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基于格子模型的蛋白质设计方法
被引量：
3
1
作者
刘赟
王存新
+1 位作者
王宝翰
陈慰祖
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004年第2期172-176,共5页
提出一个简单有效的蛋白质设计方法 ,这一方法完全基于物理学原理 .与同类工作相比 ,该方法在很大程度上可节省对序列空间进行的搜索 ,是对同类工作的简化与发展 .对三个平面格子模型进行的检验表明该方法是成功的 .
关键词
蛋白质
设计方法
蛋白质
逆
折叠
格子模型
非格子模型
下载PDF
职称材料
基于相对熵的蛋白质设计新方法
被引量：
3
2
作者
刘贇
王宝翰
+1 位作者
王存新
陈慰祖
《中国科学（G辑）》
CSCD
2003年第4期348-356,共9页
提出一个关于蛋白质设计的新的有效快速的优化方法,其实质是按照Boltz-mann分布搜索序列空间。这一方法完全基于物理学原理,在该方法中使用了相对熵的概念,并把它作为优化的目标函数。利用真实蛋白质的非格子模型对该方法进行了检验。...
提出一个关于蛋白质设计的新的有效快速的优化方法,其实质是按照Boltz-mann分布搜索序列空间。这一方法完全基于物理学原理,在该方法中使用了相对熵的概念,并把它作为优化的目标函数。利用真实蛋白质的非格子模型对该方法进行了检验。与同类工作相比,得到了较好的结果。该方法可以作为处理蛋白质折叠和逆折叠的统一框架。
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关键词
蛋白质
设计
相对熵
非格子模型
Boltzmann分布搜索序列空间
蛋白质
逆
折叠
优化方法
原文传递
四种结构类型的蛋白质设计方法
被引量：
1
3
作者
刘赟
王屹华
+2 位作者
王宝翰
王存新
陈慰祖
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第4期307-314,共8页
给出了以疏水-亲水模型为基础的蛋白质设计方法,该方法以物理学原理为基础,以相对熵作为优化的目标函数。对四种不同结构类型的天然结构的真实蛋白质进行了检测,分析了影响检测成功率的主要因素,结果表明,该方法是普适的,可用于对不同...
给出了以疏水-亲水模型为基础的蛋白质设计方法,该方法以物理学原理为基础,以相对熵作为优化的目标函数。对四种不同结构类型的天然结构的真实蛋白质进行了检测,分析了影响检测成功率的主要因素,结果表明,该方法是普适的,可用于对不同结构类型的蛋白质设计序列。
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关键词
蛋白质
设计
蛋白质
逆
折叠
结构类型
非格子模型
下载PDF
职称材料
非格子模型的蛋白质设计方法
4
作者
刘赟
王存新
+1 位作者
王宝翰
陈慰祖
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第1期106-109,共4页
为了克服双重蒙特卡罗方法用于较大分子体系及非格子模型的困难,提出了一个基于相对熵的蛋白质设计的简单方法.利用非格子模型,以16个处于天然稳定态的真实蛋白质为目标结构进行测试,成功率可达75.9％.与其他利用Monte Carlo方法搜索序...
为了克服双重蒙特卡罗方法用于较大分子体系及非格子模型的困难,提出了一个基于相对熵的蛋白质设计的简单方法.利用非格子模型,以16个处于天然稳定态的真实蛋白质为目标结构进行测试,成功率可达75.9％.与其他利用Monte Carlo方法搜索序列空间的方法相比,该方法更为快速有效,在很大程度上节省了对序列空间的搜索.
