不同结构的蛋白编码基因的密码子偏性研究 被引量：40

1

作者 顾万君 马建民 +2 位作者 周童 孙啸 陆祖宏 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期81-86,共6页

利用聚类分析方法 ,对两类具有不同三级结构的75个蛋白的编码基因的密码子使用偏性进行了分析。75个基因样本序列按照对应蛋白的三级结构被很清晰的分成了两类 ,从而发现密码子的使用与蛋白质的三级结构有很大的相关性。

关键词 蛋白编码基因 偏性 密码子 蛋白质三级结构 聚类分析 MRNA

下载PDF 职称材料

毒蕈碱样乙酰胆碱受体及其信号转导 被引量：8

2

作者 王昊 郭政东 李智 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期230-234,共5页

毒蕈碱样乙酰胆碱受体 (MAChRs)是G蛋白偶联受体 (GPCRs)超家族中的一员 ,具有该家族特征性的结构和信号转导方式。GTP结合蛋白 (G proteins)是一类具有GTP酶活性的蛋白质 ,由α、β、γ三个亚基构成。其中α亚基结合GDP或GTP ,分别代表... 毒蕈碱样乙酰胆碱受体 (MAChRs)是G蛋白偶联受体 (GPCRs)超家族中的一员 ,具有该家族特征性的结构和信号转导方式。GTP结合蛋白 (G proteins)是一类具有GTP酶活性的蛋白质 ,由α、β、γ三个亚基构成。其中α亚基结合GDP或GTP ,分别代表G蛋白的非活化和活化状态。M受体与Gi/Go或Gq/ 11间的作用机制仍在探讨中 ,但基本过程与Gs介导的信号转导模式相似。激动剂持续作用后 。 展开更多

关键词 M受体 GTP结合蛋白 蛋白质三级结构 毒蕈碱样乙酰胆碱受体 信号转导

下载PDF 职称材料

蛋白质三级结构预测方法简述 被引量：10

3

作者 张漫 常延琦 《中国动物检疫》 CAS 北大核心 2005年第5期36-37,共2页

关键词 蛋白质三级结构 预测方法 空间结构 生物学功能 结构与功能 蛋白质结构 测序工作 全基因组 核酸序列 增长速度 实验方法

下载PDF 职称材料

生物信息分析细粒棘球绦虫EgA31蛋白T细胞及B细胞的优势抗原表位 被引量：8

4

作者 赵骁 张峰波 +5 位作者 王红英 闫芳 安梦婷 李玉娇 庞楠楠 丁剑冰 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2019年第7期1078-1083,共6页

背景:EgA 31蛋白是参与成虫吸盘肌收缩的一类蛋白,是细粒棘球蚴绦虫保护性免疫中重要的候选疫苗分子。目的:应用生物信息学方法对细粒棘球绦虫EgA31蛋白进行分析,预测其可能的T细胞及B细胞优势抗原表位。方法:从GenB ank中获取EgA31蛋... 背景:EgA 31蛋白是参与成虫吸盘肌收缩的一类蛋白,是细粒棘球蚴绦虫保护性免疫中重要的候选疫苗分子。目的:应用生物信息学方法对细粒棘球绦虫EgA31蛋白进行分析,预测其可能的T细胞及B细胞优势抗原表位。方法:从GenB ank中获取EgA31蛋白的氨基酸序列(GenB ank登记号为AAC21558.1),利用ProtParam在线程序分析EgA31蛋白的分子质量、理论等电点、氨基酸组成、原子组成、消光系数、不稳定系数和总平均疏水性,DNAstar Protein模块、SOPMA在线服务器分析蛋白二级结构,Phyre的同源建模服务器预测其蛋白质三级结构,最后通过ABCpred、BepiPred、SYFPEITHI、IDBE等软件联合预测细粒棘球绦虫EGA31蛋白的T细胞及B细胞的优势抗原表位。结果与结论:(1)EgA31蛋白由601个氨基酸组成,其中含有112个强碱性氨基酸,121个强酸性氨基酸,归类为不稳定且亲水性蛋白;(2)在线分析发现,EgA31蛋白的二级结构中α-螺旋约占82.36%,延长链约占4.16%,β-转角约占3.16%,无规则卷曲约占10.32%;(3)通过ABCpred、Bepi Pred、SYFPEITHI、IDBE等软件联合分析后预测了4段优势T细胞抗原、6段优势B细胞抗原以及1段T-B细胞联合表位;(4)生物学信息方法能较为全面地预测细粒棘球绦虫EgA31蛋白的优势T细胞及B细胞抗原表位,为进一步研制疫苗和检测试剂奠定了基础。 展开更多

