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基于多标签传播机制的蛋白质相互作用网络功能模块检测
被引量：
4
1
作者
韩跃
冀俊忠
杨翠翠
《模式识别与人工智能》
EI
CSCD
北大核心
2016年第6期548-557,共10页
鉴于多标签传播算法在发现社会网络的社区结构研究上具有快速、高效的求解能力,提出融合多源蛋白质生物学知识的基于多标签传播机制的蛋白质相互作用(PPI)网络功能模块检测算法.首先,结合PPI网络功能信息和结构信息初始化节点的标签.然...
鉴于多标签传播算法在发现社会网络的社区结构研究上具有快速、高效的求解能力,提出融合多源蛋白质生物学知识的基于多标签传播机制的蛋白质相互作用(PPI)网络功能模块检测算法.首先,结合PPI网络功能信息和结构信息初始化节点的标签.然后,利用基因表达数据描述蛋白质间的共表达性,依据共表达性构建标签集合,从中选择标签以实现标签在节点间真实可靠的传播.最后,将具有相同标识符的节点划分到同一功能模块中,获得最终结果.实验表明文中算法不仅具有良好的时间性能,而且在检测精度上也具有一定的竞争性.
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关键词
蛋白质
相互作用
(
ppi
)
网络
功能模块检测
多标签传播
生物学知识
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职称材料
基于计算的蛋白质复合物预测方法综述
被引量：
1
2
作者
潘玉亮
关佶红
+2 位作者
姚恒
石运佳
周水庚
《计算机科学与探索》
CSCD
北大核心
2022年第1期1-20,共20页
蛋白质是生命活动的物质基础,直接参与、执行生命的活动过程。大多数蛋白质通过相互作用形成复合物来实现各种生物功能,因此预测蛋白质复合物有助于了解复合物的结构及其功能,也为细胞机制的研究奠定了重要基础。目前,随着高通量实验技...
蛋白质是生命活动的物质基础,直接参与、执行生命的活动过程。大多数蛋白质通过相互作用形成复合物来实现各种生物功能,因此预测蛋白质复合物有助于了解复合物的结构及其功能,也为细胞机制的研究奠定了重要基础。目前,随着高通量实验技术的不断发展,全基因组蛋白质相互作用(PPI)数据日益增多,领域内已经出现了很多基于计算的蛋白质复合物预测方法。虽然现有方法各具特色与优势,但也存在一些不足。首先,针对现有基于计算的蛋白质复合物预测方法进行了分类和比较全面、详细的分析评述;接着,介绍了复合物预测中常用的评价指标和主要数据集,并比较和分析了几种代表性方法的预测性能;最后,对复合物预测方法进行了总结与展望,提出了今后有待解决的若干问题。希望通过对各类方法的分析与比较,为相关人员使用和研究基于计算的蛋白质复合物预测方法提供有价值的参考和方向指引。
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关键词
生物信息学
蛋白质
复合物
蛋白质
相互作用
(
ppi
)
网络
预测方法
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职称材料
基于蛋白质相互作用网络的孤立点检测
3
作者
黄敢为
《现代计算机》
2008年第11期77-79,共3页
分析孤立点检测方法,总结国内外孤立点的研究现状,基于相似度系数和矩阵对蛋白质进行聚类,把大于某一阈值的蛋白质列入稀疏蛋白质集中,基于相似系数对蛋白质相互作用网络中的孤立点进行了检测。
关键词
孤立点检测
蛋白质
相互作用
(
ppi
)
网络
相似度
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职称材料
基于网络药理学分析白头翁治疗奶牛乳腺炎的作用机制
4
作者
李雄婕
严作廷
曹随忠
《中兽医医药杂志》
CAS
2023年第5期51-56,共6页
利用网络药理学研究方法探究白头翁治疗奶牛乳腺炎的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。检索白头翁的所有化学成分及作用靶点,构建药物-疾病-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、靶点-通路气泡图,综合数据...
