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虾虹彩病毒TaqMan-MGB探针荧光定量PCR检测方法的建立
被引量:
7
1
作者
韦信贤
陈孝宇
+5 位作者
贾鹏
王瑞
谭红连
杨慧赞
童桂香
黄光华
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期404-411,共8页
【目的】建立检测虾虹彩病毒(SIV)的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR,为实现虾虹彩病毒病(SIVD)快速诊断及疫情监测提供一种新的技术手段。【方法】根据SIV的MCP基因保守序列设计特异性引物和TaqMan-MGB探针,将目的片段克隆至pMD18-T载体制...
【目的】建立检测虾虹彩病毒(SIV)的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR,为实现虾虹彩病毒病(SIVD)快速诊断及疫情监测提供一种新的技术手段。【方法】根据SIV的MCP基因保守序列设计特异性引物和TaqMan-MGB探针,将目的片段克隆至pMD18-T载体制备重组质粒pMD18-T-MCPSIV;优化反应体系及扩增条件后建立检测SIV的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR,以pMD18-T-MCPSIV为标准品绘制标准曲线,并通过特异性、敏感性、重复性试验及临床应用验证其实用性。【结果】制备的重组质粒(pMD18-T-MCPSIV)DNA稳定性好,满足作为标准品的要求;标准品起始模板范围为2.0×101~2.0×109拷贝/反应时,建立的标准曲线具有良好线性关系。优化后的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR灵敏度高,对重组质粒的检测灵敏度可达20拷贝/反应,对虾组织SIV的检测灵敏度约10拷贝/mg,其临床检测的敏感性与套式PCR相当;与虾类其他常见病原无交叉反应,组内和组间变异系数分别为0.27%~0.54%和0.61%~0.95%,且扩增与产物分析同步完成,整个检测过程仅需1 h左右。采用建立的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR与目前农业农村部推荐的套式PCR同时对276份临床虾样品进行SIV检测,结果显示,两种方法的大部分检测结果一致,符合率为98.6%,但检测低拷贝数样品时前者具有更高的灵敏度。2018和2019年广西虾样品的SIV阳性检出率分别为19.7%和7.5%,且养殖凡纳滨对虾、罗氏沼虾和红螯螯虾均检测到SIV阳性。【结论】基于SIV MCP基因保守序列建立的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好、定量范围宽及简单快速等优点,适用于虾类样品SIV检测,可为SIVD快速诊断及疫情监测提供一种新的技术手段。
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关键词
虾
虹彩病毒
(
siv
)
MCP基因
TAQMAN-MGB探针
荧光定量PCR
套式PCR
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职称材料
题名
虾虹彩病毒TaqMan-MGB探针荧光定量PCR检测方法的建立
被引量:
7
1
作者
韦信贤
陈孝宇
贾鹏
王瑞
谭红连
杨慧赞
童桂香
黄光华
机构
广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室
武汉海关技术中心
深圳海关/国家水生动物疫病监测重点实验室
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期404-411,共8页
基金
广西创新驱动发展专项(桂科AA17204081-4)
广西重点研发计划项目(桂科AB16380035)
+1 种基金
广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室自主研究项目(19-A-03-03)
武汉海关科研项目(2019WK003)。
文摘
【目的】建立检测虾虹彩病毒(SIV)的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR,为实现虾虹彩病毒病(SIVD)快速诊断及疫情监测提供一种新的技术手段。【方法】根据SIV的MCP基因保守序列设计特异性引物和TaqMan-MGB探针,将目的片段克隆至pMD18-T载体制备重组质粒pMD18-T-MCPSIV;优化反应体系及扩增条件后建立检测SIV的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR,以pMD18-T-MCPSIV为标准品绘制标准曲线,并通过特异性、敏感性、重复性试验及临床应用验证其实用性。【结果】制备的重组质粒(pMD18-T-MCPSIV)DNA稳定性好,满足作为标准品的要求;标准品起始模板范围为2.0×101~2.0×109拷贝/反应时,建立的标准曲线具有良好线性关系。优化后的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR灵敏度高,对重组质粒的检测灵敏度可达20拷贝/反应,对虾组织SIV的检测灵敏度约10拷贝/mg,其临床检测的敏感性与套式PCR相当;与虾类其他常见病原无交叉反应,组内和组间变异系数分别为0.27%~0.54%和0.61%~0.95%,且扩增与产物分析同步完成,整个检测过程仅需1 h左右。采用建立的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR与目前农业农村部推荐的套式PCR同时对276份临床虾样品进行SIV检测,结果显示,两种方法的大部分检测结果一致,符合率为98.6%,但检测低拷贝数样品时前者具有更高的灵敏度。2018和2019年广西虾样品的SIV阳性检出率分别为19.7%和7.5%,且养殖凡纳滨对虾、罗氏沼虾和红螯螯虾均检测到SIV阳性。【结论】基于SIV MCP基因保守序列建立的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好、定量范围宽及简单快速等优点,适用于虾类样品SIV检测,可为SIVD快速诊断及疫情监测提供一种新的技术手段。
关键词
虾
虹彩病毒
(
siv
)
MCP基因
TAQMAN-MGB探针
荧光定量PCR
套式PCR
Keywords
shrimp iridescent virus(
siv
)
MCP gene
Taq Man-MGB probe
fluorescence quantitative PCR
nested PCR
分类号
S945.4 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
虾虹彩病毒TaqMan-MGB探针荧光定量PCR检测方法的建立
韦信贤
陈孝宇
贾鹏
王瑞
谭红连
杨慧赞
童桂香
黄光华
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
7
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