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2017年淮南市外环境H7N9病毒HA和NA基因特征分析 被引量：3
1
作者 刘江 何军 +4 位作者 曾凡荣 余寿杰 何玢 杨光 李杰 《中国病毒病杂志》 CAS 2018年第1期50-57,共8页
目的分析淮南市2017年外环境标本中H7N9禽流感病毒血凝素基因(hemagglutinin,HA)及神经氨酸酶基因(neuraminidase,NA)的基因特征。方法采集活禽市场禽类咽拭子、肛拭子、粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本,进行禽... 目的分析淮南市2017年外环境标本中H7N9禽流感病毒血凝素基因(hemagglutinin,HA)及神经氨酸酶基因(neuraminidase,NA)的基因特征。方法采集活禽市场禽类咽拭子、肛拭子、粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本,进行禽流感病毒Real-time PCR分型检测,选取H7N9核酸阳性标本(CT值≤28),对其HA和NA基因进行特异性扩增,并对扩增产物进行基因序列测定。采用Bioedit5.0.9、DNASTAR7.1软件对测序结果拼接,并选取国内外H7N9参考序列使用Mega 6.06软件构建HA和NA基因遗传进化树。结果淮南市外环境3株H7N9禽流感毒株HA基因其核苷酸同源性为98.7%~100.0%,氨基酸序列同源性为99.3%~100.0%,基因进化分析显示,该3株H7N9禽流感毒株与安徽、江苏、浙江分离毒株亲缘性较近,处于长三角分支内,与2017年安徽株A/Anhui/13449/2017/H7N9(EPI258029)核苷酸同源性为98.7%~99.9%,氨基酸同源性为99.3%~100.0%,HA发生G186V、Q226L突变;NA基因核苷酸同源性为98.3%~100.0%,氨基酸同源性为99.5%~100.0%;基因进化分析显示,淮南株HN-3、HN-4与2017年安徽分离株A/Anhui/13449/2017/H7N9(EPI 258029)亲缘性最近,核苷酸同源性为98.7%~99.7%,氨基酸同源性为99.5%~100.0%,NA蛋白R294K耐药位点无变异,NA茎区69~73位缺失了"QISNT"序列。结论淮南市活禽市场外环境H7N9病毒HA基因和NA基因与人感染H7N9安徽株(EPI 258029)A/Anhui/13449/2017/H7N9高度同源,处于同一进化分支,有共同的进化来源;HA受体结合位点氨基酸发生G186V、Q226L变异,NA茎区69~73位缺失"QISNT"序列均加强了病毒感染人类的能力。 展开更多
关键词 H7N9 禽流感 Real-time PCR 外环境 血凝素基因(ha) 神经氨酸酶基因(NA) 毒株亲缘性 核苷酸同源性 氨基酸同源性
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禽流感病毒A／Chicken／Jiangsu／JS-1／2002(H9N2)分子鉴定与起源分析 被引量：1
2
作者 刘华雷 何海蓉 +2 位作者 周斌 魏建超 陈溥言 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第B04期273-277,共5页
运用RT-PCR技术扩增了禽流感病毒A／Chicken／Jiangsu／JS-1/2002(H9N2)完整的血凝素 (HA)基因,并克隆到pGEM-T载体中,进一步进行了序列测定。序列测定结果已经登陆 GenBank,登陆号为AY364228。所扩增的HA基因长度为1683核苷酸,共编码56... 运用RT-PCR技术扩增了禽流感病毒A／Chicken／Jiangsu／JS-1/2002(H9N2)完整的血凝素 (HA)基因,并克隆到pGEM-T载体中,进一步进行了序列测定。序列测定结果已经登陆 GenBank,登陆号为AY364228。所扩增的HA基因长度为1683核苷酸,共编码560个氨基酸,其中 信号肽长度为18aa,HA1为319aa,HA2为223aa。HA蛋白裂解位点的氨基酸组成为RSSR↓GLF, 不舍连续的碱性氨基酸,具有低致病性AⅣ HA基因裂解位点的序列特征。通过构建一个包含 18株H9N2亚型AIV的HA基因遗传进化树,发现所有的18个毒株共可分为欧亚谱系和北美谱 系两个谱系,而本分离株在分类地位上国内另外的三个分离株同属于欧亚谱系,在遗传进化上非 常接近,表明它们可能具有共同的起源。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H9N2亚型 血凝素基因(ha)
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中国H5N1禽流感病毒HA基因的分子进化分析
3
作者 刘杨安 赵卫 +3 位作者 赖沛龙 卢扬柏 朱利 张玲 《微生物学免疫学进展》 2008年第3期1-6,共6页
为了阐明中国H5N1禽流感病毒血凝素(HA)基因的分子进化规律,从GenBank下载中国近年来分离的27株禽流感H5N1病毒的HA基因,利用LaserGene软件包中的EditSeq程序剪切共同序列并翻译成氨基酸序列,与DNAMAN软件进行比对,并以LaserGene软件包... 为了阐明中国H5N1禽流感病毒血凝素(HA)基因的分子进化规律,从GenBank下载中国近年来分离的27株禽流感H5N1病毒的HA基因,利用LaserGene软件包中的EditSeq程序剪切共同序列并翻译成氨基酸序列,与DNAMAN软件进行比对,并以LaserGene软件包中的MegAlign程序构建分子进化树,结合背景资料分析其传播流行规律。结果显示:①在HA裂解位点上游毗邻的位置,gdch04、gddu04、gxch0405、gxdu05、gxqu0502、hkcph05、stch05、stqu05、ynch0502株都缺失了三个碱基;②27株毒株在HA裂解位点上游毗邻的位置存在多个连续的碱性氨基酸;③来自广西的gxch0405、gxdu05、gxqu0502和来自香港的hkcph05、hkgh04的序列同源性很高,很可能与苍鹭的迁移有关;④来自广西的gxqu0502和来自香港的hkcph05亲源关系很近,很可能来自同一祖先。 展开更多
关键词 H5N1 血凝素基因(ha) 分子进化分析
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33株H9N2亚型禽流感病毒分离株分子流行特点的研究 被引量：22
4
作者 吴海燕 李明义 +3 位作者 范根成 王述柏 单虎 刘拂晓 《中国动物检疫》 CAS 2010年第6期31-33,共3页
在1998至2007年期间,采集了我国不同地区、不同宿主来源的H9N2亚型禽流感病毒株,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HA基因,获得33株H9N2亚型禽流感病毒的核苷酸序列。结合GenBank中公开发表的其他国内H9亚型禽流感HA基因序列共65株,... 在1998至2007年期间,采集了我国不同地区、不同宿主来源的H9N2亚型禽流感病毒株,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HA基因,获得33株H9N2亚型禽流感病毒的核苷酸序列。结合GenBank中公开发表的其他国内H9亚型禽流感HA基因序列共65株,应用计算机软件绘制进化树,进行H9亚型禽流感病毒谱系全景分析,探索H9亚型禽流感的流行趋势。分析结果表明:这65株的基因进化树主要分为三个系列,每个系列毒株均呈现全国性流行分布;三个系列毒株可在同一时间段内、同一地区发生流行;不同时间的流行毒株虽有变异,但大部分归属于三个系列中。无论从时间的推移上还是地域的转变中,病毒均没有表现出明显的时间演变与地理分布特征,进一步显示了H9亚型禽流感的复杂性和多样性。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H9N2亚型 血凝素基因ha 序列分析
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