利用网络药理学研究方法探究白头翁治疗奶牛乳腺炎的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。检索白头翁的所有化学成分及作用靶点,构建药物-疾病-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、靶点-通路气泡图,综合数据信息分析得出白头翁治疗奶牛乳腺炎的作用机制。结合数据结果推测,白头翁中以异鼠李素为主的各活性成分通过影响表皮生长因子受体(EGFR)、肝X受体(LXRs)、雌激素受体1(ESR1)、Toll样受体等关键基因靶点,对促分裂原活化蛋白激酶(MARK)信号通络、蛋白酪氨酸激酶(JAK)-转录活化因子(STAT)信号通路、磷酯酰肌醇-3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)、核因子κB(NF-κB)信号轴等通路及T细胞膜糖蛋白分子CD4、细胞色素P450、一氧化氮合酶NOS2等基因进行靶点调控,从而发挥降低炎症反应、调节乳腺上皮细胞生长的作用,达到对乳腺炎的治疗效果。通过网络药理学研究方法探索白头翁活性成分、药物和疾病影响靶标及其映射关系,分析药物治疗疾病的影响通路,为奶牛乳腺炎的治疗提供参考。
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关键词
白头翁
奶牛乳腺炎
蛋白质
-
蛋白质
相互作用
(
ppi
)
网络
图
KEGG信号通路
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职称材料
题名
基于多标签传播机制的蛋白质相互作用网络功能模块检测
被引量：
4
1
作者
韩跃
冀俊忠
杨翠翠
机构
北京工业大学计算机学院多媒体与智能软件技术北京市重点实验室
出处
《模式识别与人工智能》
EI
CSCD
北大核心
2016年第6期548-557,共10页
基金
国家自然科学基金项目(No.61375059
61332016)
+1 种基金
教育部博士点学科专项科研博导类基金项目(No.20121103110031)
北京市教委科研计划重点项目(No.KZ201410005004)资助~~
文摘
鉴于多标签传播算法在发现社会网络的社区结构研究上具有快速、高效的求解能力,提出融合多源蛋白质生物学知识的基于多标签传播机制的蛋白质相互作用(PPI)网络功能模块检测算法.首先,结合PPI网络功能信息和结构信息初始化节点的标签.然后,利用基因表达数据描述蛋白质间的共表达性,依据共表达性构建标签集合,从中选择标签以实现标签在节点间真实可靠的传播.最后,将具有相同标识符的节点划分到同一功能模块中,获得最终结果.实验表明文中算法不仅具有良好的时间性能,而且在检测精度上也具有一定的竞争性.
关键词
蛋白质
相互作用
(
ppi
)
网络
功能模块检测
多标签传播
生物学知识
Keywords
Protein-Protein Interaction （
ppi
） Network, Functional Module Detection, Multi-label Propagation, Biological Knowledge
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q811.4
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职称材料
题名
基于计算的蛋白质复合物预测方法综述
被引量：
1
2
作者
潘玉亮
关佶红
姚恒
石运佳
周水庚
机构
同济大学电子与信息工程学院
同济大学嵌入式系统与服务计算教育部重点实验室
复旦大学计算机科学技术学院
复旦大学上海市智能信息处理重点实验室
出处
《计算机科学与探索》
CSCD
北大核心
2022年第1期1-20,共20页
基金
国家自然科学基金(61772367,61972100)。
文摘
蛋白质是生命活动的物质基础,直接参与、执行生命的活动过程。大多数蛋白质通过相互作用形成复合物来实现各种生物功能,因此预测蛋白质复合物有助于了解复合物的结构及其功能,也为细胞机制的研究奠定了重要基础。目前,随着高通量实验技术的不断发展,全基因组蛋白质相互作用(PPI)数据日益增多,领域内已经出现了很多基于计算的蛋白质复合物预测方法。虽然现有方法各具特色与优势,但也存在一些不足。首先,针对现有基于计算的蛋白质复合物预测方法进行了分类和比较全面、详细的分析评述;接着,介绍了复合物预测中常用的评价指标和主要数据集,并比较和分析了几种代表性方法的预测性能;最后,对复合物预测方法进行了总结与展望,提出了今后有待解决的若干问题。希望通过对各类方法的分析与比较,为相关人员使用和研究基于计算的蛋白质复合物预测方法提供有价值的参考和方向指引。