关键词 细粒棘球蚴 包虫病 EGA31 生物信息技术 T细胞表位 B细胞表位 蛋白质二级结构 蛋白质三级结构 疫苗 优势抗原表位 组织构建 棘球蚴病 T淋巴细胞 B淋巴细胞 表位 蛋白质结构 二级 蛋白质结构 三级 组织工程

下载PDF 职称材料

蛋白质三级结构对蛋白质内部形成紧密接触对速率的影响 被引量：1

5

作者 施苏广 王向红 官铬刚 《浙江大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期400-403,408,共5页

通过蛋白质分子内两残基间距的概率分布函数P(r),计算了641个蛋白质分子内近程和远程紧密接触对的形成速率.分析了不同蛋白质结构,不同紧密接触对半径以及DNA的绑定对速率的影响.结果表明:不同结构类型蛋白近程和远程紧密接触对的形成... 通过蛋白质分子内两残基间距的概率分布函数P(r),计算了641个蛋白质分子内近程和远程紧密接触对的形成速率.分析了不同蛋白质结构,不同紧密接触对半径以及DNA的绑定对速率的影响.结果表明:不同结构类型蛋白近程和远程紧密接触对的形成速率的变化趋势恰好相反.近程紧密接触对的形成速率kS随着n(n=|j-i|)的增大而增大,远程紧密接触对的形成速率kL随着n的增大而减小,并且远程紧密接触对的形成速率kL满足kL(n)∝n-γ的关系.γ值随着紧密接触对半径a的增大而变小,当a=0.6 nm时,全α蛋白的γ值等于0.382,α/β蛋白的γ值等于0.343,全β和α+β蛋白的γ值等于0.218.DNA的绑定使蛋白质分子内近程和远程紧密接触对的形成速率都减小. 展开更多

关键词 蛋白质三级结构 两残基间距的概率分布函数P(r) 紧密接触对的形成速率

下载PDF 职称材料

基于相对熵的蛋白质设计方法的普遍近似

6

作者 王屹华 王宝翰 +2 位作者 刘赟 陈慰祖 王存新 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第2期135-139,共5页

发展了最近提出的一种基于相对熵原理的蛋白质设计方法.将该方法从必须满足特定的条件才能适用,推广到普遍适用.研究表明,扩展前的方法可被看作扩展后方法的特例,扩展后的采用普遍近似的蛋白质设计方法更利于蛋白质设计的研究,使基于相... 发展了最近提出的一种基于相对熵原理的蛋白质设计方法.将该方法从必须满足特定的条件才能适用,推广到普遍适用.研究表明,扩展前的方法可被看作扩展后方法的特例,扩展后的采用普遍近似的蛋白质设计方法更利于蛋白质设计的研究,使基于相对熵的蛋白质设计方法更具有普遍性,同时还提高了对蛋白质序列的预测精度. 展开更多

关键词 相对熵 蛋白质设计 非格子模型 分子生物学 蛋白质三级结构

原文传递

高护自考《生物化学》科复习题(三)

7

《当代护士（中旬刊）》 1995年第4期62-64,共3页

101、嘌呤核苷酸从头合成首先合成嘌呤环,再与磷酸核糖相连接。 102、嘧啶核苷酸中嘧啶的原子来源与嘌呤核苷酸中的嘧啶环相同 103、嘌呤核苷酸与嘧啶核苷酸中的5-磷酸核糖都是以PRPP参与合成的。 104、嘌呤核苷酸与嘧啶核苷酸从头合成... 101、嘌呤核苷酸从头合成首先合成嘌呤环,再与磷酸核糖相连接。 102、嘧啶核苷酸中嘧啶的原子来源与嘌呤核苷酸中的嘧啶环相同 103、嘌呤核苷酸与嘧啶核苷酸中的5-磷酸核糖都是以PRPP参与合成的。 104、嘌呤核苷酸与嘧啶核苷酸从头合成途径中首先合成的核苷酸都不是核酸常见的构件分子。 105、嘌呤核苷酸下嘧啶核苷酸从头合成途径中的限速酶都受到产物的反馈抑制调节。 展开更多

