-154,共6页
目的:本研究借助网络药理学的方法预测当归-川芎药对治疗脑梗死的潜在靶点,探讨其调控网络及作用机制。方法:首先,本研究运用在线中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选当归-川芎作用的共同靶点;其次,通过OMIM数据库、GAD数据库、TT... 目的:本研究借助网络药理学的方法预测当归-川芎药对治疗脑梗死的潜在靶点,探讨其调控网络及作用机制。方法:首先,本研究运用在线中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选当归-川芎作用的共同靶点;其次,通过OMIM数据库、GAD数据库、TTD数据库以及PharmGKB数据库筛选与脑梗死相关的靶点,并通过Cytoscape3.6.1软件筛选"药物-靶点-疾病"网络中的关键靶点;最后,利用DAVID 6.8在线分析工具对得到的关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集,并运用Omicshare在线分析工具对通路富集结果进行可视化。结果:通过筛选得到当归-川芎药对的共同靶点229个,脑梗死相关的作用靶点102个,通过网络合并和拓扑最终得到当归-川芎药对治疗脑梗死的关键靶点493个,其中涉及154个生物过程,65种细胞组成,51种分子功能及20条具有显著意义的通路(P<0.01,FDR<0.05)。结论:当归-川芎药对可能通过Thyroid hormone信号通路、Neurotrophin信号通路、MAPK信号通路及PI3K信号通路发挥治疗脑梗死的功效。其中,Thyroid hormone信号通路可能是治疗脑梗死的新方向。 展开更多
关键词 当归-川芎药对 脑梗死 “调控网络” 网络药理学 富集分析 关键靶点 作用机制
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lncRNA在绝经后骨质疏松症肾阴虚证中的表达特征及调控网络分析 被引量：21
4
作者 陈娟 谢丽华 +3 位作者 李生强 许惠娟 胡智旭 葛继荣 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期553-559,共7页
目的探讨绝经后骨质疏松症肾阴虚证中lncRNAs的表达特征及基因调控网络。方法随机选择绝经后骨质疏松症受试者,分为肾阴虚证组3例和肾阳虚证组3例,并选择健康绝经后妇女3例为正常对照组,采用基因芯片技术检测外周血单个核细胞lncRNAs的... 目的探讨绝经后骨质疏松症肾阴虚证中lncRNAs的表达特征及基因调控网络。方法随机选择绝经后骨质疏松症受试者,分为肾阴虚证组3例和肾阳虚证组3例,并选择健康绝经后妇女3例为正常对照组,采用基因芯片技术检测外周血单个核细胞lncRNAs的表达水平。肾阴虚证组分别与其他2组比较,筛选共同差异表达lncRNAs,并构建lncRNA调控网络;实时荧光定量PCR检测LINC00334、LINC00189和LOC101929378的表达,验证基因芯片结果。结果肾阴虚证组与正常对照组和肾阳虚证组比较,筛选出8个共同差异表达lncRNAs:LINC00334、LINC00189、LOC101929378、XLOC_013921、ENSG00000237489.2、ENSG00000225278.2、AK125437和RNA95672;这些差异lncRNAs参与Jak/STAT、MAPK、胰岛素通路和钙离子代谢等12条信号转导通路的调控;实时荧光定量PCR证实,与正常对照组比较,LINC00189在绝经后骨质疏松症肾阴虚证表达下调(FC=4.71,P=0.007);LINC00334(FC=6.83,P=0.005)和LOC101929378绝经后骨质疏松症肾阴虚证表达上调(FC=4.51,P=0.035),变化趋势与芯片结果相一致。结论 LINC00334、LINC00189、LOC101929378、XLOC_013921、AK125437、ENSG00000237489.2、ENSG00000225278.2和RNA95672等8条lncRNAs可能通过调控Jak/STAT、MAPK、胰岛素通路和钙离子代谢等信号通路参与绝经后骨质疏松症肾阴虚证的发生发展过程。 展开更多
关键词 中西医结合 肾阴虚证 绝经后骨质疏松症 基因芯片 调控网络
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肿瘤细胞能量代谢特点及其研究进展 被引量：20
5
作者 李其响 张配 刘浩 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1499-1502,共4页
肿瘤细胞能量代谢依赖于糖酵解和氧化磷酸化,肿瘤细胞由于其生长迅速,常常出现葡萄糖等营养物质摄取增多、糖酵解增加等现象。近年来,针对肿瘤细胞能量代谢的研究受到了广泛的关注。该文总结了肿瘤细胞能量代谢过程中所需要的营养物质... 肿瘤细胞能量代谢依赖于糖酵解和氧化磷酸化,肿瘤细胞由于其生长迅速,常常出现葡萄糖等营养物质摄取增多、糖酵解增加等现象。近年来,针对肿瘤细胞能量代谢的研究受到了广泛的关注。该文总结了肿瘤细胞能量代谢过程中所需要的营养物质、调控网络以及治疗靶点,为后续研究和临床治疗提供重要参考。 展开更多
关键词 肿瘤细胞 能量代谢 营养物质 调控网络 治疗靶点 瓦博格效应
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神经-内分泌-免疫-肝再生调控网络 被引量：17