关键词
生物信息学
蛋白质
复合物
蛋白质
相互作用
(
ppi
)
网络
预测方法
Keywords
bioinformatics
protein complexes
protein-protein interaction(
ppi
)network
prediction methods
分类号
TP399 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
TP391 [自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
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职称材料
题名
基于蛋白质相互作用网络的孤立点检测
3
作者
黄敢为
机构
岳阳职业技术学院计算机系
出处
《现代计算机》
2008年第11期77-79,共3页
文摘
分析孤立点检测方法,总结国内外孤立点的研究现状,基于相似度系数和矩阵对蛋白质进行聚类,把大于某一阈值的蛋白质列入稀疏蛋白质集中,基于相似系数对蛋白质相互作用网络中的孤立点进行了检测。
关键词
孤立点检测
蛋白质
相互作用
(
ppi
)
网络
相似度
Keywords
Outliers＇ Detection
Protein-Protein Interaction Network
Similarity
分类号
TP311.13 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
基于网络药理学分析白头翁治疗奶牛乳腺炎的作用机制
4
作者
李雄婕
严作廷
曹随忠
机构
四川农业大学动物医学院
中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所
出处
《中兽医医药杂志》
CAS
2023年第5期51-56,共6页
基金
甘肃省科技厅重点研发计划项目(20YF8NA029)
四川省科技厅科技计划项目(2019YJ0650)。
文摘
利用网络药理学研究方法探究白头翁治疗奶牛乳腺炎的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。检索白头翁的所有化学成分及作用靶点,构建药物-疾病-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、靶点-通路气泡图,综合数据信息分析得出白头翁治疗奶牛乳腺炎的作用机制。结合数据结果推测,白头翁中以异鼠李素为主的各活性成分通过影响表皮生长因子受体(EGFR)、肝X受体(LXRs)、雌激素受体1(ESR1)、Toll样受体等关键基因靶点,对促分裂原活化蛋白激酶(MARK)信号通络、蛋白酪氨酸激酶(JAK)-转录活化因子(STAT)信号通路、磷酯酰肌醇-3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)、核因子κB(NF-κB)信号轴等通路及T细胞膜糖蛋白分子CD4、细胞色素P450、一氧化氮合酶NOS2等基因进行靶点调控,从而发挥降低炎症反应、调节乳腺上皮细胞生长的作用,达到对乳腺炎的治疗效果。通过网络药理学研究方法探索白头翁活性成分、药物和疾病影响靶标及其映射关系,分析药物治疗疾病的影响通路,为奶牛乳腺炎的治疗提供参考。
关键词
白头翁
奶牛乳腺炎
蛋白质
-
蛋白质
相互作用
(
ppi
)
网络
图
KEGG信号通路
Keywords
Pulsatilla chinensis
mastitis in dairy cows
protein-protein interaction network(
ppi
)
KEGG signaling pathway
分类号
S853.74 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于多标签传播机制的蛋白质相互作用网络功能模块检测
韩跃
冀俊忠
杨翠翠
《模式识别与人工智能》
EI
CSCD
北大核心
2016
4
下载PDF
职称材料
2
基于计算的蛋白质复合物预测方法综述
潘玉亮
关佶红
姚恒
石运佳
周水庚
《计算机科学与探索》
CSCD
北大核心
2022
1
下载PDF
职称材料
3
基于蛋白质相互作用网络的孤立点检测
黄敢为
《现代计算机》
2008
0
下载PDF
职称材料
4
基于网络药理学分析白头翁治疗奶牛乳腺炎的作用机制
李雄婕
严作廷
曹随忠
《中兽医医药杂志》
CAS
2023
0
下载PDF
职称材料
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