关键词 《生物化学》 高护自考 复习题 嘌呤核苷酸 反应速度 合成途径 蛋白质二级结构 蛋白质三级结构 蛋白质分子 生物催化剂

下载PDF 职称材料

HLA新等位基因B＊ 13：92的确认及蛋白质三级结构的初步分析 被引量：1

8

作者 裴永峰 黄惠妮 +1 位作者 李恒聪 吴国光 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期1558-1562,共5页

目的：人类白细胞抗原（HLA）新等位基因B＊13：92的确认及蛋白质空间结构的分析。方法：应用多聚酶链式反应-基于测序的分型技术（polymerase chain reaction sequencing based typing,PCR-SBT）进行HLA常规实验分型,HLA-B位点分型结... 目的：人类白细胞抗原（HLA）新等位基因B＊13：92的确认及蛋白质空间结构的分析。方法：应用多聚酶链式反应-基于测序的分型技术（polymerase chain reaction sequencing based typing,PCR-SBT）进行HLA常规实验分型,HLA-B位点分型结果与等位基因B＊13：01：01,B＊58：01：01在189位有1个碱基不匹配,不能指定为任何HLA-B位点等位基因,用针对B＊13、B＊58的组特异性测序引物（GSSP）,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异,使用SWISS-MODEL方法建立该新基因的空间模型并进行分析。结果：测序结果证实,该等位基因与其同源性最高的等位基因是B＊13：01：01,两者的差异是在第2外显子189位的C〉A,密码子39由GAC变为GAA,编码的氨基酸由天冬氨酸（D）转变为谷氨酸（E）。空间结构分析表明替代氨基酸位于抗原肽结合区α螺旋上。结论：该等位基因是在中国广西壮族人群发现的一个新HLA-B位点等位基因,世界卫生组织（WHO）HLA命名委员会将其正式命名为HLA-B＊13：92。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原 新等位基因B＊13 蛋白质三级结构

下载PDF 职称材料

牦牛hnRNP K基因的克隆及序列分析

9

作者 方鸿滨 王永 +1 位作者 江明锋 陈达文 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期172-178,共7页

为研究hnRNP K基因的生物学功能及其在牦牛中的特异性,利用RT-PCR和粘性末端连接法,分两段克隆了牦牛hnRNP K基因cDNA序列。序列分析结果表明,牦牛hnRNP K基因cDNA序列长11706bp,开放阅读框(ORF)长1389bp,编码463个氨基酸。序列比对结... 为研究hnRNP K基因的生物学功能及其在牦牛中的特异性,利用RT-PCR和粘性末端连接法,分两段克隆了牦牛hnRNP K基因cDNA序列。序列分析结果表明,牦牛hnRNP K基因cDNA序列长11706bp,开放阅读框(ORF)长1389bp,编码463个氨基酸。序列比对结果表明,牦牛与黄牛hnRNP K cDNA序列的同源性达99.1%,编码的氨基酸同源性达到97.0%;在牦牛氨基酸序列中有15个突变。通过同源建模的方法成功构建了牦牛hnRNP K蛋白质三级结构,结果表明牦牛hnRNP K属于A型结构,而黄牛hnRNP K蛋白属于B型结构,其差异是由第459-463位氨基酸序列由"ADVEG"突变为"SGKFF"所致。乙酰化分析结果显示,牦牛hnRNP K对基因转录的影响水平跟黄牛是一致,表明不同物种hnRNP K功能的差异可能跟其氨基酸序列的差异有关。成功克隆的牦牛hnRNP K基因的cDNA序列为进一步分析该基因的功能提供参考。 展开更多

关键词 牦牛 HNRNP K RT—PCR 粘性末端连接法 基因克隆 蛋白质三级结构

下载PDF 职称材料

蛋白质中残基远程相互作用预测算法研究综述 被引量：6

10

作者 张海仓 高玉娟 +2 位作者 邓明华 郑伟谋 卜东波 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2017年第1期1-19,共19页