6
作者 李瀚旻 《中西医结合肝病杂志》 CAS 2014年第4期193-196,共4页
肝脏再生（简称肝再生）是一种非常显著的再生修复反应,可以使肝脏的组织结构和功能得到完全恢复。肝再生的调控机制极其复杂,其中神经-内分泌-免疫-肝再生调控网络是其重要环节[1,2]。在神经-内分泌-免疫-肝再生调控网络紊乱的状态下,... 肝脏再生（简称肝再生）是一种非常显著的再生修复反应,可以使肝脏的组织结构和功能得到完全恢复。肝再生的调控机制极其复杂,其中神经-内分泌-免疫-肝再生调控网络是其重要环节[1,2]。在神经-内分泌-免疫-肝再生调控网络紊乱的状态下,正常的肝再生修复反应常被干扰以致出现不完全再生，或难于再生，或再生不足，或无序再生（质量表达紊乱、空间分布失衡、时间次序失常），是肝脏病证发生发展的关键共同环节，故肝再生调控成为前景广阔的防治肝脏病证的策略及方向。 展开更多
关键词 神经-内分泌 调控网络 肝再生 免疫 修复反应 肝脏再生 肝脏病证 组织结构
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东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中nce-miR-12220及其靶基因的表达谱 被引量：15
7
作者 吴鹰 叶亚萍 +8 位作者 张佳欣 钱加珺 张文德 余岢骏 吉挺 蔺哲广 赵红霞 陈大福 郭睿 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1546-1557,共12页
东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae侵染成年蜜蜂导致蜜蜂微孢子虫病。本研究旨在验证东方蜜蜂微孢子虫nce-miR-12220的存在和表达,并检测nce-miR-12220及其靶基因在病原侵染意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica(简称意蜂)工蜂过程的表达谱... 东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae侵染成年蜜蜂导致蜜蜂微孢子虫病。本研究旨在验证东方蜜蜂微孢子虫nce-miR-12220的存在和表达,并检测nce-miR-12220及其靶基因在病原侵染意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica(简称意蜂)工蜂过程的表达谱。Stem-loop RT-PCR和Sanger测序结果显示nce-miR-12220真实存在和表达。靶向预测结果显示nce-miR-12220共靶向KRAB-A和γtubulin等15个基因。上述靶基因可注释到19个GO条目和3条KEGG通路。RT-qPCR结果显示,相较于接种后1 d(1 day post infection,1 dpi),nce-miR-12220在2 dpi上调表达,而在3–12 dpi阶段总体表现出显著下调表达的趋势。类似地,与1 dpi相比,靶基因KRAB-A在2 dpi上调表达,而在3–12 dpi阶段总体呈下调表达的趋势。另外,与1dpi相比,靶基因γtubulin在2–12dpi阶段总体表现出显著下调表达的趋势。上述结果表明nce-miR-12220与KRAB-A和γtubulin之间存在潜在的靶向结合和正向调控关系;东方蜜蜂微孢子虫通过下调表达nce-miR-12220抑制KRAB-A的表达进而促进增殖;意蜂工蜂可能通过抑制东方蜜蜂微孢子虫的γtubulin表达抵御病原侵染。研究结果明确了nce-miR-12220及其靶基因KRAB-A和γtubulin在东方蜜蜂微孢子虫侵染意蜂工蜂过程中的动态表达规律,为深入探究nce-miR-12220在病原侵染中的功能及调控机制提供了理论和实验依据。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 东方蜜蜂微孢子虫 微小RNA 调控网络 表达谱 正调控
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植物转录因子最新研究方法 被引量：16
8
作者 王传琦 孔稳稳 李晶 《生物技术通讯》 CAS 2013年第1期118-123,共6页
转录因子可以调控众多下游基因的表达,在植物的生长发育、代谢及对外界环境的反应中起着重要作用。我们结合近年来植物转录因子的研究进展,归纳分析了高等植物转录因子研究的主要策略和最新的技术方法,并从生物信息学分析、瞬间转化技... 转录因子可以调控众多下游基因的表达,在植物的生长发育、代谢及对外界环境的反应中起着重要作用。我们结合近年来植物转录因子的研究进展,归纳分析了高等植物转录因子研究的主要策略和最新的技术方法,并从生物信息学分析、瞬间转化技术的应用、突变体表型分析及调控网络等几个方面进行了全面阐述,为植物转录因子的预测、功能鉴定及靶基因分析等相关研究提供理论和方法的参考。 展开更多
关键词 植物转录因子 功能分析 生物信息学 调控网络 策略与方法
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蜜蜂球囊菌的microRNA鉴定及其调控网络分析 被引量：16
9
