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贝莱斯芽孢杆菌HN-2次生代谢产物处理下黄单胞菌(Xoo)的转录组分析 被引量：2
1
作者 高雪 劳广术 +4 位作者 谭峥 方渝凯 刘文波 靳鹏飞 缪卫国 《热带生物学报》 2023年第4期389-398,共10页
为探究贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezens)菌株HN-2正丁醇提取物对黄单胞菌(Xoo)的抑菌机制,分别用菌株HN-2正丁醇提取物和杆菌肽处理12 h后的Xoo进行转录组测序(RNA-seq)并利用GO数据库和KEGG数据库对转录组数据进行分析。转录组数据... 为探究贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezens)菌株HN-2正丁醇提取物对黄单胞菌(Xoo)的抑菌机制,分别用菌株HN-2正丁醇提取物和杆菌肽处理12 h后的Xoo进行转录组测序(RNA-seq)并利用GO数据库和KEGG数据库对转录组数据进行分析。转录组数据分析结果表明,HN-2正丁醇提取物和杆菌肽处理后Xoo菌内均有大量差异表达基因(DEGs),HN-2处理组共得到1512个差异表达基因,其中上调表达基因871个,下调表达基因641个;GO富集分析发现HN-2正丁醇提取物处理后,Xoo的差异表达基因主要聚类在代谢过程、细胞组分、大分子复合物、催化活性等方面;KEGG聚类分析发现HN-2正丁醇提取物处理后,核糖体途径所包含的差异表达基因数目最多,差异最显著,其余主要参与的代谢途径有淀粉和蔗糖代谢、苯甲酸酯降解、甘油磷脂降解、细菌趋化性等。结果表明,HN-2正丁醇提取物主要影响Xoo的核糖体途径、淀粉和蔗糖代谢途径、细菌趋化性途径。 展开更多
关键词 贝莱斯芽孢杆菌 黄单胞菌 抑菌活性 表达差异基因
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转录组测序数据中cSNP和表达差异基因的分析方法 被引量：1
2
作者 李少波 傅国辉 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期129-133,共5页
目的确立本次转录组测序数据中编码区单核苷酸多态性(cSNP)和表达差异基因的分析方法,筛选出可能导致蛋白质功能改变的单核苷酸多态性(SNP)位点和不同表型细胞中存在的表达差异基因。方法对正常培养的胃癌细胞系MKN28和SGC7901进行RNA测... 目的确立本次转录组测序数据中编码区单核苷酸多态性(cSNP)和表达差异基因的分析方法,筛选出可能导致蛋白质功能改变的单核苷酸多态性(SNP)位点和不同表型细胞中存在的表达差异基因。方法对正常培养的胃癌细胞系MKN28和SGC7901进行RNA测序(RNA-Seq),将测序数据与参考基因组进行比对,对测序的reads数、测得的基因数、MKN28和SGC7901中各自表达上调的基因数、SNP数及可变剪接形式进行统计学分析。运用在线的软件和数据库并结合计算机编程,对2株胃癌细胞系转录组测序数据中的SNP进行筛选和功能预测;对2株细胞中表达差异基因GO聚类结果进行分析比较。结果筛选并预测了8种类别709种基因的SNP,分析出了6个经预测能够导致蛋白功能改变的SNP位点。对表达差异基因的分析得到了丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶在2株细胞中的表达情况;经Western blotting和PCR验证了部分分析结果。结论确立了1种转录组测序后cSNP数据的分析方法,该方法能够对大量SNP数据进行高效筛选和分析;通过聚类分析后再比较得到了一组在MKN28中高表达而在SGC7901中低表达的蛋白激酶基因;这些结果为后续实验提供了依据。 展开更多
关键词 编码区单核苷酸多态性 转录组 RNA测序 表达差异基因 胃癌
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阿洛糖对非利用型单核增生李斯特菌生长影响的研究 被引量：1
3
作者 张璐 王艳 叶长芸 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期550-554,共5页