蛋白质是由多个氨基酸残基顺序连接而成的长链.在天然状态下,蛋白质并不是无规则的自由状态,而是自发形成特定的空间结构,以执行其特定的生物学功能.驱动蛋白质形成特定空间结构的主要因素是残基间的非共价相互作用,包括疏水作用、静电... 蛋白质是由多个氨基酸残基顺序连接而成的长链.在天然状态下,蛋白质并不是无规则的自由状态,而是自发形成特定的空间结构,以执行其特定的生物学功能.驱动蛋白质形成特定空间结构的主要因素是残基间的非共价相互作用,包括疏水作用、静电相互作用、范德华力等.因此,对残基之间远程相互作用的准确预测将有助于对蛋白质空间结构的预测,进而有助于对蛋白质生物学功能的了解.在蛋白质进化过程,有相互作用残基对之间存在一种"共进化"模式,即当一个残基发生变异时,与其有相互作用的残基也要发生相应的变异,以维持相互作用,进而维持整体空间结构以及生物学功能.基于上述生物学观察,研究者开发了多个统计模型和算法以预测残基对之间的相互作用:1)概述残基之间远程相互作用的两大类基本预测算法,包括无监督学习方法和监督学习方法;2)使用蛋白质结构预测CASP比赛结果来客观比较上述各类算法的性能,分析各个算法的特点和优势;3)从生物学观察和统计模型2个角度分析总结了未来的发展趋势. 展开更多

关键词 残基远程相互作用预测 蛋白质三级结构预测 图模型 共进化 机器学习

下载PDF 职称材料

肾小管间质性肾病基因-表型关联性分析

11

作者 杨雨蒙 张颖 +3 位作者 魏敏 周雅丽 杨单植 邢国兰 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2023年第3期320-326,共7页

目的:筛选肾小管间质性肾病遗传变异枢纽基因。方法:对经肾活检证实且无明确病因的24例肾小管间质性肾病患者进行全外显子组测序,应用Phenolyzer数据库进行基因-表型关联评分,筛选其共有的罕见遗传变异,利用DAVID 6.8数据库进行基因功... 目的:筛选肾小管间质性肾病遗传变异枢纽基因。方法:对经肾活检证实且无明确病因的24例肾小管间质性肾病患者进行全外显子组测序,应用Phenolyzer数据库进行基因-表型关联评分,筛选其共有的罕见遗传变异,利用DAVID 6.8数据库进行基因功能通路富集分析。应用String数据库构建PPI网络图,并使用Cytoscape中的插件cytoHubba进行可视化分析,寻找枢纽基因。应用SWISS-Pdb Viewer软件分析枢纽基因突变前后表达蛋白三级结构的变化。结果:24例中女9例,男15例,年龄18~40(26.17±8.82)岁。全外显子组测序检测出19例患者携带致病或可能致病的基因突变位点,共发现35个肾小管间质性肾病易感基因,其在TGF-β信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路中富集。PPI网络和Cytoscape分析筛选出4个枢纽基因,即VCP、PRKDC、RBPJ、MYH11,且VCP基因突变造成蛋白质空间结构和功能的改变。结论:肾小管间质性肾病易感基因主要富集在离子跨膜转运的调节、蛋白质转运的调控、蛋白质磷酸化等生物过程,TGF-β信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路中。VCP基因可能与肾小管间质性肾病有关。 展开更多

关键词 肾小管间质性肾病 全外显子组测序 基因-表型关联 通路富集分析 蛋白质三级结构模型

下载PDF 职称材料

蛋白质三级结构预测的并行化算法

12

作者 杨瑶 桑延超 多丽君 《科技创新导报》 2008年第18期11-11,共1页

在分析了使用PSO(粒子群算法)和GA(遗传算法)的协同优化算法对蛋白质三级结构进行预测的基础上,引入并行算法。进而提出并行算法的优势所在,并详细介绍了遗传算法的三种并行模型,最后给出改进后的并行改进算法模型。

关键词 蛋白质三级结构 协同优化 并行算法

下载PDF 职称材料