作者 郭睿 王海朋 +5 位作者 陈华枝 熊翠玲 郑燕珍 付中民 赵红霞 陈大福 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1077-1089,共13页
【目的】本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的micro RNAs miRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【方法】利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物... 【目的】本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的micro RNAs miRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【方法】利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定,利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【结果】本研究共获得48268696条clean reads,预测出118个球囊菌的miRNAs,它们的长度分布介于18–25 nt之间,不同长度的mi RNA的首位碱基偏好性差异明显。Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数miRNAs可能真实存在。共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因,其中5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库。进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路。Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs。【结论】本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析,研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础。 展开更多
关键词 蜜蜂 球囊菌 MICRORNA 靶基因 调控网络
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植物WRKY转录因子家族研究进展 被引量：15
10
作者 黄幸 丁峰 +4 位作者 彭宏祥 潘介春 何新华 徐炯志 李琳 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期129-143,共15页
WRKY转录因子是植物中最大的转录调控因子家族之一,是调控植物许多生物过程信号网络的组成部分。WKRY转录因子具有多种生物学功能,在植物的生长发育和衰老、非生物和生物胁迫等过程中发挥着重要的作用。在DNA水平上,WRKY转录因子可与靶... WRKY转录因子是植物中最大的转录调控因子家族之一,是调控植物许多生物过程信号网络的组成部分。WKRY转录因子具有多种生物学功能,在植物的生长发育和衰老、非生物和生物胁迫等过程中发挥着重要的作用。在DNA水平上,WRKY转录因子可与靶基因启动子中的W-box TTGAC(C/T)结合,通过自调节或交叉调节激活或抑制下游基因的表达调控其反应。在蛋白水平上,WRKY转录因子可以与多种蛋白相互作用,包括MAP激酶、组蛋白去乙酰化酶、抗性R蛋白、多种转录因子等,调节植物的生长发育或各种应激反应。对WRKY转录因子的结构特征、生物学功能、调控机制和网络等方面进行了综述,有助于更加全面了解其在植物中的作用。 展开更多
关键词 WRKY转录因子 结构特征 生物学功能 调控机制 调控网络
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意大利蜜蜂幼虫肠道发育过程中的差异表达microRNA及其调控网络 被引量：15
11
作者 郭睿 杜宇 +10 位作者 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐国钧 王海朋 陈华枝 耿四海 周丁丁 石彩云 赵红霞 陈大福 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第21期4197-4209,共13页
【目的】微小RNA(microRNA,miRNA)是一类在转录后水平对mRNA进行负调控的关键调控因子。本研究旨在通过分析意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫肠道发育过程中差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmiRNA)... 【目的】微小RNA(microRNA,miRNA)是一类在转录后水平对mRNA进行负调控的关键调控因子。本研究旨在通过分析意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫肠道发育过程中差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmiRNA)及其调控网络,提供miRNA的表达谱和差异表达信息,揭示DEmiRNA在幼虫肠道发育中的作用。