为研究单核增生李斯特菌ICDC-LM188对阿洛糖的利用及阿洛糖对该菌株基因表达的影响,本研究利用含有不同碳源的MWB培养基和LB培养基分别进行单核增生李斯特菌在阿洛糖作用下的生长试验,采用RNA测序并进行主要差异表达基因分析。生长试验... 为研究单核增生李斯特菌ICDC-LM188对阿洛糖的利用及阿洛糖对该菌株基因表达的影响,本研究利用含有不同碳源的MWB培养基和LB培养基分别进行单核增生李斯特菌在阿洛糖作用下的生长试验,采用RNA测序并进行主要差异表达基因分析。生长试验结果显示阿洛糖可以抑制ICDC-LM188生长。差异表达基因分析结果显示,5个上调表达基因均与已知的阿洛糖代谢相关,14个下调表达基因中部分与丙酮酸代谢相关,而丙酮酸代谢的抑制会影响菌体生长,推断丙酮酸代谢的抑制可能是阿洛糖抑制部分单核增生李斯特菌生长的原因。本研究为优化LAEB培养基提供了方向及对单增李斯特菌的糖代谢相关研究有借鉴意义。 展开更多
关键词 阿洛糖 单核增生李斯特菌 生长作用 表达差异基因
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幽门螺杆菌感染与玫瑰痤疮共表达差异基因及相关信号通路的生物信息学探索
4
作者 陈胜军 刘文辉 +3 位作者 王书琦 方绍文 周新龙 李广帅 《中华整形外科杂志》 CSCD 2023年第8期858-867,共10页
目的运用生物信息学方法探究幽门螺杆菌(Hp)感染与玫瑰痤疮的共同信号通路以及筛选Hub基因。方法通过GEO数据库获取Hp感染(GSE70394)和玫瑰痤疮(GSE65914)相关的基因表达数据集,使用R语言limma包以及Venn图筛选出两者共表达差异基因,运... 目的运用生物信息学方法探究幽门螺杆菌(Hp)感染与玫瑰痤疮的共同信号通路以及筛选Hub基因。方法通过GEO数据库获取Hp感染(GSE70394)和玫瑰痤疮(GSE65914)相关的基因表达数据集,使用R语言limma包以及Venn图筛选出两者共表达差异基因,运用Metascape数据库对差异基因进行基因本体论(GO)富集分析,并使用R语言clusterProfiler包分别对上调和下调基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。随后使用STRING以及Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,应用其内部插件MCODE和Cytohubba筛选关键功能模块和Hub基因,将Hub基因导入GeneMANIA在线分析工具,构建Hub基因共表达网络,并再次对Hub基因进行GO以及KEGG富集分析。结果GSE70394数据集包含3个未感染Hp的人胃腺癌细胞(AGS)组织和3个感染Hp 24 h后的AGS细胞组织的基因芯片数据;GSE65914数据集包含了19例玫瑰痤疮患者皮肤组织和10名健康志愿者皮肤组织的基因芯片数据。经过比较分析最终获得139个共表达差异基因,包含93个上调基因和46个下调基因。GO富集分析显示共表达差异基因主要集中于平滑肌细胞调节、血管发育以及脂质代谢过程。KEGG富集分析显示共表达差异基因主要涉及脂质和动脉粥样硬化、炎症反应和免疫相关通路,如PPAR信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、Th17细胞分化、IL-17信号通路和NF-κB信号通路。使用Cytohubba插件共识别出16个Hub基因,包括SPRR1B、GCLM、KRT16、GPX2、S100A2、SOD2、MMP1、MSMO1、HMOX1、GLRX、IL-1β、CXCL1、PPARγ、HMGCS1、SRXN1、SPRR3。结论Hp感染与玫瑰痤疮存在一定的相关性,Hp可能通过介导炎症免疫反应以及调节脂质代谢过程来参与玫瑰痤疮疾病的发生发展,筛选出的Hub基因与相关信号通路可为后续的关联性分析提供一定的理论参考。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 玫瑰痤疮 共表达差异基因 生物信息学
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呼吸睡眠暂停综合征与特发性肺纤维化的共表达差异基因分析
5
作者 陈铃 《中国卫生检验杂志》 CAS 2023年第5期607-611,共5页
