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鉴定肝细胞癌特异性血清细胞因子
1
作者 张迷 陈曦 +3 位作者 李孟祥 焦叶林 齐义军 岳文彬 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2021年第11期1224-1229,共6页
目的鉴定肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)特异性血清细胞因子。方法用细胞因子抗体芯片检测非癌对照和HCC患者血清细胞因子,富集分析KEGG生物学通路,ProteoMap分析生物学功能构成。构建基于STRING数据库差异表达细胞因子间相互... 目的鉴定肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)特异性血清细胞因子。方法用细胞因子抗体芯片检测非癌对照和HCC患者血清细胞因子,富集分析KEGG生物学通路,ProteoMap分析生物学功能构成。构建基于STRING数据库差异表达细胞因子间相互作用网络,计算节点分子的“degree”和“betweenness”,确定关键细胞因子并应用ELISA进行验证。结果鉴定出差异倍数>1.5倍的HCC相关差异表达细胞因子为43个(高、低表达分别为26个和17个),80%差异表达的细胞因子参与多个功能相关的生物学通路和信号通路。这些差异表达细胞因子构成的蛋白-蛋白互作网络中,“degree”和“betweenness”分值位居前5的细胞因子包括VEGFA、VCAM1、CXCR4、CCR7和TLR3。HCC血清中VEGFA、CCR7和CXCR4表达显著高于肝硬化和慢性乙肝患者及健康对照,其中慢性乙肝患者血清VEGFA表达高于肝硬化和健康对照,慢性乙肝和肝硬化患者血清中CCR7和CXCR4表达差异无统计学意义,但明显高于健康对照。结论VEGFA、CCR7和CXCR4是潜在的HCC血清标志物。 展开更多
关键词 肝细胞癌 细胞因子 蛋白-蛋白相互作用网络 VEGFA CCR7 CXCR4
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生物信息学分析患有乳腺癌的乳腺球样本中与自我更新相关的关键基因
2
作者 臧卫东 《上海医药》 CAS 2018年第1期76-80,共5页
目的:通过生物信息学分析乳腺癌中具有自更新能力的乳腺球样本,挖掘与自更新能力有关的关键基因,为乳腺癌治疗提供基础和理论依据。方法:首先通过比较原位乳腺癌样本(breast cancer,BC)与乳腺癌的乳腺球样本(mammosphere samples,MS)的m... 目的:通过生物信息学分析乳腺癌中具有自更新能力的乳腺球样本,挖掘与自更新能力有关的关键基因,为乳腺癌治疗提供基础和理论依据。方法:首先通过比较原位乳腺癌样本(breast cancer,BC)与乳腺癌的乳腺球样本(mammosphere samples,MS)的m RNA芯片表达数据,获得差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。随后构建DEGs的蛋白与蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并从中筛选出一个高度关联的子网络,最后对子网络进行功能富集分析。结果:MS和BC两组样本间共有1 083个DEGs。从这些DEGs构建得到的PPI网络中,获得了一个包含49个DEGs的高度关联的子网络,其中tspo、igf1、fn1和cdk1为子网络的核心基因。结论:这些核心基因可能是乳腺癌细胞中与自更新相关的基因。 展开更多
关键词 乳腺癌 乳腺球 自我更新 差异表达基因 蛋白与蛋白相互作用网络
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基于生物信息学筛选红景天苷对大鼠缺血/再灌注神经保护作用的相关基因 被引量：5
3
作者 官喜龙 徐静 +1 位作者 陈轶尘 杨婧 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1764-1770,共7页
目的本研究旨在揭示红景天苷预处理在缺血/再灌注模型中影响的差异表达基因,并确定用于脑卒中治疗的特定且有意义的遗传靶标。方法本研究从高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)获得了基因表达数据集GSE52001,通过R语言... 目的本研究旨在揭示红景天苷预处理在缺血/再灌注模型中影响的差异表达基因,并确定用于脑卒中治疗的特定且有意义的遗传靶标。方法本研究从高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)获得了基因表达数据集GSE52001,通过R语言筛选出经红景天苷预处理和未处理的缺血脑组织中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并分析了其富集途径。在STRING数据库中构建了蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,分子复合物检测(Molecular Complex Detection,MCODE)分析筛选得分最高的模块,最后构建了TF-DEGs-microRNA调控网络,并在Cytoscape软件中将其可视化。结果研究总共筛选了250个DEGs,下调了82个基因,上调了168个基因。筛选出的DEGs主要富集在类固醇代谢、激素代谢和炎症反应的生物学过程。通过MCODE分析筛选PPI网络得分最高的模块。最后构建了TF-DEGs-microRNA调控网络,预测出红景天苷参与脑保护相关的非编码小分子RNA mir-19a-3p和转录因子TAL1。结论通过生物信息学分析,红景天苷可能通过TAL1/Nr4a1/mir-19a-3p轴在缺血性/再灌注模型中发挥脑保护作用。 展开更多
关键词 红景天苷 脑卒中 生物信息分析 差异基因 蛋白质-蛋白质相互作用网络 TAL1 Nr4a1 mir-19a-3p
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基于生物信息学分析的圆锥角膜相关Hub基因及其通路的鉴定
4
作者 朱叶 谭秋凡 +2 位作者 巩倩文 胡晓建 陈世豪 《温州医科大学学报》 CAS 2021年第2期111-117,共7页
目的:明确圆锥角膜(KC)潜在的目标基因并探讨其潜在的病理机制。方法:从GEO数据库中下载GSE77938的基因芯片数据并进行生物信息学分析。GSE77938数据集包含50个样本,包括25例KC患者和25例正常对照者。采用Cytoscape软件进行GO和KEGG富... 目的:明确圆锥角膜(KC)潜在的目标基因并探讨其潜在的病理机制。方法:从GEO数据库中下载GSE77938的基因芯片数据并进行生物信息学分析。GSE77938数据集包含50个样本,包括25例KC患者和25例正常对照者。采用Cytoscape软件进行GO和KEGG富集分析,并通过Cytoscape软件构建差异表达基因(DEGs)的蛋白相互作用(PPI)网络。结果:在KC中共鉴定出1547个DEGs,包括1103个上调基因和444个下调基因。GO分析结果显示,上调的DEGs在生物过程(BP)中的1220条通路中显著富集、细胞成分(CC)的黑素体的102条通路和分子功能(MF)的102条通路中显著富集。下调DEGs的富集功能在BP、CC和MF中分别为99、64和47个通路。KEGG通路分析显示上调的DEGs富集于72条通路,而下调的DEGs富集于8条通路。从PPI网络中鉴定出Hub基因TNF、JUN、IFNG、PTPRC、ICAM1、FOS、IL6、CXCL8、LCK、CSF2、MMP9、ITGAX、CD40LG和IL10,ClueGO分析发现这些基因涉及GO术语中的6条显著通路和KEGG中的3条通路。结论:所鉴定的DEGs和枢纽基因促进了对KC发生的分子机制的理解,其可能作为KC治疗的分子靶点和诊断性生物标志物。 展开更多
关键词 差异表达基因 生物信息学分析 圆锥角膜 蛋白质-蛋白质相互作用网络 ClueGO
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