【方法】利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术对意蜂4、5和6日龄幼虫肠道样品(Am4、Am5和Am6)进行测序,将质控后的数据与西方蜜蜂(Apis mellifera)参考基因组进行比对,然后将比对上的序列标签(tags)注释到miRBase数据库,并利用TPM(tags per million)算法归一化处理所得miRNA的表达量,再通过相关生物信息学软件对miRNA进行表达量聚类、前体二级结构预测及差异表达分析。利用TargetFinder软件预测DEmiRNA的靶基因,使用Blast软件对靶基因进行GO和KEGG数据库注释,进而通过Cytoscape软件构建mi RNA-m RNA的调控网络。采用茎环实时荧光定量PCR(Stem-loop RT-qPCR)验证测序数据的可靠性。【结果】意蜂幼虫肠道样品的测序分别得到10 841 644、12 037 678和9 230 496条有效序列标签;Am4 vs Am5比较组包含16个上调和10个下调mi RNA,Am5 vs Am6比较组包含5个上调和7个下调mi RNA。其中,novel-m0031-3p为两个比较组所共有,并结合5个与蜕皮激素诱导蛋白相关的靶基因;二者的特有DEmi RNA数分别为25和11个。Am4 vs Am5的26个DEmi RNA结合5 742个靶基因,其中2 725个靶基因可注释到GO数据库中的46个GO term,并主要富集在结合、细胞进程、代谢进程和单组织进程等;Am5 vs Am6的12个DEmi RNA结合3 733个靶基因,且其中2 725个靶基因富集在结合、细胞进程、单组织进程和代谢进程等41个GO term;此外,两个比较组中的DEmi RNA分别有1 046和676个靶基因可注释到116和92条KEGG代谢通路,且Am4 vs Am5比较组的DEmi RNA的靶基因富集在Wnt信号通路、Hippo信号通路、嘌呤代谢和� 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 幼虫肠道 发育 微小RNA 靶基因 调控网络
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转录因子网络与植物对环境胁迫的响应 被引量：12
12
作者 王计平 史华平 +1 位作者 毛雪 李润植 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第9期1740-1746,共7页
转录因子所介导的基因表达调控网络在植物抵御各种环境胁迫的反应中具有重要功能.已鉴定的参与植物环境胁迫响应的转录因子及家族有APETALA2/EREBP、BZIP、WRKY和MYB等.这些转录因子组成调控网络,精细调控植物胁迫反应中各种相关基因的... 转录因子所介导的基因表达调控网络在植物抵御各种环境胁迫的反应中具有重要功能.已鉴定的参与植物环境胁迫响应的转录因子及家族有APETALA2/EREBP、BZIP、WRKY和MYB等.这些转录因子组成调控网络,精细调控植物胁迫反应中各种相关基因的表达.转录因子及其调控网络的遗传修饰已成为从系统水平上探索胁迫生物学和提高植物胁迫耐性和抗性的有效工具. 展开更多
关键词 环境胁迫 转录因子 调控网络
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中华蜜蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫的microRNA应答分析 被引量：14
13
作者 杜宇 童新宇 +9 位作者 周丁丁 陈大福 熊翠玲 郑燕珍 徐国钧 王海朋 陈华枝 郭意龙 隆琦 郭睿 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1747-1764,共18页
【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种能够侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫的致死性真菌病原。微小RNA(microRNA,miRNA)可通过在转录后水平靶向抑制或降解mRNA而参与宿主与病原互作过程。本研究旨在... 【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种能够侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫的致死性真菌病原。微小RNA(microRNA,miRNA)可通过在转录后水平靶向抑制或降解mRNA而参与宿主与病原互作过程。本研究旨在对球囊菌胁迫的中蜂6日龄幼虫肠道的差异表达miRNA(DEmiRNA)及其靶基因进行深入分析,进而揭示DEmiRNA在中蜂响应球囊菌胁迫应答过程中的作用。【方法】利用Illumina MiSeq平台对正常及球囊菌胁迫的中蜂6日龄幼虫肠道(AcCK和AcT)进行测序,通过相关生物信息学软件预测DEmiRNA及其靶基因。通过Blast将靶基因注释到GO和KEGG数据库。利用Cytoscape软件构建DEmiRNA与其靶mRNA的调控网络。通过Stem-loop RT-PCR和qPCR验证测序数据的可靠性。【结果】本研究共预测出537个miRNA,其长度分布介于16–35 nt之间,且不同长度的miRNA首位碱基偏向性差异明显。通过Stem-loop RT-PCR证实了10个novel miRNA的表达。