目的 通过生物信息学方法寻找呼吸睡眠暂停综合征(OSA)与特发性肺纤维化(IPF)之间的共表达差异基因。方法 下载GSE24206和GSE135917数据集作为研究对象,筛选疾病组与正常对照组之间的差异表达基因(DEG),运用韦恩工具获得彼此的共同表达D... 目的 通过生物信息学方法寻找呼吸睡眠暂停综合征(OSA)与特发性肺纤维化(IPF)之间的共表达差异基因。方法 下载GSE24206和GSE135917数据集作为研究对象,筛选疾病组与正常对照组之间的差异表达基因(DEG),运用韦恩工具获得彼此的共同表达DEG(co-DEGs)。运用WebGestalt数据库对co-DEGs进行GO/KEGG分析,通过STRING数据库分析co-DEGs的蛋白互作网络以及相关枢纽基因,使用pROC包对枢纽基因在OSA和IPF中的诊断价值进行ROC分析。结果 共筛选出406个co-DEGs, GO/KEGG富集分析显示co-DEGs在生物过程中主要在细胞外基质组织,细胞外结构组织,白细胞迁移,免疫系统过程的负调节,对细菌来源分子的反应,中性粒细胞介导的免疫等过程中特别富集。在细胞组成中主要富集在含胶原的细胞外基质、轴丝部分、特定颗粒、基底膜内,而对于分子功能主要在受体配体活性、糖胺聚糖结合、DNA结合转录激活因子活性、RNA聚合酶Ⅱ特异性、硫化合物结合、G蛋白偶联受体结合、细胞外基质结构成分、细胞因子活性等功能上发生富集。对于通路分析,co-DEGs主要富集在IL-17信号通路,病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用,TNF信号通路、类风湿关节炎、细胞因子-细胞因子受体相互作用,ECM-受体相互作用等信号通路。通过STRING数据库的互作网络分析筛选出的前5个枢纽基因(IL-6、CXCL8、PTGS2、FOS、MYC)在诊断OSA和IPF上具有一定的准确性。结论 OSA和IPF之间存在co-DEGs,彼此之间通过多种信号通路在疾病进展中发挥作用。 展开更多
关键词 呼吸睡眠暂停综合征 特发性肺纤维化 共表达差异基因 生物信息学方法
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双相情感障碍与精神分裂症的共表达差异基因分析
6
作者 吴秋萍 李海彬 《中国卫生检验杂志》 CAS 2023年第22期2770-2773,2777,共5页
目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(bipolar disorder,BD)与精神分裂症(schizophrenia,SCZ)之间的共表达差异基因(DEG)。方法在GSE53987和CSE35977数据集中选择BD和SCZ与正常对照的差异表达基因,对筛选出的共同表达DEG进行GO/KEG... 目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(bipolar disorder,BD)与精神分裂症(schizophrenia,SCZ)之间的共表达差异基因(DEG)。方法在GSE53987和CSE35977数据集中选择BD和SCZ与正常对照的差异表达基因,对筛选出的共同表达DEG进行GO/KEGG分析,通过STRING数据库进行蛋白互作分析并筛选枢纽基因,运用ROC曲线分析枢纽基因对BD和SCZ的诊断价值。结果共筛选出60个共表达的DEG、GO/KEGG富集分析显示共表达的DEG主要富集表达在大脑神经元细胞中,且大多参与突触的组织、分化、传递等生物过程。KECG分析显示主要涉及肌萎缩侧索硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、mTOR信号通路。筛选出的枢纽基因(EGF、FGF2、NTRK2、SLC1A3和SNAP25)对诊断BD和SCZ均有一定准确性。结论BD和SCZ之间具有共表达DEG,通过多种信号通路在BD和SCZ的发生和进展中起重要作用。 展开更多
关键词 双相情感障碍 精神分裂症 共表达差异基因 生物信息学方法
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双相情感障碍与2型糖尿病的共表达差异基因分析
7
作者 高威 闵国庆 沈文婧 《中国卫生检验杂志》 CAS 2022年第9期1106-1109,共4页
目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(BD)与2型糖尿病(T2DM)之间的共表达差异基因。方法选取GSE5388、GSE161355、GSE25724数据集作为在线数据库研究对象,在BD和T2DM数据集中筛选疾病组与正常对照组的差异表达基因(DEG),并获得这2... 目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(BD)与2型糖尿病(T2DM)之间的共表达差异基因。方法选取GSE5388、GSE161355、GSE25724数据集作为在线数据库研究对象,在BD和T2DM数据集中筛选疾病组与正常对照组的差异表达基因(DEG),并获得这2种疾病的共同表达的DEG。