目的用现代化学信息学手段和中药化学数据库寻找中药中治疗阿尔茨海默病的多靶药物。方法采用Accelrys公司Discovery Studio分子模拟软件包(版本2.5.5),对蛋白质晶体结构数据库(Protein Data Bank,PDB)中5个阿尔茨海默病相关靶酶的三维...目的用现代化学信息学手段和中药化学数据库寻找中药中治疗阿尔茨海默病的多靶药物。方法采用Accelrys公司Discovery Studio分子模拟软件包(版本2.5.5),对蛋白质晶体结构数据库(Protein Data Bank,PDB)中5个阿尔茨海默病相关靶酶的三维结构活性部位进行分析,通过配体对接(Ligandfi)t模块进行分子对接。结果分别以靶酶原配体的打分函数为阈值,筛选出中药化学数据库中6个具有多靶作用的化学成分。结论该研究结果可为新型阿尔茨海默病治疗药物的研制提供参考。展开更多
目的应用虚拟筛选方法预测雷公藤内酯醇作用靶标,以期阐明雷公藤治疗银屑病机制。方法根据银屑病的病理学特征,从PDTD(Potential Drug Target Database)数据库中筛选到的一批与雷公藤内酯醇可能发生相互作用的蛋白质中,选取视黄酸结合蛋...目的应用虚拟筛选方法预测雷公藤内酯醇作用靶标,以期阐明雷公藤治疗银屑病机制。方法根据银屑病的病理学特征,从PDTD(Potential Drug Target Database)数据库中筛选到的一批与雷公藤内酯醇可能发生相互作用的蛋白质中,选取视黄酸结合蛋白2、Caspase-1、蛋白S100-A9、视黄酸受体-alpha、视黄酸受体-beta、视黄酸受体-gamma、VEGFR以及血管生成素-1受体等8种可能与银屑病治疗相关的蛋白质靶标,利用Autodock 4.2分子对接软件,对雷公藤内酯醇与上述蛋白质靶标进行了逐一的精细对接和分析。结果通过比较其结合自由能、预测其抑制常数,并分析雷公藤内酯醇与蛋白质靶标的相互作用,发现雷公藤内酯醇与视黄酸结合类蛋白的相互作用最为强烈。结论雷公藤内酯醇治疗银屑病的药理学机制可能与视黄酸相关信号通路有关,我们的研究为进一步的药理学机制研究奠定了基础.展开更多
β-内酰胺类抗生素的广泛使用,使得越来越多的细菌产生由β-内酰胺酶介导的耐药性,针对丝氨酸β-内酰胺酶,目前已有克拉维酸、舒巴坦等抑制剂与临床常用抗生素配伍使用,但尚无金属β-内酰胺酶的有效抑制剂,因此,寻找金属β-内酰胺酶尤...β-内酰胺类抗生素的广泛使用,使得越来越多的细菌产生由β-内酰胺酶介导的耐药性,针对丝氨酸β-内酰胺酶,目前已有克拉维酸、舒巴坦等抑制剂与临床常用抗生素配伍使用,但尚无金属β-内酰胺酶的有效抑制剂,因此,寻找金属β-内酰胺酶尤其是目前最受瞩目的新德里金属β-内酰胺酶-1[NDM-1(B1类)]的抑制剂是遏制"超级细菌"引起的感染最迫切的要求。虚拟筛选作为发现新的先导化合物、寻找新药物的有力手段,大大缩小了人工进行配体活性筛选研究范围。我们通过计算机虚拟筛选技术,利用Discovery Studio 2.5和GOLD 3.0平台,基于NDM-1晶体结构(PDB:3Q6X),从一个含有2059个天然产物分子的化合物库里筛选得到6个可能具有金属β-内酰胺酶NDM-1(B1类)抑制活性的化合物结构。展开更多
文摘目的用现代化学信息学手段和中药化学数据库寻找中药中治疗阿尔茨海默病的多靶药物。方法采用Accelrys公司Discovery Studio分子模拟软件包(版本2.5.5),对蛋白质晶体结构数据库(Protein Data Bank,PDB)中5个阿尔茨海默病相关靶酶的三维结构活性部位进行分析,通过配体对接(Ligandfi)t模块进行分子对接。结果分别以靶酶原配体的打分函数为阈值,筛选出中药化学数据库中6个具有多靶作用的化学成分。结论该研究结果可为新型阿尔茨海默病治疗药物的研制提供参考。
文摘目的应用虚拟筛选方法预测雷公藤内酯醇作用靶标,以期阐明雷公藤治疗银屑病机制。方法根据银屑病的病理学特征,从PDTD(Potential Drug Target Database)数据库中筛选到的一批与雷公藤内酯醇可能发生相互作用的蛋白质中,选取视黄酸结合蛋白2、Caspase-1、蛋白S100-A9、视黄酸受体-alpha、视黄酸受体-beta、视黄酸受体-gamma、VEGFR以及血管生成素-1受体等8种可能与银屑病治疗相关的蛋白质靶标,利用Autodock 4.2分子对接软件,对雷公藤内酯醇与上述蛋白质靶标进行了逐一的精细对接和分析。结果通过比较其结合自由能、预测其抑制常数,并分析雷公藤内酯醇与蛋白质靶标的相互作用,发现雷公藤内酯醇与视黄酸结合类蛋白的相互作用最为强烈。结论雷公藤内酯醇治疗银屑病的药理学机制可能与视黄酸相关信号通路有关,我们的研究为进一步的药理学机制研究奠定了基础.
文摘β-内酰胺类抗生素的广泛使用,使得越来越多的细菌产生由β-内酰胺酶介导的耐药性,针对丝氨酸β-内酰胺酶,目前已有克拉维酸、舒巴坦等抑制剂与临床常用抗生素配伍使用,但尚无金属β-内酰胺酶的有效抑制剂,因此,寻找金属β-内酰胺酶尤其是目前最受瞩目的新德里金属β-内酰胺酶-1[NDM-1(B1类)]的抑制剂是遏制"超级细菌"引起的感染最迫切的要求。虚拟筛选作为发现新的先导化合物、寻找新药物的有力手段,大大缩小了人工进行配体活性筛选研究范围。我们通过计算机虚拟筛选技术,利用Discovery Studio 2.5和GOLD 3.0平台,基于NDM-1晶体结构(PDB:3Q6X),从一个含有2059个天然产物分子的化合物库里筛选得到6个可能具有金属β-内酰胺酶NDM-1(B1类)抑制活性的化合物结构。