AcCK vs AcT比较组共有54个DEmiRNA,包含31个上调和23个下调miRNA,可分别靶向结合6170和8199个靶基因。GO分类结果显示上调和下调miRNA的靶基因分别涉及47和47个条目,富集基因数最多的皆为结合细胞进程和催化活性。KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果表明上调和下调miRNA的靶基因分别富集在134和126条pathway,富集基因数最多的均为内吞作用和内质网中的蛋白质加工。调控网络分析结果表明,DEmiRNA及其靶mRNA形成十分复杂的调控关系;31个DEmiRNA可靶向结合51个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNA,18个DEmiRNA可靶向结合14个与Jak-STAT信号通路相关的mRNA;miR-1277-x、miR-26-x、miR-27-y、miR-30-x、miR-6052-x等16个miRNA共同参与了上述两条免疫通路的调控。最后,随机挑选3个DEmiRNA进行qPCR验证,结果证明了测序数据的可靠性。【结论】本研究提供了中蜂幼虫肠道在球囊菌胁迫后期的miRNA的表达谱和差异表� 展开更多
关键词 中华蜜蜂 幼虫 球囊菌 MICRORNA 靶基因 调控网络
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中医证候的转录组学研究进展与探析 被引量：13
14
作者 何浩强 陈光 +1 位作者 高嘉良 王阶 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2018年第1期1-6,共6页
中医证候是中医理论的精粹部分,其生物学基础研究是证明中医科学性和中医药现代化的关键环节。转录组学从分子水平研究证候相关基因转录及转录调控规律以探索证候生物学基础,目前在证候研究中得到一定应用。本文对中医证候转录组学研究... 中医证候是中医理论的精粹部分,其生物学基础研究是证明中医科学性和中医药现代化的关键环节。转录组学从分子水平研究证候相关基因转录及转录调控规律以探索证候生物学基础,目前在证候研究中得到一定应用。本文对中医证候转录组学研究进行综述,包括转录组学内涵及研究方向、转录组学相关技术、中医证候的转录组差异表达和调控网络分析,并阐述了证候转录组学面临的挑战以及发展前景,以期为证候生物学基础研究提供新的思路和方法。 展开更多
关键词 证候 转录组学 MRNA MIRNA lncRNA 差异表达 调控网络
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意大利蜜蜂工蜂中肠发育过程中的差异表达环状RNA及其调控网络分析 被引量：13
15
作者 郭睿 陈华枝 +9 位作者 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐国钧 杜宇 王海朋 耿四海 周丁丁 刘思亚 陈大福 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第23期4575-4590,共16页
【目的】环状RNA(circular RNA,circRNA)在可变剪接、转录调控和来源基因的表达调控等方面具有重要功能。本研究旨在探究意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠发育过程中circRNA的表达谱及其发育过程中的差异表达circ... 【目的】环状RNA(circular RNA,circRNA)在可变剪接、转录调控和来源基因的表达调控等方面具有重要功能。本研究旨在探究意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠发育过程中circRNA的表达谱及其发育过程中的差异表达circRNA(differentially expressed circRNA,DEcircRNA),进而在转录组水平探究DEcircRNA在中肠发育中的作用。【方法】基于前期获得的意蜂7和10日龄工蜂中肠样品(Am7和Am10)的全转录组数据,利用find_circ软件从质控后的数据中预测circRNA。采用RPM算法归一化处理得到circ RNA的表达量。利用DEGseq软件对circ RNA进行差异分析,按照差异倍数(fold change)≥2、P<0.05及错误发现率(false discovery rate,FDR)<0.05条件筛选DEcircRNA。通过BLAST比对GO和KEGG数据库,对DEcircRNA的来源基因进行功能和代谢通路注释。利用TargetFinder软件预测DEcircRNA-miRNA及DEcircRNA-miRNA-mRNA调控网络,通过Cytoscape v.3.2.1软件对调控网络进行可视化。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证测序数据的可靠性。【结果】意蜂中肠各样品比对上参考基因组的短序列读段数平均为19 616 356条。Am7与Am10的组内Pearson相关系数均≥0.950。共预测出256个DEcircRNA,包括105个上调circRNA和151个下调circRNA。Novel_circ_009675和novel_circ_013879分别在Am7和Am10中高量表达。DEcircRNA的来源基因可注释到包括结合、单组织进程及细胞进程在内的32个GO条目,其中分别有35、35和7个来源基因注释到催化活性、代谢进程和应激反应。上述来源基因还可注释到35条KEGG代谢通路,其中分别有5、5和4个来源基因注释到Hippo信号通路、内吞作用和吞噬体;进一步分析发现分别有1、2和2个来源基因注释到磷酸肌醇代谢、淀粉和蔗糖代谢和半乳糖代谢等物质代谢通路,5、4、3、1和1个来源基因注释到内吞作用、吞噬体、溶酶体、泛素介导的蛋白水解和MAPK信号通路等免疫通� 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 中肠 环状RNA 调控网络 发育