运用WebGestalt数据库对2组间的交叉基因进行GO/KEGG分析,通过STRING数据库分析与共表达DEG有关的枢纽基因及蛋白,利用SPSS 23.0软件分别分析BD和T2DM数据集中枢纽基因的诊断价值。结果共筛选出362个共表达的DEG,GO/KEGG富集分析显示共表达的DEG主要在细胞代谢、生物调控等多种基因功能上发生富集。KEGG通路富集显示共表达DEG主要参与脊髓小脑性共济失调、自噬、鞘脂信号通路、沙门菌感染、蛋白质输出、柠檬酸循环、蛋白酶体、AMPK信号等通路。CYCS、BUB3、COPS5、ATP5C1、BTBD15个枢纽基因均对BD和T2DM具有诊断价值。结论BD和T2DM之间具有共表达差异基因,在BD和T2DM的发生和进展中起重要作用。 展开更多
关键词 双相情感障碍 2型糖尿病 共表达差异基因 生物信息学方法
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双相情感障碍与非酒精性脂肪肝的共表达差异基因分析
8
作者 高威 岳静 孙义臣 《中国卫生检验杂志》 CAS 2022年第8期999-1002,共4页
目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(BD)与非酒精性脂肪肝(NAFLD)之间的共表达差异基因。方法选取GSE5388、GSE63067、GSE49541数据集作为在线数据库研究对象,在BD和NAFLD数据集中筛选疾病组与正常对照组的差异表达基因(DEG),并获... 目的通过生物信息学方法寻找双相情感障碍(BD)与非酒精性脂肪肝(NAFLD)之间的共表达差异基因。方法选取GSE5388、GSE63067、GSE49541数据集作为在线数据库研究对象,在BD和NAFLD数据集中筛选疾病组与正常对照组的差异表达基因(DEG),并获得这2种疾病的共同表达的DEG。运用Web Gestalt数据库对2组间的交叉基因进行GO/KEGG分析,通过STRING数据库分析与共表达DEG有关的枢纽基因及蛋白,利用SPSS 23.0软件分别分析BD和NAFLD数据集中枢纽基因的诊断价值。结果共筛选出59个共表达的DEG,GO/KEGG富集分析显示共表达的DEG主要在细胞代谢、生物调控等多种基因功能上发生富集。KEGG通路富集显示共表达DEG主要涉及神经活性配体-受体相互作用,神经退行性变的通路,炎症介质对TRP通道的调节、WNT信号通路、钙信号通路等多种机制通路。GAP43、ANO2、GABRG1、HTR2A和NGF 5个枢纽基因均对BD和NAFLD具有诊断价值。结论BD和NAFLD之间具有共表达差异基因,在BD和NAFLD的发生和进展中起重要作用。 展开更多
关键词 双相情感障碍 非酒精性脂肪肝 共表达差异基因 生物信息学方法
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基于转录组学的绿豆改善肥胖小鼠肝脂肪变性的潜在机制 被引量：3
9
作者 侯殿志 唐健 +3 位作者 郑博妍 贾秋菊 周素梅 沈群 《食品科学技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期45-52,107,共9页
基于绿豆对高脂饲养肥胖小鼠肝脂肪变性的有效缓解作用,通过转录组学技术分析了其改善肝脂肪变性的潜在机制。结果表明,绿豆显著改善了肥胖小鼠的肝脏基因表达图谱。与模型组相比,全绿豆和去皮绿豆干预后的小鼠肝脏分别有306和461个表... 基于绿豆对高脂饲养肥胖小鼠肝脂肪变性的有效缓解作用,通过转录组学技术分析了其改善肝脂肪变性的潜在机制。结果表明,绿豆显著改善了肥胖小鼠的肝脏基因表达图谱。与模型组相比,全绿豆和去皮绿豆干预后的小鼠肝脏分别有306和461个表达量差异基因显著上调,596和1132个表达量差异基因显著下调。经KEGG功能注释分析显示,绿豆干预后引起的表达量差异基因显著注释到脂质代谢相关的通路上。KEGG通路富集分析结果表明,绿豆干预发生了以NOD样受体信号通路和Toll样受体信号通路激活为特征的功能转变,其中NOD样受体信号通路是最为显著富集的信号通路,涉及12个显著下调的表达量差异基因以反馈绿豆对小鼠肝脂肪变性的调控作用。绿豆干预后,小鼠血清中炎症因子TNF-α和IL-6水平的显著降低以及肝脏中TNF-αmRNA表达水平的显著下降也很好地支持了转录组学测序的结果。本研究旨在为阐释绿豆缓解肥胖小鼠肝脂肪变性的作用机制奠定数据基础,从而为绿豆基功能食品的开发和应用提供理论支撑。 展开更多
关键词 绿豆 转录组 表达量差异基因 功能注释 信号通路
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