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关键词
蛋白质
设计
蛋白质
逆
折叠
相对熵
下载PDF
职称材料
题名
基于格子模型的蛋白质设计方法
被引量：
3
1
作者
刘赟
王存新
王宝翰
陈慰祖
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
中国科学院生物物理研究所
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004年第2期172-176,共5页
基金
国家自然科学基金 ( 10 1740 0 5
3 0 170 2 3 0 )
北京市自然科学基金 ( 5 0 3 2 0 0 2 )资助项目
文摘
提出一个简单有效的蛋白质设计方法 ,这一方法完全基于物理学原理 .与同类工作相比 ,该方法在很大程度上可节省对序列空间进行的搜索 ,是对同类工作的简化与发展 .对三个平面格子模型进行的检验表明该方法是成功的 .
关键词
蛋白质
设计方法
蛋白质
逆
折叠
格子模型
非格子模型
Keywords
protein design, inverse protein folding, lattice model, off lattice model
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q615
下载PDF
职称材料
题名
基于相对熵的蛋白质设计新方法
被引量：
3
2
作者
刘贇
王宝翰
王存新
陈慰祖
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
中国科学院生物物理研究所
出处
《中国科学（G辑）》
CSCD
2003年第4期348-356,共9页
基金
国家自然科学基金(批准号:10174005
30170230)
北京市自然科学基金(批准号:5032002
文摘
提出一个关于蛋白质设计的新的有效快速的优化方法,其实质是按照Boltz-mann分布搜索序列空间。这一方法完全基于物理学原理,在该方法中使用了相对熵的概念,并把它作为优化的目标函数。利用真实蛋白质的非格子模型对该方法进行了检验。与同类工作相比,得到了较好的结果。该方法可以作为处理蛋白质折叠和逆折叠的统一框架。
关键词
蛋白质
设计
相对熵
非格子模型
Boltzmann分布搜索序列空间
蛋白质
逆
折叠
优化方法
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
四种结构类型的蛋白质设计方法
被引量：
1
3
作者
刘赟
王屹华
王宝翰
王存新
陈慰祖
机构
北京工业大学生命科学与生物工程研究院
中国科学院生物物理研究所
出处
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第4期307-314,共8页
基金
国家自然科学基金项目(10174005
30170230)
北京市自然科学基金项目(5032002)
文摘
给出了以疏水-亲水模型为基础的蛋白质设计方法,该方法以物理学原理为基础,以相对熵作为优化的目标函数。对四种不同结构类型的天然结构的真实蛋白质进行了检测,分析了影响检测成功率的主要因素,结果表明,该方法是普适的,可用于对不同结构类型的蛋白质设计序列。
关键词
蛋白质
设计
蛋白质
逆
折叠
结构类型
非格子模型
Keywords
Protein design
Inverse protein folding
Structural classes
Off-lattice model
分类号
Q615 [生物学—生物物理学]
下载PDF
职称材料
题名
非格子模型的蛋白质设计方法
4
作者
刘赟
王存新
王宝翰
陈慰祖
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
中国科学院生物物理研究所
出处
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第1期106-109,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(10174005)
北京市自然科学基金资助项目(5032002).
文摘
为了克服双重蒙特卡罗方法用于较大分子体系及非格子模型的困难,提出了一个基于相对熵的蛋白质设计的简单方法.利用非格子模型,以16个处于天然稳定态的真实蛋白质为目标结构进行测试,成功率可达75.9％.与其他利用Monte Carlo方法搜索序列空间的方法相比,该方法更为快速有效,在很大程度上节省了对序列空间的搜索.
关键词
蛋白质
设计
蛋白质
逆
折叠
相对熵
Keywords
protein design
inverse protein folding
relative entropy
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于格子模型的蛋白质设计方法
刘赟
王存新
王宝翰
陈慰祖
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2004
3
下载PDF
职称材料
2
基于相对熵的蛋白质设计新方法
刘贇
王宝翰
王存新
陈慰祖
《中国科学（G辑）》
CSCD
2003
3
原文传递
3
四种结构类型的蛋白质设计方法
刘赟
王屹华
王宝翰
王存新
陈慰祖
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004
1
下载PDF
职称材料
4
非格子模型的蛋白质设计方法
刘赟
王存新
王宝翰
陈慰祖
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
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