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植物转录因子家族在耐盐抗旱调控网络中的作用 被引量：13
16
作者 李田 孙景宽 刘京涛 《生命科学》 CSCD 2015年第2期217-227,共11页
植物对干旱和高盐环境的适应是一个复杂的生物学过程,涉及多条信号通路的交叉调控。其中,通过转录因子发挥的调控作用对增强植物的耐盐抗旱特性具有重要意义。结合最近的相关研究,重点综述了植物中的MYB、b ZIP、WRKY、NAC、AP2/ERF等... 植物对干旱和高盐环境的适应是一个复杂的生物学过程,涉及多条信号通路的交叉调控。其中,通过转录因子发挥的调控作用对增强植物的耐盐抗旱特性具有重要意义。结合最近的相关研究,重点综述了植物中的MYB、b ZIP、WRKY、NAC、AP2/ERF等各类转录因子在响应高盐干旱胁迫的信号通路中与ABA信号通路、ROS信号通路、Sn RK2信号通路及H2O2信号通路等存在的交叉整合作用,以期为利用基因工程手段增强植物的耐盐抗旱性提供更有效的改良途径。 展开更多
关键词 转录因子 耐盐抗旱 调控网络
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本草基因组学专辑简介 被引量：13
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作者 宋经元 徐志超 陈士林 《中国科学：生命科学》 CSCD 北大核心 2018年第4期349-351,共3页
本草基因组学（herbgenomics）是从基因组水平研究中药及其对人体作用的一门前沿学科，利用组学技术研究中药基原物种的遗传信息及其调控网络，阐明中药防治人类疾病的分子机制。
关键词 基因组学 专辑 中药防治 调控网络 遗传信息 分子机制 人类疾病 物种
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Notch信号通路研究进展 被引量：11
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作者 王利祥 华子春 《中国医药生物技术》 CSCD 2009年第3期224-226,共3页
1917年，Morgan及其同事在果蝇体内发现一种基因，因其功能部分缺失可导致果蝇翅缘出现缺口，故命名该基因为Notch。随后的研究发现，Notch从无脊椎动物到脊椎动物的多个物种中表达，其家族成员的结构具有高度保守性，在细胞分化、发育... 1917年，Morgan及其同事在果蝇体内发现一种基因，因其功能部分缺失可导致果蝇翅缘出现缺口，故命名该基因为Notch。随后的研究发现，Notch从无脊椎动物到脊椎动物的多个物种中表达，其家族成员的结构具有高度保守性，在细胞分化、发育中起着关键作用。迄今研究己阐明Notch信号通路的主要成员及核心转导过程，然而随着研究的深入，人们逐渐认识到该通路实际上处于十分复杂的调控网络之中，而这与其在发育过程中功能的多样性相符合。本文结合最新进展，系统阐述Notch信号通路的组成，功能，作用机制及调控，并揭示该通路异常与疾病的联系。 展开更多
关键词 NOTCH 信号通路 无脊椎动物 调控网络 发育过程 部分缺失 家族成员 细胞分化
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乙二醛酶Ⅰ与糖尿病并发症的关系 被引量：12
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作者 李智 闫世军 +2 位作者 王思彤 盛军 张文生 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期428-431,共4页
乙二醛酶Ⅰ是人体中广泛存在的α-羰基醛解毒酶,能有效抑制晚期糖基化终产物(AGEs)的形成。AGEs与其主要前体甲基乙二醛(MG)具有细胞毒性,与糖尿病并发症的发展密切相关。因此提高乙二醛酶Ⅰ活性有望成为缓解或改善糖尿病并发症的新途径。
关键词 乙二醛酶Ⅰ 甲基乙二醛 α-羰基醛 晚期糖基化终产物 糖尿病并发症 调控网络
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基因调控网络研究与数学模型的建立 被引量：6
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作者 易东 李辉智 杨梦苏 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 2003年第24期74-78,共5页
关键词 基因组 调控网络 数学模型
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