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题名全局基因调控网络构建CPU/GPU并行算法
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作者
陈绪伟
钟诚
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机构
广西大学计算机与电子信息学院
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出处
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2015年第2期234-239,共6页
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基金
国家自然科学基金项目(61462005)资助
广西自然科学基金项目(2014GXSFAA118396)资助
+1 种基金
广西教育厅-广西大学博士点建设基金项目(P11900119)资助
广西研究生教育创新计划项目(YCSZ2013006)资助
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文摘
对基因表达谱分块,使之符合GPU并行计算的线程结构特性,根据GPU线程结构特性设计双层并行模式,并利用纹理缓存实现访存高效;依据CPU二级缓存容量对基本块进一步细分成子块以提高缓存命中率,利用数据预取技术减少访存次数,利用线程绑定技术减少线程在核心之间的迁移;依据多核CPU和GPU的计算能力分配CPU和GPU的基因互信息计算任务以平衡CPU与GPU的计算负载;在设计新的阈值计算算法基础上,设计实现了访存高效的构建全局基因调控网络CPU/GPU并行算法.实验结果表明,与已有算法相比,本文算法加速更明显,并且能够构建更大规模的全局基因调控网络.
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关键词
全局基因调控网络
CPU与GPU协同计算
访存高效
并行算法
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Keywords
genome-wide gene regulatory network
CPU/GPU cooperative computing
efficient access cache
parallel algorithm
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分类号
TP301
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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